Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search

Document recommendation systems for locating relevant literature have mostly relied on methods developed a decade ago. This is largely due to the lack of a large offline gold-standard benchmark of relevant documents that cover a variety of research fields such that newly developed literature search techniques can be compared, improved and translated into practice. To overcome this bottleneck, we have established the RElevant LIterature SearcH consortium consisting of more than 1500 scientists from 84 countries, who have collectively annotated the relevance of over 180 000 PubMed-listed articles with regard to their respective seed (input) article/s. The majority of annotations were contributed by highly experienced, original authors of the seed articles. The collected data cover 76% of all unique PubMed Medical Subject Headings descriptors. No systematic biases were observed across different experience levels, research fields or time spent on annotations. More importantly, annotations of the same document pairs contributed by different scientists were highly concordant. We further show that the three representative baseline methods used to generate recommended articles for evaluation (Okapi Best Matching 25, Term Frequency-Inverse Document Frequency and PubMed Related Articles) had similar overall performances. Additionally, we found that these methods each tend to produce distinct collections of recommended articles, suggesting that a hybrid method may be required to completely capture all relevant articles. The established database server located at https://relishdb.ict.griffith.edu.au is freely available for the downloading of annotation data and the blind testing of new methods. We expect that this benchmark will be useful for stimulating the development of new powerful techniques for title and title/abstract-based search engines for relevant articles in biomedical research.Peer reviewe

Fatores de risco para mortalidade infantil por causas evitáveis em nascidos vivos de Novo Hamburgo, RS, 2008-2013 : análise através de vinculação de bases de dados

No Brasil e internacionalmente, a mortalidade infantil é conhecido problema de saúde pública. Embora suas taxas estejam diminuindo, a maior parte desses óbitos ocorre por causas evitáveis, sendo sua redução uma questão de justiça social. Este estudo trata do risco de morte infantil evitável nos últimos seis anos e foi realizado em uma coorte retrospectiva de recém nascidos de mães residentes no município gaúcho de Novo Hamburgo de 2008 a 2013, por meio da vinculação dos bancos de dados do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (SINASC), Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM) e dos dados das investigações de óbitos infantis dos residentes naquele município. O município onde se deu o estudo obteve uma taxa de mortalidade infantil de 14,0 por mil nascidos vivos para o período, sendo em sua totalidade, investigados; desta taxa de óbitos, 10,4 ocorreram por causas evitáveis. Houve predomínio de ocorrência no período neonatal precoce. Conforme a classificação de evitabilidade SUS, os óbitos seriam reduzíveis principalmente por ações adequadas de promoção à saúde vinculadas a ações adequadas de atenção à saúde, por adequada atenção à mulher na gestação e por ações adequadas de diagnóstico e tratamento. Este estudo identificou grupos expostos a maior risco de morte infantil evitável, onde os seguintes fatores mostraram associação com a mortalidade infantil evitável: Condições socioeconômicas e reprodutivas maternas, nas variáveis raça/cor, escolaridade, situação conjugal, situação reprodutiva e ausência de trabalho remunerado; Pré-natal e nascimento, onde o número de consultas e o local de nascimento e finalmente, a Saúde da criança ao nascimento, onde a idade gestacional, peso ao nascimento, vitalidade do recém-nascido, malformação congênita e gemelaridade, foram preponderantes; todos com χ2; p ≤ 0,01, denotando associação estatística significativa com o óbito infantil. Conferir visibilidade aos determinantes da mortalidade infantil é essencial à tomada de decisões e o conhecimento produzido será potencialmente útil para informar políticas e programas voltados à redução da mortalidade e à promoção da saúde populacional, especialmente a infantil.Infant mortality is a known public health problem in Brazil and worldwide. Although its rates are decreasing, most of these deaths could be avoided, and its reduction is a matter of social justice. This study talks about the risk of avoidable infant mortality in the last six years in a retrospective cohort of infants from mother who lived in the city of Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil, from 2008 to 2013. Government data regarding births and infant mortality were analyzed. The city where the study was conducted presented an infant mortality rate of 14.0 every 1000 infants born alive for the period, and mostly occurring in the early neonatal period. They were all investigated, and 10.4 every 1000 infants born alive were avoidable. According to SUS's classification of avoidability, these rates could be lowered mainly with appropriate actions to promote health, linked to appropriate actions of health care by providing specialized care to women during pregnancy and adequate measures for the diagnosis and treatments. This study identified high-risk groups. The main factors associated with infant mortality were: Socio-economical and reproductive conditions of the mother, race/color of the skin, schooling, marital status, absence of paid work; Prenatal and birth, with the number of queries and the birthplace, and, finally, the Health of the child at the moment of birth, where gestational age, birth weight, vitality of the newborn, congenital malformation and twin pregnancy were the most important, all at χ2; p ≤ 0,004, a meaningful statistical association. It is important that the circumstances that determine infant mortality be made visible. This is essential so that the necessary measures will be taken to control it. The knowledge produced here will be potentially useful in programs aimed at improving the quality of health care and decreasing infant mortality rates

Fatores de risco para mortalidade infantil por causas evitáveis em nascidos vivos de Novo Hamburgo, RS, 2008-2013 : análise através de vinculação de bases de dados

No Brasil e internacionalmente, a mortalidade infantil é conhecido problema de saúde pública. Embora suas taxas estejam diminuindo, a maior parte desses óbitos ocorre por causas evitáveis, sendo sua redução uma questão de justiça social. Este estudo trata do risco de morte infantil evitável nos últimos seis anos e foi realizado em uma coorte retrospectiva de recém nascidos de mães residentes no município gaúcho de Novo Hamburgo de 2008 a 2013, por meio da vinculação dos bancos de dados do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (SINASC), Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM) e dos dados das investigações de óbitos infantis dos residentes naquele município. O município onde se deu o estudo obteve uma taxa de mortalidade infantil de 14,0 por mil nascidos vivos para o período, sendo em sua totalidade, investigados; desta taxa de óbitos, 10,4 ocorreram por causas evitáveis. Houve predomínio de ocorrência no período neonatal precoce. Conforme a classificação de evitabilidade SUS, os óbitos seriam reduzíveis principalmente por ações adequadas de promoção à saúde vinculadas a ações adequadas de atenção à saúde, por adequada atenção à mulher na gestação e por ações adequadas de diagnóstico e tratamento. Este estudo identificou grupos expostos a maior risco de morte infantil evitável, onde os seguintes fatores mostraram associação com a mortalidade infantil evitável: Condições socioeconômicas e reprodutivas maternas, nas variáveis raça/cor, escolaridade, situação conjugal, situação reprodutiva e ausência de trabalho remunerado; Pré-natal e nascimento, onde o número de consultas e o local de nascimento e finalmente, a Saúde da criança ao nascimento, onde a idade gestacional, peso ao nascimento, vitalidade do recém-nascido, malformação congênita e gemelaridade, foram preponderantes; todos com χ2; p ≤ 0,01, denotando associação estatística significativa com o óbito infantil. Conferir visibilidade aos determinantes da mortalidade infantil é essencial à tomada de decisões e o conhecimento produzido será potencialmente útil para informar políticas e programas voltados à redução da mortalidade e à promoção da saúde populacional, especialmente a infantil.Infant mortality is a known public health problem in Brazil and worldwide. Although its rates are decreasing, most of these deaths could be avoided, and its reduction is a matter of social justice. This study talks about the risk of avoidable infant mortality in the last six years in a retrospective cohort of infants from mother who lived in the city of Novo Hamburgo, Rio Grande do Sul, Brazil, from 2008 to 2013. Government data regarding births and infant mortality were analyzed. The city where the study was conducted presented an infant mortality rate of 14.0 every 1000 infants born alive for the period, and mostly occurring in the early neonatal period. They were all investigated, and 10.4 every 1000 infants born alive were avoidable. According to SUS's classification of avoidability, these rates could be lowered mainly with appropriate actions to promote health, linked to appropriate actions of health care by providing specialized care to women during pregnancy and adequate measures for the diagnosis and treatments. This study identified high-risk groups. The main factors associated with infant mortality were: Socio-economical and reproductive conditions of the mother, race/color of the skin, schooling, marital status, absence of paid work; Prenatal and birth, with the number of queries and the birthplace, and, finally, the Health of the child at the moment of birth, where gestational age, birth weight, vitality of the newborn, congenital malformation and twin pregnancy were the most important, all at χ2; p ≤ 0,004, a meaningful statistical association. It is important that the circumstances that determine infant mortality be made visible. This is essential so that the necessary measures will be taken to control it. The knowledge produced here will be potentially useful in programs aimed at improving the quality of health care and decreasing infant mortality rates

Male fertility preservation in oncology: patients’ profile and clinical guidance importance

AIMS: To evaluate the profile of men with cancer who performed semen cryopreservation prior/during treatment and address the importance of this method for reproductive health.METHODS: This was a transversal and retrospective study which used a database from a Reproductive Medicine Center located in Brazil. A total of 150 male patients who performed semen cryopreservation due to cancer diagnosis, from January 2014 to December 2017, were included.RESULTS: The profile of men seeking fertility preservation prior/during treatment for cancer was young adults, single, childless, with higher education. Oncologists were the ones who reported more patients for semen cryopreservation followed by urologists and hematologists. With regards to tumor diagnosis frequency, testicular was the most diagnosed, followed by Hodgkin’s/non-Hodgkin’s lymphoma, leukemia, prostate and rectal tumor, along with retroperitoneal tumor.CONCLUSION: Data brought the reflection on the cultural and financial barriers involved for the accomplishment of cryopreservation. Health professionals attending cancer patients should consider the importance of educational and incentive activities to prevent male fertility. Future research on the subject should carried out.Preservação de fertilidade masculina em oncologia: perfil dos pacientes e importância da orientação clínica***OBJETIVO: Conhecer o perfil dos homens portadores de neoplasias malignas que preservaram sua fertilidade através da técnica de criopreservação de sêmen.METODOLOGIA: A amostra foi composta por 150 pessoas do sexo masculino que realizaram a criopreservação de sêmen no período de janeiro de 2014 a dezembro de 2017. Trata-se de um estudo quantitativo, descritivo, transversal onde foram utilizados dados secundários de um banco de dados de um Centro de Medicina Reprodutiva situado em Porto Alegre, Rio Grande do Sul.RESULTADOS: Os resultados demostraram que o perfil dos homens com câncer que realizaram a criopreservação de sêmen é, em sua maioria, de jovens adultos, solteiros, sem filhos, que estão preocupados em manter sua capacidade reprodutiva após a terapêutica oncológica.CONCLUSÃO: O conhecimento do perfil de pacientes que buscam a preservação dos gametas em casos de doenças oncológicas pode contribuir para o entendimento e possível sugestão de indicação pelos profissionais envolvidos neste tipo de abordagem

Male fertility preservation in oncology: patients’ profile and clinical guidance importance = Preservação de fertilidade masculina em oncologia: perfil dos pacientes e importância da orientação clínica

OBJETIVO: Conhecer o perfil dos homens portadores de neoplasias malignas que preservaram sua fertilidade através da técnica de criopreservação de sêmen. METODOLOGIA: A amostra foi composta por 150 pessoas do sexo masculino que realizaram a criopreservação de sêmen no período de janeiro de 2014 a dezembro de 2017. Trata-se de um estudo quantitativo, descritivo, transversal onde foram utilizados dados secundários de um banco de dados de um Centro de Medicina Reprodutiva situado em Porto Alegre, Rio Grande do Sul. RESULTADOS: Os resultados demostraram que o perfil dos homens com câncer que realizaram a criopreservação de sêmen é, em sua maioria, de jovens adultos, solteiros, sem filhos, que estão preocupados em manter sua capacidade reprodutiva após a terapêutica oncológica. CONCLUSÃO: O conhecimento do perfil de pacientes que buscam a preservação dos gametas em casos de doenças oncológicas pode contribuir para o entendimento e possível sugestão de indicação pelos profissionais envolvidos neste tipo de abordage

Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search

Document recommendation systems for locating relevant literature have mostly relied on methods developed a decade ago. This is largely due to the lack of a large offline gold-standard benchmark of relevant documents that cover a variety of research fields such that newly developed literature search techniques can be compared, improved and translated into practice. To overcome this bottleneck, we have established the RElevant LIterature SearcH consortium consisting of more than 1500 scientists from 84 countries, who have collectively annotated the relevance of over 180 000 PubMed-listed articles with regard to their respective seed (input) article/s. The majority of annotations were contributed by highly experienced, original authors of the seed articles. The collected data cover 76% of all unique PubMed Medical Subject Headings descriptors. No systematic biases were observed across different experience levels, research fields or time spent on annotations. More importantly, annotations of the same document pairs contributed by different scientists were highly concordant. We further show that the three representative baseline methods used to generate recommended articles for evaluation (Okapi Best Matching 25, Term Frequency-Inverse Document Frequency and PubMed Related Articles) had similar overall performances. Additionally, we found that these methods each tend to produce distinct collections of recommended articles, suggesting that a hybrid method may be required to completely capture all relevant articles. The established database server located at https://relishdb.ict.griffith.edu.au is freely available for the downloading of annotation data and the blind testing of new methods. We expect that this benchmark will be useful for stimulating the development of new powerful techniques for title and title/abstract-based search engines for relevant articles in biomedical science. © The Author(s) 2019. Published by Oxford University Press