Funktionelle Charakterisierung heterozygoter GLI2 missense Mutationen bei Patienten mit multiplem hypophysären Hormonmangel

Der GLI2-Transkriptionsfaktor ist eines der Haupt Effektor-Proteine des Sonic Hedgehog (SHH)-Signalweges und hat vermutlich eine Schlüsselfunktion in der Entwicklung der Hypophyse. Genomische GLI2-Veränderungen welche zu abgeschnittenen Proteinen führten, wurden beschrieben als Ursache für Holoprosenzephalie (HPE) oder HPE-ähnliche Veränderungen, teilweise in Verbindung mit einer Hypophysenunterfunktion. Ziel dieser Arbeit war die Ermittlung der Frequenz von GLI2-Mutationen in Patienten mit multiplem hypophysärem Hormonausfall (multiple pituitary hormone deficiency, MPHD) und eine funktionelle Untersuchung der gefunden Mutationen mittels Transkriptionsaktivitäts-Untersuchungen durch funktionelle Luciferase assays. Hierfür wählten wir Teilnehmer der GeNeSIS (Genetics and Neuroendocrinology of Short Stature International Study)-Studie. Patienten bei denen bereits Mutationen eines der etablierten Gene für MPHD nachgewiesen wurde, wurden ausgeschlossen. Insgesamt haben wir 168 Patienten mit MPHD untersucht. Bei allen Patienten waren mindestens ein GH- und ein TSH-Mangel dokumentiert, Auffälligkeiten in der zentralen Bildgebung mittels cMRT wurden bei 96 Patienten angegeben. In fünf Studienteilnehmern wurden vier verschiedene heterozygote missense Varianten nachgewiesen, hiervon wurden zwei bislang noch nicht in der Literatur beschrieben. Eine Variante, pR516P, führte in den in-vitro Experimenten zu einem kompletten Verlust der Proteinaktivität. Zusätzlich zu einem Wachstumshormonmangel hatte der Träger dieser Mutation einen Mangel an TSH und der Gonadotropine, sowie einen nichtdeszendierten Hypophysenhinterlappen und eine Polydaktylie, aber keine ersichtlichen Mittelliniendefekte. Anhand der funktionellen Untersuchung konnten wir erstmalig nachweisen, dass ein heterozygoter Aminosäuren-Austausch im GLI2-Protein zu einer möglichen Funktionseinschränkung der Transkriptionsaktivität führen kann und somit die Ursache für MPHD mit milden extrahypophysären Auffälligkeiten sein könnte. Der Phänotyp von GLI2-Mutationen ist variabel und die Penetranz ist unvollständig. GLI2-Mutationen sind assoziiert mit einer Hypoplasie des Hypophysenvorderlappens und treten gehäuft mit einem ektopen Hypophysenhinterlappen auf.:1. Bibliographische Beschreibung S. 4 2. Abkürzungen (alphabetisch sortiert) S. 6 3. Hintergrund S. 8 3.1 Minderwuchs S. 8 3.2 GeNeSIS-Programm S. 10 3.3 Entwicklung, Aufbau und Funktion der Hypophyse S. 11 3.4 Molekularbiologie der Hypophysenentwicklung S. 12 3.4.1 Signalmoleküle, die die Stratifizierung der Rathke-Tasche und die Festlegung der hypophysären Zelllinien bestimmen S. 12 3.4.2 Transkriptionsfaktoren, welche die frühen Phasen der Anlage kontrollieren S. 13 3.5 Hedgehog-Gen Familie S. 15 3.5.1 SHH-Prozessierung und Freisetzung S. 16 3.5.2 SHH-Rezeptorbindung S. 17 3.5.3 SHH-Signaltransduktion S. 17 3.6 GLI-Proteine S. 18 3.6.1 GLI2 S. 19 3.6.2 GLI2-Mutationen bei Menschen S. 20 3.7 Rationale für die Promotionsarbeit S. 20 4. Publikation S. 22 4.1. Druckversion S. 22 4.2 Supplemental Material S. 32 5. Zusammenfassung und Interpretation S. 40 5.1 Screening S. 41 5.2 GLI2-Varianten S. 41 5.3 Experimentelle Untersuchungen S. 42 5.4 Interpretation und Diskussion S. 43 6. Referenzen S. 45 7. Anlagen S. 54 7.1 Erklärung über die eigenständige Abfassung der Arbeit S. 54 7.2 Lebenslauf S. 55 7.3 Publikationen und Auszeichnungen S. 56 7.3.1 Publikationen S. 56 7.3.1 Auszeichnungen S. 56 7.5 Danksagung S. 5

Deciphering the Transcriptomic Heterogeneity of Duodenal Coeliac Disease Biopsies

Coeliac disease (CD) is a clinically heterogeneous autoimmune disease with variable presentation and progression triggered by gluten intake. Molecular or genetic factors contribute to disease heterogeneity, but the reasons for different outcomes are poorly understood. Transcriptome studies of tissue biopsies from CD patients are scarce. Here, we present a high-resolution analysis of the transcriptomes extracted from duodenal biopsies of 24 children and adolescents with active CD and 21 individuals without CD but with intestinal afflictions as controls. The transcriptomes of CD patients divide into three groups—a mixed group presenting the control cases, and CD-low and CD-high groups referring to lower and higher levels of CD severity. Persistence of symptoms was weakly associated with subgroup, but the highest marsh stages were present in subgroup CD-high, together with the highest cell cycle rates as an indicator of virtually complete villous atrophy. Considerable variation in inflammation-level between subgroups was further deciphered into immune cell types using cell type de-convolution. Self-organizing maps portrayal was applied to provide high-resolution landscapes of the CD-transcriptome. We find asymmetric patterns of miRNA and long non-coding RNA and discuss the effect of epigenetic regulation. Expression of genes involved in interferon gamma signaling represent suitable markers to distinguish CD from non-CD cases. Multiple pathways overlay in CD biopsies in different ways, giving rise to heterogeneous transcriptional patterns, which potentially provide information about etiology and the course of the disease

Barbarians at the British Museum: Anglo-Saxon Art, Race and Religion

A critical historiographical overview of art historical approaches to early medieval material culture, with a focus on the British Museum collections and their connections to religion

Funktionelle Charakterisierung heterozygoter GLI2 missense Mutationen bei Patienten mit multiplem hypophysären Hormonmangel

Der GLI2-Transkriptionsfaktor ist eines der Haupt Effektor-Proteine des Sonic Hedgehog (SHH)-Signalweges und hat vermutlich eine Schlüsselfunktion in der Entwicklung der Hypophyse. Genomische GLI2-Veränderungen welche zu abgeschnittenen Proteinen führten, wurden beschrieben als Ursache für Holoprosenzephalie (HPE) oder HPE-ähnliche Veränderungen, teilweise in Verbindung mit einer Hypophysenunterfunktion. Ziel dieser Arbeit war die Ermittlung der Frequenz von GLI2-Mutationen in Patienten mit multiplem hypophysärem Hormonausfall (multiple pituitary hormone deficiency, MPHD) und eine funktionelle Untersuchung der gefunden Mutationen mittels Transkriptionsaktivitäts-Untersuchungen durch funktionelle Luciferase assays. Hierfür wählten wir Teilnehmer der GeNeSIS (Genetics and Neuroendocrinology of Short Stature International Study)-Studie. Patienten bei denen bereits Mutationen eines der etablierten Gene für MPHD nachgewiesen wurde, wurden ausgeschlossen. Insgesamt haben wir 168 Patienten mit MPHD untersucht. Bei allen Patienten waren mindestens ein GH- und ein TSH-Mangel dokumentiert, Auffälligkeiten in der zentralen Bildgebung mittels cMRT wurden bei 96 Patienten angegeben. In fünf Studienteilnehmern wurden vier verschiedene heterozygote missense Varianten nachgewiesen, hiervon wurden zwei bislang noch nicht in der Literatur beschrieben. Eine Variante, pR516P, führte in den in-vitro Experimenten zu einem kompletten Verlust der Proteinaktivität. Zusätzlich zu einem Wachstumshormonmangel hatte der Träger dieser Mutation einen Mangel an TSH und der Gonadotropine, sowie einen nichtdeszendierten Hypophysenhinterlappen und eine Polydaktylie, aber keine ersichtlichen Mittelliniendefekte. Anhand der funktionellen Untersuchung konnten wir erstmalig nachweisen, dass ein heterozygoter Aminosäuren-Austausch im GLI2-Protein zu einer möglichen Funktionseinschränkung der Transkriptionsaktivität führen kann und somit die Ursache für MPHD mit milden extrahypophysären Auffälligkeiten sein könnte. Der Phänotyp von GLI2-Mutationen ist variabel und die Penetranz ist unvollständig. GLI2-Mutationen sind assoziiert mit einer Hypoplasie des Hypophysenvorderlappens und treten gehäuft mit einem ektopen Hypophysenhinterlappen auf.:1. Bibliographische Beschreibung S. 4 2. Abkürzungen (alphabetisch sortiert) S. 6 3. Hintergrund S. 8 3.1 Minderwuchs S. 8 3.2 GeNeSIS-Programm S. 10 3.3 Entwicklung, Aufbau und Funktion der Hypophyse S. 11 3.4 Molekularbiologie der Hypophysenentwicklung S. 12 3.4.1 Signalmoleküle, die die Stratifizierung der Rathke-Tasche und die Festlegung der hypophysären Zelllinien bestimmen S. 12 3.4.2 Transkriptionsfaktoren, welche die frühen Phasen der Anlage kontrollieren S. 13 3.5 Hedgehog-Gen Familie S. 15 3.5.1 SHH-Prozessierung und Freisetzung S. 16 3.5.2 SHH-Rezeptorbindung S. 17 3.5.3 SHH-Signaltransduktion S. 17 3.6 GLI-Proteine S. 18 3.6.1 GLI2 S. 19 3.6.2 GLI2-Mutationen bei Menschen S. 20 3.7 Rationale für die Promotionsarbeit S. 20 4. Publikation S. 22 4.1. Druckversion S. 22 4.2 Supplemental Material S. 32 5. Zusammenfassung und Interpretation S. 40 5.1 Screening S. 41 5.2 GLI2-Varianten S. 41 5.3 Experimentelle Untersuchungen S. 42 5.4 Interpretation und Diskussion S. 43 6. Referenzen S. 45 7. Anlagen S. 54 7.1 Erklärung über die eigenständige Abfassung der Arbeit S. 54 7.2 Lebenslauf S. 55 7.3 Publikationen und Auszeichnungen S. 56 7.3.1 Publikationen S. 56 7.3.1 Auszeichnungen S. 56 7.5 Danksagung S. 5

Funktionelle Charakterisierung heterozygoter GLI2 missense Mutationen bei Patienten mit multiplem hypophysären Hormonmangel

Der GLI2-Transkriptionsfaktor ist eines der Haupt Effektor-Proteine des Sonic Hedgehog (SHH)-Signalweges und hat vermutlich eine Schlüsselfunktion in der Entwicklung der Hypophyse. Genomische GLI2-Veränderungen welche zu abgeschnittenen Proteinen führten, wurden beschrieben als Ursache für Holoprosenzephalie (HPE) oder HPE-ähnliche Veränderungen, teilweise in Verbindung mit einer Hypophysenunterfunktion. Ziel dieser Arbeit war die Ermittlung der Frequenz von GLI2-Mutationen in Patienten mit multiplem hypophysärem Hormonausfall (multiple pituitary hormone deficiency, MPHD) und eine funktionelle Untersuchung der gefunden Mutationen mittels Transkriptionsaktivitäts-Untersuchungen durch funktionelle Luciferase assays. Hierfür wählten wir Teilnehmer der GeNeSIS (Genetics and Neuroendocrinology of Short Stature International Study)-Studie. Patienten bei denen bereits Mutationen eines der etablierten Gene für MPHD nachgewiesen wurde, wurden ausgeschlossen. Insgesamt haben wir 168 Patienten mit MPHD untersucht. Bei allen Patienten waren mindestens ein GH- und ein TSH-Mangel dokumentiert, Auffälligkeiten in der zentralen Bildgebung mittels cMRT wurden bei 96 Patienten angegeben. In fünf Studienteilnehmern wurden vier verschiedene heterozygote missense Varianten nachgewiesen, hiervon wurden zwei bislang noch nicht in der Literatur beschrieben. Eine Variante, pR516P, führte in den in-vitro Experimenten zu einem kompletten Verlust der Proteinaktivität. Zusätzlich zu einem Wachstumshormonmangel hatte der Träger dieser Mutation einen Mangel an TSH und der Gonadotropine, sowie einen nichtdeszendierten Hypophysenhinterlappen und eine Polydaktylie, aber keine ersichtlichen Mittelliniendefekte. Anhand der funktionellen Untersuchung konnten wir erstmalig nachweisen, dass ein heterozygoter Aminosäuren-Austausch im GLI2-Protein zu einer möglichen Funktionseinschränkung der Transkriptionsaktivität führen kann und somit die Ursache für MPHD mit milden extrahypophysären Auffälligkeiten sein könnte. Der Phänotyp von GLI2-Mutationen ist variabel und die Penetranz ist unvollständig. GLI2-Mutationen sind assoziiert mit einer Hypoplasie des Hypophysenvorderlappens und treten gehäuft mit einem ektopen Hypophysenhinterlappen auf.:1. Bibliographische Beschreibung S. 4 2. Abkürzungen (alphabetisch sortiert) S. 6 3. Hintergrund S. 8 3.1 Minderwuchs S. 8 3.2 GeNeSIS-Programm S. 10 3.3 Entwicklung, Aufbau und Funktion der Hypophyse S. 11 3.4 Molekularbiologie der Hypophysenentwicklung S. 12 3.4.1 Signalmoleküle, die die Stratifizierung der Rathke-Tasche und die Festlegung der hypophysären Zelllinien bestimmen S. 12 3.4.2 Transkriptionsfaktoren, welche die frühen Phasen der Anlage kontrollieren S. 13 3.5 Hedgehog-Gen Familie S. 15 3.5.1 SHH-Prozessierung und Freisetzung S. 16 3.5.2 SHH-Rezeptorbindung S. 17 3.5.3 SHH-Signaltransduktion S. 17 3.6 GLI-Proteine S. 18 3.6.1 GLI2 S. 19 3.6.2 GLI2-Mutationen bei Menschen S. 20 3.7 Rationale für die Promotionsarbeit S. 20 4. Publikation S. 22 4.1. Druckversion S. 22 4.2 Supplemental Material S. 32 5. Zusammenfassung und Interpretation S. 40 5.1 Screening S. 41 5.2 GLI2-Varianten S. 41 5.3 Experimentelle Untersuchungen S. 42 5.4 Interpretation und Diskussion S. 43 6. Referenzen S. 45 7. Anlagen S. 54 7.1 Erklärung über die eigenständige Abfassung der Arbeit S. 54 7.2 Lebenslauf S. 55 7.3 Publikationen und Auszeichnungen S. 56 7.3.1 Publikationen S. 56 7.3.1 Auszeichnungen S. 56 7.5 Danksagung S. 5

Funktionelle Charakterisierung heterozygoter GLI2 missense Mutationen bei Patienten mit multiplem hypophysären Hormonmangel

Der GLI2-Transkriptionsfaktor ist eines der Haupt Effektor-Proteine des Sonic Hedgehog (SHH)-Signalweges und hat vermutlich eine Schlüsselfunktion in der Entwicklung der Hypophyse. Genomische GLI2-Veränderungen welche zu abgeschnittenen Proteinen führten, wurden beschrieben als Ursache für Holoprosenzephalie (HPE) oder HPE-ähnliche Veränderungen, teilweise in Verbindung mit einer Hypophysenunterfunktion. Ziel dieser Arbeit war die Ermittlung der Frequenz von GLI2-Mutationen in Patienten mit multiplem hypophysärem Hormonausfall (multiple pituitary hormone deficiency, MPHD) und eine funktionelle Untersuchung der gefunden Mutationen mittels Transkriptionsaktivitäts-Untersuchungen durch funktionelle Luciferase assays. Hierfür wählten wir Teilnehmer der GeNeSIS (Genetics and Neuroendocrinology of Short Stature International Study)-Studie. Patienten bei denen bereits Mutationen eines der etablierten Gene für MPHD nachgewiesen wurde, wurden ausgeschlossen. Insgesamt haben wir 168 Patienten mit MPHD untersucht. Bei allen Patienten waren mindestens ein GH- und ein TSH-Mangel dokumentiert, Auffälligkeiten in der zentralen Bildgebung mittels cMRT wurden bei 96 Patienten angegeben. In fünf Studienteilnehmern wurden vier verschiedene heterozygote missense Varianten nachgewiesen, hiervon wurden zwei bislang noch nicht in der Literatur beschrieben. Eine Variante, pR516P, führte in den in-vitro Experimenten zu einem kompletten Verlust der Proteinaktivität. Zusätzlich zu einem Wachstumshormonmangel hatte der Träger dieser Mutation einen Mangel an TSH und der Gonadotropine, sowie einen nichtdeszendierten Hypophysenhinterlappen und eine Polydaktylie, aber keine ersichtlichen Mittelliniendefekte. Anhand der funktionellen Untersuchung konnten wir erstmalig nachweisen, dass ein heterozygoter Aminosäuren-Austausch im GLI2-Protein zu einer möglichen Funktionseinschränkung der Transkriptionsaktivität führen kann und somit die Ursache für MPHD mit milden extrahypophysären Auffälligkeiten sein könnte. Der Phänotyp von GLI2-Mutationen ist variabel und die Penetranz ist unvollständig. GLI2-Mutationen sind assoziiert mit einer Hypoplasie des Hypophysenvorderlappens und treten gehäuft mit einem ektopen Hypophysenhinterlappen auf.:1. Bibliographische Beschreibung S. 4 2. Abkürzungen (alphabetisch sortiert) S. 6 3. Hintergrund S. 8 3.1 Minderwuchs S. 8 3.2 GeNeSIS-Programm S. 10 3.3 Entwicklung, Aufbau und Funktion der Hypophyse S. 11 3.4 Molekularbiologie der Hypophysenentwicklung S. 12 3.4.1 Signalmoleküle, die die Stratifizierung der Rathke-Tasche und die Festlegung der hypophysären Zelllinien bestimmen S. 12 3.4.2 Transkriptionsfaktoren, welche die frühen Phasen der Anlage kontrollieren S. 13 3.5 Hedgehog-Gen Familie S. 15 3.5.1 SHH-Prozessierung und Freisetzung S. 16 3.5.2 SHH-Rezeptorbindung S. 17 3.5.3 SHH-Signaltransduktion S. 17 3.6 GLI-Proteine S. 18 3.6.1 GLI2 S. 19 3.6.2 GLI2-Mutationen bei Menschen S. 20 3.7 Rationale für die Promotionsarbeit S. 20 4. Publikation S. 22 4.1. Druckversion S. 22 4.2 Supplemental Material S. 32 5. Zusammenfassung und Interpretation S. 40 5.1 Screening S. 41 5.2 GLI2-Varianten S. 41 5.3 Experimentelle Untersuchungen S. 42 5.4 Interpretation und Diskussion S. 43 6. Referenzen S. 45 7. Anlagen S. 54 7.1 Erklärung über die eigenständige Abfassung der Arbeit S. 54 7.2 Lebenslauf S. 55 7.3 Publikationen und Auszeichnungen S. 56 7.3.1 Publikationen S. 56 7.3.1 Auszeichnungen S. 56 7.5 Danksagung S. 5

Funktionelle Charakterisierung heterozygoter GLI2 missense Mutationen bei Patienten mit multiplem hypophysären Hormonmangel

Der GLI2-Transkriptionsfaktor ist eines der Haupt Effektor-Proteine des Sonic Hedgehog (SHH)-Signalweges und hat vermutlich eine Schlüsselfunktion in der Entwicklung der Hypophyse. Genomische GLI2-Veränderungen welche zu abgeschnittenen Proteinen führten, wurden beschrieben als Ursache für Holoprosenzephalie (HPE) oder HPE-ähnliche Veränderungen, teilweise in Verbindung mit einer Hypophysenunterfunktion. Ziel dieser Arbeit war die Ermittlung der Frequenz von GLI2-Mutationen in Patienten mit multiplem hypophysärem Hormonausfall (multiple pituitary hormone deficiency, MPHD) und eine funktionelle Untersuchung der gefunden Mutationen mittels Transkriptionsaktivitäts-Untersuchungen durch funktionelle Luciferase assays. Hierfür wählten wir Teilnehmer der GeNeSIS (Genetics and Neuroendocrinology of Short Stature International Study)-Studie. Patienten bei denen bereits Mutationen eines der etablierten Gene für MPHD nachgewiesen wurde, wurden ausgeschlossen. Insgesamt haben wir 168 Patienten mit MPHD untersucht. Bei allen Patienten waren mindestens ein GH- und ein TSH-Mangel dokumentiert, Auffälligkeiten in der zentralen Bildgebung mittels cMRT wurden bei 96 Patienten angegeben. In fünf Studienteilnehmern wurden vier verschiedene heterozygote missense Varianten nachgewiesen, hiervon wurden zwei bislang noch nicht in der Literatur beschrieben. Eine Variante, pR516P, führte in den in-vitro Experimenten zu einem kompletten Verlust der Proteinaktivität. Zusätzlich zu einem Wachstumshormonmangel hatte der Träger dieser Mutation einen Mangel an TSH und der Gonadotropine, sowie einen nichtdeszendierten Hypophysenhinterlappen und eine Polydaktylie, aber keine ersichtlichen Mittelliniendefekte. Anhand der funktionellen Untersuchung konnten wir erstmalig nachweisen, dass ein heterozygoter Aminosäuren-Austausch im GLI2-Protein zu einer möglichen Funktionseinschränkung der Transkriptionsaktivität führen kann und somit die Ursache für MPHD mit milden extrahypophysären Auffälligkeiten sein könnte. Der Phänotyp von GLI2-Mutationen ist variabel und die Penetranz ist unvollständig. GLI2-Mutationen sind assoziiert mit einer Hypoplasie des Hypophysenvorderlappens und treten gehäuft mit einem ektopen Hypophysenhinterlappen auf.:1. Bibliographische Beschreibung S. 4 2. Abkürzungen (alphabetisch sortiert) S. 6 3. Hintergrund S. 8 3.1 Minderwuchs S. 8 3.2 GeNeSIS-Programm S. 10 3.3 Entwicklung, Aufbau und Funktion der Hypophyse S. 11 3.4 Molekularbiologie der Hypophysenentwicklung S. 12 3.4.1 Signalmoleküle, die die Stratifizierung der Rathke-Tasche und die Festlegung der hypophysären Zelllinien bestimmen S. 12 3.4.2 Transkriptionsfaktoren, welche die frühen Phasen der Anlage kontrollieren S. 13 3.5 Hedgehog-Gen Familie S. 15 3.5.1 SHH-Prozessierung und Freisetzung S. 16 3.5.2 SHH-Rezeptorbindung S. 17 3.5.3 SHH-Signaltransduktion S. 17 3.6 GLI-Proteine S. 18 3.6.1 GLI2 S. 19 3.6.2 GLI2-Mutationen bei Menschen S. 20 3.7 Rationale für die Promotionsarbeit S. 20 4. Publikation S. 22 4.1. Druckversion S. 22 4.2 Supplemental Material S. 32 5. Zusammenfassung und Interpretation S. 40 5.1 Screening S. 41 5.2 GLI2-Varianten S. 41 5.3 Experimentelle Untersuchungen S. 42 5.4 Interpretation und Diskussion S. 43 6. Referenzen S. 45 7. Anlagen S. 54 7.1 Erklärung über die eigenständige Abfassung der Arbeit S. 54 7.2 Lebenslauf S. 55 7.3 Publikationen und Auszeichnungen S. 56 7.3.1 Publikationen S. 56 7.3.1 Auszeichnungen S. 56 7.5 Danksagung S. 5

Deciphering the Transcriptomic Heterogeneity of Duodenal Coeliac Disease Biopsies

Coeliac disease (CD) is a clinically heterogeneous autoimmune disease with variable presentation and progression triggered by gluten intake. Molecular or genetic factors contribute to disease heterogeneity, but the reasons for different outcomes are poorly understood. Transcriptome studies of tissue biopsies from CD patients are scarce. Here, we present a high-resolution analysis of the transcriptomes extracted from duodenal biopsies of 24 children and adolescents with active CD and 21 individuals without CD but with intestinal afflictions as controls. The transcriptomes of CD patients divide into three groups—a mixed group presenting the control cases, and CD-low and CD-high groups referring to lower and higher levels of CD severity. Persistence of symptoms was weakly associated with subgroup, but the highest marsh stages were present in subgroup CD-high, together with the highest cell cycle rates as an indicator of virtually complete villous atrophy. Considerable variation in inflammation-level between subgroups was further deciphered into immune cell types using cell type de-convolution. Self-organizing maps portrayal was applied to provide high-resolution landscapes of the CD-transcriptome. We find asymmetric patterns of miRNA and long non-coding RNA and discuss the effect of epigenetic regulation. Expression of genes involved in interferon gamma signaling represent suitable markers to distinguish CD from non-CD cases. Multiple pathways overlay in CD biopsies in different ways, giving rise to heterogeneous transcriptional patterns, which potentially provide information about etiology and the course of the disease

Deciphering the Transcriptomic Heterogeneity of Duodenal Coeliac Disease Biopsies

Coeliac disease (CD) is a clinically heterogeneous autoimmune disease with variable presentation and progression triggered by gluten intake. Molecular or genetic factors contribute to disease heterogeneity, but the reasons for different outcomes are poorly understood. Transcriptome studies of tissue biopsies from CD patients are scarce. Here, we present a high-resolution analysis of the transcriptomes extracted from duodenal biopsies of 24 children and adolescents with active CD and 21 individuals without CD but with intestinal afflictions as controls. The transcriptomes of CD patients divide into three groups—a mixed group presenting the control cases, and CD-low and CD-high groups referring to lower and higher levels of CD severity. Persistence of symptoms was weakly associated with subgroup, but the highest marsh stages were present in subgroup CD-high, together with the highest cell cycle rates as an indicator of virtually complete villous atrophy. Considerable variation in inflammation-level between subgroups was further deciphered into immune cell types using cell type de-convolution. Self-organizing maps portrayal was applied to provide high-resolution landscapes of the CD-transcriptome. We find asymmetric patterns of miRNA and long non-coding RNA and discuss the effect of epigenetic regulation. Expression of genes involved in interferon gamma signaling represent suitable markers to distinguish CD from non-CD cases. Multiple pathways overlay in CD biopsies in different ways, giving rise to heterogeneous transcriptional patterns, which potentially provide information about etiology and the course of the disease

Deciphering the Transcriptomic Heterogeneity of Duodenal Coeliac Disease Biopsies

Coeliac disease (CD) is a clinically heterogeneous autoimmune disease with variable presentation and progression triggered by gluten intake. Molecular or genetic factors contribute to disease heterogeneity, but the reasons for different outcomes are poorly understood. Transcriptome studies of tissue biopsies from CD patients are scarce. Here, we present a high-resolution analysis of the transcriptomes extracted from duodenal biopsies of 24 children and adolescents with active CD and 21 individuals without CD but with intestinal afflictions as controls. The transcriptomes of CD patients divide into three groups—a mixed group presenting the control cases, and CD-low and CD-high groups referring to lower and higher levels of CD severity. Persistence of symptoms was weakly associated with subgroup, but the highest marsh stages were present in subgroup CD-high, together with the highest cell cycle rates as an indicator of virtually complete villous atrophy. Considerable variation in inflammation-level between subgroups was further deciphered into immune cell types using cell type de-convolution. Self-organizing maps portrayal was applied to provide high-resolution landscapes of the CD-transcriptome. We find asymmetric patterns of miRNA and long non-coding RNA and discuss the effect of epigenetic regulation. Expression of genes involved in interferon gamma signaling represent suitable markers to distinguish CD from non-CD cases. Multiple pathways overlay in CD biopsies in different ways, giving rise to heterogeneous transcriptional patterns, which potentially provide information about etiology and the course of the disease