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Pan-cancer analysis of whole genomes
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- 11/12/2019
- Field of study
Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale(1-3). Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG resource, facilitated by international data sharing using compute clouds. On average, cancer genomes contained 4-5 driver mutations when combining coding and non-coding genomic elements; however, in around 5% of cases no drivers were identified, suggesting that cancer driver discovery is not yet complete. Chromothripsis, in which many clustered structural variants arise in a single catastrophic event, is frequently an early event in tumour evolution; in acral melanoma, for example, these events precede most somatic point mutations and affect several cancer-associated genes simultaneously. Cancers with abnormal telomere maintenance often originate from tissues with low replicative activity and show several mechanisms of preventing telomere attrition to critical levels. Common and rare germline variants affect patterns of somatic mutation, including point mutations, structural variants and somatic retrotransposition. A collection of papers from the PCAWG Consortium describes non-coding mutations that drive cancer beyond those in the TERT promoter(4); identifies new signatures of mutational processes that cause base substitutions, small insertions and deletions and structural variation(5,6); analyses timings and patterns of tumour evolution(7); describes the diverse transcriptional consequences of somatic mutation on splicing, expression levels, fusion genes and promoter activity(8,9); and evaluates a range of more-specialized features of cancer genomes(8,10-18).Peer reviewe
CircRNAs: biogenesis, functions, and role in drug-resistant Tumours
- Author
- A Bachmayr-Heyda
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- A Ivanov
- A Rybak-Wolf
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- TB Hansen
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- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- Field of study
Naturally occurring anti-cancer compounds: shining from Chinese herbal medicine
- Author
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- AL Greenshields
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- Y Zhang
- Y Zhang
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- Y Zhong
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- YS Lin
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- YS Shin
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- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- Field of study
Preserving the Bone Profile in Anterior Maxilla using an Equine Cortical Bone Membrane and an Equine Enzyme-treated Bone Graft: A Case Report with 5-year Follow-up
- Author
- Aghaloo TL Moy PK.
- Allen MR Hock JM, Burr DB.
- Araújo MG Lindhe J.
- Artese L Piattelli A, Di Stefano DA, Piccirilli M, Pagnutti S, D'Alimonte E, Perrotti V.
- Baslé MF Lesourd M, Grizon F, Pascaretti C, Chappard D.
- Belser UC Schmid B, Higginbottom F, Buser D.
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- Di Stefano DA Artese L, Iezzi G, Piattelli A, Pagnutti S, Piccirilli M, Perrotti V.
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- Garbuz DS Masri BA, Czitrom AA.
- Garg A.
- Gotfredsen K Warrer K, Hjørting-Hansen E, Karring T.
- Green J Schotland S, Stauber DJ, Kleeman CR, Clemens TL.
- Gungormus M.
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- Jovanovic SA Spiekermann H, Richter EJ.
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- Lopez MA Andreasi Bassi M, Confalone L, Carinci F.
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- Mizuno M Fujisawa R, Kuboki Y.
- Nyman S Lang NP, Buser D, Bragger U.
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- Perrotti V Nicholls BM, Piattelli A.
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- Wachtel H Fickl S, Hinze M, Bolz W, Thalmair T.
- Publication venue
- 'Jaypee Brothers Medical Publishing'
- Publication date
- Field of study
Horizontal-guided Bone Regeneration using a Titanium Mesh and an Equine Bone Graft
- Author
- Artese L Piattelli A, Di Stefano DA, et al.
- Artzi Z Dayan D, Alpern Y, Nemcovsky CE.
- Atwood DA.
- Atwood DA.
- Baird BB.
- Baljoon M Natto S, Bergstrom J.
- Baslé MF Lesourd M, Grizon F, Pascaretti C, Chappard D.
- Benke D Olah A, Möhler H.
- Bottino MC Thomas V, Schmidt G, et al.
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- Di Stefano DA Andreasi Bassi M, Cinci L, Pieri L, Ammirabile G.
- Di Stefano DA Artese L, Iezzi G, et al.
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- Donos N Bosshardt D, Lang N, et al.
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- Misch CM.
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- Pieri F Corinaldesi G, Fini M, Aldini NN, Giardino R, Marchetti C.
- Pistilli R Signorini L, Pisacane A, Lizio G, Felice P.
- Proussaefs P Lozada J, Kleinman A, Rohrer MD, McMillan PJ.
- Quintero G Mellonig JT, Gambill VM, Pelleu GB Jr.
- Rakhmatia YD Ayukawa Y, Furuhashi A, Koyano K.
- Regazzoni C Winterhalter KH, Rohrer L.
- Roccuzzo M Ramieri G, Spada MC, Bianchi SD, Berrone S.
- Rogers GF Greene AK.
- Saadoun AP LeGall M, Touati B.
- Santini S Barbera P, Modena M, Schiavon R, Bonato M.
- Sbordone C Toti P, Guidetti F, Califano L, Bufo P, Sbordone L.
- Sbordone C Toti P, Guidetti F, Califano L, Santoro A, Sbordone L.
- Schallhorn RG Hiatt WH.
- Shanaman RH.
- Simion M Jovanovic SA, Trisi P, Scarano A, Piattelli A.
- Simion M Misitano U, Gionso L, Salvato A.
- Simion M Scarano A, Gionso L, Piattelli A.
- Stavropoulos A Kostopoulos L, Nyengaard JR, Karring T.
- Toroian D Lim JE, Price PA.
- Urban IA Jovanovic SA, Lozada JL.
- von Arx T Hardt N, Wallkamm B.
- von Arx T Wallkamm B, Hardt N.
- Zitzmann NU Naef R, Schärer P.
- Zitzmann NU Scharer P, Marinello CP, Schupbach P, Berglundh T.
- Publication venue
- 'Jaypee Brothers Medical Publishing'
- Publication date
- Field of study
Nitrite reduction by molybdoenzymes: a new class of nitric oxide-forming nitrite reductases
- Author
- A Benamar
- A Botrel
- A Botrel
- A Cauwels
- A Clarke
- A Cvetkovic
- A Havemeyer
- A Havemeyer
- A Havemeyer
- A Kooij
- A Machha
- A Messerschmidt
- A Modin
- A Pacheco
- A Rajapakshe
- A Rao
- A Samouilov
- A Sarnesto
- A Tsujii
- A Webb
- A Yamamoto
- A Yamamoto-Katou
- AA Samal
- AF Vanin
- AG Reaume
- AI Cederbaum
- AJ Gow
- AJ Miller
- AJ Webb
- AK Boal
- AL Sindler
- AM Badejo Jr
- AN Hvitved
- AR Butler
- AR Wellbrun
- AV Kozlov
- B Kraft
- B Lima
- B Plitzko
- B Schink
- B Vu
- B Wahl
- B Weiss
- BA Barata
- BA Patel
- BD Nossaman
- BE Scbultz
- BE Schultz
- BE Schultz
- BH Bleakley
- BJN Jepson
- BJN Jepson
- BL Wang
- BM Gaston
- BM Hoffman
- BR Crane
- BS Zuckerbraun
- C Beedham
- C Coelho
- C Coelho
- C Coelho
- C Dezfulian
- C Dordas
- C Enroth
- C Feng
- C Garcia-Mata
- C Garcia-Mata
- C Gautier
- C Helms
- C Hesberg
- C Kisker
- C Lartigue-Mattei
- C Lillo
- C Lillo
- C Mathieu
- C Meyer
- C Sparacino-Watkins
- C Stohr
- CB Pattillo
- CE Berry
- CE Sparacino-Watkins
- CE Sparacino-Watkins
- CE Vine
- CE Vine
- CE Vine
- CG Kevil
- CJ Doonan
- CJ Doonan
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- CM Harris
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- D Wendehenne
- D Wendehenne
- D Wu
- DA Parks
- DA Parks
- DA Wink
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- DJ Lefer
- DJ Richardson
- DJ Richardson
- DJ Stuehr
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- DM Small
- DN Granger
- DN Granger
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- E Garattini
- E Gas
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- E Planchet
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- EE Kelley
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- EH Campbell
- EH Oldfield
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- F Garcia-Novo
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- F Stirpe
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- FJ Corpas
- FJ Corpas
- FJ Corpas
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- FJ Larsen
- FJ Larsen
- FJ Larsen
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- H Li
- H Li
- H Li
- H Li
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- H Yamasaki
- H Yamasaki
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- I Gusarov
- I Gusarov
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- JL Zweier
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- JN Galloway
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- JO Lundberg
- JO Lundberg
- JO Lundberg
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- JV Dean
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- JW Calvert
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- K Okamoto
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- KB Jacobson
- KGV Havelius
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- KJ Gupta
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- L Maia
- L Maia
- L Maia
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- LA Klepper
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- LA Rio del
- LA Rio Del
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- LP Solomonson
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- M Delledonne
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- M Jormakka
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- MG Bertero
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- MJ Pushie
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- MP Doyle
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- N Cantu-Medellin
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- NS Bryan
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- R Hille
- R Hille
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- RH Holm
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- RM Martínez-Espinosa
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- SJ Neill
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- WM Kaiser
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- WM Southerland
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- WR Waud
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- Z Zhang
- Z Zhang
- ZQ Wang
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- Field of study
Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition).
- Author
- Abdelmohsen K
- Abe A
- Abedin MJ
- Abeliovich H
- Acevedo Arozena A
- Adachi H
- Adams CM
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- Gelmetti V
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