Development and validation of an in-house library for filamentous fungi identification by MALDI-TOF MS in a clinical laboratory in Medellin (Colombia)

Identification of filamentous fungi by conventional phenotypic methods are time-consuming, and a correct identification at the species level is prone to errors. Therefore, a more accurate and faster time-to-results, and cost-effective technique, is required, such as the Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). In this study, we describe the development of an in-house spectra library for the identification of filamentous fungi frequently isolated from patients with infections. An in-house spectra library was constructed using 14 reference strains grown in solid medium. Clinical isolates were identified either by the in-house spectra library or the Biotyper commercial library from Bruker Daltonics. Fungal identification was carried following the Biotyper’s established scores: ≤1.699: not reliably identified (NRI); 1.700–1.999: genus-level; ≥2.000: species-level. Clinical isolates were identified, with the in-house library, at species- and genus-level at 88.70% (55) and 3.22% (2), respectively. While 4.80% (3) was NRI and 3.22% (2) was discrepant concerning sequencing. On the contrary, identification up to species and genus-level with the commercial library was 44.44% (16) and 22.22% (8), respectively. NRI and the discrepancy was 30.55% (11) and 2.77% (1), respectively. For the reaming 26 isolates, 16 from Neoscytalidium dimidiatum and 10 from Sporothrix spp., respectively, the absence of spectrum and the specific spectra within the Sporothrix complex in the commercial library resulted in the inability to obtain an identification. In conclusion, the current results advocate the importance that each clinical microbiological laboratory needs to develop an ad hoc library associated with the MALDI-TOF MS fungal identification to overcome the limitations of the available commercial libraries.Comité para el Desarrollo de la Investigación, Universidad de Antioquia, Medellín, Colombia. Grant No 2604 and by the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) under the scope of the strategic funding of UIDB/04469/2020 unit and BioTecNorte operation (NORTE-01-0145-FEDER-000004) funded by the European Regional Development Fund under the scope of Norte2020-Programa Operacional Regional do Norteinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

Síntesis y evaluación “in vitro” de la actividad antifúngica de oximas, éteres de oxima e isoxazoles

Synthesis and in vitro assessment of antifungal activity of oximes, oxime ethers and isoxazoles. Objective. To synthesize and carryout a preliminary evaluation of the in vitro antifungal activity of oximes, oxime ethers and isoxazoles. Materials and methods. Oximeswere synthesized from aldehydes or ketones with NH2OH.HCl and K2CO3. Oxime ethers were prepared by alkylation of oximes withpropargyl bromide or 2-bromobenzyl bromide, using NaOH as base and acetone as solvent. The isoxazoles were obtained by 1,3-dipolarcycloadditions using ceric ammonium nitrate (CAN), chloramine T (CAT) and NaOCl. Products were identified or characterized usingnuclear magnetic resonance (NMR) and mass spectrometry (MS). Radial growth inhibition assays against Aspergillus niger and Fusariumroseum were carried out. Results. Five oximes, seven oxime ethers, four of them new, and four new isoxazoles were obtained. Theassessed substances exhibited antifungal activity in amounts of 1,5 mg and 3,0 mg. Conclusions. Although 1,3-dipolar cycloadditionsallowed to obtain the desired isoxazoles, this methodology produced a wide variety of side products that reduced yields and made difficultthe purification of the target products. Four of the tested compounds showed inhibition percentages greater than 80%

Identificación de aislamientos clínicos del complejo Sporothrix schenckii por espectrometría de masas MALDI-TOF

[Extracto] Introducción: Sporothrix schenckii es un hongo dimórfico, que por mucho tiempo fue considerado la única especie responsable de la esporotricosis. Sin embargo, con el advenimiento de las técnicas de biología molecular, aplicadas a la investigación taxonómica de hongos, se demostró que S. schenckii es un complejo de especies crípticas conformado por S. brasiliensis, S. schenckii sensu stricto, S. globosa, S. mexicana y S. luriei. Estas especies difieren en sensibilidad antifúngica, distribución geográfica y virulencia. Tradicionalmente la identificación de Sporothrix spp., se ha llevado a cabo con métodos fenotípicos clásicos, sin embargo, estos no son suficientes para la clasificación correcta de las diferentes especies, por la similitud morfológica entre ellas. La espectrometría de masas (EM) MALDI-TOF es una técnica ampliamente utilizada para la identificación rápida de diferentes microorganismos. El objetivo del presente trabajo fue la creación y validación de una base de espectros de diferentes especies del complejo S. schenckii a partir de la forma micelial del hongo para identificar aislamientos clínicos por EM- MALDI-TOF. [...]info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Implementación y diseño del Programa de Farmacovigilancia para la IPS de baja complejidad San Ángel que promueve el uso racional de medicamentos, la notificación de eventos adversos medicamentosos y favorece la seguridad de los pacientes

Figura 1 Métodos de Farmacovigilancia, Figura 2 Sospecha de Reacción Adversa, Figura 3 Modelo de gestión para minimizar el riesgo sobre el uso de los medicamentos, Figura 4 Programa de capacitaciones, Figura 5 Folleto sobre el uso racional de medicamentos, Figura 6 Folleto sobre el uso racional de medicamentos, Figura 7 Conferencia radial y FacebookLa farmacovigilancia según la OMS es “la ciencia y las actividades relativas a la detección, evaluación, comprensión y prevención de los efectos adversos de los medicamentos o cualquier otro problema relacionado con ellos”. (OMS, 2004) El INVIMA lidera la red nacional de farmacovigilancia en el país, donde: recoge, vigila, investiga y evalúa la información sobre los efectos de los medicamentos; con el objetivo de identificar nueva información sobre las reacciones adversas y problemas medicamentosos, para así evitar daños innecesarios a los pacientes. Gracias a la recolección de información y a la notificación de eventos adversos de medicamentos se puede lograr un control y seguimiento del uso adecuado de dichos medicamentos. La IPS San Ángel no cuenta con un programa de farmacovigilancia por lo tanto como profesionales de la salud reforzaremos nuestros conocimientos al crear el programa de farmacovigilancia con la finalidad de que el establecimiento garantice la seguridad, eficacia y eficiencia de los medicamentos, que si son mal usados pueden ser nocivos y perjudiciales para la salud de los pacientes. De tal forma, es importante implementarlo ya que la normatividad colombiana rige y obliga a dichas instituciones a tener y a gestionar el programa de farmacovigilancia para su habilitación. De esta manera el programa abarca estrategias fundamentales, para la creación y realización del programa de farmacovigilancia adecuado, con la intención de promover la cultura del reporte de las Reacciones y Eventos Adversos relacionados con los medicamentos. (Ministerio de Salud, 2017)Pharmacovigilance according to WHO is "the science and activities relating to the detection, assessment, understanding and prevention of adverse drug effects or any other drug-related problems". (WHO, 2004) INVIMA leads the national pharmacovigilance network in the country, where it collects, monitors, investigates and evaluates information on the effects of drugs, with the objective of identifying new information on adverse reactions and drug problems, in order to avoid unnecessary harm to patients. Thanks to the collection of information and the reporting of adverse drug events, it is possible to control and monitor the proper use of these medications. IPS San Angel does not have a pharmacovigilance program, therefore, as health professionals we will strengthen our knowledge by creating the pharmacovigilance program in order for the facility to ensure the safety, efficacy and efficiency of drugs, which if misused can be harmful and detrimental to the health of patients. Thus, it is important to implement it since Colombian regulations govern and oblige these institutions to have and manage a pharmacovigilance program for their authorization. In this way, the program encompasses fundamental strategies, for the creation and realization of the appropriate pharmacovigilance program, with the intention of promoting the culture of reporting Reactions and Adverse Events related to medicines. (Ministry of Health, 2017)

Identificación por secuenciación y por espectrometría de masas MALDI-TOF y evaluación de la susceptibilidad antifúngica in vitro de aislamientos clínicos de Neoscytalidium spp.

[Extracto] Introducción: Neoscytalidium spp. son hongos dematiáceos, queratinofílicos que habitan en suelo y plantas. La taxonomía de este género ha sido problemática y constantemente revisada. Actualmente se reconocen las especies N. novaehollandiae, N. orchidacearum y N. dimidiatum, ampliamente distribuidos en regiones tropicales y subtropicales. Aunque estas especies son generalmente fitopatógenas, estudios han demostrado la implicación de N. dimidiatum en infecciones de piel, uñas, tejido celular subcutáneo y extracutáneo. La identificación de estos hongos se ha basado en la observación de las características macroscópicas y microscópicas de los cultivos in vitro, lo que puede conducir a errores. Como alternativa se puede considerar la secuenciación y la espectrometría de masas (EM) MALDI-TOF; esta última se utiliza con éxito en la identificación de bacterias y levaduras debido a la rapidez y costo-efectividad. Sin embargo, en la identificación de hongos filamentosos aún presenta inconvenientes. Por otro lado, N. dimidiatum es poco sensible a diferentes antifúngicos de uso clínico. Considerando lo anterior, el objetivo de este estudio fue identificar aislamientos clínicos de Neoscytalidium spp. por secuenciación y por EM MALDI-TOF y evaluar la susceptibilidad in vitro a tres antifúngicos. [...]info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Caracterización inmunológica de un grupo familiar colombiano con infección por SARS-CoV-2

Introduction: Immunological markers have been described during COVID-19 and persist after recovery. These immune markers are associated with clinical features among SARSCoV-2 infected individuals. Nevertheless, studies reporting a comprehensive analysis of the immune changes occurring during SARS-CoV-2 infection are still limited.Objective: To evaluate the production of proinflammatory cytokines, the antibody response, and the phenotype and function of NK cells and T cells in a Colombian family cluster with SARS-CoV-2 infection.Materials and methods: Proinflammatory cytokines were evaluated by RT-PCR and ELISA. The frequency, phenotype, and function of NK cells (cocultures with K562 cells) and T-cells (stimulated with spike/RdRp peptides) were assessed by flow cytometry. Anti-SARS-CoV-2 antibodies were determined using indirect immunofluorescence and plaque reduction neutralization assay.Results: During COVID-19, we observed a high proinflammatory-cytokine production and a reduced CD56bright-NK cell and cytotoxic response. Compared with healthy controls, infected individuals had a higher frequency of dysfunctional CD8+ T cells CD38+HLA-DR-. During the acute phase, CD8+ T cells stimulated with viral peptides exhibited a monofunctional response characterized by high IL-10 production. However, during recovery, we observed a bifunctional response characterized by the co-expression of CD107a and granzyme B or perforin.Conclusion: Although the proinflammatory response is a hallmark of SARS-CoV-2 infection, other phenotypic and functional alterations in NK cells and CD8+ T cells couldbe associated with the outcome of COVID-19. However, additional studies are required to understand these alterations and to guide future immunotherapy strategies.Introducción. Se han descrito diferentes marcadores inmunológicos durante la COVID-19, los cuales persisten incluso después de la convalecencia y se asocian con los estadios clínicos de la infección. Sin embargo, aún son pocos los estudios orientados al análisis exhaustivo de las alteraciones del sistema inmunológico en el curso de la infección.Objetivo. Evaluar la producción de citocinas proinflamatorias, la reacción de anticuerpos, y el fenotipo y la función de las células NK y los linfocitos T en una familia colombiana con infección por SARS-CoV-2.Materiales y métodos. Se evaluaron las citocinas proinflamatorias mediante RT-PCR y ELISA; la frecuencia, el fenotipo y la función de las células NK (en cocultivos con células K562) y linfocitos T CD8+ (estimulados con péptidos spike/RdRp) mediante citometría de flujo, y los anticuerpos anti-SARS-CoV-2, mediante inmunofluorescencia indirecta y prueba de neutralización por reducción de placa.Resultados. Durante la COVID-19 hubo una producción elevada de citocinas proinflamatorias, con disminución de las células NK CD56bright y reacción citotóxica. Comparados con los controles sanos, los individuos infectados presentaron con gran frecuencia linfocitos T CD8+ disfuncionales CD38+HLA-DR-. Además, en los linfocitos T CD8+ estimulados con péptidos virales, predominó una reacción monofuncional con gran producción de IL-10 durante la fase aguda y una reacción bifuncional caracterizada por la coexpresión de CD107a y granzima B o perforina durante la convalecencia.Conclusión. Aunque la reacción inflamatoria caracteriza la infección por SARS-CoV-2, hay otras alteraciones fenotípicas y funcionales en células NK y linfocitos T CD8+ que podrían asociarse con la progresión de la infección. Se requieren estudios adicionales para entender estas alteraciones y guiar futuras estrategias de inmunoterapia

Heterogeneous contributions of change in population distribution of body mass index to change in obesity and underweight NCD Risk Factor Collaboration (NCD-RisC)

From 1985 to 2016, the prevalence of underweight decreased, and that of obesity and severe obesity increased, in most regions, with significant variation in the magnitude of these changes across regions. We investigated how much change in mean body mass index (BMI) explains changes in the prevalence of underweight, obesity, and severe obesity in different regions using data from 2896 population-based studies with 187 million participants. Changes in the prevalence of underweight and total obesity, and to a lesser extent severe obesity, are largely driven by shifts in the distribution of BMI, with smaller contributions from changes in the shape of the distribution. In East and Southeast Asia and sub-Saharan Africa, the underweight tail of the BMI distribution was left behind as the distribution shifted. There is a need for policies that address all forms of malnutrition by making healthy foods accessible and affordable, while restricting unhealthy foods through fiscal and regulatory restrictions

Síntese e avaliação "in vitro" da atividade antifúngica de oximas, éteres de oxima e isoxazóis.

Objective. To synthesize and carry out a preliminary evaluation of the in vitro antifungal activity of oximes, oxime ethers and isoxazoles. Materials and methods. Oximes were synthesized from aldehydes or ketones with NH2OH.HCl and K2CO3. Oxime ethers were prepared by alkylation of oximes with propargyl bromide or 2-bromobenzyl bromide, using NaOH as base and acetone as solvent. The isoxazoles were obtained by 1,3-dipolar cycloadditions using ceric ammonium nitrate (CAN), chloramine T (CAT) and NaOCl. Products were identified or characterized using nuclear magnetic resonance (NMR) and mass spectrometry (MS). Radial growth inhibition assays against Aspergillus niger and Fusarium roseum were carried out. Results. Five oximes, seven oxime ethers, four of them new, and four new isoxazoles were obtained. The assessed substances exhibited antifungal activity in amounts of 1,5 mg and 3,0 mg. Conclusions. Although 1,3-dipolar cycloadditions allowed to obtain the desired isoxazoles, this methodology produced a wide variety of side products that reduced yields and made difficult the purification of the target products. Four of the tested compounds showed inhibition percentages greater than 80%. Key words: oximes, oxime ethers, isoxazoles, antifungal activity.   Objetivo. Sintetizar y realizar la evaluación preliminar de la actividad antifúngica in vitro de oximas, éteres de oxima e isoxazoles. Materiales y métodos. Las oximas se sintetizaron a partir de aldehídos o cetonas con NH2OH.HCl y K2CO3. Los éteres de oxima se obtuvieron mediante alquilación de oximas con bromuro de propargilo o bromuro de 2-bromobencilo, empleando como base NaOH y acetona como solvente. Los isoxazoles se obtuvieron mediante cicloadiciones 1,3-dipolares empleando nitrato cérico amónico (NAC), cloramina-T (CAT) y NaOCl. Los productos fueron identificados y/o caracterizados por resonancia magnética nuclear (RMN) y espectrometría de masas (EM). Se realizaron pruebas de inhibición de crecimiento radial sobre Aspergillus niger y Fusarium roseum. Resultados. Se obtuvieron cinco oximas, siete éteres de oxima, cuatro de ellos nuevos y cuatro nuevos isoxazoles. Las sustancias evaluadas presentaron actividad antifúngica a cantidades de 1,5 mg y 3,0 mg. Conclusiones. Aunque las cicloadiciones 1,3-dipolares permitieron obtener los isoxazoles esperados, se observó que ésta metodología generó una amplia variedad de subproductos lo que disminuyó los rendimientos e hizo difícil la purificación del producto de interés. Cuatro de las sustancias evaluadas presentaron porcentajes de inhibición superiores al 80%. Palabras clave: Oximas, éteres de oxima, isoxazoles, actividad antifúngica.   Objetivo. Sintetizar e realizar a avaliação preliminar da atividade antifúngica in vitro de oximas, éteres de oxima e isoxazóis. Materiais e métodos. As oximas foram sintetizadas a partir de aldeídos ou cetonas com NH2OH.HCl e K2CO3. Os éteres de oxima foram obtidos pela alquilação de oximas com brometo de propargilo ou brometo de 2-bromobenzilo, utilizando NaOH como base e acetona como solvente. Os isoxazóis foram obtidos por cicloadição 1,3-dipolar usando nitrato cérico de amônio (NCA), cloramina-T (CAT) e NaOCl. Os produtos foram identificados e / ou caracterizados por ressonância magnética nuclear (RMN) e espectrometria de massas (EM). Foram realizados testes de inibição sobre o crescimento radial de Aspergillus niger e Fusarium roseum. Resultados. Foram obtidas cinco oximas, sete éteres de oxima, quatro deles novos e quatro novos isoxazóis. As substâncias testadas apresentaram atividade antifúngica em quantidades de 1,5 mg e 3,0 mg. Conclusões. Embora as cicloadições 1,3-dipolares permitiram obter os isoxazóis esperados, observou-se que esta metodologia resultou numa grande variedade de subprodutos que reduziram os rendimentos e tornaram difícil a purificação do produto de interesse. Quatro das substâncias testadas apresentaram porcentagens de inibição acima de 80%. Palavras-chave: oximas, éteres de oxima, isoxazóis, atividade antifúngica

Síntese e avaliação "in vitro" da atividade antifúngica de oximas, éteres de oxima e isoxazóis.

Objective. To synthesize and carry out a preliminary evaluation of the in vitro antifungal activity of oximes, oxime ethers and isoxazoles. Materials and methods. Oximes were synthesized from aldehydes or ketones with NH2OH.HCl and K2CO3. Oxime ethers were prepared by alkylation of oximes with propargyl bromide or 2-bromobenzyl bromide, using NaOH as base and acetone as solvent. The isoxazoles were obtained by 1,3-dipolar cycloadditions using ceric ammonium nitrate (CAN), chloramine T (CAT) and NaOCl. Products were identified or characterized using nuclear magnetic resonance (NMR) and mass spectrometry (MS). Radial growth inhibition assays against Aspergillus niger and Fusarium roseum were carried out. Results. Five oximes, seven oxime ethers, four of them new, and four new isoxazoles were obtained. The assessed substances exhibited antifungal activity in amounts of 1,5 mg and 3,0 mg. Conclusions. Although 1,3-dipolar cycloadditions allowed to obtain the desired isoxazoles, this methodology produced a wide variety of side products that reduced yields and made difficult the purification of the target products. Four of the tested compounds showed inhibition percentages greater than 80%. Key words: oximes, oxime ethers, isoxazoles, antifungal activity.   Objetivo. Sintetizar y realizar la evaluación preliminar de la actividad antifúngica in vitro de oximas, éteres de oxima e isoxazoles. Materiales y métodos. Las oximas se sintetizaron a partir de aldehídos o cetonas con NH2OH.HCl y K2CO3. Los éteres de oxima se obtuvieron mediante alquilación de oximas con bromuro de propargilo o bromuro de 2-bromobencilo, empleando como base NaOH y acetona como solvente. Los isoxazoles se obtuvieron mediante cicloadiciones 1,3-dipolares empleando nitrato cérico amónico (NAC), cloramina-T (CAT) y NaOCl. Los productos fueron identificados y/o caracterizados por resonancia magnética nuclear (RMN) y espectrometría de masas (EM). Se realizaron pruebas de inhibición de crecimiento radial sobre Aspergillus niger y Fusarium roseum. Resultados. Se obtuvieron cinco oximas, siete éteres de oxima, cuatro de ellos nuevos y cuatro nuevos isoxazoles. Las sustancias evaluadas presentaron actividad antifúngica a cantidades de 1,5 mg y 3,0 mg. Conclusiones. Aunque las cicloadiciones 1,3-dipolares permitieron obtener los isoxazoles esperados, se observó que ésta metodología generó una amplia variedad de subproductos lo que disminuyó los rendimientos e hizo difícil la purificación del producto de interés. Cuatro de las sustancias evaluadas presentaron porcentajes de inhibición superiores al 80%. Palabras clave: Oximas, éteres de oxima, isoxazoles, actividad antifúngica.   Objetivo. Sintetizar e realizar a avaliação preliminar da atividade antifúngica in vitro de oximas, éteres de oxima e isoxazóis. Materiais e métodos. As oximas foram sintetizadas a partir de aldeídos ou cetonas com NH2OH.HCl e K2CO3. Os éteres de oxima foram obtidos pela alquilação de oximas com brometo de propargilo ou brometo de 2-bromobenzilo, utilizando NaOH como base e acetona como solvente. Os isoxazóis foram obtidos por cicloadição 1,3-dipolar usando nitrato cérico de amônio (NCA), cloramina-T (CAT) e NaOCl. Os produtos foram identificados e / ou caracterizados por ressonância magnética nuclear (RMN) e espectrometria de massas (EM). Foram realizados testes de inibição sobre o crescimento radial de Aspergillus niger e Fusarium roseum. Resultados. Foram obtidas cinco oximas, sete éteres de oxima, quatro deles novos e quatro novos isoxazóis. As substâncias testadas apresentaram atividade antifúngica em quantidades de 1,5 mg e 3,0 mg. Conclusões. Embora as cicloadições 1,3-dipolares permitiram obter os isoxazóis esperados, observou-se que esta metodologia resultou numa grande variedade de subprodutos que reduziram os rendimentos e tornaram difícil a purificação do produto de interesse. Quatro das substâncias testadas apresentaram porcentagens de inibição acima de 80%. Palavras-chave: oximas, éteres de oxima, isoxazóis, atividade antifúngica