The differences between bacterial communities in white clover (Trifolium repens) in rural and urban areas

Microbial diversity can be found everywhere around us. The diversity is however declining globally and the diversity loss is most visible in highly urbanized areas. The lack of microbial biodiversity has been linked to increased risk of certain im-mune mediated diseases most prevalent within urban population. Understanding how diversity differs between urban and rural areas can help us to figure out mechanisms behind biodiversity loss and higher frequency of immune-mediated dis-eases and develop prevention methods for the latter. The aim of the thesis is to study how bacterial communities differ between urban and rural areas using indicator species as proxy. The aim is also to find out if the results support the biodiversity hypothesis. The results of the thesis found out significant differences in diversity indexes between bacterial communities in urban and rural areas, which supports the biodiversity hypothesis. The study also found differences in Proteobacteria diversity index-es, which have been linked to some immune mediated diseases in previous studies

Aivolymfooman diagnostiikka ja hoitoprotokollat

Primaarinen aivolymfooma on harvinainen keskushermoston syöpätauti, jonka hoito eroaa muista lymfoomista taudin aggressiivisen etenemisen ja hankalamman sijainnin vuoksi. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää Turun yliopistollisessa keskussairaalassa todettujen primaarista aivolymfooma sairastavien potilaiden elinajanennustetta eri hoitovaihtoehtojen välillä sekä muita diagnostiikkaan ja hoitolinjaan vaikuttavia tekijöitä. Työ koostuu kirjallisuuskatsauksesta sekä potilaisaineistosta, jota analysoitiin. Tutkimusaineistoon otettiin mukaan vuosien 2009–2019 välillä uuden syöpädiagnoosin saaneet potilaat Varsinais-Suomen sairaanhoitopiirin alueelta, joiden ICD10-koodina oli C81–91 ja biopsian ottokohtana oli ollut jokin aivojen osa. Hakuehdoilla aineistoon valikoitui 65 potilasta. Kattavammin potilasrekisterimerkintöjä löytyi 47 potilaasta, joita käsiteltiin pääosa työstä. Aineiston potilaiden iän keskiarvo diagnoosihetkellä oli 64,6 vuotta. Aineiston potilaista 26 oli miehiä ja 21 naisia. 43 % potilaista sai taudin ensioireina fyysisiä oireita kuten lihasheikkoutta, halvauksia tai näköoireita. Potilaista 10 sai intensiivihoitoon ja kantasolusiirtoon tähtäävää solunsalpaajahoitoa, 14 potilasta sai muuta yhdistelmälääkehoitoa, 11 potilasta sai palliatiivista sädehoitoa ja 12 potilasta sai pelkkää oireenmukaista hoitoa. Potilaiden, jotka saivat intensiivihoitoon ja kantasolusiirtoon edennyttä solunsalpaajahoitoa, keskimääräinen elinaika oli 4 vuotta ja 7 kuukautta. Muuta yhdistelmälääkehoitoa saaneiden keskimääräinen elinaika oli 1 vuotta ja 9 kuukautta. Palliatiivista sädehoitoa saaneiden keskimääräinen elinaika oli 14,8 kuukautta ja pelkkää oireenmukaista hoitoa saaneiden keskimääräinen elinaika oli 1,5 kuukautta. Tutkimuksen tulokset ovat yhdensuuntaisia aiempien tutkimusten kanssa, vaikka tutkimuksen heikkoutena oli pieni otoskoko, jonka vuoksi tutkimuksen tulokset ovat kuvailevia ja niistä ei voi vetää suoria johtopäätöksiä. Tutkimuksen perusteella näyttää kuitenkin siltä, että selkeästi pisimmän elinajanennusteen ja mahdollisen taudista parantumisen vuoksi primaarisen aivolymfooman hoidossa kannattaa pyrkiä intensiivihoitoon ja kantasolusiirtoon tähtäävään solunsalpaajahoitoon, jos potilaan kokonaistilanne sallii

Syncretism in coding of LOCATION and SOURCE in the eastern Sámi languages

Non peer reviewe

Effect of inactivated nature-derived microbial composition on mouse immune system

Introduction: The hygiene hypothesis suggests that decrease in early life infections due to increased societal-level hygiene standards subjects one to allergic and autoimmune diseases. In this report, we have studied the effect of sterilized forest soil and plant-based material on mouse immune system and gut microbiome. Methods: Inbred C57Bl/6 mice maintained in normal sterile environment were subjected to autoclaved forest soil-derived powder in their bedding for 1 h a day for 3 weeks. Immune response was measured by immune cell flow cytometry, serum cytokine enzyme-linked immunoassay (ELISA) and quantitative polymerase chain reaction (qPCR) analysis. Furthermore, the mouse gut microbiome was analyzed by sequencing. Results: When compared to control mice, mice treated with soil-derived powder had decreased level of pro-inflammatory cytokines namely interleukin (IL)-17F and IL-21 in the serum. Furthermore, splenocytes from mice treated with soil-derived powder expressed less IL-1b, IL-5, IL-6, IL-13, and tumor necrosis factor (TNF) upon cell activation. Gut microbiome appeared to be stabilized by the treatment. Conclusions: These results provide insights on the effect of biodiversity on murine immune system in sterile environment. Subjecting mice to soil-based plant and microbe structures appears to elicit immune response that could be beneficial, for example, in type 2 inflammation-related diseases, that is, allergic diseases.Peer reviewe

Sources and sinks of greenhouse gases in the landscape : Approach for spatially explicit estimates

Climate change mitigation is a global response that requires actions at the local level. Quantifying local sources and sinks of greenhouse gases (GHG) facilitate evaluating mitigation options. We present an approach to collate spatially explicit estimated fluxes of GHGs (carbon dioxide, methane and nitrous oxide) for main land use sectors in the landscape, to aggregate, and to calculate the net emissions of an entire region. Our procedure was developed and tested in a large river basin in Finland, providing information from intensively studied eLTER research sites. To evaluate the full GHG balance, fluxes from natural ecosystems (lakes, rivers, and undrained mires) were included together with fluxes from anthropogenic activities, agriculture and forestry. We quantified the fluxes based on calculations with an anthropogenic emissions model (FRES) and a forest growth and carbon balance model (PREBAS), as well as on emission coefficients from the literature regarding emissions from lakes, rivers, undrained mires, peat extraction sites and cropland. Spatial data sources included CORINE land use data, soil map, lake and river shorelines, national forest inventory data, and statistical data on anthropogenic activities. Emission uncertainties were evaluated with Monte Carlo simulations. Artificial surfaces were the most emission intensive land-cover class. Lakes and rivers were about as emission intensive as arable land. Forests were the dominant land cover in the region (66%), and the C sink of the forests decreased the total emissions of the region by 72%. The region's net emissions amounted to 4.37 +/- 1.43 Tg CO2-eq yr(-1), corresponding to a net emission intensity 0.16 Gg CO2-eq km(-2) yr(-1), and estimated per capita net emissions of 5.6 Mg CO2-eq yr(-1). Our landscape approach opens opportunities to examine the sensitivities of important GHG fluxes to changes in land use and climate, management actions, and mitigation of anthropogenic emissions. (C) 2021 The Authors. Published by Elsevier B.V.peerReviewe

Developing a spatially explicit modelling and evaluation framework for integrated carbon sequestration and biodiversity conservation: application in southern Finland

The challenges posed by climate change and biodiversity loss are deeply interconnected. Successful co-managing of these tangled drivers requires innovative methods that can prioritize and target management actions against multiple criteria, while also enabling cost-effective land use planning and impact scenario assessment. This paper synthesises the development and application of an integrated multidisciplinary modelling and evaluation framework for carbon and biodiversity in forest systems. By analysing and spatio-temporally modelling carbon processes and biodiversity elements, we determine an optimal solution for their co-management in the study landscape. We also describe how advanced Earth Observation measurements can be used to enhance mapping and monitoring of biodiversity and ecosystem processes. The scenarios used for the dynamic models were based on official Finnish policy goals for forest management and climate change mitigation. The development and testing of the system were executed in a large region in southern Finland (Kokemäenjoki basin, 27 024 km2) containing highly instrumented LTER (Long-Term Ecosystem Research) stations; these LTER data sources were complemented by fieldwork, remote sensing and national data bases. In the study area, estimated total net emissions were currently 4.2 TgCO2eq a-1, but modelling of forestry measures and anthropogenic emission reductions demonstrated that it would be possible to achieve the stated policy goal of carbon neutrality by low forest harvest intensity. We show how this policy-relevant information can be further utilised for optimal allocation of set-aside forest areas for nature conservation, which would significantly contribute to preserving both biodiversity and carbon values in the region. Biodiversity gain in the area could be increased without a loss of carbon-related benefits.The challenges posed by climate change and biodiversity loss are deeply interconnected. Successful co-managing of these tangled drivers requires innovative methods that can prioritize and target management actions against multiple criteria, while also enabling cost-effective land use planning and impact scenario assessment. This paper synthesises the development and application of an integrated multidisciplinary modelling and evaluation framework for carbon and biodiversity in forest systems. By analysing and spatio-temporally modelling carbon processes and biodiversity elements, we determine an optimal solution for their co-management in the study landscape. We also describe how advanced Earth Observation measurements can be used to enhance mapping and monitoring of biodiversity and ecosystem processes. The scenarios used for the dynamic models were based on official Finnish policy goals for forest management and climate change mitigation. The development and testing of the system were executed in a large region in southern Finland (Kokemäenjoki basin, 27,024 km2) containing highly instrumented LTER (Long-Term Ecosystem Research) stations; these LTER data sources were complemented by fieldwork, remote sensing and national data bases. In the study area, estimated total net emissions were currently 4.2 TgCO2eq a−1, but modelling of forestry measures and anthropogenic emission reductions demonstrated that it would be possible to achieve the stated policy goal of carbon neutrality by low forest harvest intensity. We show how this policy-relevant information can be further utilized for optimal allocation of set-aside forest areas for nature conservation, which would significantly contribute to preserving both biodiversity and carbon values in the region. Biodiversity gain in the area could be increased without a loss of carbon-related benefits.Peer reviewe

Effect of ions on sulfuric acid-water binary particle formation : 2. Experimental data and comparison with QC-normalized classical nucleation theory

We report comprehensive, demonstrably contaminant-free measurements of binary particle formation rates by sulfuric acid and water for neutral and ion-induced pathways conducted in the European Organization for Nuclear Research Cosmics Leaving Outdoor Droplets chamber. The recently developed Atmospheric Pressure interface-time of flight-mass spectrometer was used to detect contaminants in charged clusters and to identify runs free of any contaminants. Four parameters were varied to cover ambient conditions: sulfuric acid concentration (10(5) to 10(9)molcm(-3)), relative humidity (11% to 58%), temperature (207K to 299K), and total ion concentration (0 to 6800ionscm(-3)). Formation rates were directly measured with novel instruments at sizes close to the critical cluster size (mobility size of 1.3nm to 3.2nm). We compare our results with predictions from Classical Nucleation Theory normalized by Quantum Chemical calculation (QC-normalized CNT), which is described in a companion paper. The formation rates predicted by the QC-normalized CNT were extended from critical cluster sizes to measured sizes using the UHMA2 sectional particle microphysics model. Our results show, for the first time, good agreement between predicted and measured particle formation rates for the binary (neutral and ion-induced) sulfuric acid-water system. Formation rates increase with RH, sulfuric acid, and ion concentrations and decrease with temperature at fixed RH and sulfuric acid concentration. Under atmospheric conditions, neutral particle formation dominates at low temperatures, while ion-induced particle formation dominates at higher temperatures. The good agreement between the theory and our comprehensive data set gives confidence in using the QC-normalized CNT as a powerful tool to study neutral and ion-induced binary particle formation in atmospheric modeling.Peer reviewe

Molecular understanding of sulphuric acid-amine particle nucleation in the atmosphere

4 pages 359-363 in the print version, additional 7 pages online.Peer reviewe

Human matrix metalloproteinases: An ubiquitarian class of enzymes involved in several pathological processes

Human matrix metalloproteinases (MMPs) belong to the M10 family of the MA clan of endopeptidases. They are ubiquitarian enzymes, structurally characterized by an active site where a Zn(2+) atom, coordinated by three histidines, plays the catalytic role, assisted by a glutamic acid as a general base. Various MMPs display different domain composition, which is very important for macromolecular substrates recognition. Substrate specificity is very different among MMPs, being often associated to their cellular compartmentalization and/or cellular type where they are expressed. An extensive review of the different MMPs structural and functional features is integrated with their pathological role in several types of diseases, spanning from cancer to cardiovascular diseases and to neurodegeneration. It emerges a very complex and crucial role played by these enzymes in many physiological and pathological processes

Asuntojen hintojen muodostuminen ja väestödynamiikka : empiirinen sovellus Suomen kaupunkeihin

Asuntojen hintojen kehitys on tiiviisti yhteydessä yksittäisen henkilön varallisuuteen, mutta myös laajimmillaan koko maailmantalouden kehitykseen. Asunnon hintataso on riippuvainen useista erilaisista tekijöistä, mitkä voivat vaikuttaa maan kaikkiin alueisiin yhtäläisesti tai alueellisesti eri tavoin. Väestönkehitys on esimerkki alueellisesta tekijästä, joka heijastuu asuntojen hintoihin luoden kullekin alueelle omanlaisensa asuntomarkkinat. Suomi on asuntomarkkinoiltaan monimuotoinen alue, jonka alueelliset erot ovat lisäksi arvioiden mukaan kasvamassa tulevaisuudessa. Asuntojen kokonaiskysyntä ja asuntomieltymykset ovat alttiita muuttumaan väestökehityksen myötä varsinkin pitkällä aikavälillä. Tämän vuoksi asuntomarkkinoiden ja väestökehityksen tutkiminen on ajankohtaista ja tärkeää myös tulevaisuuden kehityksen näkökulmasta. Tämän tutkielman tarkoituksena on syventyä asuntojen hinnanmuodostukseen sekä tarkastella asuntojen hintojen ja väestödynamiikan välistä suhdetta. Tutkielman ensimmäinen osa koostuu kirjallisuuskatsauksesta, jossa perehdytään asuntomarkkinoiden erityispiirteisiin, asuntomarkkinoiden pitkän ja lyhyen aikavälin teoreettisiin malleihin sekä aiheen aiempiin tutkimustuloksiin. Toisena on empiirinen osio, jossa tutkitaan valittujen Suomen kaupunkien asuntohintojen ja väestödynamiikan välistä vuorovaikutusta. Empiirisessä analyysissa asuntojen hintakehitystä kuvaa vanhojen osakeasuntojen reaalinen hintaindeksi ja väestödynamiikan kehityksen muuttujina ovat väkiluku, kuntien välinen nettomuutto sekä 20–29-vuotiaiden, korkeakoulutettujen ja työllisten osuus väestöstä. Mukana on myös makrotalouden muuttujia. Tutkielmassa käytetään vuositasoista aineistoa vuosilta 1990–2018. Asuntohintojen ja väestödynamiikan välistä yhteyttä tutkitaan staattisilla korrelaatio- ja usean muuttujan regressioanalyysillä sekä dynaamisella Grangerin kausaalisuustestillä. Tutkielman tulosten perusteella väestömuuttujien ja asuntojen hintojen riippuvuussuhteet sekä syy-seuraussuhteet ovat varsin vaihtelevia kaupungeittain ja osittain epäjohdonmukaisia. Regressioanalyysin tulosten perusteella asuntojen hintoja selittävät eri kaupungeissa hieman eri väestömuuttujat, mutta yhtäläisyyksiäkin havaitaan. Väestömuuttujilla todettiin olevan vaikutusta asuntojen hintoihin, mutta vaikutukset jäävät pieniksi. Helsingin regressiomallin havaittiin eroavan eniten muista, sekä pienempien kaupunkien Oulun, Kuopion ja Porin eroavan suuremmista Helsingistä ja Tampereesta. Kokonaisuudessaan yksiselitteistä eroa kaupunkien välillä asuntojen hintojen reagoinnissa väestömuuttujien muutoksiin ei kuitenkaan havaittu. Työllisten osuuden kohdalla saatiin aiempia tutkimuksia vastaavia tuloksia, joissa työllisten osuudella oli välitön positiivinen vaikutus asuntojen hintoihin, kun taas muiden väestömuuttujien kohdalla tulokset erosivat ainakin osittain aiemmista tutkimuksista. Esimerkiksi kuntien välistä nettomuuttoa ei sisällytetty yhdenkään kaupungin regressiomalliin. Grangerin kausaalisuustestissä havaittiin tuloksia, joiden mukaan väestömuuttujilla ei ollut aina asuntojen hintoja ennakoivaa vaikutusta tai vaikutusten ennustavuudesta ei voitu vetää suoraviivaisia johtopäätöksiä. Tulokset antavat lähinnä viitteitä siitä, että analysoitujen väestömuuttujien viipeet eivät selitä asuntojen hintakehitystä tutkimuksen aikaperiodilla