Minichromosome maintenance protein 6, a proliferation marker superior to Ki-67 and independent predictor of survival in patients with mantle cell lymphoma

Minichromosome maintenance protein 6 (MCM6) is one of six proteins of the MCM family which are involved in the initiation of DNA replication and thus represent a marker of proliferating cells. Since the level of cell proliferation is the most valuable predictor of survival in mantle cell lymphoma (MCL), we investigated lymph node biopsy specimens from 70 patients immunohistochemically with a monoclonal antibody against MCM6. The percentage of MCM6 expressing lymphoma cells ranged from 12.0 to 95.6%, with a mean of 61.0%, and was significantly higher than the percentage of Ki-67-positive cells (P<0.0001). Surprisingly, the ratio of MCM6-positive cells to Ki-67-positive cells was higher than in normal stimulated peripheral blood mononuclear cells, indicating a cell early G1-phase arrest in MCL. A high MCM6 expression level of more than 75% positive cells was associated with a significantly shorter overall survival time (16 months) compared to MCL with a low MCM6 expression level of less than 25% (no median reached, P<0.0001). Multivariate analysis revealed MCM6 to be an independent predictor of survival that is superior to the international prognostic factor and the Ki-67 index. Therefore, aside from gene expression profiling, immunohistochemical detection of MCM6 seems to be the most promising marker for predicting the outcome in MCL

Pan-cancer analysis of whole genomes

Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale(1-3). Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG resource, facilitated by international data sharing using compute clouds. On average, cancer genomes contained 4-5 driver mutations when combining coding and non-coding genomic elements; however, in around 5% of cases no drivers were identified, suggesting that cancer driver discovery is not yet complete. Chromothripsis, in which many clustered structural variants arise in a single catastrophic event, is frequently an early event in tumour evolution; in acral melanoma, for example, these events precede most somatic point mutations and affect several cancer-associated genes simultaneously. Cancers with abnormal telomere maintenance often originate from tissues with low replicative activity and show several mechanisms of preventing telomere attrition to critical levels. Common and rare germline variants affect patterns of somatic mutation, including point mutations, structural variants and somatic retrotransposition. A collection of papers from the PCAWG Consortium describes non-coding mutations that drive cancer beyond those in the TERT promoter(4); identifies new signatures of mutational processes that cause base substitutions, small insertions and deletions and structural variation(5,6); analyses timings and patterns of tumour evolution(7); describes the diverse transcriptional consequences of somatic mutation on splicing, expression levels, fusion genes and promoter activity(8,9); and evaluates a range of more-specialized features of cancer genomes(8,10-18).Peer reviewe

Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing

Chromothripsis is a mutational phenomenon characterized by massive, clustered genomic rearrangements that occurs in cancer and other diseases. Recent studies in selected cancer types have suggested that chromothripsis may be more common than initially inferred from low-resolution copy-number data. Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA), we analyze patterns of chromothripsis across 2,658 tumors from 38 cancer types using whole-genome sequencing data. We find that chromothripsis events are pervasive across cancers, with a frequency of more than 50% in several cancer types. Whereas canonical chromothripsis profiles display oscillations between two copy-number states, a considerable fraction of events involve multiple chromosomes and additional structural alterations. In addition to non-homologous end joining, we detect signatures of replication-associated processes and templated insertions. Chromothripsis contributes to oncogene amplification and to inactivation of genes such as mismatch-repair-related genes. These findings show that chromothripsis is a major process that drives genome evolution in human cancer

Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Funder: NCI U24CA211006Abstract: The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts

Influence of some additional consumers on pasanger car emission test results

W artykule przedstawiono opracowane wyniki testów spalin przy załączonych w czasie testu dodatkowych odbiornikach energii. Badania przeprowadzono w wytwórni samochodów osobowych. Przebadano jeden samochód, po przebiegu 30 tys. km specjalnie opracowanym testem, powtarzanym pięciokrotnie dla każdego załączonego odbiornika. Wykazano wyraźny związek dodatkowej mocy pobieranej z wału silnika ze zwiększeniem ilości składników toksycznych w spalinach.In the paper some results of investigation of influence of some additional energy consumers switched on during emission tests has been presented. The research has been done in a car factory. One used car (after 30 thousand km) was tested with the special test. The test was repeated five times for each consumer. Essential influence of additional power on emission test results was proved

Możliwości zmniejszenia mocy potrzebnej do napędu pompy cieczy chłodzącej silnika samochodowego

W artykule opisano wybrane problemy napędu pompy cieczy chłodzącej silnika samochodowego. Celem prezentowanego artykułu jest określenie możliwości zmniejszenia mocy potrzebnej do napędu pompy cieczy chłodzącej. W klasycznym i dzisiaj najbardziej rozpowszechnionym układzie chłodzenia cieczą silników samochodowych pompa cieczy chłodzącej jest napędzana przez przekładnię pasową od wału korbowego silnika. W tradycyjnych układach chłodzenia wydajność pompy jest zbyt duża przy wysokich prędkościach obrotowych silnika. Zmniejszenie prędkości obrotowej wirnika pompy jest korzystne ze względu na mniejszy pobór mocy do napędu jak i na unikanie kawitacji przy dużych prędkościach przepływu cieczy. Pełną niezależność wydajności pompy od prędkości obrotowej wału korbowego można osiągnąć tylko stosując dodatkowy silnik elektryczny czy hydrauliczny do napędu pompy. Takie rozwiązania pojawiły się 5 lat temu w silnikach samochodów osobowych a były i są powszechnie stosowane w silnikach okrętowych. Dla zapewnienia bezawaryjnej pracy konieczne jest sterowanie wydajnością pompy w funkcji wybranej łatwo mierzalnej temperatury części silnika na przykład tulei cylindrowej. Mierząc temperaturę tulei cylindrowych autor proponuje obniżenie wydajności pompy dla zmniejszenia mocy potrzebnej do jej napędu. Wśród różnych koncepcji technicznej realizacji zmniejszenia mocy potrzebnej do napędu pompy korzystnie wyróżnia się napęd niezależny z silnikiem elektrycznym. Jest to rozwiązanie najbardziej kosztowne.Some engine coolant pump drive problems are described in the paper. Presented aim of article is the presentation of possibilities to the decrease of the necessary power to drive the liquid cooling pump. In the classical and today most widespread in the car engines liquid cooling system, the pump of cooling liquid is driven through rubber belt from engine crankshaft. Due to recent applications of the new generation cooling systems, many simulations and engine measurements have to be done. Coolant pump velocity is too big at high engine speeds in traditional cooling systems. The speed decrease of the circulation pump rotor is advantageous, considering the smaller power consumption to pump drive and on the avoidance of cavitation related with the large velocities of liquid flow. The full independence of the pump output from of crankshaft rotational speed is only possible to achieve by applying the additional electric engine or hydraulic drive to power the pump. Such solutions appeared 5 years ago in the personal vehicle engines, but generally they were and are currently used in ship's engines only. For the assurance of a failure-free engine performance, the necessary task is the control of pump output in the function of a selected easily mensurable temperature of the engine parts, for example cylinder liner. Having knowledge of cylinder liner extreme temperature the author proposed lowering coolant pump rotational speed. Among different ideas of a technical realization of the decrease of necessary power to drive the coolant pump, the advantageous and favoured one is the independent pump propulsion with electric engine. This solution is the most expensive one

Dependence of the toxic components exhaust emission from the car engine starting temperature

Toxic ingredients at cold start rise dramatically comparing to hot start. Car operation in urban area is characterized by short rides and different time stops. Engine cooling effect of change in both the combustion conditions, the preparation of combustible mixture and the change in engine control algorithm is presented. The aim of this study was to increase the experimental finding toxins in exhaust emissions when cold and warm start the engine. Measurements were conducted after natural cooled vehicle engine when parked car. Graphs of toxic emissions especially CO and HC at different temperatures start-up are presented. Work is aimed at designing algorithms for control of a preheating before and during the start-up. The significant impact of oxygen sensor delay time was proved experimentally. The biggest impact on reducing the toxic emissions in the exhaust when starting the engine is not warmed-up delay switching to the oxygen concentration sensor in the exhaust. This delay is caused by warm-up the sensor to a temperature of about 250 °C. To determine whether this delay is very short which would undermine the sense of indicating the effect of the heating fluid to the emission of toxins on the voltage sensor measured oxygen concentration after cold start. However, not only sensor is responsible for very high cold start toxic emissions. Equally important is the thermal state ofthe engine. The big increase in toxic gases emissions is especially in low range temperatures of engine parts and fluids

Rozwiązania konstrukcyjne układów chłodzenia cieczą silników tłokowych

W artykule przedstawiono różne rozwiązania konstrukcyjne układów chłodzenia tłokowych silników spalinowych. Stosowanie układu chłodzenia w silniku spalinowym jest koniecznością wynikającą z ograniczeń dopuszczalnych temperatur pracy jego elementów. Z drugiej strony układ ten powoduje straty cieplne i pożądane byłaby izolowanie cieplne silnika od otoczenia.Szczególną uwagę poświęcono sposobom chłodzenia cylindrów. Zwrócono uwagę na możliwości sterowania parametrami pracy układów.Konstrukcja współczesnych obiegów chłodzenia cieczą silników samochodowych zaczyna być bardziej złożona i upodabnia się do stosowanych już w silnikach okrętowych czy kolejowych. Od silników okrętowych silniki samochodowe różnią się przede wszystkim zmiennością natężenia przepływu cieczy chłodzącej przez silnik, które w silnikach okrętowych pozostaje stałe. Od kilku lat w silnikach samochodowych stosuje się układy chłodzenia nowej generacji wyposażone w elektroniczne sterowanie wieloma urządzeniami wykonawczymi odpowiadającymi za skuteczne chłodzenie w różnych warunkach eksploatacji. Zaawansowane technicznie sterowanie pozwala zmniejszyć zużycie paliwa, obniżyć zawartości toksycznych składników spalin, poprawić komfort cieplny w kabinie samochodu i zwiększyć przebiegi międzynaprawcze silników.In the paper some different cooling systems configurations for combustion engines were presented. The application of the cooling system in internal-combustion engine is resultant necessity from the limitations of admissible work temperatures of its elements. Looking from the second side, this system causes thermal losses and thermal insulating of engine from the surroundings will be much-desired. Starting from small passenger car engines trough rail to the ship engines cooling systems are going to be more complicated due to demand of utilization waste energy. Same special remarks were done about controlling cooling circuits.The construction of contemporary liquid cooling circuits of the of car engines begins to be more complex and is similar to the circuits already used in of marine or railway engines. From the marine engines, the car engines differ, above all, by the variable flow of cooling liquid through the engine, which in of ship's engines is constant. For the last few years in of car engines the cooling systems of a new generation is used with the electronic steering of many actuators, responsible for the efficient cooling in the different levels of exploitation. Advanced technically control permits to decrease the expenditure offuel, to lower the contents of exhaust toxic elements, improve thermal comfort in the vehicle interior and to increase the inter-maintenance runs of engines

The model of a plate cooler in a combustion engine cooling system

W artykule przedstawiono zastosowanie chłodnic płytowych w nowoczesnych układach chłodzenia silników samochodowych. Uzasadniono potrzebę budowy modelu chłodnicy pozwalającego na przeprowadzenie badań symulacyjnych w nieustalonych warunkach pracy silnika samochodowego. Jako metodę modelowania przyjęto metodę grafów wiązań (GW) i równań stanu (RS). Przyjęta metoda pozwala na powiązanie modelu chłodnicy z elementami systemu energetycznego silnik-pojazd, w którym zachodzą procesy o rożnej naturze fizycznej. Jako przykład przedstawiono model chłodnicy płytowej zainstalowanej na stanowisku hamowni silnikowej. Przedstawiono wyniki symulacji z użyciem modelu GW i RS oraz wyniki pomiarów rzeczywistego obiektu.This work goes for modeling of a plate cooler. This kind of coolers have been introduced in some new generations combustion engine cooling systems. The usefulness of using Bond Graph method for engine cooling systems modeling was justified. The calculation example for the cooler from coolant circuit on the engine test stand was presented

Development trends of automotive engine cooling systems

Dzięki daleko idącym modyfikacjom układów zasilania i zapłonu silników samochodowych oraz udoskonaleniom układów oczyszczania spalin uzyskano znaczne zmniejszenie emisji związków toksycznych. Układy chłodzenia z pompą cieczy napędzaną mechanicznie stają się archaiczne nie pozwalając na swobodne sterowanie obiegiem cieczy. Również różna wartość temperatury potrzebnej do schładzania różnych procesów wymaga sterowanych zaworów trójdrożnych . Artykuł opisuje sterowanie elektroniczne obecnie wprowadzane do układów chłodzenia.The far-reaching modifications power systems and ignition automobile engines and aftertreatment improvements achieved significant reduction in toxic emissions. Cooling fluid pump driven mechanically become archaic not allowing the free circulation of fluid control. Also, various temperature levels needed for different cooling processes require controlled three-way valve. The article describes the electronic control currently introduced into the cooling system