Variations spatio-temporelles du zooplancton d'un estuaire hyperhalin : la Casamance

La Casamance est un fleuve côtier du sud du Sénégal (Afrique de l'Ouest) pourvu d'une zone estuarienne relativement vaste. Le déficit pluviométrique de ces deux dernières décennies, combiné à une forte évaporation a contribué à une augmentation anormale de la salinité laquelle atteint 172 °/°° en amont, en fin de saison sèche 1986. La répartition spatio-temporelle du zooplancton semble dépendre de la température et de la salinité. Le zooplancton est abondant et diversifié (cinquante-six espèces adultes dont 55 % de copépodes et 13 types de larves; effectif pouvant atteindre 16500 individus/m3; indice de Shannon d'environ 3) tant que la salinité reste inférieure à 70 °/°°. En aval d'Adéane (93 km de l'embouchure), les salinités dépassent rarement cette valeur et les variations saisonnières du zooplancton suivent celles de la température (maximums en saison chaude de mars à novembre, et minimums en saison froide). En amont, la salinité, par l'amplitude de ses variations, devient le facteur prépondérant pour expliquer les variations spatio-temporelles du zooplancton,qui devient moint abondant et moins diversifié (6 à 18 espèces suivant les stations et les époques). (Résumé d'auteur

Ecological zonation of the hyperhaline estuary of the Casamance river (Senegal) : Foraminifera, zooplanktoon and abiotic variables

Due to a long-lasting drought afflicting the Sahel, the Casamance River has been transformed into a hyperhaline estuary, with salinities up to 170 °/°° at a distance of 210 km from the sea. Foraminifera and zooplankton populations both show a marked decrease in the number of species in increasingly confined water, the distribution of species being closely related to the evolution ofabiotic variables. Our three-prong study allowed us to identify six zones, upwards from the sea. The uppermost ones are characterized by drastic conditions which considerably reduce the number of species. Therefore, the populations of Foraminifera, zooplankton and even fish become oligo or mono specific. The Casamance river appears to fit quite well into the general rules concerning hyperhaline environments. However, it shows some peculiar features which are : the large dimensions of the hyperhaline estuary (over 230 km long and over 5 km wide in the lower course); peak salinities among the highest known for a permanently open estuary (up to 170°/°°); and water remaining trapped inside the river for several years. (Résumé d'auteur

Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search

Document recommendation systems for locating relevant literature have mostly relied on methods developed a decade ago. This is largely due to the lack of a large offline gold-standard benchmark of relevant documents that cover a variety of research fields such that newly developed literature search techniques can be compared, improved and translated into practice. To overcome this bottleneck, we have established the RElevant LIterature SearcH consortium consisting of more than 1500 scientists from 84 countries, who have collectively annotated the relevance of over 180 000 PubMed-listed articles with regard to their respective seed (input) article/s. The majority of annotations were contributed by highly experienced, original authors of the seed articles. The collected data cover 76% of all unique PubMed Medical Subject Headings descriptors. No systematic biases were observed across different experience levels, research fields or time spent on annotations. More importantly, annotations of the same document pairs contributed by different scientists were highly concordant. We further show that the three representative baseline methods used to generate recommended articles for evaluation (Okapi Best Matching 25, Term Frequency-Inverse Document Frequency and PubMed Related Articles) had similar overall performances. Additionally, we found that these methods each tend to produce distinct collections of recommended articles, suggesting that a hybrid method may be required to completely capture all relevant articles. The established database server located at https://relishdb.ict.griffith.edu.au is freely available for the downloading of annotation data and the blind testing of new methods. We expect that this benchmark will be useful for stimulating the development of new powerful techniques for title and title/abstract-based search engines for relevant articles in biomedical research.Peer reviewe

Succession de dominance de trois espèces d'Acartia dans un estuaire hyperhalin : la Casamance

L'estuaire de la Casamance est situé au sud du Sénégal. A la fin de la saison sèche, la salinité peut atteindre en amont 172 °/oo. Dans ce milieu, trois espèces d' #Acartia (#A. plumosa, A. clausi et #A. grani) présentent une succession de dominance dans le temps et dans l'espace. Ces espèces sont en compétition et la salinité et/ou la température déterminent l'espèce dominante. Quand la salinité est supérieure à 48 °/oo, #A. grani est l'espèce dominante. Lorsque la salinité est inférieure à 34 °/oo, #A. plumosa est plus abondant. Quand la salinité est comprise entre 34 et 48 °/oo, #A. clausi est plus abondant si la température est inférieure à 24°C. Si la température dépasse 24°C, #A. plumosa domine dans la gamme de salinité allant de 34 à 41 °/oo. Entre 41 et 48 °/oo, les espèces #A. plumosa et #A. grani$ peuvent être l'une ou l'autre plus abondantes. (Résumé d'auteur

Variations spatio-temporelles du zooplancton d'un estuaire hyperhalin : la Casamance

La Casamance est un fleuve côtier du sud du Sénégal (Afrique de l'Ouest) pourvu d'une zone estuarienne relativement vaste. Le déficit pluviométrique de ces deux dernières décennies, combiné à une forte évaporation a contribué à une augmentation anormale de la salinité laquelle atteint 172 °/°° en amont, en fin de saison sèche 1986. La répartition spatio-temporelle du zooplancton semble dépendre de la température et de la salinité. Le zooplancton est abondant et diversifié (cinquante-six espèces adultes dont 55 % de copépodes et 13 types de larves; effectif pouvant atteindre 16500 individus/m3; indice de Shannon d'environ 3) tant que la salinité reste inférieure à 70 °/°°. En aval d'Adéane (93 km de l'embouchure), les salinités dépassent rarement cette valeur et les variations saisonnières du zooplancton suivent celles de la température (maximums en saison chaude de mars à novembre, et minimums en saison froide). En amont, la salinité, par l'amplitude de ses variations, devient le facteur prépondérant pour expliquer les variations spatio-temporelles du zooplancton,qui devient moint abondant et moins diversifié (6 à 18 espèces suivant les stations et les époques). (Résumé d'auteur