Conditional degradation of SDE2 by the Arg/N-End rule pathway regulates stress response at replication forks

Multiple pathways counteract DNA replication stress to prevent genomic instability and tumorigenesis. The recently identified human SDE2 is a genome surveillance protein regulated by PCNA, a DNA clamp and processivity factor at replication forks. Here, we show that SDE2 cleavage after its ubiquitin-like domain generates Lys-SDE2^(Ct), the C-terminal SDE2 fragment bearing an N-terminal Lys residue. Lys-SDE2^(Ct) constitutes a short-lived physiological substrate of the Arg/N-end rule proteolytic pathway, in which UBR1 and UBR2 ubiquitin ligases mediate the degradation. The Arg/N-end rule and VCP/p97^(UFD1-NPL4) segregase cooperate to promote phosphorylation-dependent, chromatin-associated Lys-SDE2^(Ct) degradation upon UVC damage. Conversely, cells expressing the degradation-refractory K78V mutant, Val-SDE2^(Ct), fail to induce RPA phosphorylation and single-stranded DNA formation, leading to defects in PCNA-dependent DNA damage bypass and stalled fork recovery. Together, our study elucidates a previously unappreciated axis connecting the Arg/N-end rule and the p97-mediated proteolysis with the replication stress response, working together to preserve replication fork integrity

Vers une optimisation du processus d'analyse en ligne de données 3D : cas des fouilles archéologiques

L'archéologie est une discipline des sciences humaines dont l'objet d'étude est l'ensemble des vestiges matériels laissés par l'Homme (objets, bâtiments, infrastructures, paysages...). Une technique précise, la fouille, est employée afin de tirer toutes les informations possibles des sols et structures fouillés en tenant compte de la localisation exacte des objets découverts, de l'étude de la succession des différentes couches de terrain déblayé afin de pouvoir procéder à une datation stratigraphique. L'analyse d'une fouille archéologique demande souvent beaucoup d'efforts pour l'archéologue car, à ce jour, aucun système informatique n'a permis de clairement les aider dans l'analyse de leurs données. Ainsi, pour exploiter des données issues d'une fouille archéologique, nous avons identifié trois critères : la rapidité et la facilité d'utilisation, la possibilité de faire évoluer les données dans le système (les interprétations de l'archéologue suivant des heuristiques qui ne peuvent pas toujours être formalisées de façon absolue) et la visualisation tridimensionnelle. L'outil d'analyse en ligne de type SOLAP est optimisé pour une analyse interactive dite multidimensionnelle où les requêtes, même celles de types agrégatives sont simples et leurs réponses sont rapides. Reste donc à l'optimiser sur les deux autres critères retenus pour exploiter les données issues d'une fouille archéologique et qui marquent les principales faiblesses de l'outil : l'évolution des données pendant la phase d'analyse et l'intégration de la 3e dimension. Ce projet de maîtrise vise à apporter des nouveaux concepts permettant à un utilisateur de réviser ces données pendant sa phase d'analyse. Par la suite, un prototype appliqué à l'archéologie a été élaboré afin de vérifier simplement si les efforts pour réviser des données pouvaient être compatibles avec les efforts d'un outil d'analyse en ligne en conservant la fluidité d'exploration interactive. D'autre part, ce projet de maîtrise a permis d'étudier la faisabilité d'un SOLAP 3D et de soulever une interrogation sur la nécessité d'introduire la 3e dimension à un outil d'analyse en ligne

Conditional degradation of SDE2 by the Arg/N-End rule pathway regulates stress response at replication forks

Multiple pathways counteract DNA replication stress to prevent genomic instability and tumorigenesis. The recently identified human SDE2 is a genome surveillance protein regulated by PCNA, a DNA clamp and processivity factor at replication forks. Here, we show that SDE2 cleavage after its ubiquitin-like domain generates Lys-SDE2^(Ct), the C-terminal SDE2 fragment bearing an N-terminal Lys residue. Lys-SDE2^(Ct) constitutes a short-lived physiological substrate of the Arg/N-end rule proteolytic pathway, in which UBR1 and UBR2 ubiquitin ligases mediate the degradation. The Arg/N-end rule and VCP/p97^(UFD1-NPL4) segregase cooperate to promote phosphorylation-dependent, chromatin-associated Lys-SDE2^(Ct) degradation upon UVC damage. Conversely, cells expressing the degradation-refractory K78V mutant, Val-SDE2^(Ct), fail to induce RPA phosphorylation and single-stranded DNA formation, leading to defects in PCNA-dependent DNA damage bypass and stalled fork recovery. Together, our study elucidates a previously unappreciated axis connecting the Arg/N-end rule and the p97-mediated proteolysis with the replication stress response, working together to preserve replication fork integrity

SDE2 integrates into the TIMELESS-TIPIN complex to protect stalled replication forks

Protecting replication fork integrity during DNA replication is essential for maintaining genome stability. Here, we report that SDE2, a PCNA-associated protein, plays a key role in maintaining active replication and counteracting replication stress by regulating the replication fork protection complex (FPC). SDE2 directly interacts with the FPC component TIMELESS (TIM) and enhances its stability, thereby aiding TIM localization to replication forks and the coordination of replisome progression. Like TIM deficiency, knockdown of SDE2 leads to impaired fork progression and stalled fork recovery, along with a failure to activate CHK1 phosphorylation. Moreover, loss of SDE2 or TIM results in an excessive MRE11-dependent degradation of reversed forks. Together, our study uncovers an essential role for SDE2 in maintaining genomic integrity by stabilizing the FPC and describes a new role for TIM in protecting stalled replication forks. We propose that TIM-mediated fork protection may represent a way to cooperate with BRCA-dependent fork stabilization. The fork protection complex (FPC), including the proteins TIMELESS and TIPIN, stabilizes the replisome to ensure unperturbed fork progression during DNA replication. Here the authors reveal that that SDE2, a PCNA-associated protein, plays an important role in maintaining active replication and protecting stalled forks by regulating the replication fork protection complex (FPC)

The Influence of Manga on the Graphic Novel

This material has been published in The Cambridge History of the Graphic Novel edited by Jan Baetens, Hugo Frey, Stephen E. Tabachnick. This version is free to view and download for personal use only. Not for re-distribution, re-sale or use in derivative works. © Cambridge University PressProviding a range of cogent examples, this chapter describes the influences of the Manga genre of comics strip on the Graphic Novel genre, over the last 35 years, considering the functions of domestication, foreignisation and transmedia on readers, markets and forms

Figures de la bande dessinée numérique. Un regard sur la variété de la création.

International audienceParce que nous pensons que certains dispositifs mis en place dans la bande dessinée numérique sont assez marquants et/ou récurrents, nous faisons l'hypothèse que la bande dessinée numérique est réductible à un certain nombre de « figures » d'une rhétorique qui lui est propre. Ces figures montrent la diversité de la création. A chaque œuvre une forme, une interface, un mode de lecture et d'interaction qui lui est propre : la forme et le fond sont créés conjointement. Ceci n'est plus vrai dès lors que l'industrie culturelle s'en empare : la bande dessinée numérique se trouve réduite à une poignée de formats standards auxquels le fond doit se plier. L'émergence du livre numérique est une des causes de cette réduction du potentiel artistique des technologies : il rematérialise des contenus qui depuis longtemps avaient su s'émanciper de l'objet-livre. La confrontation de la variété de la création à ce phénomène réducteur pose question : le lire numérique a-t-il besoin du livre numérique

Imaginer la bande dessinée numérique alternative

Texte non publié, tiré de la communication : « Comment l’appropriation des technologies par les auteurs peut-elle caractériser une bande dessinée numérique "alternative"? », colloque Figures indépendantes de la bande dessinée mondiale. Tirer un trait, tisser des liens., groupe ACME, Université de Liège, novembre 2011.International audienceAprès vingt-cinq ans de créations en tous genres et aux formes innombrables, commercialisées ou à caractère plus expérimental, on peut se demander si la distinction opérée au sujet de la bande dessinée papier entre des courants « mainstreams » et « alternatifs » pourrait s'appliquer aussi à la bande dessinée numérique. Répondre à cette question nécessite de se demander ce que peut signifier être « mainstream » ou « alternatif » quand on fait de la bande dessinée numérique.Nous proposerons et débattrons de différents critères qui nous semblent, chacun à leur manière, pouvoir nous aider à répondre à ces questions et imaginer ce que pourrait être, si elle existe, une bande dessinée numérique alternative, à quoi nous pourrions à coup sûr la reconnaître. Ces pistes de réflexion sont autant destinées au travail du chercheur que du praticien

Contraintes de création et émergence de "modes performatifs de création" dans la pratique du récit-interface

International audienceMa pratique du récit-interface – locution qui pour désigne différentes manifestations du récit numérique – semble avoir une certaine propension à me conduire à des réalisations et des activités qui possèdent un caractère performatif. Je constate ce phénomène dans au moins quatre de mes productions ou activités depuis 2011. Suivant une méthodologie de recherche-création, cet article a pour objectif d’opérer un retour sur trois d’entre elles et d’analyser plus précisément sous quelles formes et modalités se manifeste leur caractère performatif. Ces analyses mettent en évidence l’émergence de « modes performatifs de création » articulés à l’emploi de contraintes de création. Ces modes impliquent de mettre en perspective ou de réévaluer un certain nombre de notions travaillées par la création de récit-interface telles que, entre autres, l’improvisation ou le jeu