The phylodynamics of SARS-CoV-2 during 2020 in Finland

Finland has had a low incidence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV2) infections as compared to most European countries. Here we report the origins and turnover of SARS-CoV-2 lineages circulating in Finland in 2020. SARS-CoV-2 introduced to Finland in January 2020 and spread rapidly across southern Finland during spring. We observed rapid turnover among Finnish lineages during this period. Clade 20C became the most prevalent among sequenced cases and was replaced by other strains in fall 2020. Bayesian phylogeographic reconstructions suggested 42 independent introductions into Finland during spring 2020, mainly from Italy, Austria, and Spain, which might have been the source for a third of cases. The investigations of the original introductions of SARS-CoV-2 to Finland during the early stages of the pandemic and of the subsequent lineage dynamics could be utilized to assess the role of transboundary movements and effects of early intervention and public health measures.Peer reviewe

Vaste oksidatiiviseen stressiin Zika-viruksella infektoiduissa organoideissa

Kehittyviä syviä aivojen osia ja niiden hermostollista patogeneesiä on ollut vaikea tutkia muun muassa eettisistä syistä. Uudella dual-SMAD- ja WNT- signaloinnin säätelyllä on onnistuttu jäljentämään syviä aivojen osia organoideissa. Tässä tutkimuksessa tällaiset organoideja käytetään tutkimaan flavirusten aiheuttamaa infektiota. Esimerkkiviruksena käytetään Zika-virusta (ZIKV), jonka tiedetään aiheuttavan keskushermoston häiriöitä ja mikrokefaliaa kehittyvissä sikiöissä. Viruksen patogeenistä aktiivisuutta mitattiin tutkimalla infektoitujen organoidien morfologiaa ja vastetta oksidatiiviselle stressille (OS). Oksidatiivista stressiä mitattiin tutkimalla KEAP1/Nrf2-ARE-signalointireitin aktiivisuutta. Tutkimuksessa infektoitiin organoideja kolmella erilaisella ZIKV-kloonilla, jotka eroavat toisistaan yhden aminohapon verran niiden non-structural-proteiinin (NS1) geenissä. Lisäksi infektiota tarkasteltiin kahdessa eri kehitysvaiheessa eli organoidit infektoitiin yhden ja kahden kuukauden ikäisinä. Toisin kuin aiemmat tutkimukset, ZIKV-infektoitujen organoidien koosta, tuloksenamme oli, ettei organoidien morfologia muutu infektion myötä yhden tai kahden kuun ikäisissä organoidessa. Eroja koossa ei ollut myöskään eri klooneilla infektoitujen organoidien välillä. KEAP1/Nrf2-ARE-signalointireitin aktiivisuutta mitattiin kahden tämän reitin lopputuotteen, geenien Nqo1 ja HO-1 geeniekspression määränä mRNA-muodossa. Tulokset näyttivät, että eri ZIKV-kloonit vaikuttavat geenien määrään eri tavoin eri vaiheissa organoidien kehitystä. Lisäksi saman geenin välillä voi olla eroja johtuen organoidien iästä. Lisäksi geeniekspressiot poikkesivat eri geenien välillä eri infektioajankohtina. Tuloksemme kielii, että eri NS1-isoformit Zika-viruksessa voivat muuttaa kehittyvän keskushermoston vastetta oksidativiselle stressille. Lisäksi tuloksemme toteaa, että infektion ajankohta voi määrittää, millainen rooli Zika-virusinfektiolla on kehittyvään keskushermostoon. Muuttunut vaste oksidatiiviseen stressiin voi vaikuttaa mikrokefaliaan: oksidatiivinen tasapaino kehittyvässä keskushermostossa on muuntunut ja täten apoptoottinen solukuolema voi uhata enenevää osaa kehittyvää keskushermostoa.The developing human hindbrain and its role in neuronal pathogenesis have been relatively difficult to study for ethical reasons. By using the dual-SMAD inhibition and WNT signalling induction, a new method to culture brain organoids to resemble the human hindbrain has recently been established. In this study the new method has been used to detect the developing hindbrain’s response to flaviviral infection. Model virus used in this study is the Zika virus (ZIKV) which is known to alter the development of central nervous system and cause microcephalia. Pathogenic activity of the virus is measured by detecting the morphology of the organoids during infection as well as screening the organoids activation against oxidative stress, in a form of KEAP1/Nrf2-ARE pathway activation. Three different clones of ZIKV, which differ from each other by one amino acid in their non-structural protein 1 (NS1) gene, were used in the infections as well as two different time points of development. Controversially to previous findings on ZIKV infections to brain organoids, our findings show that developing hindbrain-like organoids do not change in shape or size during ZIKV infection. There are no differences in the lack of morphological changes between one-month olds or two months old organoids or between the different ZIKV clone infected organoids. The activation of the KEAP1/Nrf2-ARE pathway was measured by screening the two final products of the pathway, Nqo1 and HO-1. By screening the mRNA levels of these two genes, it showed that different ZIKV clones affect the activation of the KEAP1/Nrf2-ARE pathway in different levels at different times of development. Also, the expression of the same gene can be altered by the age of the organoids. Additionally, the expression of the two genes were different from each other at given time points and in response to the different clones. These findings suggest that the different isoforms of NS1 of ZIKV may alter the developing hindbrain’s response to oxidative stress. Findings also show that the time of the infection can additionally play a critical role to the ZIKV infection. The altered response to oxidative stress may contribute to microcephaly: the oxidation homeostasis of the developing hindbrain is modified, and apoptotic cell death can take place

Cafe Solmun kehittäminen ympärivuotiseksi : ideasta valmiiksi liiketoimintamalliksi

Opinnäytetyön aiheena oli ympärivuotisuuden lisääminen Äkäslompolossa sijaitsevalle kahvilalle. Toimeksiantajana opinnäytetyössä toimi Cafe Solmu. Tehtävänä oli kyselytutkimuksen keinoin selvittää asiakkaiden näkemyksiä kahvila- ja ravintolapalveluista, niiden riittävyydestä sekä mahdollisesta käyttöasteesta myös sesongin ulkopuolella. Kyselytutkimus toteutettiin Äkäslompolossa 9.10.2023–28.10.2023. Opinnäytetyön tavoitteena oli kehittää ympärivuotisempaa liiketoimintaa Cafe Solmun hiljaiselle sesongille ennen kaikkea paikallisille, sekä kesä – että ruska-matkailijoille tukemaan ympärivuotisempaa matkailua. Tavoitteena oli realististen ideoiden avulla luoda liiketoimintamalli, jota voitaisiin toteuttaa talvisesongin ulkopuolella Cafe Solmussa. Kyselytutkimuksen vastauksista nousseiden vastausten avulla sekä toteuttamiskelpoisten ideoiden pohjalta tehtiin myös SWOT-analyysi, jonka pohjalta koottiin vielä yhtenäinen ja kokonainen tuotos, liiketoimintamalli. Liiketoimintamallissa kuvataan muun muassa Cafe Solmun arvolupaus, asiakasryhmät ja niiden suhteet. Kyselytutkimuksesta saatujen vastausten perusteella saatiin selville, että Äkäslompolon alueen kahvila- ja ravintolatoiminnan kehittämiseksi ympärivuotisen toiminnan lisääminen on kokeilemisen arvoista. Opinnäytetyön tuloksista ja tuotoksista voi hyötyä erityisesti toimeksiantajan edustaja ympärivuotisemmalla liiketoiminnalla.The topic of the thesis was increasing year-round activity for a café located in Äkäslompolo. Commissioner for the thesis was Cafe Solmu. The task involved conducting a survey to explore customers' opinions on café and restaurant services, their adequacy, and the potential utilization outside peak season. The survey was conducted in Äkäslompolo from October 9, 2023, to October 28, 2023. The aim of the thesis was to develop a more year-round business for Cafe Solmu during its quiet season, primarily targeting locals as well as summer and autumn tourists to support year-round tourism. The goal was to create a realistic business model using viable ideas that could be implemented during the off-season at Cafe Solmu. Based on the survey responses and feasible ideas, a SWOT analysis was conducted, leading to the compilation of a cohesive business model. The survey results revealed that increasing year-round activity for café and restaurant operations in the Äkäslompolo area is worth exploring. The findings and outputs of the thesis could be particularly beneficial for the client's representative in enhancing year-round business operations

The phylodynamics of SARS-CoV-2 during 2020 in Finland.

BackgroundSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has caused millions of infections and fatalities globally since its emergence in late 2019. The virus was first detected in Finland in January 2020, after which it rapidly spread among the populace in spring. However, compared to other European nations, Finland has had a low incidence of SARS-CoV-2. To gain insight into the origins and turnover of SARS-CoV-2 lineages circulating in Finland in 2020, we investigated the phylogeographic and -dynamic history of the virus.MethodsThe origins of SARS-CoV-2 introductions were inferred via Travel-aware Bayesian time-measured phylogeographic analyses. Sequences for the analyses included virus genomes belonging to the B.1 lineage and with the D614G mutation from countries of likely origin, which were determined utilizing Google mobility data. We collected all available sequences from spring and fall peaks to study lineage dynamics.ResultsWe observed rapid turnover among Finnish lineages during this period. Clade 20C became the most prevalent among sequenced cases and was replaced by other strains in fall 2020. Bayesian phylogeographic reconstructions suggested 42 independent introductions into Finland during spring 2020, mainly from Italy, Austria, and Spain.ConclusionsA single introduction from Spain might have seeded one-third of cases in Finland during spring in 2020. The investigations of the original introductions of SARS-CoV-2 to Finland during the early stages of the pandemic and of the subsequent lineage dynamics could be utilized to assess the role of transboundary movements and the effects of early intervention and public health measures