Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search

Document recommendation systems for locating relevant literature have mostly relied on methods developed a decade ago. This is largely due to the lack of a large offline gold-standard benchmark of relevant documents that cover a variety of research fields such that newly developed literature search techniques can be compared, improved and translated into practice. To overcome this bottleneck, we have established the RElevant LIterature SearcH consortium consisting of more than 1500 scientists from 84 countries, who have collectively annotated the relevance of over 180 000 PubMed-listed articles with regard to their respective seed (input) article/s. The majority of annotations were contributed by highly experienced, original authors of the seed articles. The collected data cover 76% of all unique PubMed Medical Subject Headings descriptors. No systematic biases were observed across different experience levels, research fields or time spent on annotations. More importantly, annotations of the same document pairs contributed by different scientists were highly concordant. We further show that the three representative baseline methods used to generate recommended articles for evaluation (Okapi Best Matching 25, Term Frequency-Inverse Document Frequency and PubMed Related Articles) had similar overall performances. Additionally, we found that these methods each tend to produce distinct collections of recommended articles, suggesting that a hybrid method may be required to completely capture all relevant articles. The established database server located at https://relishdb.ict.griffith.edu.au is freely available for the downloading of annotation data and the blind testing of new methods. We expect that this benchmark will be useful for stimulating the development of new powerful techniques for title and title/abstract-based search engines for relevant articles in biomedical research.Peer reviewe

Daily practices regarding safety monitoring of low-dose methotrexate and comparison to guidelines: A population-based cohort study

International audienc

La lipodystrophie cortico-induite (histoire naturelle, incidence, facteurs de risque, anomalies métabolique associées)

PARIS-BIUSJ-Thèses (751052125) / SudocPARIS-BIUSJ-Physique recherche (751052113) / SudocSudocFranceF

Les effets secondaires des corticothérapies prolongées (étude prospective de 80 patients)

PARIS6-Bibl.Pitié-Salpêtrie (751132101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Recours à l hospitalisation non programmée des enfants par les médecins généralistes participant au réseau Sentinelles® (description des motifs et évolution au cours du temps)

PARIS7-Xavier Bichat (751182101) / SudocSudocFranceF

Pratiques des médecins généralistes concernant les corticothérapies systémiques prolongées (vécu des effets indésirables et mesures adjuvantes proposées)

Les effets indésirables d'une corticothérapie systémique prolongée sont observés chez environ 2/3 des patients. Cependant la fréquence et la gêne induites par ces effets indésirables n'ont que rarement été étudiées. Et il n'existe à ce jour aucune recommandation consensuelle quant à leur dépistage et à leur prévention. Une enquête transversale a été menée auprès de 860 médecins généralistes membres du Réseau Sentinelles. 293 médecins généralistes ont complété le questionnaire, soit un taux de réponse de 34%. La fréquence globale de la plupart des effets indésirables cortico-induits (lipodystrophie, troubles cutanés, hyperphagie, trouble de l'humeur, insomnie, prise de poids, troubles musculaires, tremblements, troubles menstruels) était sous-estimée par les praticiens. Les modifications morphologiques (lipodystrophie et prise de poids) étaient décrites par les patients et par les médecins comme l'effet indésirable le plus gênant. La gêne induite par les troubles de l'humeur était en revanche sous-estimée par les médecins. Les pratiques des médecins concernant les mesures adjuvantes (hygiéno-diététiques et médicamenteuses) étaient très disparates. Des recommandations consensuelles seraient souhaitables pour améliorer la prise en charge des patients.PARIS6-Bibl. St Antoine CHU (751122104) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Chronic hydroxychloroquine/chloroquine exposure for connective tissue diseases and risk of Alzheimer’s disease: a population-based cohort study

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