Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search

Document recommendation systems for locating relevant literature have mostly relied on methods developed a decade ago. This is largely due to the lack of a large offline gold-standard benchmark of relevant documents that cover a variety of research fields such that newly developed literature search techniques can be compared, improved and translated into practice. To overcome this bottleneck, we have established the RElevant LIterature SearcH consortium consisting of more than 1500 scientists from 84 countries, who have collectively annotated the relevance of over 180 000 PubMed-listed articles with regard to their respective seed (input) article/s. The majority of annotations were contributed by highly experienced, original authors of the seed articles. The collected data cover 76% of all unique PubMed Medical Subject Headings descriptors. No systematic biases were observed across different experience levels, research fields or time spent on annotations. More importantly, annotations of the same document pairs contributed by different scientists were highly concordant. We further show that the three representative baseline methods used to generate recommended articles for evaluation (Okapi Best Matching 25, Term Frequency-Inverse Document Frequency and PubMed Related Articles) had similar overall performances. Additionally, we found that these methods each tend to produce distinct collections of recommended articles, suggesting that a hybrid method may be required to completely capture all relevant articles. The established database server located at https://relishdb.ict.griffith.edu.au is freely available for the downloading of annotation data and the blind testing of new methods. We expect that this benchmark will be useful for stimulating the development of new powerful techniques for title and title/abstract-based search engines for relevant articles in biomedical research.Peer reviewe

Finishing the euchromatic sequence of the human genome

The sequence of the human genome encodes the genetic instructions for human physiology, as well as rich information about human evolution. In 2001, the International Human Genome Sequencing Consortium reported a draft sequence of the euchromatic portion of the human genome. Since then, the international collaboration has worked to convert this draft into a genome sequence with high accuracy and nearly complete coverage. Here, we report the result of this finishing process. The current genome sequence (Build 35) contains 2.85 billion nucleotides interrupted by only 341 gaps. It covers ∼99% of the euchromatic genome and is accurate to an error rate of ∼1 event per 100,000 bases. Many of the remaining euchromatic gaps are associated with segmental duplications and will require focused work with new methods. The near-complete sequence, the first for a vertebrate, greatly improves the precision of biological analyses of the human genome including studies of gene number, birth and death. Notably, the human enome seems to encode only 20,000-25,000 protein-coding genes. The genome sequence reported here should serve as a firm foundation for biomedical research in the decades ahead

Prevalence, associated factors and outcomes of pressure injuries in adult intensive care unit patients: the DecubICUs study

Funder: European Society of Intensive Care Medicine; doi: http://dx.doi.org/10.13039/501100013347Funder: Flemish Society for Critical Care NursesAbstract: Purpose: Intensive care unit (ICU) patients are particularly susceptible to developing pressure injuries. Epidemiologic data is however unavailable. We aimed to provide an international picture of the extent of pressure injuries and factors associated with ICU-acquired pressure injuries in adult ICU patients. Methods: International 1-day point-prevalence study; follow-up for outcome assessment until hospital discharge (maximum 12 weeks). Factors associated with ICU-acquired pressure injury and hospital mortality were assessed by generalised linear mixed-effects regression analysis. Results: Data from 13,254 patients in 1117 ICUs (90 countries) revealed 6747 pressure injuries; 3997 (59.2%) were ICU-acquired. Overall prevalence was 26.6% (95% confidence interval [CI] 25.9–27.3). ICU-acquired prevalence was 16.2% (95% CI 15.6–16.8). Sacrum (37%) and heels (19.5%) were most affected. Factors independently associated with ICU-acquired pressure injuries were older age, male sex, being underweight, emergency surgery, higher Simplified Acute Physiology Score II, Braden score 3 days, comorbidities (chronic obstructive pulmonary disease, immunodeficiency), organ support (renal replacement, mechanical ventilation on ICU admission), and being in a low or lower-middle income-economy. Gradually increasing associations with mortality were identified for increasing severity of pressure injury: stage I (odds ratio [OR] 1.5; 95% CI 1.2–1.8), stage II (OR 1.6; 95% CI 1.4–1.9), and stage III or worse (OR 2.8; 95% CI 2.3–3.3). Conclusion: Pressure injuries are common in adult ICU patients. ICU-acquired pressure injuries are associated with mainly intrinsic factors and mortality. Optimal care standards, increased awareness, appropriate resource allocation, and further research into optimal prevention are pivotal to tackle this important patient safety threat

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Prevalence, associated factors and outcomes of pressure injuries in adult intensive care unit patients: the DecubICUs study

Funder: European Society of Intensive Care Medicine; doi: http://dx.doi.org/10.13039/501100013347Funder: Flemish Society for Critical Care NursesAbstract: Purpose: Intensive care unit (ICU) patients are particularly susceptible to developing pressure injuries. Epidemiologic data is however unavailable. We aimed to provide an international picture of the extent of pressure injuries and factors associated with ICU-acquired pressure injuries in adult ICU patients. Methods: International 1-day point-prevalence study; follow-up for outcome assessment until hospital discharge (maximum 12 weeks). Factors associated with ICU-acquired pressure injury and hospital mortality were assessed by generalised linear mixed-effects regression analysis. Results: Data from 13,254 patients in 1117 ICUs (90 countries) revealed 6747 pressure injuries; 3997 (59.2%) were ICU-acquired. Overall prevalence was 26.6% (95% confidence interval [CI] 25.9–27.3). ICU-acquired prevalence was 16.2% (95% CI 15.6–16.8). Sacrum (37%) and heels (19.5%) were most affected. Factors independently associated with ICU-acquired pressure injuries were older age, male sex, being underweight, emergency surgery, higher Simplified Acute Physiology Score II, Braden score 3 days, comorbidities (chronic obstructive pulmonary disease, immunodeficiency), organ support (renal replacement, mechanical ventilation on ICU admission), and being in a low or lower-middle income-economy. Gradually increasing associations with mortality were identified for increasing severity of pressure injury: stage I (odds ratio [OR] 1.5; 95% CI 1.2–1.8), stage II (OR 1.6; 95% CI 1.4–1.9), and stage III or worse (OR 2.8; 95% CI 2.3–3.3). Conclusion: Pressure injuries are common in adult ICU patients. ICU-acquired pressure injuries are associated with mainly intrinsic factors and mortality. Optimal care standards, increased awareness, appropriate resource allocation, and further research into optimal prevention are pivotal to tackle this important patient safety threat

La pathologie dermatologique des marins

Le métier de marin est plus un mode de vie qu'un travail. Ils travaillent, mangent et se reposent sur leurs navires, loin de chez eux pour des périodes pouvant dépasser l'année. Les activités et les situations varient énormément rendant leur comparaison malaisée. La pathologie dermatologique des marins est variée, mais peu explorée eu égard à leur importance numérique. La prévalence des dermatoses est mal évaluée et souffre de nombreux biais de recrutement. Les fréquences déclarées s'échelonnent d'anecdotique à presque 50% des pathologies des marins. Les marins n'ont pas de pathologies dermatologiques spécifiques. Ils contractent les mêmes dermatoses que les terriens exposés aux mêmes conditions. La peau des marins est continuellement agressée par l'environnement (sel, embruns, vent, soleil), le contact avec les animaux (pêchés essentiellement), les embarcations (moteurs, revêtements) et les cargaisons qu'ils transportent, à l'origine d'autant de dermatoses. Mobiles par natures, les marins sont un vecteur significatif de maladies infectieuses. Les longues périodes d'abstinence, la culture du risque, le faible niveau d'éducation, l'offre en prostituées des ports et l'alcool expliquent les comportements sexuels à risque des marins et le lourd tribut payé aux infections sexuellement transmissibles. L'apparition du VIH rend cette problématique préoccupante, décimant les communautés centrées sur l'activité de pêche. L'encadrement strict de la responsabilité médicale à bord, de la formation médicale des officiers et de la télédermatologie doivent améliorer la prise en charge de la pathologie dermatologique dans le flottes modernes.NANCY1-SCD Medecine (545472101) / SudocNANCY1-Bib. numérique (543959902) / SudocSudocFranceF

Tomographie par émission de positons au fluoro-désoxyglucose couplée au scanner (TEP-TDM) (apport dans la prise en charge des patients suivis pour mélanome)

Sujet: La technique de TEP-TDM au Fluoro-desoxyglucose (FOG), examen corps entier associant imagerie fonctionnelle et morphologique, est censée bénéficier d'une sensibilité supérieure à l'imagerie conventionnelle ou à la TEP seule. L'objectif de cette étude était d'évaluer la sensibilité (Se) et la spécificité (Sp) de cet examen, ainsi que son impact sur la prise en charge thérapeutique des patients suivis pour mélanome. Matériel et méthodes : Nous avons étudié rétrospectivement les dossiers des patients porteurs de mélanome de stade I à IV de la classification AJCC 2001, ayant eu une TEP-TDM entre janvier 2003 et août 2006. La malignité des lésions détectées par la TEP-TDM était définie histologiquement, ou par suivi clinique et radiologique d'au moins six mois. Le traitement réalisé après la TEP-TDM était comparé à celui proposé avant cet examen, en tenant compte de toutes les informations que possédait le clinicien avant la TEP-TOM, y compris le scanner. Résultats : Soixante-quinze examens TEP-TDM réalisés chez 50 patients ont été analysés. Il s'agissait de mélanomes de stade I et II dans 23 cas, et de stade III et IV dans 52 cas. Quatre-vingt-une métastases ont été identifiées, dont 50 confirmées histologiquement (61%). Soixante-douze étaient détectées par la TEP-TDM (Se 89%, Sp 64%, exactitude diagnostique 79%). La sensibilité s'élevait à 93% pour les patients stade III et IV, à 92% pour les seules localisations ganglionnaires (Sp 71%). La plus mauvaise sensibilité concernait les atteintes hépatiques (67%), les lésions non détectées étant infra-centimétriques. Le scanner ne détectait que 53% des métastases, du fait de nombreux faux négatifs. Sa sensibilité pour les atteintes ganglionnaires était de 79%. La TEP-TOM modifiait la stratégie thérapeutique dans 15 observations (24% des patients). Elle a évité un geste chirurgical inutile chez 3 patients, et a permis de proposer une intervention chirurgicale curative non prévue initialement chez 8 patients, tous en rémission après au moins 9 mois de suivi. Conclusion : Bien que doté d'une spécificité limitée, la TEP-TDM au FDG se montre supérieure au scanner dans la détection des métastases. Dans cette étude, elle a eu un rôle primordial dans la stratégie de prise en charge des patients porteurs de mélanome. Cet examen semble clairement trouver sa place dans cette indication de par sa bonne sensibilité.NANCY1-SCD Medecine (545472101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

BCGite du gland post BCGthérapie intravésicale (à propos de deux cas)

La BCGthérapie est un traitement efficace des tumeurs superficielles de la vessie qui repose sur l instillation intravésicale de bacilles de la souche de Calmette et Guérin (BCG). Des effets secondaires spécifiques locaux sont fréquents, mais les complications graves sont rares. La BCGite du gland fait partie des complications locales exceptionnelles de ce traitement dont nous rapportons ici deux cas. Après un rappel historique sur la découverte du BCG et sur ses caractéristiques bactériologiques, nous abordons les principes et les indications de la BCGthérapie, ses complications et leur traitement. Puis, sur la base de nos deux observations et d une revue approfondie de la littérature, nous décrivons les différentes présentations cliniques de cette complication exceptionnelle, les critères du diagnostic positif, les diagnostics différentiels, les facteurs favorisants, les mesures visant à diminuer son incidence et enfin les moyens thérapeutiques.NANCY1-SCD Medecine (545472101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Incontinentia pigmenti et atteintes neurologiques graves (à propos d'un cas)

NANCY1-SCD Medecine (545472101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF