RNA Interference Targeting Slug Increases Cholangiocarcinoma Cell Sensitivity to Cisplatin via Upregulating PUMA

Slug is an E-cadherin repressor and a suppressor of PUMA (p53 upregulated modulator of apoptosis) and it has recently been demonstrated that Slug plays an important role in controlling apoptosis. In this study, we examined whether Slug’s ability to silence expression suppresses the growth of cholangiocarcinoma cells and/or sensitizes cholangiocarcinoma cells to chemotherapeutic agents through induction of apoptosis. We targeted the Slug gene using siRNA (Slug siRNA) via full Slug cDNA plasmid (Slug cDNA) transfection of cholangiocarcinoma cells. Slug siRNA, cisplatin, or Slug siRNA in combination with cisplatin, were used to treat cholangiocarcinoma cells in vitro. Western blot was used to detect the expression of Slug, PUMA, and E-cadherin protein. TUNEL, Annexin V Staining, and cell cycle analysis were used to detect apoptosis. A nude mice subcutaneous xenograft model of QBC939 cells was used to assess the effect of Slug silencing and/or cisplatin on tumor growth. Immunohistochemical staining was used to analyze the expression of Slug and PUMA. TUNEL was used to detect apoptosis in vivo. The results showed that PUMA and E-cadherin expression in cholangiocarcinoma cells is Slug dependent. We demonstrated that Slug silencing and cisplatin both promote apoptosis by upregulation of PUMA, not by upregulation of E-cadherin. Slug silencing significantly sensitized cholangiocarcinoma cells to cisplatin through upregulation of PUMA. Finally, we showed that Slug silencing suppressed the growth of QBC939 xenograft tumors and sensitized the tumor cells to cisplatin through PUMA upregulation and induction of apoptosis. Our findings indicate that Slug is an important modulator of the therapeutic response of cholangiocarcinoma cells and is potentially useful as a sensitizer in cholangiocarcinoma therapy. One of the mechanisms is the regulation of PUMA by Slug

Pb-Sn-Cu Ternary Organometallic Halide Perovskite Solar Cells

Exploiting organic/inorganic hybrid perovskite solar cells (PSCs) with reduced Pb content is very important for developing environment‐friendly photovoltaics. Utilizing of Pb–Sn alloying perovskite is considered as an efficient route to reduce the risk of ecosystem pollution. However, the trade‐off between device performance and Sn substitution ratio due to the instability of Sn2+ is a current dilemma. Here, for the first time, the highly efficient Pb–Sn–Cu ternary PSCs are reported by partial replacing of PbI2 with SnI2 and CuBr2. Sn2+ substitution results in a redshift of the absorption onset, whereas worsens the film quality. Interestingly, Cu2+ introduction can passivate the trap sites at the crystal boundaries of Pb–Sn perovskites effectively. Consequently, a power conversion efficiency as high as 21.08% in inverted planar Pb–Sn–Cu ternary PSCs is approached. The finding opens a new route toward the fabrication of high efficiency Pb–Sn alloying perovskite solar cells by Cu2+ passivation

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition)

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. For example, a key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process versus those that measure fl ux through the autophagy pathway (i.e., the complete process including the amount and rate of cargo sequestered and degraded). In particular, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation must be differentiated from stimuli that increase autophagic activity, defi ned as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (inmost higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium ) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the fi eld understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. It is worth emphasizing here that lysosomal digestion is a stage of autophagy and evaluating its competence is a crucial part of the evaluation of autophagic flux, or complete autophagy. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. Along these lines, because of the potential for pleiotropic effects due to blocking autophagy through genetic manipulation it is imperative to delete or knock down more than one autophagy-related gene. In addition, some individual Atg proteins, or groups of proteins, are involved in other cellular pathways so not all Atg proteins can be used as a specific marker for an autophagic process. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field

Sample treatment for tissue proteomics in cancer, toxicology, and forensics

Since the birth of proteomics science in the 1990, the number of applications and of sample preparation methods has grown exponentially, making a huge contribution to the knowledge in life science disciplines. Continuous improvements in the sample treatment strategies unlock and reveal the fine details of disease mechanisms, drug potency, and toxicity as well as enable new disciplines to be investigated such as forensic science. This chapter will cover the most recent developments in sample preparation strategies for tissue proteomics in three areas, namely, cancer, toxicology, and forensics, thus also demonstrating breath of application within the domain of health and well-being, pharmaceuticals, and secure societies. In particular, in the area of cancer (human tumor biomarkers), the most efficient and multi-informative proteomic strategies will be covered in relation to the subsequent application of matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry imaging (MALDI-MSI) and liquid extraction surface analysis (LESA), due to their ability to provide molecular localization of tumor biomarkers albeit with different spatial resolution. With respect to toxicology, methodologies applied in toxicoproteomics will be illustrated with examples from its use in two important areas: the study of drug-induced liver injury (DILI) and studies of effects of chemical and environmental insults on skin, i.e., the effects of irritants, sensitizers, and ionizing radiation. Within this chapter, mainly tissue proteomics sample preparation methods for LC-MS/MS analysis will be discussed as (i) the use of LC-MS/MS is majorly represented in the research efforts of the bioanalytical community in this area and (ii) LC-MS/MS still is the gold standard for quantification studies. Finally, the use of proteomics will also be discussed in forensic science with respect to the information that can be recovered from blood and fingerprint evidence which are commonly encountered at the scene of the crime. The application of proteomic strategies for the analysis of blood and fingerprints is novel and proteomic preparation methods will be reported in relation to the subsequent use of mass spectrometry without any hyphenation. While generally yielding more information, hyphenated methods are often more laborious and time-consuming; since forensic investigations need quick turnaround, without compromising validity of the information, the prospect to develop methods for the application of quick forensic mass spectrometry techniques such as MALDI-MS (in imaging or profiling mode) is of great interest

Biological assessment of the effects of conventional and targeted chemotherapeutic drugs in model systems with emphasis in bladder cancer

Βladder cancer is being diagnosed as the most frequent form of urinary cancer. Aim of the present Doctorate Thesis was the investigation of activation of apoptotic, autophagic and necrotic cell death programs, together with the examination of structural and functional integrity of critical signaling pathways, as essential bio-molecular responses of human bladder cancer cells to conventional and targeted chemotherapy. The drugs examined were Cisplatin (genotoxic-stress inducer), Bortezomib (proteasome inhibitor) and 3-BrPA (glycolytic inhibitor), whereas the biological platform chosen to be analyzed contained the human bladder cancer cell lines RT4, RT112, T24 and TCCSUP. Cisplatin causes cell type-specific toxicity, inducing strong Caspase-dependent apoptotic programs, while the Granzyme-B-dependent proteolysis of Hsp90 molecular chaperone results in Akt and XIAP structural amputation (destabilization). Bortezomib induces grade- and p53-independent eradication of human bladder cancer cells in vitro and in vivo, activating cell death programs, apoptosis and/or autophagy (albeit the T24-specific autophagy downregulation), and deregulating basic signaling axes. 3-BrPA acts in grade-dependent, but p53-independent, manner, activating in lower doses Caspase-mediated apoptosis and in higher concentrations PARP-dependent necrosis. Drug administration leads to disruption of critical metabolic and signaling pathways, severely depletes ATP cellular levels and induces a GLUT4-specific ESS (Exon Splicing Silencing) mechanism.O καρκίνος της ουροδόχου κύστης αποτελεί την συχνότερη μορφή κακοήθειας του ουροποιητικού συστήματος. Σκοπός της παρούσας Διδακτορικής Διατριβής ήταν η διερεύνηση ενεργοποίησης της απόπτωσης, αυτοφαγίας και νέκρωσης, σε συνδυασμό με τη μελέτη της ακεραιότητας κρίσιμων μονοπατιών σηματοδότησης, ως απόκριση κυττάρων κακοήθους ουροθηλίου στην συμβατική και στοχευμένη χημειοθεραπεία. Τα φάρμακα που χρησιμοποιήθηκαν ήταν η Cisplatin (επαγωγέας γενοτοξικότητας), το Bortezomib (αναστολέας πρωτεασώματος) και το 3-BrPA (γλυκολυτικός αναστολέας), ενώ το βιολογικό σύστημα που αναλύθηκε περιελάμβανε τις ανθρώπινες κυτταρικές καρκινικές σειρές ουροδόχου κύστης RT4, RT112, T24 και TCCSUP. Η Cisplatin προκαλεί κυτταρο-ειδική τοξικότητα ενεργοποιώντας ισχυρά Κασπασο-εξαρτώμενα προγράμματα αποπτωτικού θανάτου, ενώ η δια μέσου της Granzyme-B-εξαρτώμενη πρωτεόλυση της μοριακής συνοδού Hsp90 οδηγεί στον δομικό ακρωτηριασμό των Akt και XIAP πρωτεϊνών. Το Bortezomib επάγει την βαθμο- και p53-ανεξάρτητη εκρίζωση ουροθηλιακών όγκων in vitro και in vivo, εμπλέκοντας προγράμματα κυτταρικού θανάτου, τύπου απόπτωσης ή αυτοφαγίας, και απορρυθμίζοντας σημαντικά βασικούς σηματοδοτικούς κυτταρικούς άξονες. Το 3-BrPA, δρώντας με έναν βαθμο-εξαρτώμενο αλλά p53-ανεξάρτητο τρόπο, κινητοποιεί στις χαμηλές συγκεντρώσεις τον Κασπασο-ειδικό αποπτωτικό θάνατο, ενώ στις μεγάλες δόσεις την προγραμματισμένη νέκρωση μέσω υπερ-ενεργοποίησης της PARP πολυμεράσης. Επάγει την κατάρρευση καθοριστικών μεταβολικών και σηματοδοτικών μονοπατιών, εξαντλώντας τα ενδοκυτταρικά επίπεδα ΑΤΡ, και ενεργοποιεί τον GLUT4-ειδικό μηχανισμό ESS (Exon Splicing Silencing)

State aid to services of general economic interest

Impact of the european state aid rules to the financing of undertakings entrused with the provision of services of general economic interest with emphasis to cases of entrustement of such services via public contractΗ εργασία παρουσιάζει την επίδραση των ευρωπαϊκών κανόνων για τις κρατικές ενισχύσεις στη χρηματοδότηση των επιχειρήσεων που είναι επιφορτισμένες με την παροχή υπηρεσιών γενικού οικονομικού συμφέροντος. με έμφαση στις περιπτώσεις ανάθεσης αυτών των υπηρεσιών με το εργαλείο της δημόσιας σύμβασης

Gas storage in porous media

Η μελέτη της ρόφησης αερίων σε μικροπορώδεις και νανοπορώδεις άνθρακες αποτελεί αντικείμενο έρευνας αυξημένης σημασίας, εξαιτίας των υψηλού επιστημονικού και τεχνολογικού ενδιαφέροντος εφαρμογών. Περιβαλλοντικοί λόγοι συνιστούν την απομόνωση του διοξειδίου του άνθρακα από την ατμόσφαιρα και τη στροφή στα λεγόμενα ?καθαρά? καύσιμα. Παράλληλα οι ενεργειακές ανάγκες του αυξανόμενου πληθυσμού και των ολοένα αναπτυσσόμενων οικονομιών δε μπορούν να καλυφθούν από τα ενεργειακά αποθέματα. Το υδρογόνο αποτελεί μια ελπιδοφόρο λύση, ωστόσο για την γενίκευση της χρήσης του ως εναλλακτικού καυσίμου, πρέπει πρωτίστως να βρεθεί λύση στο πρόβλημα της ασφαλούς και αποτελεσματικής αποθήκευσης του. Οι νανοπορώδεις δομές γραφίτη, εξαιτίας της μεγάλης ειδικής επιφάνειας που διαθέτουν, δημιουργούν ισχυρά κέντρα ρόφησης που τις καθιστούν ιδανικό μέσο για την εκλεκτική αποθήκευση αερίων. Επιπλέον, η ύπαρξη ενός εκτενούς δικτύου πόρων ενισχύει την προσροφητική τους ικανότητα. Σκοπός της παρούσας διατριβής είναι η προσομοίωση του φαινομένου της ρόφησης αερίων σε μοντέλα πόρων γραφίτη, βασιζόμενη στη στατιστική θερμοδυναμική και σε τεχνικές μοριακής προσομοίωσης, και ο χαρακτηρισμός της μικροδομής ανθρακικών υλικών μέσω ανάπτυξης και βελτίωσης μιας νέας μεθόδου προσδιορισμού κατανομής μεγέθους πόρων, που χρησιμοποιεί τα αποτελέσματα της προσομοίωσης. Κατασκευάστηκαν δύο μοντέλα πόρων γραφίτη (παράλληλες πλάκες / σχισμή, κύλινδρος) και υπολογίστηκε το δυναμικό πεδίο που αναπτύσσεται στο εσωτερικό τους. Εν συνεχεία, κατασκευάστηκαν τα μοντέλα των αερίων και υπολογίστηκαν οι αλληλεπιδράσεις που δέχονται τα μόρια του αερίου μεταξύ τους και με το τοίχωμα. Εξετάστηκαν διαφορετικά μοντέλα της βιβλιογραφίας, τόσο για το υδρογόνο (σφαιρικό και επιμηκυμένο, κλασσική περιγραφή και κβαντική συνεισφορά), όσο και για το διοξείδιο του άνθρακα (Harris & Young και Murthy) και συγκρίθηκαν ως προς την επίδρασή τους στη συμπεριφορά των αερίων κατά την προσρόφηση στους πόρους άνθρακα. Η υπολογιστική προσομοίωση που ακολουθήθηκε για την πρόβλεψη της ρόφησης των αερίων βασίζεται στη μέθοδο Grand Canonical Monte Carlo (GCMC). Συγκεκριμένα, εξετάστηκε η προσροφητική ικανότητα του υδρογόνου στους 77 Κ και 298 Κ και του διοξειδίου του άνθρακα στους 253 Κ, 273 Κ και 298 Κ για εύρος πόρων 0.6 έως 3.0 nm και φάσμα πιέσεων ανάλογα με τη θερμοκρασία του πειράματος. Από τις ισόθερμες και ισοβαρείς καμπύλες προσρόφησης παρατηρείται η επίδραση της πίεσης, της θερμοκρασίας, του μεγέθους και της γεωμετρίας του πόρου, ενώ παράλληλα από τα διαγράμματα τοπικής πυκνότητας και γωνιακής διευθέτησης των μορίων αερίου αποκτάται μια στατιστική εικόνα του τρόπου που επιλέγουν τα μόρια του αερίου να καταλάβουν τις θέσεις στον κενό χώρο