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    Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)

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    Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)1.

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    In 2008, we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, this topic has received increasing attention, and many scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Thus, it is important to formulate on a regular basis updated guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Despite numerous reviews, there continues to be confusion regarding acceptable methods to evaluate autophagy, especially in multicellular eukaryotes. Here, we present a set of guidelines for investigators to select and interpret methods to examine autophagy and related processes, and for reviewers to provide realistic and reasonable critiques of reports that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a dogmatic set of rules, because the appropriateness of any assay largely depends on the question being asked and the system being used. Moreover, no individual assay is perfect for every situation, calling for the use of multiple techniques to properly monitor autophagy in each experimental setting. Finally, several core components of the autophagy machinery have been implicated in distinct autophagic processes (canonical and noncanonical autophagy), implying that genetic approaches to block autophagy should rely on targeting two or more autophagy-related genes that ideally participate in distinct steps of the pathway. Along similar lines, because multiple proteins involved in autophagy also regulate other cellular pathways including apoptosis, not all of them can be used as a specific marker for bona fide autophagic responses. Here, we critically discuss current methods of assessing autophagy and the information they can, or cannot, provide. Our ultimate goal is to encourage intellectual and technical innovation in the field

    Suelo y planta. Índices. Volumen 2

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    Effects of the landspreading of pig slurry on the yield and composition of capsi cum annuum. M. P. Bernal, A. Roig, J. Cegarra and R. Madrid.-- Características micromorfológicas de suelos de humedales en zonas semiáridas (Cuenca del Duero). J. Benayas, M. a T. de la Cruz y J. M. a Rey. Benayas.-- Aplicación de la técnica de porosimetría por intrusión de mercurio en el estudio de la porosidad de un conjunto de suelos del NW de España. E. Benito, A. Paz y R. Pini.-- Cambios físicos y químicos durante la maduración de Vitis vinífera, variedad Monastrell, en la D. O. Jumilla. G. Navarro, F. Pardo, P. Jiménez, J. Oliva y S. Navarro.-- Micorrizas vesículo - arbusculares en parcelas que se encuentran en sucesión- regeneración en Jos Andes tropicales. M. Montilla, R. A. Herrera y M. Monasterio.-- Efectos de los incendios forestales sobre el suelo. J. González, M. C. Fernández y G.P. Gimeno.-- Mineralogía de suelos formados sobre calizas en Galicia. M. T. Taboada, M. B. Silva y M. c. Villar.-- Efecto de tratamientos foliares con Ti (IV) sobre nutrición, producción y calidad de fruto en plantas de Capsicum annuum, L. F. Martínez-Sánchez, J. L. Giménez, M. Carvajal, A. Moreno, J. L. Fuentes y C. F. Alcaraz.-- Poder discriminante de las clasificaciones: aplicación a los suelos de la depresión Guadix- Baza (Granada). A. Iriarte, E. Barahona y C. Gil de Carrasco.-- Aspects of elm propagation by soft and hardwood cuttings. L. Mittempergher, G. Bartolini, F. Ferrini and M. Panicucci.-- Metales pesados en las escombreras de la mina Puentes (La Coruña): influencia de las condiciones Eh- pH. F. Macíass, M. T. Barral, C. Monterroso y R. M. Calvo.-- Incidencia del fósforo en la mineralización del nitrógeno orgánico de un lodo de depuradora en dos suelos calizos. Extracción mediante EUF. l. Verdú, l. Gómez, F. Burló y J, Mataix.-- Dinámica del proceso de sorción de fósforo en suelos. Definición de indicadores. T. Crisanto y P. P. Iturbe.-- Estudio de la adsorción de atrazina por polimeros modelos y por un ácido homico mediante la técnica de diálisis. M. Schiavon, J. M. Portal, F. Andreux y G. Bertin.-- Oxidos de hierro sintéticos y agregación en muestras de caolinita y cuarzo. M. Arias, M. T. Barraly F. Díaz-Fierros.-- Fertilization with NPK and humate NPK: Plant yield and nutrient dynamics. A. Benedetti, A. Figliolia, C. Izza, R. lndiati and S. Canali.-- Aplicación de un método de fraccionamiento de especies alumínicas a soluciones de suelos de Galicia. E. Alvarez y R. Calvo.-- Contenido y evolución de 9 elementos químicos en pimiento piquillo a lo largo de su desarrollo. R. Y. Cavero, A. Echeverría, F. Iribarren y M. L. López.-- Distribución del tamaño de poros, porosidad total y su variabilidad con la dedicación en el horizonte orgánico de un cambisol gleico. A. Paz y E. Benito.-- Caracterización de la textura superficial de granos de cuarzo en suelos con horizontes texturalmente contrastados. M. T. Martín Patino, R. J. Ballesta, V. Cala y A. Alvarez .-- Utilización de un lodo aerobio como sustitutivo de fertilizantes fosforados inorgánicos. M. Ayuso, T. Hernández, C. García y F. Costa.-- Movilidad de aldicarb y de carbofurano en columnas de suelo. A. Apaolaza, F. J. Arranz y E. Revilla.-- Degradación de clorofila en cloroplastos incubados en medio isotónico con la fracción celular extracloroplástica. J. Cuello, A. Lahora y B. Stibater.-- Especiación química de zinc y cadmio en suelos de cultivo. V. Cala, A. M. Alvarez, R. Vigil de la Villa y M. Gasea.-- Germination with alternate temperatures of weeds infesting irrigated vegetables. R. González Ponce, A. Herce and M. L. Salas.-- Evaluación de la fertilidad de los vertisoles de la provincia de Badajoz (España) mediante cultivos experimentales. Producción en materia seca y nutrientes del cultivo. A. García y A. López.-- Isozymes peroxidase in cytokinin treated seedlings of Corylus avellana L. C. Colinas, C. Díaz-Sala and R. Rodríguez.-- Respuestas de las plantas a la contaminación por metales pesados. J. Barceló y Ch. Poschenrieder.-- N, P and K balance in winter wheat in the pampean semiarid region of Argentina. R. A. Rosell, M. R. Landriscini and J. A. Galantini.-- Utilización de residuos urbanos como fertilizantes orgánicos. T. Hernández, C. García, F. Costa, J. A. Valero y M. Ayuso.-- Inducción de organogénesis en cotiledones de Pinus canariensis. C. Martínez Pulido.-- Hidróxidos de aluminio sintéticos y agregación en muestras de caolinita y cuarzo . . M. Arias, M. T. Barral y F. Díaz-Fierros.-- Producción de endoglucanasas por Glomus mosseae y su posible implicación en la colonización de raf<::es de cebolla. J. M. García-Garrido, l. García-Romera y J. A. Ocampo.-- Estudio comparado de la fracción mineral del suelo de cultivo· y de las heces' de Allolobophora molleri (Lumbricidae) Rosa, 1889.D. Trigo y D. J. Díaz Cosín.-- Determinación de la homogeneidad múltiple utilizando diferentes niveles de taxones en perfiles de suelos de la cuenca media y alta del río Motatán. Estados Mérida y Trujillo. Venezuela. J. Jaimes, J. Oballos y G. Ochoa.-- Adsorción - desorción de picloram por arcillas y óxidos. E. A. Ferreiro, S. G. de Bussetti.-- Influencia de la carga y el potencial hídrico durante la compactación sobre la resistencia a la tracción de unidades estructurales de suelo en estado seco. A. Paz y J. Guérif.-- Residuos orgánicos: Incidencia de su aplicación sobre la composición mineral del fruto del tomate, I. Gómez, J. Navarro-Pedreño y J. Mataix.-- Growth, cell wall elasticity and plasticity in Zea mays L. coleoptiles exposed to cadmium. B. Gunsé, M. Llugany, Ch. Poschenrieder and J. Barceló.-- Effects of high zinc and cadmium concentrations on the metallophyte Thlaspi caerulescens J. et C. Presl. (Brassicaceae). J. Módico, Ch. Poschenrieder, M. D. Vázquez and J. Barceló.--Determinación del grado ·de contaminación de los rlos mediante el estudio conjunto de la composición de sus aguas y sedimentos. A. Bustos, C. Ortega y I. Sastre.-- Influencia del grado de madurez de un residuo urbano sobre la germinación y disponibilidad de nitrógeno. M. Ayuso, T. Hernández, F. Costa, C. García y J. A. Pascual.-- Influencia del nitrógeno sobre el desarrollo in vitro del portainjerto de vid.--A. Villegas, C. Mozuelos, M. Cantos y A. Troncoso.-- Efecto del alpechín sobre la solubilización de metales pesados. M. Bejarano y L. Madrid.-- Aporte foliar de titanio a plantas de pimiento pimentonero. Influencia sobre el balance de nutrición en pericarpio de fruto. M. Carvajal, M. J. Frutos, J. L. Giménez, C. F. Alcaraz y F. Martínez-Sánchez.-- Effects of phosphate, sulfate and molibdate on the uptake and distribution of technetium-99 in bush bean plants. A. Bennássar, C. Cabot, J. Barceló y Ch. Poschenrieder.-- Uptake, translocation and efficiency of nutrients in Phaseolus vulgaris L. cv. contender exposed to aluminum. N. Massot, Ch. Poschenrieder and J. Barceló.-- Efecto del cadmio sobre Ü1. absorción y distribución de manganeso en distintas variedades de Lactuca. A. Gárate, I. Ramos y J. J. Lucena.-- Efecto residual de diferentes residuos orgánicos sobre un cultivo de cebada. F. Costa, T. Hernández, C. García, M. Ayuso, J. A. Pascual y A. Polo.-- Beneficial effects of low chromium III concentrations in iron deficient maize plants. Ch. Poschenrieder, M. D. Vázquez, A. Bonet and J. Barceló.-- Depresión en el rendimiento del maíz causado por altas concentraciones de N residual en el suelo. C. Pozo, C. Cruces, J. M. Ramos, y L. F. García del Moral.-- Selección y caracterización de una línea celular de limonero tolerante a estrés salino. A. Piquera y E. Hellín.-- Efectos del As en el comportamiento vegetal de Lycopersicum esculentum Mili. Relación del As en hojas y frutos con parámetros físicos. F. Burló, A. Carbonell y J. Mataix.--Niveles críticos y equilibrios óptimos de macronutrientes en la fertilización diferenciada de la vid. R. Sarmiento, J. L. García, M. C. Grande, M. C. Vil/alón, A. de Castro y C. Mozuelos.-- Niveles críticos y equilibrios óptimos de micronutrientes en la fertilización diferenciada de la vid. R. Sarmiento, J. L. García, M. C. Grande, M. C. Vil/alón, A. de Castro y C. Mozuelos.-- Efecto de un compost de lodo residual sobre el rendimiento y contenido de Cd y Ni en diversos cultivos. I. Walter, R. Miralles y M. Bigeriego.-- Estudio del eflujo neto de H+ por raíces aeropónicas estériles de plantulas de girasol (Helianthus annuus L.) bajo condiciones de toxicidad de B. F. Espinosa y M. C. Alvarez-Tinaut-- Efecodel riego con aguas residuales urbanas depuradas sobre la disponibilidad de metales pesados para la planta. A. Inglés, M. Gómez y R. Nogales.-- Diferential response of four maize (Zea mays L.) varieties to aluminum toxicity. P. Guevara, Ch. Poschenrieder and Barceló.-- Comparación de los efectos de molibdeno y vanadio en Phaseo/us vulgaris L.: Crecimiento, proteínas y actividades enzimáticas de la nitrato-reducción. D. Saco, M. Alvarez y S. Martín.-- Influencia de la fertirrigación N, P, K sobre diversos nutrientes totales y solubles. Su evolución temporal. J. L. Va/enzuela, A. del Río, A. Sánchez, l. López-Cantarero y L. Romero.-- Valoración de métodos de extracción de mercurio en suelos contaminados. J. J. Lucena, L. E. Hernández, S. Olmos y R. Carpena Ruiz.-- Relaciones entre contenidos totales de Zn, Pb, Cu y Cd en suelos y plantas. A. M. Moreno, L. Pérez y J. González.-- Effect of N-nutrition and irrigation water on Carob-Tree (Ceratonia si/iqua L.). Growth responses. P. Correia y M. A. Martins-LouçaoPeer reviewe

    Cell death pathways in pathogenic trypanosomatids: lessons of (over)kill

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    Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)

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    Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition) 1

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    Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)

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    International audienceIn 2008, we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, this topic has received increasing attention, and many scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Thus, it is important to formulate on a regular basis updated guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Despite numerous reviews, there continues to be confusion regarding acceptable methods to evaluate autophagy, especially in multicellular eukaryotes. Here, we present a set of guidelines for investigators to select and interpret methods to examine autophagy and related processes, and for reviewers to provide realistic and reasonable critiques of reports that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a dogmatic set of rules, because the appropriateness of any assay largely depends on the question being asked and the system being used. Moreover, no individual assay is perfect for every situation, calling for the use of multiple techniques to properly monitor autophagy in each experimental setting. Finally, several core components of the autophagy machinery have been implicated in distinct autophagic processes (canonical and noncanonical autophagy), implying that genetic approaches to block autophagy should rely on targeting two or more autophagy-related genes that ideally participate in distinct steps of the pathway. Along similar lines, because multiple proteins involved in autophagy also regulate other cellular pathways including apoptosis, not all of them can be used as a specific marker for bona fide autophagic responses. Here, we critically discuss current methods of assessing autophagy and the information they can, or cannot, provide. Our ultimate goal is to encourage intellectual and technical innovation in the field
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