Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition)

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. For example, a key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process versus those that measure fl ux through the autophagy pathway (i.e., the complete process including the amount and rate of cargo sequestered and degraded). In particular, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation must be differentiated from stimuli that increase autophagic activity, defi ned as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (inmost higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium ) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the fi eld understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. It is worth emphasizing here that lysosomal digestion is a stage of autophagy and evaluating its competence is a crucial part of the evaluation of autophagic flux, or complete autophagy. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. Along these lines, because of the potential for pleiotropic effects due to blocking autophagy through genetic manipulation it is imperative to delete or knock down more than one autophagy-related gene. In addition, some individual Atg proteins, or groups of proteins, are involved in other cellular pathways so not all Atg proteins can be used as a specific marker for an autophagic process. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field

Asparagus macrorrhizus Pedrol, Regalado et López-Encina, an endemic species from Spain in extreme extinction risk, is a valuable genetic resource for asparagus breeding

6 Figuras.-- 2 TablasAsparagus maritimus is a species distributed in sandy soils along the Mediterranean coast. It has been reported as salt tolerant and resistant to rust. The wild asparagus species are a very important genetic resources for asparagus breeding because the current commercial cultivars have a narrow genetic base. Until recently, the only population of A. maritimus catalogued in Spain was a small population, which is at high extinction risk, located around the coastal lagoon “Mar Menor” in the region of Murcia. Different studies carried out in the current work support the recent description of this population as a new species named Asparagus macrorrhizus. Plants from three populations of A. maritimus were used to carry out studies of characterization and the results were compared with plants of A. macrorrhizus. The morphological studies showed clear differences between the populations of A. maritimus and A. macrorrhizus. One of the differences found between these populations was at the ploidy level. The plants of A. maritimus were hexaploid (2n = 6x = 60), while the plants of A. macrorrhizus were dodecaploid (2n = 12x = 120). Also, the flavonoid composition showed that A. maritimus contains six different flavonoids while in A. macrorrhizus 90 % of the flavonoid content corresponds to only one flavonoid (Nicotiflorin) followed by minor quantities of other two. Another difference between these populations was supported by the principal coordinate analysis (PCoA) using data from 4 EST-SSRs markers amplified in plants of A. maritimus and A. macrorrhizus, and clearly separates the two species. The differences found in this work highlight the importance of A. macrorrhizus as a possible genetic resource for asparagus breeding. The distribution of A. macrorrhizus is limited to the area surrounding the “Mar Menor” lagoon. The prospections carried out in the last years indicated the high risk of extinction of this species due to the urbanization of this natural habitat. Therefore, we have included A. macrorrhizus in our germplasm bank in vivo and in vitro as well as in the breeding programs.Authors would like to thank the kindness and help of the environmental agents and biologists from the Directorate General for the Environment of the Region of Murcia (Spain). We are also grateful to Mr. Ruben Vives Lopez, naturalist of “Ecologistas en Acción” of Murcia, for providing valuable information, plant material and technical support during the plant prospecting and data recovery of Asparagus macrorrhizus in the surrounding areas of “Mar Menor” coastal lagoon. This study was funded by “Junta de Andalucía” (Project of Excellence AGR3648)

Modelos de movilización social : Con énfasis en la actividad física y estilos de vida saludables para reducir el sedentarismo en las regiones de Bogotá, D.C, Antioquia y Quindío

IP 1101-04-16034Caracterización de la actividad fisíca -- Análisis de las condiciones de diseño urbano para la práctica de actividad física -- Componentes político e institucional -- Experiencias locales, nacionales e internacionales -- Dimensión socio cultural -- Componentes de los modelos de movilización social -- Diseño de comoponente de comunicación desde una perspectiva social -- La estrategia red vida y comunidad en movimiento en los niveles de acción del modelo -- Experiencias demostrativas y desarrollos locales -- Proceso de movilización social para la promoción de la actividad física en Bogot

Suelo y planta. Índices. Volumen 2

Effects of the landspreading of pig slurry on the yield and composition of capsi cum annuum. M. P. Bernal, A. Roig, J. Cegarra and R. Madrid.-- Características micromorfológicas de suelos de humedales en zonas semiáridas (Cuenca del Duero). J. Benayas, M. a T. de la Cruz y J. M. a Rey. Benayas.-- Aplicación de la técnica de porosimetría por intrusión de mercurio en el estudio de la porosidad de un conjunto de suelos del NW de España. E. Benito, A. Paz y R. Pini.-- Cambios físicos y químicos durante la maduración de Vitis vinífera, variedad Monastrell, en la D. O. Jumilla. G. Navarro, F. Pardo, P. Jiménez, J. Oliva y S. Navarro.-- Micorrizas vesículo - arbusculares en parcelas que se encuentran en sucesión- regeneración en Jos Andes tropicales. M. Montilla, R. A. Herrera y M. Monasterio.-- Efectos de los incendios forestales sobre el suelo. J. González, M. C. Fernández y G.P. Gimeno.-- Mineralogía de suelos formados sobre calizas en Galicia. M. T. Taboada, M. B. Silva y M. c. Villar.-- Efecto de tratamientos foliares con Ti (IV) sobre nutrición, producción y calidad de fruto en plantas de Capsicum annuum, L. F. Martínez-Sánchez, J. L. Giménez, M. Carvajal, A. Moreno, J. L. Fuentes y C. F. Alcaraz.-- Poder discriminante de las clasificaciones: aplicación a los suelos de la depresión Guadix- Baza (Granada). A. Iriarte, E. Barahona y C. Gil de Carrasco.-- Aspects of elm propagation by soft and hardwood cuttings. L. Mittempergher, G. Bartolini, F. Ferrini and M. Panicucci.-- Metales pesados en las escombreras de la mina Puentes (La Coruña): influencia de las condiciones Eh- pH. F. Macíass, M. T. Barral, C. Monterroso y R. M. Calvo.-- Incidencia del fósforo en la mineralización del nitrógeno orgánico de un lodo de depuradora en dos suelos calizos. Extracción mediante EUF. l. Verdú, l. Gómez, F. Burló y J, Mataix.-- Dinámica del proceso de sorción de fósforo en suelos. Definición de indicadores. T. Crisanto y P. P. Iturbe.-- Estudio de la adsorción de atrazina por polimeros modelos y por un ácido homico mediante la técnica de diálisis. M. Schiavon, J. M. Portal, F. Andreux y G. Bertin.-- Oxidos de hierro sintéticos y agregación en muestras de caolinita y cuarzo. M. Arias, M. T. Barraly F. Díaz-Fierros.-- Fertilization with NPK and humate NPK: Plant yield and nutrient dynamics. A. Benedetti, A. Figliolia, C. Izza, R. lndiati and S. Canali.-- Aplicación de un método de fraccionamiento de especies alumínicas a soluciones de suelos de Galicia. E. Alvarez y R. Calvo.-- Contenido y evolución de 9 elementos químicos en pimiento piquillo a lo largo de su desarrollo. R. Y. Cavero, A. Echeverría, F. Iribarren y M. L. López.-- Distribución del tamaño de poros, porosidad total y su variabilidad con la dedicación en el horizonte orgánico de un cambisol gleico. A. Paz y E. Benito.-- Caracterización de la textura superficial de granos de cuarzo en suelos con horizontes texturalmente contrastados. M. T. Martín Patino, R. J. Ballesta, V. Cala y A. Alvarez .-- Utilización de un lodo aerobio como sustitutivo de fertilizantes fosforados inorgánicos. M. Ayuso, T. Hernández, C. García y F. Costa.-- Movilidad de aldicarb y de carbofurano en columnas de suelo. A. Apaolaza, F. J. Arranz y E. Revilla.-- Degradación de clorofila en cloroplastos incubados en medio isotónico con la fracción celular extracloroplástica. J. Cuello, A. Lahora y B. Stibater.-- Especiación química de zinc y cadmio en suelos de cultivo. V. Cala, A. M. Alvarez, R. Vigil de la Villa y M. Gasea.-- Germination with alternate temperatures of weeds infesting irrigated vegetables. R. González Ponce, A. Herce and M. L. Salas.-- Evaluación de la fertilidad de los vertisoles de la provincia de Badajoz (España) mediante cultivos experimentales. Producción en materia seca y nutrientes del cultivo. A. García y A. López.-- Isozymes peroxidase in cytokinin treated seedlings of Corylus avellana L. C. Colinas, C. Díaz-Sala and R. Rodríguez.-- Respuestas de las plantas a la contaminación por metales pesados. J. Barceló y Ch. Poschenrieder.-- N, P and K balance in winter wheat in the pampean semiarid region of Argentina. R. A. Rosell, M. R. Landriscini and J. A. Galantini.-- Utilización de residuos urbanos como fertilizantes orgánicos. T. Hernández, C. García, F. Costa, J. A. Valero y M. Ayuso.-- Inducción de organogénesis en cotiledones de Pinus canariensis. C. Martínez Pulido.-- Hidróxidos de aluminio sintéticos y agregación en muestras de caolinita y cuarzo . . M. Arias, M. T. Barral y F. Díaz-Fierros.-- Producción de endoglucanasas por Glomus mosseae y su posible implicación en la colonización de raf<::es de cebolla. J. M. García-Garrido, l. García-Romera y J. A. Ocampo.-- Estudio comparado de la fracción mineral del suelo de cultivo· y de las heces' de Allolobophora molleri (Lumbricidae) Rosa, 1889.D. Trigo y D. J. Díaz Cosín.-- Determinación de la homogeneidad múltiple utilizando diferentes niveles de taxones en perfiles de suelos de la cuenca media y alta del río Motatán. Estados Mérida y Trujillo. Venezuela. J. Jaimes, J. Oballos y G. Ochoa.-- Adsorción - desorción de picloram por arcillas y óxidos. E. A. Ferreiro, S. G. de Bussetti.-- Influencia de la carga y el potencial hídrico durante la compactación sobre la resistencia a la tracción de unidades estructurales de suelo en estado seco. A. Paz y J. Guérif.-- Residuos orgánicos: Incidencia de su aplicación sobre la composición mineral del fruto del tomate, I. Gómez, J. Navarro-Pedreño y J. Mataix.-- Growth, cell wall elasticity and plasticity in Zea mays L. coleoptiles exposed to cadmium. B. Gunsé, M. Llugany, Ch. Poschenrieder and J. Barceló.-- Effects of high zinc and cadmium concentrations on the metallophyte Thlaspi caerulescens J. et C. Presl. (Brassicaceae). J. Módico, Ch. Poschenrieder, M. D. Vázquez and J. Barceló.--Determinación del grado ·de contaminación de los rlos mediante el estudio conjunto de la composición de sus aguas y sedimentos. A. Bustos, C. Ortega y I. Sastre.-- Influencia del grado de madurez de un residuo urbano sobre la germinación y disponibilidad de nitrógeno. M. Ayuso, T. Hernández, F. Costa, C. García y J. A. Pascual.-- Influencia del nitrógeno sobre el desarrollo in vitro del portainjerto de vid.--A. Villegas, C. Mozuelos, M. Cantos y A. Troncoso.-- Efecto del alpechín sobre la solubilización de metales pesados. M. Bejarano y L. Madrid.-- Aporte foliar de titanio a plantas de pimiento pimentonero. Influencia sobre el balance de nutrición en pericarpio de fruto. M. Carvajal, M. J. Frutos, J. L. Giménez, C. F. Alcaraz y F. Martínez-Sánchez.-- Effects of phosphate, sulfate and molibdate on the uptake and distribution of technetium-99 in bush bean plants. A. Bennássar, C. Cabot, J. Barceló y Ch. Poschenrieder.-- Uptake, translocation and efficiency of nutrients in Phaseolus vulgaris L. cv. contender exposed to aluminum. N. Massot, Ch. Poschenrieder and J. Barceló.-- Efecto del cadmio sobre Ü1. absorción y distribución de manganeso en distintas variedades de Lactuca. A. Gárate, I. Ramos y J. J. Lucena.-- Efecto residual de diferentes residuos orgánicos sobre un cultivo de cebada. F. Costa, T. Hernández, C. García, M. Ayuso, J. A. Pascual y A. Polo.-- Beneficial effects of low chromium III concentrations in iron deficient maize plants. Ch. Poschenrieder, M. D. Vázquez, A. Bonet and J. Barceló.-- Depresión en el rendimiento del maíz causado por altas concentraciones de N residual en el suelo. C. Pozo, C. Cruces, J. M. Ramos, y L. F. García del Moral.-- Selección y caracterización de una línea celular de limonero tolerante a estrés salino. A. Piquera y E. Hellín.-- Efectos del As en el comportamiento vegetal de Lycopersicum esculentum Mili. Relación del As en hojas y frutos con parámetros físicos. F. Burló, A. Carbonell y J. Mataix.--Niveles críticos y equilibrios óptimos de macronutrientes en la fertilización diferenciada de la vid. R. Sarmiento, J. L. García, M. C. Grande, M. C. Vil/alón, A. de Castro y C. Mozuelos.-- Niveles críticos y equilibrios óptimos de micronutrientes en la fertilización diferenciada de la vid. R. Sarmiento, J. L. García, M. C. Grande, M. C. Vil/alón, A. de Castro y C. Mozuelos.-- Efecto de un compost de lodo residual sobre el rendimiento y contenido de Cd y Ni en diversos cultivos. I. Walter, R. Miralles y M. Bigeriego.-- Estudio del eflujo neto de H+ por raíces aeropónicas estériles de plantulas de girasol (Helianthus annuus L.) bajo condiciones de toxicidad de B. F. Espinosa y M. C. Alvarez-Tinaut-- Efecodel riego con aguas residuales urbanas depuradas sobre la disponibilidad de metales pesados para la planta. A. Inglés, M. Gómez y R. Nogales.-- Diferential response of four maize (Zea mays L.) varieties to aluminum toxicity. P. Guevara, Ch. Poschenrieder and Barceló.-- Comparación de los efectos de molibdeno y vanadio en Phaseo/us vulgaris L.: Crecimiento, proteínas y actividades enzimáticas de la nitrato-reducción. D. Saco, M. Alvarez y S. Martín.-- Influencia de la fertirrigación N, P, K sobre diversos nutrientes totales y solubles. Su evolución temporal. J. L. Va/enzuela, A. del Río, A. Sánchez, l. López-Cantarero y L. Romero.-- Valoración de métodos de extracción de mercurio en suelos contaminados. J. J. Lucena, L. E. Hernández, S. Olmos y R. Carpena Ruiz.-- Relaciones entre contenidos totales de Zn, Pb, Cu y Cd en suelos y plantas. A. M. Moreno, L. Pérez y J. González.-- Effect of N-nutrition and irrigation water on Carob-Tree (Ceratonia si/iqua L.). Growth responses. P. Correia y M. A. Martins-LouçaoPeer reviewe