The progeroid phenotype of Ku80 deficiency Is dominant over DNA-PK CS deficiency

Ku80 and DNA-PKCS are both involved in the repair of double strand DNA breaks via the nonhomologous end joining (NHEJ) pathway. While ku80-/- mice exhibit a severely reduced lifespan and size, this phenotype is less pronounced in dna-pkcs -/- mice. However, these observations are based on independent studies with varying genetic backgrounds. Here, we generated ku80-/-, dna-pkcs -/- and double knock out mice in a C57Bl6/J*FVB F1 hybrid background and compared their lifespan, end of life pathology and mutation frequency in liver a

Tuberculostearic Acid-Containing Phosphatidylinositols as Markers of Bacterial Burden in Tuberculosis

One-fourth of the global human population is estimated to be infected with strains of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC), the causative agent of tuberculosis (TB). Using lipidomic approaches, we show that tuberculostearic acid (TSA)-containing phosphatidylinositols (PIs) are molecular markers for infection with clinically relevant MTBC strains and signify bacterial burden. For the most abundant lipid marker, detection limits of ∼10$^{2}$ colony forming units (CFUs) and ∼10$^{3}$ CFUs for bacterial and cell culture systems were determined, respectively. We developed a targeted lipid assay, which can be performed within a day including sample preparation─roughly 30-fold faster than in conventional methods based on bacterial culture. This indirect and culture-free detection approach allowed us to determine pathogen loads in infected murine macrophages, human neutrophils, and murine lung tissue. These marker lipids inferred from mycobacterial PIs were found in higher levels in peripheral blood mononuclear cells of TB patients compared to healthy individuals. Moreover, in a small cohort of drug-susceptible TB patients, elevated levels of these molecular markers were detected at the start of therapy and declined upon successful anti-TB treatment. Thus, the concentration of TSA-containing PIs can be used as a correlate for the mycobacterial burden in experimental models and in vitro systems and may prospectively also provide a clinically relevant tool to monitor TB severity

MYCN mediates cysteine addiction and sensitizes neuroblastoma to ferroptosis

Aberrant expression of MYC transcription factor family members predicts poor clinical outcome in many human cancers. Oncogenic MYC profoundly alters metabolism and mediates an antioxidant response to maintain redox balance. Here we show that MYCN induces massive lipid peroxidation on depletion of cysteine, the rate-limiting amino acid for glutathione (GSH) biosynthesis, and sensitizes cells to ferroptosis, an oxidative, non-apoptotic and iron-dependent type of cell death. The high cysteine demand of MYCN-amplified childhood neuroblastoma is met by uptake and transsulfuration. When uptake is limited, cysteine usage for protein synthesis is maintained at the expense of GSH triggering ferroptosis and potentially contributing to spontaneous tumor regression in low-risk neuroblastomas. Pharmacological inhibition of both cystine uptake and transsulfuration combined with GPX4 inactivation resulted in tumor remission in an orthotopic MYCN-amplified neuroblastoma model. These findings provide a proof of concept of combining multiple ferroptosis targets as a promising therapeutic strategy for aggressive MYCN-amplified tumors

Multi-disciplinary efforts to evaluate the therapeutic potential of CDK11, a novel transcription associated cyclin dependent kinase.

View full abstracthttps://openworks.mdanderson.org/leading-edge/1043/thumbnail.jp

Deletion of individual Ku subunits in mice causes an NHEJ-independent phenotype potentially by altering apurinic/apyrimidinic site repair

Ku70 and Ku80 form a heterodimer called Ku that forms a holoenzyme with DNA dependent-protein kinase catalytic subunit (DNA-PKCS) to repair DNA double strand breaks (DSBs) through the nonhomologous end joining (NHEJ) pathway. As expected mutating these genes in mice caused a similar DSB repair-defective phenotype. However, ku70-/- cells and ku80 -/- cells also appeared to have a defect in base excision repair (BER). BER corrects base lesions, apurinic/apyrimidinic (AP) sites and single stand breaks (SSBs) utilizing a variety of proteins including glycosylases, AP endonuclease 1 (APE1) and DNA Polymerase β (Pol β). In addition, deleting Ku70 was not equivalent to deleting Ku80 in cells and mice. Therefore, we hypothesized that free Ku70 (not bound to Ku80) and/or free Ku80 (not bound to Ku70) possessed activity that influenced BER. To further test this hypothesis we performed two general sets of experiments. The first set showed that deleting either Ku70 or Ku80 caused an NHEJ-independent defect. We found ku80-/- mice had a shorter life span than dna-pkcs-/- mice demonstrating a phenotype that was greater than deleting the holoenzyme. We also found Ku70-deletion induced a p53 response that reduced the level of small mutations in the brain suggesting defective BER. We further confirmed that Ku80-deletion impaired BER via a mechanism that was not epistatic to Pol β. The second set of experiments showed that free Ku70 and free Ku80 could influence BER. We observed that deletion of either Ku70 or Ku80, but not both, increased sensitivity of cells to CRT0044876 (CRT), an agent that interferes with APE1. In addition, free Ku70 and free Ku80 bound to AP sites and in the case of Ku70 inhibited APE1 activity. These observations support a novel role for free Ku70 and free Ku80 in altering BER. © 2014 Choi et al

Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search

Document recommendation systems for locating relevant literature have mostly relied on methods developed a decade ago. This is largely due to the lack of a large offline gold-standard benchmark of relevant documents that cover a variety of research fields such that newly developed literature search techniques can be compared, improved and translated into practice. To overcome this bottleneck, we have established the RElevant LIterature SearcH consortium consisting of more than 1500 scientists from 84 countries, who have collectively annotated the relevance of over 180 000 PubMed-listed articles with regard to their respective seed (input) article/s. The majority of annotations were contributed by highly experienced, original authors of the seed articles. The collected data cover 76% of all unique PubMed Medical Subject Headings descriptors. No systematic biases were observed across different experience levels, research fields or time spent on annotations. More importantly, annotations of the same document pairs contributed by different scientists were highly concordant. We further show that the three representative baseline methods used to generate recommended articles for evaluation (Okapi Best Matching 25, Term Frequency-Inverse Document Frequency and PubMed Related Articles) had similar overall performances. Additionally, we found that these methods each tend to produce distinct collections of recommended articles, suggesting that a hybrid method may be required to completely capture all relevant articles. The established database server located at https://relishdb.ict.griffith.edu.au is freely available for the downloading of annotation data and the blind testing of new methods. We expect that this benchmark will be useful for stimulating the development of new powerful techniques for title and title/abstract-based search engines for relevant articles in biomedical research.Peer reviewe

Norsk landbruksforskning : teknisk kontroll av ca. 220 gardstraktorer i Sør-Gudbrandsdal

SupplementEn teknisk kontroll av et utvalg av ca. 220 traktorer ble gjennomført i samarbeid med Biltilsynet i Lillehammer. Traktorene ble underkastet to forskjellige typer kontroller. Den første kontrollen ble utført av personalet ved biltilsynet. I denne kontrollen ble det lagt vekt på de kjøretøytekniske krav som traktorer skal tilfredsstille ifølge vegtrafikkloven. Den andre kontrollen besto i en subjektiv vurdering, der det ble lagt vekt på traktorens tekniske tilstand med sikte på bruk i landbruket og arbeidsmiljøet for føreren. Denne subjektive kontrollen ble utført av personalet ved Institutt for tekniske fag ved Norges landbrukshøgskole. Oppmøteprosenten varierte mellom 62,2 i Lillehammer til 89, 1 i Ringebu. Oppmøteprosenten varierte også sterkt med årsklassene. I årsklassene 1971-1975 møtte bare 52,8 %, mens i årsklassene 1986-1991 møtte 97 %. Spesielt dårlig oppmøte var det i de eldste årsklassene i Lillehammer. I årsklassene 1971-1975 hadde 34,2 % av traktorene feil på bremsene, mens tilsvarende tall for årsklassene 1986-1991 er 1,5 % . I gjennomsnitt for alle årsklassene hadde 12,9 % av traktorene feil på bremsesystemet ifølge den enkle prøvemetoden som ble anvendt. I gjennomsnitt for alle årsklasser hadde 39, I % av traktorene feil på styringen eller forstillingen. Den høyeste feilprosenten var 64,2 i årsklassene 1976-1980 og den laveste feilprosenten var 16,9 i årsklassene 1986-1991. Når det gjelder lys og refleks viste resultatene at i gjennomsnitt for alle årsklasser hadde nesten halvparten (46,1 %) av traktorene feil på lys eller refleks. I årsklassene 1971-1975 hadde 94,7 % av traktorene en eller flere feil. Når det gjelder de forhold som ble bedømt i den subjektive vurderingen, viste resultatene at traktorene gjennomgående ble bedømt bedre desto yngre traktoren var. Et unntak er "sikt bakover". Dette forhold ble vurdert til å være bedre på eldre traktorer (ofte uten bakvegg) enn på nyere traktorer. For øvrig viser vurderingen en stor spredning i de enkelte årsklassene. Mange av de feil og mangler som ble oppdaget, har betydning for sikkerheten. Grundig og nøyaktig vedlikehold av traktorene vil derfor kunne bidra til reduksjon av antall ulykker med traktor

Norsk landbruksforskning : teknisk kontroll av ca. 220 gardstraktorer i Sør-Gudbrandsdal

En teknisk kontroll av et utvalg av ca. 220 traktorer ble gjennomført i samarbeid med Biltilsynet i Lillehammer. Traktorene ble underkastet to forskjellige typer kontroller. Den første kontrollen ble utført av personalet ved biltilsynet. I denne kontrollen ble det lagt vekt på de kjøretøytekniske krav som traktorer skal tilfredsstille ifølge vegtrafikkloven. Den andre kontrollen besto i en subjektiv vurdering, der det ble lagt vekt på traktorens tekniske tilstand med sikte på bruk i landbruket og arbeidsmiljøet for føreren. Denne subjektive kontrollen ble utført av personalet ved Institutt for tekniske fag ved Norges landbrukshøgskole. Oppmøteprosenten varierte mellom 62,2 i Lillehammer til 89, 1 i Ringebu. Oppmøteprosenten varierte også sterkt med årsklassene. I årsklassene 1971-1975 møtte bare 52,8 %, mens i årsklassene 1986-1991 møtte 97 %. Spesielt dårlig oppmøte var det i de eldste årsklassene i Lillehammer. I årsklassene 1971-1975 hadde 34,2 % av traktorene feil på bremsene, mens tilsvarende tall for årsklassene 1986-1991 er 1,5 % . I gjennomsnitt for alle årsklassene hadde 12,9 % av traktorene feil på bremsesystemet ifølge den enkle prøvemetoden som ble anvendt. I gjennomsnitt for alle årsklasser hadde 39, I % av traktorene feil på styringen eller forstillingen. Den høyeste feilprosenten var 64,2 i årsklassene 1976-1980 og den laveste feilprosenten var 16,9 i årsklassene 1986-1991. Når det gjelder lys og refleks viste resultatene at i gjennomsnitt for alle årsklasser hadde nesten halvparten (46,1 %) av traktorene feil på lys eller refleks. I årsklassene 1971-1975 hadde 94,7 % av traktorene en eller flere feil. Når det gjelder de forhold som ble bedømt i den subjektive vurderingen, viste resultatene at traktorene gjennomgående ble bedømt bedre desto yngre traktoren var. Et unntak er "sikt bakover". Dette forhold ble vurdert til å være bedre på eldre traktorer (ofte uten bakvegg) enn på nyere traktorer. For øvrig viser vurderingen en stor spredning i de enkelte årsklassene. Mange av de feil og mangler som ble oppdaget, har betydning for sikkerheten. Grundig og nøyaktig vedlikehold av traktorene vil derfor kunne bidra til reduksjon av antall ulykker med traktor

The hypoxia-induced paralogs Scylla and Charybdis inhibit growth by down-regulating S6K activity upstream of TSC in Drosophila

Diverse extrinsic and intrinsic cues must be integrated within a developing organism to ensure appropriate growth at the cellular and organismal level. In Drosophila, the insulin receptor/TOR/S6K signaling network plays a fundamental role in the control of metabolism and cell growth. Here we show that scylla and charybdis, two homologous genes identified as growth suppressors in an EP (enhancer/promoter) overexpression screen, act as negative regulators of growth. The simultaneous loss of both genes generates flies that are more susceptible to reduced oxygen concentrations (hypoxia) and that show mild overgrowth phenotypes. Conversely, scylla or charybdis overactivation reduces growth. Growth inhibition is associated with a reduction in S6K but not PKB/Akt activity. Together, genetic and biochemical analysis places Scylla/Charybdis downstream of PKB and upstream of TSC. Furthermore, we show that scylla and charybdis are induced under hypoxic conditions and that scylla is a target of Drosophila HIF-1 (hypoxia-inducible factor-1) like its mammalian counterpart RTP801/REDD1, thus establishing a potential cross-talk between growth and oxygen sensing

Kompendium til ML 5 traktorlære

Fra institutt for maskinlære. Kompendium til ML5 traktorlære