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Pan-cancer analysis of whole genomes
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- 11/12/2019
- Field of study
Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale(1-3). Here we report the integrative analysis of 2,658 whole-cancer genomes and their matching normal tissues across 38 tumour types from the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA). We describe the generation of the PCAWG resource, facilitated by international data sharing using compute clouds. On average, cancer genomes contained 4-5 driver mutations when combining coding and non-coding genomic elements; however, in around 5% of cases no drivers were identified, suggesting that cancer driver discovery is not yet complete. Chromothripsis, in which many clustered structural variants arise in a single catastrophic event, is frequently an early event in tumour evolution; in acral melanoma, for example, these events precede most somatic point mutations and affect several cancer-associated genes simultaneously. Cancers with abnormal telomere maintenance often originate from tissues with low replicative activity and show several mechanisms of preventing telomere attrition to critical levels. Common and rare germline variants affect patterns of somatic mutation, including point mutations, structural variants and somatic retrotransposition. A collection of papers from the PCAWG Consortium describes non-coding mutations that drive cancer beyond those in the TERT promoter(4); identifies new signatures of mutational processes that cause base substitutions, small insertions and deletions and structural variation(5,6); analyses timings and patterns of tumour evolution(7); describes the diverse transcriptional consequences of somatic mutation on splicing, expression levels, fusion genes and promoter activity(8,9); and evaluates a range of more-specialized features of cancer genomes(8,10-18).Peer reviewe
3D bioprinting of the kidney—hype or hope?
- Author
- Achilli M Mantovani D
- Alajati A Laib AM, Weber H, et al.
- Aljohani W Ullah MW, Zhang X, et al.
- Arcaute K Mann BK, Wicker RB
- Astashkina AI Mann BK, Prestwich GD, et al.
- Astashkina AI Mann BK, Prestwich GD, et al.
- Atala A
- Auerbach R Grobstein C
- Bajaj P Schweller RM, Khademhosseini A, et al.
- Bantounas I Ranjzad P, Tengku F, et al.
- Beamish JA Chen E, Putnam AJ
- Bersini S Moretti M
- Bertram JF Douglas-Denton RN, Diouf B, et al.
- Bhattacharjee N Urrios A, Kang S, et al.
- Boland T Tao X, Damon B, et al.
- Bulanova EA Koudan EV, Degosserie J, et al.
- Chen WC Lin HH, Tang MJ
- Choi YJ Yi HG, Kim SW, et al.
- Chu X Bleasby K, Evers R
- Chuah JKC Zink D
- Chung JHY Naficy S, Yue Z, et al.
- Clevers H
- Cohen DL Lo W, Tsavaris A, et al.
- Colaco M Igel DA, Atala A
- Cruz NM Freedman BS
- Cruz NM Song X, Czerniecki SM, et al.
- Cui H Nowicki M, Fisher JP, et al.
- Cui X Boland T
- Cui X Breitenkamp K, Lotz M, et al.
- Davis GE Bayless KJ, Mavila A
- de Kemp V de Graaf P, Fledderus JO, et al.
- Demirci U Montesano G
- Derby B
- Dhariwala B Hunt E, Boland T
- Drury JL Mooney DJ
- Dumortier G Grossiord JL, Agnely F, et al.
- Fleming PA Argraves WS, Gentile C, et al.
- Freedman BS Brooks CR, Lam AQ, et al.
- Freedman BS Lam AQ, Sundsbak JL, et al.
- Fussenegger M Meinhart J, Hobling W, et al.
- Gao X Chen X, Taglienti M, et al.
- Garreta E Oria R, Tarantino C, et al.
- Gasperini L Maniglio D, Motta A, et al.
- Gentile C Fleming PA, Mironov V, et al.
- Gintant G Sager PT, Stockbridge N
- Gittard SD Narayan RJ
- Greek R Menache A
- Grobstein C
- Grobstein C
- Gruene M Pflaum M, Hess C, et al.
- Gudapati H Dey M, Ozbolat I
- Guillemot F Souquet A, Catros S, et al.
- Gutierrez OM
- Gómez-Guillén MC Giménez B, López-Caballero ME, et al.
- Halt KJ Parssinen HE, Junttila SM, et al.
- Hammerman MR
- He Y Tuck CJ, Prina E, et al.
- He Y Yang F, Zhao H, et al.
- Herrera M Mirotsou M
- Hesuani Y Pereira FDAS, Parfenov V, et al.
- Hockaday LA Kang KH, Colangelo NW, et al.
- Holzl K Lin S, Tytgat L, et al.
- Homan KA Kolesky DB, Skylar-Scott MA, et al.
- Hospodiuk M Dey M, Sosnoski D, et al.
- Hribar KC Soman P, Warner J, et al.
- Huang HC Chang YJ, Chen WC, et al.
- Huling J Ko IK, Atala A, et al.
- Isnard Bagnis C Deray G, Baumelou A, et al.
- Itoh M Nakayama K, Noguchi R, et al.
- Jakab K Norotte C, Marga F, et al.
- Jang J Kim TG, Kim BS, et al.
- Jang J Yi H, Cho D
- Jang KJ Cho HS, Kang DH, et al.
- Jansson K Nguyen AN, Magenheimer BS, et al.
- Jeon JS Bersini S, Gilardi M, et al.
- Jeon O Song SJ, Lee K, et al.
- Jha V Rathi M
- Jose RR Rodriguez MJ, Dixon TA, et al.
- Junttila S Saarela U, Halt K, et al.
- Kamei M Saunders WB, Bayless KJ, et al.
- Kang HW Lee SJ, Ko IK, et al.
- Kang M Han YM
- Kelm JM Lorber V, Snedeker JG, et al.
- Khalil S Nam J, Sun W
- Kim YK Refaeli I, Brooks CR, et al.
- Klebe RJ
- Klein D
- Kleinman HK Martin GR
- Kolesky DB Homan KA, Skylar-Scott MA, et al.
- Kolesky DB Truby RL, Gladman AS, et al.
- Kuijpers AJ van Wachem PB, van Luyn MJ, et al.
- Lancaster MA Knoblich JA
- Laschke MW Menger MD
- Lee J Kim S
- Lee KY Moone DJ
- Levato R Visser J, Planell JA, et al.
- Li WW Li H, Liu ZF, et al.
- Lott JR McAllister JW, Arvidson SA, et al.
- Loughna S Hardman P, Landels E, et al.
- Lovett M Lee K, Edwards A, et al.
- Luo Y Kirker KR, Prestwich GD
- Matak D Brodaczewska KK, Lipiec M, et al.
- McManus MC Boland ED, Koo HP, et al.
- Mehta RL Pascual MT, Soroko S, et al.
- Miller JS Stevens KR, Yang MT, et al.
- Mironov V Kasyanov V, Drake C, et al.
- Mironov V Visconti RP, Kasyanov V, et al.
- Moll S Ebeling M, Weibel F, et al.
- Morizane R Lam AQ, Freedman BS, et al.
- Mu X Zheng W, Xiao L, et al.
- Mundel P
- Murphy SV Atala A
- Nguyen DG Funk J, Robbins JB, et al.
- Nguyen KT West JL
- Norotte C Marga FS, Niklason LE, et al.
- Novosel EC Kleinhans C, Kluger PJ
- Odde DJ Renn MJ
- Odde DJ Renn MJ
- Olson H Betton G, Robinson D, et al.
- Ovsianikov A Muhleder S, Torgersen J, et al.
- Ovsianikov A Schlie S, Ngezahayo A, et al.
- Ozbolat I Khoda A
- Ozbolat IT Hospodiuk M
- Ozbolat IT Yu Y
- Park JY Choi JC, Shim JH, et al.
- Pati F Ha DH, Jang J, et al.
- Pati F Jang J, Ha DH, et al.
- Peloso A Tamburrini R, Edgar L, et al.
- Peppas NA Bures P, Leobandung W, et al.
- Perneger TV Whelton PK, Klag MJ
- Rak-Raszewska A Wilm B, Edgar D, et al.
- Rana D Ramalingam M
- Reint G Rak-Raszewska A, Vainio SJ
- Ringeisen BR Kim H, Barron JA, et al.
- Rouwkema J Khademhosseini A
- Rouwkema J Rivron NC, van Blitterswijk CA
- Saxen L Wartiovaara J
- Schutgens F Verhaar MC, Rookmaaker MB
- Sciancalepore AG Sallustio F, Girardo S, et al.
- Serluca FC Drummond IA, Fishman MC
- Skardal A Atala A
- Skardal A Devarasetty M, Kang HW, et al.
- Sochol RD Gupta NR, Bonventre JV
- Song JW Bazou D, Munn LL
- Taguchi A Kaku Y, Ohmori T, et al.
- Takasato M Er PX, Becroft M, et al.
- Takasato M Er PX, Chiu HS, et al.
- Thirumala S Gimble JM, Devireddy RV
- Toyohara T Mae S, Sueta S, et al.
- Turunen S Joki T, Hiltunen ML, et al.
- Uchino S Kellum JA, Bellomo R, et al.
- Unbekandt M Davies JA
- Visconti RP Kasyanov V, Gentile C, et al.
- Wang L Tao T, Su W, et al.
- Waters JP Richards YC, Skepper JN, et al.
- Weiner DE
- Wilmer MJ Ng CP, Lanz HL, et al.
- Wilmer MJ Saleem MA, Masereeuw R, et al.
- Wu W DeConinck A, Lewis JA
- Xi L Wang T, Zhao F, et al.
- Xia Y Sancho-Martinez I, Nivet E, et al.
- Xie HG Wang SK, Cao CC, et al.
- Xinaris C Benedetti V, Rizzo P, et al.
- Yokote S Matsunari H, Iwai S, et al.
- Zein I Hutmacher DW, Tan KC, et al.
- Zhang C Hou J, Zheng S, et al.
- Zhang K Fu Q, Yoo J, et al.
- Publication venue
- 'American Institute of Mathematical Sciences (AIMS)'
- Publication date
- 01/01/2018
- Field of study
Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition).
- Author
- Abdelmohsen K
- Abe A
- Abedin MJ
- Abeliovich H
- Acevedo Arozena A
- Adachi H
- Adams CM
- Adams PD
- Adeli K
- Adhihetty PJ
- Adler SG
- Agam G
- Agarwal R
- Aghi MK
- Agnello M
- Agostinis P
- Aguilar PV
- Aguirre-Ghiso J
- Airoldi EM
- Ait-Si-Ali S
- Akematsu T
- Akporiaye ET
- Al-Rubeai M
- Albaiceta GM
- Albanese C
- Albani D
- Albert ML
- Aldudo J
- Algül H
- Alirezaei M
- Alloza I
- Almasan A
- Almonte-Beceril M
- Alnemri ES
- Alonso C
- Altan-Bonnet N
- Altieri DC
- Alvarez S
- Alvarez-Erviti L
- Alves S
- Amadoro G
- Amano A
- Amantini C
- Ambrosio S
- Amelio I
- Amer AO
- Amessou M
- Amon A
- An Z
- Anania FA
- Andersen SU
- Andley UP
- Andreadi CK
- Andrieu-Abadie N
- Anel A
- Ann DK
- Anoopkumar-Dukie S
- Antonioli M
- Aoki H
- Apostolova N
- Aquila S
- Aquilano K
- Araki K
- Arama E
- Aranda A
- Araya J
- Arcaro A
- Arias E
- Arimoto H
- Ariosa AR
- Armstrong JL
- Arnould T
- Arsov I
- Asanuma K
- Askanas V
- Asselin E
- Atarashi R
- Atherton SS
- Atkin JD
- Attardi LD
- Auberger P
- Auburger G
- Aurelian L
- Autelli R
- Avagliano L
- Avantaggiati ML
- Avrahami L
- Awale S
- Azad N
- Bachetti T
- Backer JM
- Bae DH
- Bae JS
- Bae ON
- Bae SH
- Baehrecke EH
- Baek SH
- Baghdiguian S
- Bagniewska-Zadworna A
- Bai H
- Bai J
- Bai XY
- Bailly Y
- Balaji KN
- Balduini W
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- Balzan R
- Banerjee R
- Bao H
- Barbeau B
- Barrachina MD
- Barreiro E
- Bartel B
- Bartolomé A
- Bassham DC
- Bassi MT
- Bast RC Jr
- Basu A
- Batista MT
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- Battino M
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- Baumgarner BL
- Bayer KU
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- Beck GR Jr
- Becker C
- Beckham JD
- Bednarski PJ
- Begley TJ
- Behl C
- Behrends C
- Behrens GM
- Behrns KE
- Bejarano E
- Belaid A
- Belleudi F
- Berchem G
- Bergamaschi D
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- Bernard A
- Bernard M
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- Besteiro S
- Bettuzzi S
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- Bhutia SK
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- Biard-Piechaczyk M
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- Boes M
- Boesze-Battaglia K
- Boise LH
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- Bordi M
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- Bravo-San Pedro JM
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- Brini M
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- Buch S
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- Bultynck G
- Bumbasirevic V
- Burelle Y
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- Caberlotto L
- Cadwell K
- Cahova M
- Cai D
- Cai J
- Cai Q
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- Campbell GR
- Campbell M
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- Cao L
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- Carlsson SR
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- Carneiro LA
- Carnevali O
- Carra S
- Carrier A
- Carroll B
- Casas C
- Casas J
- Cassinelli G
- Castets P
- Castro-Obregon S
- Cavallini G
- Ceccherini I
- Cecconi F
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- Chae HJ
- Chagin AS
- Chai CY
- Chakrabarti G
- Chamilos G
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- Chan MT
- Chandra D
- Chandra P
- Chang CP
- Chang RC
- Chang TY
- Chatham JC
- Chatterjee S
- Chauhan S
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- Cheetham ME
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- Chen CJ
- Chen G
- Chen G
- Chen GC
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- Chen JK
- Chen JW
- Chen M
- Chen M
- Chen P
- Chen Q
- Chen Q
- Chen S
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- Chen SS
- Chen W
- Chen W
- Chen WJ
- Chen WQ
- Chen X
- Chen Y
- Chen Y
- Chen Y
- Chen Y
- Chen YG
- Chen YH
- Chen YJ
- Chen YQ
- Chen Z
- Chen Z
- Cheng A
- Cheng CH
- Cheng H
- Cheong H
- Cherry S
- Chesney J
- Cheung CH
- Chevet E
- Chi HC
- Chi SG
- Chiacchiera F
- Chiang HL
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- Chiariello M
- Chieppa M
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- Chiong M
- Chiu GN
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- Cho SG
- Cho WC
- Cho YS
- Cho YY
- Choi AM
- Choi EJ
- Choi EK
- Choi J
- Choi ME
- Choi SI
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- Chouaib S
- Choubey D
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- Chowdhury K
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- Chung H
- Chung T
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- Dagda RK
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- de Figueiredo RC
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- De Meyer GR
- De Milito A
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- De Zio D
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- Dechant R
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- Del Bello B
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- Dengjel J
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- Ding WX
- Ding Z
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- Dong XC
- Dong Z
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- Dos Santos CN
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- Du L
- Du LL
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- Duan L
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- Dugail I
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- Feng Y
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- Guo M
- Guo W
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- Hernández A
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- Hsu C
- Hsu CY
- Hsu LC
- Hu D
- Hu G
- Hu H
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- Hua Y
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- Huang KY
- Huang S
- Huang S
- Huang WP
- Huang Y
- Huang Y
- Huang YR
- Huber TB
- Huebbe P
- Huh WK
- Hulmi JJ
- Hur GM
- Hurley JH
- Husak Z
- Hussain S
- Hussain SN
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- Hwang S
- Hwang TI
- Hébert MJ
- Höglinger GU
- Höhfeld J
- Ichihara A
- Imai Y
- Imbriano C
- Inomata M
- Into T
- Iovane V
- Iovanna JL
- Iozzo RV
- Ip NY
- Irazoqui JE
- Iribarren P
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