Factors Associated with Bovine Neonatal Pancytopenia (BNP) in Calves: A Case-Control Study

Bovine neonatal pancytopenia (BNP; previously known as idiopathic haemorrhagic diathesis and commonly known as bleeding calf syndrome) is a novel haemorrhagic disease of young calves which has emerged in a number of European countries during recent years. Data were retrospectively collected during June to November 2010 for 56 case calves diagnosed with BNP between 17 March and 7 June of the same year. These were compared with 58 control calves randomly recruited from herds with no history of BNP. Multivariable logistic regression analysis showed that increased odds of a calf being a BNP case were associated with its dam having received PregSure® BVD (Pfizer Animal Health) vaccination prior to the birth of the calf (odds ratio (OR) 40.78, p<0.001) and its herd of origin being located in Scotland (OR 9.71, p = 0.006). Decreased odds of a calf being a BNP case were associated with the calf having been kept outside (OR 0.11, p = 0.006). The longer that a cattle herd had been established on the farm was also associated with decreased odds of a calf in that herd being a BNP case (OR 0.97, p = 0.011)

Metabolism of halophilic archaea

In spite of their common hypersaline environment, halophilic archaea are surprisingly different in their nutritional demands and metabolic pathways. The metabolic diversity of halophilic archaea was investigated at the genomic level through systematic metabolic reconstruction and comparative analysis of four completely sequenced species: Halobacterium salinarum, Haloarcula marismortui, Haloquadratum walsbyi, and the haloalkaliphile Natronomonas pharaonis. The comparative study reveals different sets of enzyme genes amongst halophilic archaea, e.g. in glycerol degradation, pentose metabolism, and folate synthesis. The carefully assessed metabolic data represent a reliable resource for future system biology approaches as it also links to current experimental data on (halo)archaea from the literature

Novel Insights into the Diversity of Catabolic Metabolism from Ten Haloarchaeal Genomes

BACKGROUND: The extremely halophilic archaea are present worldwide in saline environments and have important biotechnological applications. Ten complete genomes of haloarchaea are now available, providing an opportunity for comparative analysis. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We report here the comparative analysis of five newly sequenced haloarchaeal genomes with five previously published ones. Whole genome trees based on protein sequences provide strong support for deep relationships between the ten organisms. Using a soft clustering approach, we identified 887 protein clusters present in all halophiles. Of these core clusters, 112 are not found in any other archaea and therefore constitute the haloarchaeal signature. Four of the halophiles were isolated from water, and four were isolated from soil or sediment. Although there are few habitat-specific clusters, the soil/sediment halophiles tend to have greater capacity for polysaccharide degradation, siderophore synthesis, and cell wall modification. Halorhabdus utahensis and Haloterrigena turkmenica encode over forty glycosyl hydrolases each, and may be capable of breaking down naturally occurring complex carbohydrates. H. utahensis is specialized for growth on carbohydrates and has few amino acid degradation pathways. It uses the non-oxidative pentose phosphate pathway instead of the oxidative pathway, giving it more flexibility in the metabolism of pentoses. CONCLUSIONS: These new genomes expand our understanding of haloarchaeal catabolic pathways, providing a basis for further experimental analysis, especially with regard to carbohydrate metabolism. Halophilic glycosyl hydrolases for use in biofuel production are more likely to be found in halophiles isolated from soil or sediment

Pan-cancer analysis of whole genomes

Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale(1-3). Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG resource, facilitated by international data sharing using compute clouds. On average, cancer genomes contained 4-5 driver mutations when combining coding and non-coding genomic elements; however, in around 5% of cases no drivers were identified, suggesting that cancer driver discovery is not yet complete. Chromothripsis, in which many clustered structural variants arise in a single catastrophic event, is frequently an early event in tumour evolution; in acral melanoma, for example, these events precede most somatic point mutations and affect several cancer-associated genes simultaneously. Cancers with abnormal telomere maintenance often originate from tissues with low replicative activity and show several mechanisms of preventing telomere attrition to critical levels. Common and rare germline variants affect patterns of somatic mutation, including point mutations, structural variants and somatic retrotransposition. A collection of papers from the PCAWG Consortium describes non-coding mutations that drive cancer beyond those in the TERT promoter(4); identifies new signatures of mutational processes that cause base substitutions, small insertions and deletions and structural variation(5,6); analyses timings and patterns of tumour evolution(7); describes the diverse transcriptional consequences of somatic mutation on splicing, expression levels, fusion genes and promoter activity(8,9); and evaluates a range of more-specialized features of cancer genomes(8,10-18).Peer reviewe

Caratterizzazione di alcuni siti della rete accelerometrica nazionale al fine di individuare la risposta sismica locale

Le indagini geotecniche finalizzate alla stima della risposta sismica locale si limitano molto spesso ai primi 30 m di profondità, valore che è diventato uno standard per la classificazione delle caratteristiche di un sito. Negli anni ’90 Borcherdt (1994) e Martin e Dobry (1994) suggerirono 30 m come la profondità standard di indagine per la verifica delle strutture. Boore et al. (1993, 1994, 1997) e Boore e Joyner (1997) basarono le regressioni per il calcolo delle leggi predittive del moto del suolo sullo stesso parametro. Nel 1997 negli Stati Uniti il National Earthquake Hazards Reduction Program (NEHRP) nella stesura delle norme tecniche per le costruzioni in zona sismica (FEMA, 1997) utilizza per la prima volta il parametro Vs30 come indice per la classificazione dei suoli, con lo scopo di definirne l’amplificazione. Le norme tecniche per le costruzioni in zona sismica della comunità Europea, EC8 (ENV, 1998) ente da dati provenienti dagli Stati Uniti occidentali e, utilizzando dati provenienti dalla stessa regione, Wald & Mori (2000) segnalano che le VS,30 non sono molto ben correlate con l’entità dell’amplificazione, in quanto esiste una forte dispersione dei dati. La figura 1.1 mostra il rapporto tra le amplificazioni, mediate sull’intervallo di frequenza compreso tra 3-5 Hz. raccomandano lo stesso parametro per suddividere i terreni, anche se le classi differiscono in parte dalla classificazione NEHRP. Infine, anche in Italia, le Norme Tecniche per le Costruzioni (Normative Tecniche per le Costruzioni, Gazzetta Ufficiale del 14/01/2008) adottano la stessa suddivisione dei terreni adottata dall’EC8.L’attendibilità della velocità delle onde di taglio nei primi 30 m (VS,30) come estimatore della risposta sismica di un sito, in termini di frequenza e amplificazione, è tuttavia molto discussa.Innanzitutto il parametro è stato ricavato unicamente da dati provenienti dagli Stati Uniti occidentali e, utilizzando dati provenienti dalla stessa regione, Wald & Mori (2000) segnalano che le Vs30 non sono molto ben correlate con l’entità dell’amplificazione, in quanto esiste una forte dispersione dei dati. La figura 1.1 mostra il rapporto tra le amplificazioni, mediate sull’intervallo di frequenza compreso tra 3-5 Hz. I valori risultano effettivamente molto dispersi, ma questo risultato può essere spiegato col fatto che non tutte le classi di sito hanno frequenza di risonanza compreso in questo intervallo di frequenza. Perciò per alcuni siti la media è stata calcolata nell’intorno della frequenza di risonanza (sulle amplificazioni massime), mentre per altri è stata calcolata sulle armoniche superiori, che hanno ampiezze minori. Lavori eseguiti con dati provenienti da altre regioni sottolineano come le Vs30 non siano buoni estimatori per la predizione di amplificazioni in bacini profondi (Park & Hashash, 2004), per la stima delle amplificazioni in altre regioni (Stewart et al., 2003) o in presenza di inversioni di velocità (Di Giacomo et al., 2005). Uno studio recente, eseguito su dati giapponesi (Zhao et al., 2006) si è evitato l’uso della Vs30 perché strati spessi di terreno rigido posti sopra il substrato roccioso amplificano il moto di lungo periodo, mentre gli strati sottili e soffici tendono ad amplificare il moto di corto periodo: ciò significa che la VS,30 non può rappresentare il periodo predominante del sito, dato che si basa solo sugli strati superficiali. Secondo Mucciarelli e Gallipoli (2006) il confronto tra l’amplificazione sismica al sito e la Vs30 mostra che quest’ultimo parametro non è adeguato per spiegare gli effetti di sito osservati in Italia a causa delle situazioni geologiche particolari che sono diffuse nel nostro paese. La figura 1.2 mostra la distribuzione dell’ampiezza rispetto alla classe di sito, in cui si vede che le classi sono mal discriminate e le mediane delle classi A e B (indicate dalla linea nera) sono uguali. È però necessario notare che questo grafico è stato costruito utilizzando le ampiezze ricavate col metodo dei rapporti spettrali H/V, ma in letteratura (Bard, 1999) è dimostrato che tali rapporti spettrali permettono di stimare la frequenza di risonanza, ma falliscono nella stima del valore di amplificazione. In particolare la Vs30 sottostima gli effetti locali ai siti con inversione di velocità e li sovrastima in siti con bacini profondi. La Vs30 sembra fornire dei buoni risultati solo in siti che abbiano un profilo di velocità monotono, crescente con la profondità e un forte contrasto di impedenza nella prima decina di metri. Questo studio si propone di verificare l’attendibilità della velocità delle onde di taglio valutate nei primi 30 m come estimatore della risposta sismica di un sito. Per questo scopo sono state selezionate 45 stazioni della Rete Accelerometrica Nazionale, di cui si conoscono i profili stratigrafici e i profili di velocità delle onde di taglio e di compressione. Inoltre sono state raccolte le registrazioni strong motion relative ai terremoti registrati da queste stazioni. Gli effetti di sito sono stati valutati in due modi: · Le registrazioni sono state utilizzate per calcolare i rapporti spettrali H/V per ricavare la frequenza fondamentale propria di ciascun sito (f0) e il relativo valore di amplificazione; · I profili di velocità delle onde di taglio sono serviti per ricavare il modello teorico monodimensionale per il calcolo della funzione di trasferimento del sito, eseguito per mezzo del modello proposto da Haskell e Thomson (Haskell, 1953, Thomson 1950), da cui ricavare la f0 e l’amplificazione. I valori ottenuti con i due metodi sono stati poi confrontati per verificare la congruenza dei risultati. I profili di velocità hanno permesso di classificare le stazioni utilizzando la velocità media delle onde di taglio nei primi 30 m (Vs30), secondo la normativa italiana. I risultati ottenuti dalla valutazione della risposta di ciascun sito, espressi in termini di frequenza fondamentale e amplificazione, sono stati correlati con la rispettiva classe di sito per verificare l’attendibilità del parametro delle Vs30 come estimatore degli effetti di sito

Determination of stanozolol and 3[prime]-hydroxystanozolol in rat hair, urine and serum using liquid chromatography tandem mass spectrometry

The developed methods are sensitive, specific and reproducible for the determination of stanozolol and 3'-hydroxystanozolol in rat hair, urine and serum. These methods can be used for in vivo studies further investigating stanozolol metabolism, but also could be extended for doping testing. Owing to the complementary nature of these tests, with urine and serum giving information on recent drug use and hair providing retrospective information on habitual use, it is suggested that blood or urine tests could accompany hair analysis and thus avoid false doping results

Post‐irradiation cytology of cervical cancer patients

The accuracy of cervicovaginal cytology following radiotherapy for cervical cancer is compromised by the anatomical and tissue changes resulting from irradiation. Collection of representative samples may be more difficult, and benign radiation changes, post‐irradiation dysplasia, and the frequent occurrence of repair cells and active stromal cells in post‐irradiation smears may cause diagnostic problems. Nevertheless, cytology is a valuable tool for the detection of locally recurrent cervical cancer. It is simple and economical to perform at the time of clinical follow‐up examination, and may detect occult tumour recurrence. Awareness of the cellular changes resulting from irradiation, and the varied composition of post‐irradiation smears may lead to more accurate interpretation of the cytological findings.</p