Systems Approach Reveals Nuclear Factor Erythroid 2-Related Factor 2/Protein Kinase R Crosstalk in Human Cutaneous Leishmaniasis

Leishmania parasites infect macrophages, causing a wide spectrum of human diseases, from cutaneous to visceral forms. In search of novel therapeutic targets, we performed comprehensive in vitro and ex vivo mapping of the signaling pathways upstream and downstream of antioxidant transcription factor [nuclear factor erythroid 2-related factor 2 (Nrf2)] in cutaneous leishmaniasis (CL), by combining functional assays in human and murine macrophages with a systems biology analysis of in situ (skin biopsies) CL patient samples. First, we show the PKR pathway controls the expression and activation of Nrf2 in Leishmania amazonensis infection in vitro. Nrf2 activation also required PI3K/Akt signaling and autophagy mechanisms. Nrf2- or PKR/Akt-deficient macrophages exhibited increased levels of ROS/RNS and reduced expression of Sod1 Nrf2-dependent gene and reduced parasite load. L. amazonensis counteracted the Nrf2 inhibitor Keap1 through the upregulation of p62 via PKR. This Nrf2/Keap1 observation was confirmed in situ in skin biopsies from Leishmania-infected patients. Next, we explored the ex vivo transcriptome in CL patients, as compared to healthy controls. We found the antioxidant response element/Nrf2 signaling pathway was significantly upregulated in CL, including downstream target p62. In silico enrichment analysis confirmed upstream signaling by interferon and PI3K/Akt, and validated our in vitro findings. Our integrated in vitro, ex vivo, and in silico approach establish Nrf2 as a central player in human cutaneous leishmaniasis and reveal Nrf2/PKR crosstalk and PI3K/Akt pathways as potential therapeutic targets

Variabilidade do gene da proteína capsidial do Grapevine leafroll-associated virus 3 no Brasil

Leafroll is an economically important disease affecting grapevines (Vitis spp.). Nine serologically distinct viruses, Grapevine leafroll-associated virus-1 through 9, are associated with this disease. The present study describes the coat protein gene sequence of four GLRaV-3 isolates occurring in the São Francisco River basin, Northeastern Brazil. The viral RNA was extracted from GLRaV-3 ELISA-positive plants and the complete coat protein gene was amplified by RT-PCR. Sequences were generated automatically and compared to the complete coat protein sequence from North American (NY1) and Chinese (Dawanhong Nº2 and SL10) GLRaV-3 isolates. The four studied isolates, named Pet-1 through 4, showed deduced amino acid identities of 98-100% (Pet-1 through 3) and 95% (Pet-4) with North American and Chinese isolates. A total of seventeen amino acid substitutions was detected among the four characterized isolates in comparison to the NY1, Dawanhong No.2 and SL10 sequences. The results indicated the existence of natural variation among GLRaV-3 isolates from grapevines, also demonstrating a lack of correlation between sequence data and geographic origin. This variability should be considered when selecting regions of the viral genome targeted for reliable and consistent virus molecular detection.O enrolamento da folha é uma doença economicamente importante que afeta videiras (Vitis spp.). Nove vírus sorologicamente distintos, Grapevine leafroll-associated virus-1 a -9, estão associados à doença. Este estudo descreve a seqüência do gene da proteína capsidial de quatro isolados do GLRaV-3 encontrados no Vale do Rio São Francisco, Nordeste do Brasil. O RNA viral foi extraído de plantas positivas em ELISA para o GLRaV-3 e o gene da proteína capsidial completo foi amplificado por RT-PCR. As seqüências foram geradas automaticamente e comparadas a seqüências completas do gene da proteína capsidial de isolados Norte-Americano (NY1) e Chineses (Dawanhong Nº;2 e SL10) de GLRaV-3. Os quatro isolados estudados, denominados Pet-1 a 4, exibiram identidades de aminoácidos deduzidos de 98-100% (Pet-1 a 3) e 95% (Pet-4) com os isolados Norte-Americano e Chineses. Um total de dezessete substituições de aminoácidos foi detectado entre os quatro isolados caracterizados em comparação com as seqüências do NY1, Dawanhong No.2 e SL10. Os resultados indicaram a existência de variação natural entre os isolados de GLRaV-3 de videiras, demonstrando também a falta de correlação entre dados de sequência e origem geográfica. Esta variabilidade deve ser considerada quando se selecionam regiões do genoma viral para uma detecção molecular confiável e consistente

A Coulomb gas approach to the anisotropic one-dimensional Kondo lattice model at arbitrary filling

We establish a mapping of a general spin-fermion system in one dimension into a classical generalized Coulomb gas. This mapping allows a renormalization group treatment of the anisotropic Kondo chain both at and away from half-filling. We find that the phase diagram contains regions of paramagnetism, partial and full ferromagnetic order. We also use the method to analyze the phases of the Ising-Kondo chain.Comment: 19 pages, 9 figure

Estudos sobre a nutrição mineral do milho: II - deficiências de macronutrientes na variedade Piranão

Corn plants, Piranão variety, were grown in nutrient solution, complete and with omission of one macronutrient each time, in order to gain information on the effects of treatments on growth, symptoms of deficiency, and mineral composition of the leaves. The following symptoms of deficiency were obtained: Nitrogen -- plants underdeveloped; "V" shaped chlorosis beginning in the older leaves followed by drying and necrosis; Phosphorus - older leaves dark green with a purple hve; Potassium - plants underdeveloped; marginal chlorisis and necrosis in the older leaves; iron induced chlorosis in the younger leaves; Calcium - plants very underdeveloped due to death of apical merystem; younger leaves showing tip and marginal chlorosis and afterwards necrosis and break down of the tissue; wide whitish areas in the younger leaves; Magnesium - plants very underdeveloped; internerval chlorosis in older leaves first, proceeding to the young ones; Sulfur - absence of marked symptoms, except for a slight chlorosis in the younger leaves. Dry matter production obeyed the following decreasing order: Complete, minus S, minus P, minus K, minus Mg, minus N and minus Ca. Ears were obtained only in treatments complete and minus S. Top/root ratio decreased according to this order: minus S, complete, minus K, minus Mg, minus N, minus P and minus Ca. The macronutrient content for the treatment complete was the following respectively for lower and upper, leaves: N - 2.76 and 2.52%; P - 0.59 and 0.53%; K - 2.25 and 2.26%;Ca - 2.17 and 1.85;Mg - 0.82 and0.66;S - 0.38 and 0.32. The values of the element corresponding to each treatment were: N - 1.84 and 1.22 (that is: lower leaves in the minus N plants had 1 84% N, whereas the upper leaves in same treatment had 1.22% N; P - 0.14 and 0.17%; K - 0.29 and 0.78%; Ca - 0.29 and 0.05; Mg -0.09 and 0.05%; S- 0.31 and 0.26%.Foram induzidos sintomas de carência de macronutrientes no milho, var. Piranão, exceto no caso do enxofre. Os níveis foliares de N, P, K, Ca, Mg e S foram determinados nas plantas sujeitos à nutrição completa e às deficiências de macronutrientes

Variabilidade da extremidade 3' do gene da polimerase de isolados de Grapevine leafroll-associated virus-3 do Submédio do Vale do São Francisco

Many viral diseases, including leafroll, which is of great economic importance, affect grapevines (Vitis spp.). A complex of eight viruses [Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV) -1 to 8] is associated with this disease. The objective of this study was to compare the variability of the 3' terminal region of the polymerase gene of three isolates of GLRaV-3 (Grapevine leafroll-associated virus-3), from Submédio do Vale do Rio São Francisco (Petrolina-PE) with that of other isolates available at the GenBank, including an isolate from North America and another from Southern Brazil. The viral RNA was extracted from three infected ELISA reactive plants and a fragment of 340 bp was amplified, by RT-PCR, using primers that recognize that portion of the polymerase gene found between nucleotides 8267 and 8606. The three isolates from Vale do Rio São Francisco named Pet-1, Pet-2 and Pet-3, showed similarities ranging from 98% and 94%, respectively to the isolates from North America (AF037268) and Southern Brazilian (AF438411). Considering the whole genome, the main variation found was one amino acid change at position 2766 (F2766Y). These preliminary data indicate the existence of a natural variation among GLRaV-3 isolates from grapevines. This could be due to the vegetative propagation and long cycle of the plant, associated with the error-prone nature of RNA-dependent RNA polymerase.A videira (Vitis spp.) é afetada por diversas viroses, dentre essas, o enrolamento da folha se destaca pela importância econômica. A doença é causada por um complexo formado por até oito vírus [Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV) -1 ao -8]. O objetivo desse trabalho foi comparar a variabilidade da extremidade 3' do gene da polimerase de isolados de GLRaV-3, provenientes do Submédio do Vale do Rio São Francisco (Petrolina, PE) com a de outros isolados disponíveis no GenBank, incluindo um isolado da América do Norte e um da região sul do Brasil. O RNA viral foi extraído de três amostras infetadas, reagentes em teste de ELISA, e um fragmento de 340 pb foi amplificado por RT-PCR, utilizando-se oligonucleotídeos para a região do gene da polimerase viral compreendida entre os nucleotídeos 8267 a 8606. Observou-se que os três isolados da região do São Francisco, denominados Pet-1, Pet-2 e Pet-3, apresentaram 98% e 94% de similaridade com o isolado norte-americano (AF037268) com aquele do sul do Brasil (AF438411), respectivamente. A principal variação observada foi uma troca de um aminoácido da posição 2766 (F2766Y), considerando-se o genoma completo. Esses dados preliminares indicam a existência de uma variabilidade natural entre isolados de GLRaV-3 em videiras. Isso pode ser explicado pela propagação vegetativa e pelo longo ciclo da planta associados à propensão ao erro da RNA polimerase dependente de RNA

The southern photometric local universe survey (S-PLUS): Improved SEDs, morphologies, and redshifts with 12 optical filters

The Southern Photometric Local Universe Survey (S-PLUS) is imaging ~9300 deg2 of the celestial sphere in 12 optical bands using a dedicated 0.8mrobotic telescope, the T80-South, at the Cerro Tololo Inter-american Observatory, Chile. The telescope is equipped with a 9.2k × 9.2k e2v detector with 10 μm pixels, resulting in a field of view of 2 deg2 with a plate scale of 0.55 arcsec pixel-1. The survey consists of four main subfields, which include two non-contiguous fields at high Galactic latitudes (|b| > 30° , 8000 deg2) and two areas of the Galactic Disc and Bulge (for an additional 1300 deg2). S-PLUS uses the Javalambre 12-band magnitude system, which includes the 5 ugriz broad-band filters and 7 narrow-band filters centred on prominent stellar spectral features: the Balmer jump/[OII], Ca H + K, Hd, G band, Mg b triplet, Hα, and the Ca triplet. S-PLUS delivers accurate photometric redshifts (δz/(1 + z) = 0.02 or better) for galaxies with r < 19.7 AB mag and z < 0.4, thus producing a 3D map of the local Universe over a volume of more than 1 (Gpc/h)3. The final S-PLUS catalogue will also enable the study of star formation and stellar populations in and around the Milky Way and nearby galaxies, as well as searches for quasars, variable sources, and low-metallicity stars. In this paper we introduce the main characteristics of the survey, illustrated with science verification data highlighting the unique capabilities of S-PLUS. We also present the first public data release of ~336 deg2 of the Stripe 82 area, in 12 bands, to a limiting magnitude of r = 21, available at datalab.noao.edu/splus.Fil: De Oliveira, C. Mendes. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Ribeiro, T.. Universidade Federal de Sergipe; Brasil. National Optical Astronomy Observatory; Estados UnidosFil: Schoenell, W.. Universidade Federal do Rio Grande do Sul; BrasilFil: Kanaan, A.. Universidade Federal de Santa Catarina; BrasilFil: Overzier, R.A.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; Brasil. Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovação e Comunicações. Observatório Nacional; BrasilFil: Molino, A.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Sampedro, L.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Coelho, P.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Barbosa, C.E.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Cortesi, A.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Costa Duarte, M.V.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Herpich, F.R.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; Brasil. Universidade Federal de Santa Catarina; BrasilFil: Hernandez Jimenez, J.A.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Placco, V.M.. University of Notre Dame; Estados Unidos. JINA Center for the Evolution of the Elements ; Estados UnidosFil: Xavier, H.S.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Abramo, L.R.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Saito, R.K.. Universidade Federal de Santa Catarina; BrasilFil: Chies Santos, A.L.. Universidade Federal do Rio Grande do Sul; BrasilFil: Ederoclite, A.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; Brasil. Centro de Estudios de Física del Cosmo de Aragon; EspañaFil: De Oliveira, R. Lopes. Universidade Federal de Sergipe; Brasil. Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovação e Comunicações. Observatório Nacional; Brasil. University of Maryland; Estados UnidosFil: Goncalves, D.R.. Universidade Federal do Rio de Janeiro; BrasilFil: Akras, S.. Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovação e Comunicações. Observatório Nacional; Brasil. Universidade Federal do Rio de Janeiro; BrasilFil: Almeida, L.A.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; Brasil. Universidade Federal do Rio Grande do Norte; BrasilFil: Almeida Fernandes, F.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; Brasil. Universidade Federal do Rio de Janeiro; BrasilFil: Beers, T.C.. University of Notre Dame; Estados Unidos. JINA Center for the Evolution of the Elements ; Estados UnidosFil: Bonatto, C.. Universidade Federal do Rio Grande do Sul; BrasilFil: Bonoli, S.. Centro de Estudios de Física del Cosmo de Aragon; EspañaFil: Cypriano, E.S.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Vinicius Lima, E.. Universidade do Sao Paulo. Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas; BrasilFil: Smith Castelli, Analia Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Astrofísica La Plata. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Astronómicas y Geofísicas. Instituto de Astrofísica La Plata; Argentin