Assessing Adherence to Healthy Dietary Habits Through the Urinary Food Metabolome:Results From a European Two-Center Study

BACKGROUND: Diet is one of the most important modifiable lifestyle factors in human health and in chronic disease prevention. Thus, accurate dietary assessment is essential for reliably evaluating adherence to healthy habits. OBJECTIVES: The aim of this study was to identify urinary metabolites that could serve as robust biomarkers of diet quality, as assessed through the Alternative Healthy Eating Index (AHEI-2010). DESIGN: We set up two-center samples of 160 healthy volunteers, aged between 25 and 50, living as a couple or family, with repeated urine sampling and dietary assessment at baseline, and 6 and 12 months over a year. Urine samples were subjected to large-scale metabolomics analysis for comprehensive quantitative characterization of the food-related metabolome. Then, lasso regularized regression analysis and limma univariate analysis were applied to identify those metabolites associated with the AHEI-2010, and to investigate the reproducibility of these associations over time. RESULTS: Several polyphenol microbial metabolites were found to be positively associated with the AHEI-2010 score; urinary enterolactone glucuronide showed a reproducible association at the three study time points [false discovery rate (FDR): 0.016, 0.014, 0.016]. Furthermore, other associations were found between the AHEI-2010 and various metabolites related to the intake of coffee, red meat and fish, whereas other polyphenol phase II metabolites were associated with higher AHEI-2010 scores at one of the three time points investigated (FDR < 0.05 or β ≠ 0). CONCLUSION: We have demonstrated that urinary metabolites, and particularly microbiota-derived metabolites, could serve as reliable indicators of adherence to healthy dietary habits. CLINICAL TRAIL REGISTRATION: www.ClinicalTrials.gov, Identifier: NCT03169088

Patient-derived xenograft (PDX) models in basic and translational breast cancer research

Patient-derived xenograft (PDX) models of a growing spectrum of cancers are rapidly supplanting long-established traditional cell lines as preferred models for conducting basic and translational preclinical research. In breast cancer, to complement the now curated collection of approximately 45 long-established human breast cancer cell lines, a newly formed consortium of academic laboratories, currently from Europe, Australia, and North America, herein summarizes data on over 500 stably transplantable PDX models representing all three clinical subtypes of breast cancer (ER+, HER2+, and "Triple-negative" (TNBC)). Many of these models are well-characterized with respect to genomic, transcriptomic, and proteomic features, metastatic behavior, and treatment response to a variety of standard-of-care and experimental therapeutics. These stably transplantable PDX lines are generally available for dissemination to laboratories conducting translational research, and contact information for each collection is provided. This review summarizes current experiences related to PDX generation across participating groups, efforts to develop data standards for annotation and dissemination of patient clinical information that does not compromise patient privacy, efforts to develop complementary data standards for annotation of PDX characteristics and biology, and progress toward "credentialing" of PDX models as surrogates to represent individual patients for use in preclinical and co-clinical translational research. In addition, this review highlights important unresolved questions, as well as current limitations, that have hampered more efficient generation of PDX lines and more rapid adoption of PDX use in translational breast cancer research

Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search

Document recommendation systems for locating relevant literature have mostly relied on methods developed a decade ago. This is largely due to the lack of a large offline gold-standard benchmark of relevant documents that cover a variety of research fields such that newly developed literature search techniques can be compared, improved and translated into practice. To overcome this bottleneck, we have established the RElevant LIterature SearcH consortium consisting of more than 1500 scientists from 84 countries, who have collectively annotated the relevance of over 180 000 PubMed-listed articles with regard to their respective seed (input) article/s. The majority of annotations were contributed by highly experienced, original authors of the seed articles. The collected data cover 76% of all unique PubMed Medical Subject Headings descriptors. No systematic biases were observed across different experience levels, research fields or time spent on annotations. More importantly, annotations of the same document pairs contributed by different scientists were highly concordant. We further show that the three representative baseline methods used to generate recommended articles for evaluation (Okapi Best Matching 25, Term Frequency-Inverse Document Frequency and PubMed Related Articles) had similar overall performances. Additionally, we found that these methods each tend to produce distinct collections of recommended articles, suggesting that a hybrid method may be required to completely capture all relevant articles. The established database server located at https://relishdb.ict.griffith.edu.au is freely available for the downloading of annotation data and the blind testing of new methods. We expect that this benchmark will be useful for stimulating the development of new powerful techniques for title and title/abstract-based search engines for relevant articles in biomedical research.Peer reviewe

La culture de santé par l'éducation thérapeutique à l'hôpital : des usages qui réinterrogent la relation médecin - soignant - patient.

De nombreux professionnels de santé sont engagés aujourd'hui dans la voie de l'éducation thérapeutique, suivant ainsi les recommandations de l'Organisation Mondiale de la Santé (1998) de : « former le malade pour qu'il puisse acquérir un savoir-faire adéquat, afin d'arriver à un équilibre entre sa vie et le contrôle optimal de la maladie ». Phénomène de mode ou évolution des pratiques et des conceptions du soin ? Les partisans évoquent un soin de qualité apporté au patient. Mais dans le contexte actuel de l'hôpital (durée moyenne de séjour très courte, tarification à l'activité...), la mise en place de l'éducation ne se fait pas facilement. Derrière les difficultés organisationnelles, se cachent des enjeux professionnels et une nouvelle forme de relation soignant-patient, où le patient revendique un droit à l'information plutôt qu'à l'éducation, et où il est lui-même acteur

Treating chronic illness : when the equipping work reveals autonomy and attachments

Le discours commun plaide en faveur l'autonomie du malade. Pourtant soigner la maladie chronique révèle aussi des attachements. C'est ce que nous proposons de mettre en évidence, à travers notre thèse qui prend pour exemple le diabète et envisage, à travers le développement de la notion de travail d'équipement, de questionner l'autonomie, qui est loin d'aller de soi. A partir d'entretiens, d'observations de terrain et d'objets, de recherche de traces, nous interrogeons des pratiques telles que l'éducation thérapeutique, l'introduction des médicaments, des équipements (lecteur de glycémie, pompe à insuline). Tous ces éléments sont autant de médiations, pour le malade, son entourage, les professionnels de santé, les associations de malades, qui influencent le cours de la vie avec la maladie. Le travail d'équipement permet de faire le lien entre la sociologie de la santé et de la maladie, l'interactionnisme, la phénoménologie et la sociologie de l'acteur réseau. Il offre une grille de lecture de la maladie chronique et du soin, au regard de tous les équipements qui contribuent à la prise en charge la maladie. Il permet de définir ce qu'est l'autonomie dans le cadre d'une maladie qui tient le malade et va plus loin ouvrant vers la construction identitaire de l'homme-avec-la-maladie.Common speech calls for patient autonomy. Yet chronic illness care also reveals attachments. This is what we propose to highlight, through our thesis that takes for example diabetes and plans through the development of the concept of ‘the equipping work', questioning the autonomy, which is far to go self. From interviews, field observations, objects screening, and search of traces, we interrogate such practices as therapeutic education, the introduction of drugs and equipment (glucometer, insulin pump). These elements are all mediations, for the patient, family members, health professionals, patient organisations, which influence the course of living with the disease. Equipping can make the link between the sociology of health and illness, symbolic interactionism, phenomenology and the actor network theory. It provides a grid of chronic illness and care, with all the equipements that contribute to the management of disease. It allows defining autonomy despite the strength of disease ties and leads to rebuild the identity of the man-with-the-sickness

L'éducation thérapeutique : prétexte à échanges informationnels sur la maladie

Pour le malade, être atteint aujourd'hui d'une maladie chronique signifie entrer dans un système de soins qui inclut une dimension d'apprentissage de la maladie. Introduite par le médecin, l'éducation thérapeutique vise à améliorer les connaissances du malade afin de favoriser son observance du traitement. Le colloque singulier médecin-malade laisse ici la place à un colloque de soignants et de malades. Il devient échanges sur la maladie, permettant que se confrontent les pratiques informationnelles des soignants et le vécu de la maladie des patients. L'éducation thérapeutique est aussi facteur de déstabilisation pour les professionnels, qui se mettent en scène devant un public de malades de plus en plus experts de leur maladie. Dans un champ en perpétuelle mutation, s'intéresser à l'éducation thérapeutique permet une lecture de la maladie chronique entre experts et novices, aux ressources informationnelles dépassant le lieu de l'hôpital

La culture de santé par l'éducation thérapeutique à l'hôpital : des usages qui réinterrogent la relation médecin - soignant - patient.

De nombreux professionnels de santé sont engagés aujourd'hui dans la voie de l'éducation thérapeutique, suivant ainsi les recommandations de l'Organisation Mondiale de la Santé (1998) de : « former le malade pour qu'il puisse acquérir un savoir-faire adéquat, afin d'arriver à un équilibre entre sa vie et le contrôle optimal de la maladie ». Phénomène de mode ou évolution des pratiques et des conceptions du soin ? Les partisans évoquent un soin de qualité apporté au patient. Mais dans le contexte actuel de l'hôpital (durée moyenne de séjour très courte, tarification à l'activité...), la mise en place de l'éducation ne se fait pas facilement. Derrière les difficultés organisationnelles, se cachent des enjeux professionnels et une nouvelle forme de relation soignant-patient, où le patient revendique un droit à l'information plutôt qu'à l'éducation, et où il est lui-même acteur

Soigner la maladie chronique : quand le travail d'équipement révèle autonomie et attachements

Common speech calls for patient autonomy. Yet chronic illness care also reveals attachments. This is what we propose to highlight, through our thesis that takes for example diabetes and plans through the development of the concept of ‘the equipping work', questioning the autonomy, which is far to go self. From interviews, field observations, objects screening, and search of traces, we interrogate such practices as therapeutic education, the introduction of drugs and equipment (glucometer, insulin pump). These elements are all mediations, for the patient, family members, health professionals, patient organisations, which influence the course of living with the disease. Equipping can make the link between the sociology of health and illness, symbolic interactionism, phenomenology and the actor network theory. It provides a grid of chronic illness and care, with all the equipements that contribute to the management of disease. It allows defining autonomy despite the strength of disease ties and leads to rebuild the identity of the man-with-the-sickness.Le discours commun plaide en faveur l'autonomie du malade. Pourtant soigner la maladie chronique révèle aussi des attachements. C'est ce que nous proposons de mettre en évidence, à travers notre thèse qui prend pour exemple le diabète et envisage, à travers le développement de la notion de travail d'équipement, de questionner l'autonomie, qui est loin d'aller de soi. A partir d'entretiens, d'observations de terrain et d'objets, de recherche de traces, nous interrogeons des pratiques telles que l'éducation thérapeutique, l'introduction des médicaments, des équipements (lecteur de glycémie, pompe à insuline). Tous ces éléments sont autant de médiations, pour le malade, son entourage, les professionnels de santé, les associations de malades, qui influencent le cours de la vie avec la maladie. Le travail d'équipement permet de faire le lien entre la sociologie de la santé et de la maladie, l'interactionnisme, la phénoménologie et la sociologie de l'acteur réseau. Il offre une grille de lecture de la maladie chronique et du soin, au regard de tous les équipements qui contribuent à la prise en charge la maladie. Il permet de définir ce qu'est l'autonomie dans le cadre d'une maladie qui tient le malade et va plus loin ouvrant vers la construction identitaire de l'homme-avec-la-maladie

Guidelines on Standard and Therapeutic Diets for Adults in Hospitals by the French Association of Nutritionist Dieticians (AFDN) and the French Speaking Society of Clinical Nutrition and Metabolism (SFNCM)

Aim: Hospital food provision is subject to multiple constraints (meal production, organization, health safety, environmental respect) which influence the meal tray offered to the patient. Multiple diets can add complexity and contribute to non-consumption of the meal. To avoid undernutrition, it appeared necessary to propose guidelines for foods and diets in hospitals. Methods: These guidelines were developed using the Delphi method, as recommended by the HAS (French Health Authority), based on a formal consensus of experts and led by a group of practitioners and dieticians from the AFDN (French Association of Nutritionist Dieticians) and SFNCM (French Society of Clinical Nutrition and Metabolism). Results: Twenty-three recommendations were deemed appropriate and validated by a panel of 50 national experts, following three rounds of consultations, modifications and final strong agreement. These recommendations aim to define in adults: 1—harmonized vocabulary related to food and diets in hospitals; 2—quantitative and qualitative food propositions; 3—nutritional prescriptions; 4—diet patterns and patient adaptations; 5—streamlining of restrictions to reduce unnecessary diets and without scientific evidence; 6—emphasizing the place of an enriched and adapted diet for at-risk and malnourished patients. Conclusion: These guidelines will enable catering services and health-care teams to rationalize hospital food and therapeutic food prescriptions in order to focus on individual needs and tasty foods. All efforts should be made to create meals that follow these recommendations while promoting the taste quality of the dishes and their presentation such that the patient rediscovers the pleasure of eating in the hospital

Le carnet de surveillance dans le diabète

La surveillance de la glycémie fait partie des piliers de la démarche de prise en charge recommandée aux diabétiques pour l’adaptation des doses d’insuline et de l’alimentation. Quand les patients reportent glycémies et observations sur leur carnet, celui-ci devient objet d’interaction avec le médecin, le patient lui‑même et témoin des régulations mises en œuvre. Dans notre analyse, nous tenterons d’explorer le carnet : de sa construction comme objet intermédiaire, à son appropriation et l’élaboration de connaissances locales. Cela met en évidence des ajustements du malade autour des traces, ainsi que des attachements qui révèlent une démarche particulière du malade en route vers l’autonomisation.The supervision of glycemia is part of the work recommended to the patients diabetics for the adaptation of the doses of insulin and food habits. When patients put back glycemia and observations on a notebook, this one becomes object of interaction with the doctor, the patient himself and the witness of the operated regulations. In our analysis, we shall try to investigate the notebook: from his construction as a boundary-object to its appropriation and the elaboration of local knowledge. It brings to light adjustments of the patient around tracks, and some attachments which reveal a particular initiative of the patient on the way towards the empowerment.El monitoreo de la glucemia forma parte de los pilares del modo de «hacerse cargo» recomendado a los diabéticos para el ajuste de las dosis de insulina y de la alimentación. Cuando los pacientes transcriben glucemias y observaciones en su libreta, ésta se convierte en objeto de interacción con el médico, el paciente mismo, y testigo de las regulaciones puestas en práctica. En nuestro análisis, intentaremos explorar la libreta: de su construcción como objeto intermediario, a su apropiación y elaboración de conocimientos locales. La libreta pone en evidencia los ajustes realizados por el enfermo alrededor de los indicios descubiertos, así como aplicaciones que revelan un proceso particular del enfermo en vías a la autonomía