Role of the microbiota in the defense against infections by Enterococci

Resumen de la Tesis : “Role of the microbiota in the defense against infections by Enterococci” Introducción El tracto gastrointestinal está colonizado por centenares de especies de bacterias comensales. Se ha visto en los últimos años que dichas bacterias presentan un papel crucial en la prevención y resolución de enfermedades infecciosas. La microbiota comensal inhibe a patógenos oportunistas mediante mecanismos (i) de interacción directa, por producción de sustancias inhibitorias o competición por nutrientes (ii) indirectos, por la inducción del sistema inmune. El tratamiento con antibióticos altera la composición de la microbiota intestinal promoviendo la colonización intestinal por patógenos oportunistas (Buffie et al., 2012)⁠. Dicha situación es preocupante especialmente en el ámbito hospitalario debido al conjunto de (I) un uso intensivo de los antibióticos, (II) una alta concentración de patógenos multi-resistentes, (III) la presencia de pacientes especialmente susceptibles por su situación fisiológica (catéteres) y baja inmunidad (Arias & Murray, 2012)⁠. Por ello, se registran un gran número de enfermedades nosocomiales, especialmente complicadas de tratar por el carácter multi-resistente de las cepas colonizadoras. Entre ellas, Enterococcus faecium Vancomicina Resistente (EVR) es importante porque su prevalencia ha aumentado de 6.2% en 2011 a 7.9% en 2014 en Europa y es resistente a la mayoría de los antibióticos disponibles (Ecdc, 2015)⁠. Objetivos En la primera parte del presente trabajo, hemos investigado la relación entre el tratamiento antibiótico y la alteración de la microbiota intestinal. Los objetivos de esta primera parte son: (I) entender las alteraciones en la microbiota asociadas con el tratamiento por vancomicina tanto en pacientes como en el modelo de ratón. Vancomicina es uno de los antibióticos relacionados con la colonización intestinal y con septicemias por EVR, por ello quisimos evaluar la influencia de las alteraciones producidas en la microbiota por este antibiótico con la capacidad de colonización de EVR. (II) Estudiar la influencia de otros antibióticos de diferente espectro anti-bacteriano al de vancomicina sobre la microbiota intestinal así como la capacidad de recuperación de la misma tras el cese de tratamiento antibiótico utilizando un modelo de ratón Conociendo el efecto de diferentes antibióticos sobre la microbiota, nos centramos en la relación entre alteraciones de la microbiota y la capacidad de colonizar de EVR. En este caso nos planteamos: (III) relacionar las alteraciones de la microbiota provocadas por diferentes antibióticos con la pérdida de resistencia a la colonización por EVR, (IV) identificar bacterias comensales de la microbiota intestinal que protegen frente a la colonización intestinal por el EVR, (V) restaurar la resistencia frente a la colonización mediante la administración de dichas bacterias, (VI) identificar mecanismos por los cuales estas cepas bacterianas comensales protegen frente a EVR. Metodología Estudio de los cambios producidos por vancomicina en la microbiota intestinal de pacientes. Para cumplir el primer objetivo, hemos analizado los datos de la microbiota fecal de un estudio clínico realizado en pacientes con artritis reumatoide (AR) (Scher et al., 2013)⁠. El propósito del estudio era evaluar la posible acción benéfica de la vancomicina sobre AR mediante la disminución de bacterias pro-inflamatorias, sensibles a dicho antibiótico. Para ello, un grupo de pacientes con AR nuevamente diagnosticada se reclutaron y recibieron vancomicina vía oral durante dos semanas (250 mg cuatro veces al día) seguido de metotrexato (tratamiento para la AR). Como control, un grupo de pacientes solamente recibió metotrexato. Entre los criterios de inclusión, los pacientes no debían haber recibido tratamiento antibiótico en los últimos tres meses. Por tanto, este estudio nos permitió evaluar los cambios de la microbiota asociados al tratamiento por vancomicina sin previo tratamiento antibiótico (lo cuál aun no se había descrito en comparación con otros estudios donde los pacientes evaluados, además de recibir vancomicina habían recibido otros antibióticos). Se recolectaron muestras fecales antes del tratamiento, al finalizar el tratamiento con vancomicina y a las 2, 6, 14 y 22 semanas tras finalizar el tratamiento. Se extrajo el ADN bacteriano de estas muestras y se determinó su composición microbiana mediante secuención masiva de la región V2-V3 del 16s rRNA, un gen presente en todas las bacterianas que permite clasificarlas taxonómicamente. Se evaluó la diversidad bacteriana en las muestras según el tratamiento recibido así como su recuperación tras el cese del tratamiento. Para ello se utilizó la distancia de disimilitud de la microbiota (Unweighted Unifrac distance), se calcularon el número de OTUs (unidad taxonómica operacional, similar al nivel de filogenético de especie), el indice de filodiversidad y el indice de Shannon. Por otro lado se identificaron las abundancias relativas a nivel de filo, género y OTUs para cada una de las muestras. Con el fin de analizar cambios en cada uno de los parámetros analizados, se utilizó el test no-paramétrico de wilcoxon y se comparó cada uno de los tiempos post-tratamiento con el tiempo pre-tratamiento. Estos análisis nos indicaron las alteraciones en la microbiota que ocurrieron en la mayoría de los pacientes. Por otro lado, evaluamos también las alteraciones en la microbiota a nivel individual para cada uno de los sujetos, calculando que porcentaje de las OTUs presentes antes del tratamiento que se recuperaban tras el cese del tratamiento antibiótico. Así, hemos demostrado que la la tasa de recuperación de la microbiota después de la retirada del tratamiento era muy variable entre sujetos. Mientras que algunos pacientes llegaban a recuperar la mayor parte de su microbiota, otros no llegaban a recuperar el 89\% de las bacterias más abundantes de su microbiota, incluso 22 semanas tras parar el tratamiento antibiótico. Estudio del efecto de los cambios producidos en la microbiota tras el tratamiento con vancomicina en la capacidad de colonización de EVR Como a nivel clínico un porcentaje de los pacientes tratados con vancomicina son colonizados por patógenos, a nivel intestinal, después de la finalización del tratamiento con vancomicina, decidimos evaluar si la diferencia observada en la recuperación de la microbiota podría influenciar la capacidad de colonización intestinal por el patógeno EVR. Para ello, hemos desarrollado un modelo de infección por EVR en ratones tratados con vancomicina. Los experimentos con ratones fueron llevado a cabo en el “Servei Central de Suport a la Investigació Experimental” de la Universidad de Valencia, utilizando hembras de 7 semanas C57BL/6J compradas a la compañía Charles River laboratories. Se trataron los ratones con vancomicina (en el agua de bebida, 0.5g/l) durante una semana, se cogió una muestra fecal para analizar la composición de la microbiota, posteriormente se infectaron oralmente con 10E6 UFCs/200 ul de EVR y se evaluaron los niveles de colonización intestinal a los dos días post-infección. Por otro lado, para otro grupo de ratones, se dejó un periodo de recuperación de dos semanas entre el final del tratamiento y la toma de muestra y infección. Para evaluar la colonización intestinal por EVR a los dos días de la infección, se plaquearón varias diluciones de una muestra fecal en medio BEA agar complementado con vancomicina y ampicilina. En nuestro modelo de tratamiento oral con vancomicina en ratones, se inducen cambios drásticos y consistentes en la microbiota intestinal, tál y como se observó en humanos. Utilizando un número de muestras elevado, se observó también una variabilidad inter-individual que nos permitió evaluar la relación entre tasa de recuperación de la microbiota después de finalizar el tratamiento y capacidad de colonización por EVR. Gracias a este modelo, hemos podido demostrar que la diferencia en la tasa de recuperación de la microbiota después de finalizar el tratamiento es clinicamente relevante ya que una recuperación de la microbiota menor en ratón se correlaciona con una capacidad de colonización por EVR significativamente más alta. Estudio de las alteraciones de la microbiota provocadas por el tratamiento con antibióticos de distinto espectro y de su efecto en la capacidad de colonización de EVR Posteriormente, hemos utilizado este modelo de infección en ratones para investigar el impacto de antibióticos de varios espectros en la microbiota intestinal y relacionar esas alteraciones con la capacidad de EVR de colonizar el intestino. Además, estos datos nos permitieron identificar bacterias comensales de la microbiota capaces de proteger frente a la colonización por EVR. Para ello, hemos tratado los ratones con antibióticos de distinto espectro (ciprofloxacina, neomicina, ceftriaxona, ampicilina, clindamicina y vancomicina), lo cual nos permitió conseguir diferentes tipos de disbiosis (alteración de la microbiota). Posteriormente, hemos infectado vía oral con EVR a los ratones tratados. Los niveles de EVR excretados en heces fueron determinados por recuento de colonias en medio específico y se analizó la composición de la microbiota de los ratones gracias a la secuenciación masiva del gen 16s rRNA. En este caso también, se infectaron ratones durante el tratamiento o después de dos semanas de recuperación. Para cuantificar las alteraciones asociados a diferentes tratamientos antibióticos, hemos evaluado la perdida de biodiversidad (número de OTUs, Shannon) y de biomasa (ng ADN/g heces), una aproximación de la carga bacteriana total. Se observó una disminución de la biomasa y del indice de Shannon después de todos los tratamientos excepto ciprofloxacina. Las alteraciones más drásticas fueron asociadas al tratamiento con clindamicina y vancomicina. Por otro lado, también hemos evaluado cuanto diferentes eran las microbiota resultantes tras la administración de los diferentes antibióticos mediante NMDS (Non-metric Multi-Dimensional Scaling) y determinado los taxa significativamente alterados (a nivel de phylum y genus). Además, hemos evaluado la perdida de diversidad intra-filo e intra-género, lo que nos ha permitido determinar que durante el tratamiento con clindamicina, apenas 5 OTUs consituyen el 97\% de la microbiota total. Realizando los mismos análisis sobre las muestras obtenidas después de dos semanas de recuperación, se observó una recuperación de la microbiota en la mayoría de los casos y el establecimiento de un estado de microbiota alternativo en el caso de los ratones tratados con ceftriaxona y clindamicina. Posteriormente, el análisis conjunto de las alteraciones producidas por los distintos antibióticos con los niveles de EVR permitieron identificar aquellas bacterias comensales intestinales que se asocian a la resistencia frente a la infección (su eliminación por determinados antibióticos se asocia a un incremento de los niveles intestinales de EVR). Para ello, se realizó una correlación de spearman y se seleccionaron las bacterias por las cuales obtuvimos una correlación negativa entre su abundancia y los niveles de EVR detectados en heces a los dos días de la infección ( p-valor ajustado <0.05). Como segundo criterio, las bacterias tenían que estar presente en todos los ratones no tratados. De este modo, evitamos seleccionar bacterias no detectadas normalmente en la microbiota de los ratones pero que hubieran expandido en los tratamientos que promueven bajos niveles de colonización intestinal por EVR y nos aseguramos la posibilidad de aislar las bacterias seleccionadas para testar su capacidad protectora . Se confirmaron los resultados mediante un LDA (“linear discriminant analysis”), el cual está menos influenciado por valores extremos. De este modo, se determinó que la presencia de los géneros bacterianos Alistipes, Allobaculum, Barnesiella, Oscillibacter y de miembros no identificados de las familias Lachospiraceae, Porphyromonadaceae y Ruminococacceae se asocian a la resistencia frente a la colonización por EVR. Por otra parte, se detectó que los géneros bacterianos Escherichia/Shigella, Enterococcus, Akkermansia, Parasutterella, Lactobacillus y miembros no identificados de las familias Enterobacteriaceae, Burkholderiales y Desulfovibrionaceae se asocian positivamente con la colonización por EVR. Aislamiento de bacterias comensales de interés Para testar la capacidad protectora de las bacterias asociadas a la resistencia frente a la colonización por EVR, fue necesario aislarlas desde la flora intestinal de ratones no tratados. Para ello, se han estudiado los medios y las condiciones adecuadas para su crecimiento y aislamiento. Concretamente, se crecieron muestras cecales en varios medios de cultivos, se recogieron las comunidades bacterianas crecidas y se secuenció el gen 16s rRNA por secuenciación masiva mediante Miseq Illumina para determinar que bacterias eran capaces de crecer en cada condición. Se determinó el indice de Shannon para averiguar que medio presentaba la mayor diversidad bacteriana al mismo tiempo que se identificaron cada una de los taxones presentes en cada medio. Todas las bacterias de interés crecían en el medio “Columbia Blood Agar” incubado a 37ºC en condiciones anaérobicas por lo que utilizamos este medio para aislar las bacterias de interés. Posteriormente, una vez seleccionado el mejor medio para aislar las bacterias de interés, crecimos una muestra cecal en el medio “Columbia Blood Agar” en una dilución adecuada para obtener colonias individuales. Las colonias crecidas se aislaron y se identificaron mediante secuenciación del gen 16s rRNA por la metodología de Sanger. Esta aproximación nos permitió aislar la mayoría de los taxones de interés excepto Oscillibacter, que presentaba una abundancia relativa inferior a 0.01\% en las condiciones de cultivo utilizadas. En este caso, se diseñaron una par de cebadores específicos de la familia Ruminococcaceae (a la cual pertenece el género Oscillibacter) para poder determinar directamente por PCR (sin necesidad de secuenciar el gen 16s rRNA) si la bacteria crecida era este taxón o no. Finalmente, fuimos capaces de conseguir aislados de las diferentes bacterias de interés, incluyendo Oscillibacter. Estudio de la capacidad protectora frente a la colonización por EVR de las bacterias comensales aisladas Posteriormente, la capacidad protectora de las bacterias aisladas fue testada en un modelo de ratones tratados con vancomicina. Se trataron los ratones una semana con vancomicina, se les administró una mezcla de las bacterias de las cuales queríamos testar la capacidad protectora los tres días siguientes a la finalización del tratamiento. Dos semanas tras parar el tratamiento antibiótico, se recogió una muestra fecal que nos permitió verificar mediante secuenciación masiva del gen 16s rRNA si dichas bacterias habían colonizado los ratones. Tras la recogida de dicha muestra, los ratones se infectaron vía oral con EVR. Los niveles de colonización intestinal por EVR se determinaron mediante plaqueo de muestras fecales a los dos días tras la infección, como en los previos experimentos ya descritos. Como grupo control, se infectó un grupo de ratones tratados con vancomicina que no recibió la mezcla de bacterias protectoras. En este modelo de ratones tratados con vancomicina se administraron Alistipes, Allobaculum, Barnesiella, Oscillibacter y miembros no identificados de las familia Ruminococacceae. No se administraron bacterias de la familia Lachnospiraceae (también asociadas con la resistencia frente a EVR, porque de manera habitual el ratón recupera estás bacterias tras el tratamiento con vancomicina mientras que no recupera las bacterias que si se administraron). Mediante este modelo, se obtuvo una disminución de más de 100 veces en la capacidad de EVR de colonizar el intestino, en el grupo que recibió las bacterias comensales en comparación con el grupo de ratones que no las recibió. Como control del experimento, administramos la bacteria Klebsiella pneumoniae, no asociada con la resistencia a la colonización por EVR. Como cabía esperar, la administración de dicha bacteria no confirió protección. Posteriormente, verificamos que la biomasa (aproximación de la abundancia bacteriana) de los ratones tratados con vancomicina no estaba disminuida con respecto a los ratones no tratados, indicando que probablemente el mecanismo por el cual las bacterias comensales suministradas protegían frente a EVR no se trataba de un mecanismo de inhibición inespecífico debido a la ocupación de un nicho vacío. Antes de averiguar el mecanismo de protección frente a la infección por EVR, intentamos simplificar la mezcla de bacterias administrada. Para ello, se utilizó el modelo descrito para probar la actividad protectora de la mezcla de bacterias, administrando las bacterias individualmente. Ninguna bacteria administrada por si misma consiguió una disminución de la colonización por EVR igual a la obtenida tras la administración de la mezcla completa, aunque varias de las bacterias administradas si que disminuyeron la capacidad de colonización por EVR pero en menor medida. Posteriormente, se administró la mezcla de bacterias, eliminando Oscillibacter de la misma (individualmente no producía ningún tipo de disminución de la colonización por EVR) ó Allobaculum (los análisis por LDA no lo habían identificado como una de las bacterias más relevantes dentro de las asociadas con la resistencia frente a EVR). Como resultado, decidimos administrar una nueva mezcla de bacterias que contenía Alistipes, Barnesiella, Oscillibacter y un aislado no identificado de las familia Ruminococacceae. Estudio del mecanismo de protección por el cual las bacterias comensales identificadas protegen frente a EVR. Posteriormente, para averiguar el mecanismo de protección frente a la infección por EVR, nos hemos centrado en dos enfoques complementarios, (i) la determinación de las alteraciones a nivel intestinal, entre otros el cambio en la disponibilidad de los diferentes nutrientes, asociados con la administración de la mezcla de bacterias y (ii) la caracterización de los requerimientos genéticos y nutricionales de EVR para colonizar el intestino y crecer. (i) Para determinar como nuestros probióticos influencian la colonización por EVR, nos hemos centrado en mecanismos de interacción directa (competición por nutrientes, producción de sustancias inhibitorias). No hemos estudiado mecanismos de acción indirecta (inducción de la respuesta inmune) ya que en un estudio anterior se describió que la microbiota es capaz de eliminar EVR en ausencia de componentes fundamentales del sistema inmune (Ubeda et al., 2013)⁠. Hemos decidido investigar la actividad de los probióticos mediante técnicas ómicas que nos permiten apreciar tanto la producción de substancia inhibitorias como mecanismos de competición nutricional. Para conseguir las muestras necesarias para dicho estudio, hemos tratados ratones con vancomicina durante una semana y posteriormente los ratones alojados de dos en dos en jaulas, recibieron las bacterias protectoras o PBS (Tampón fosfato salino). Dos semanas después de finalizar el tratamiento, se separaron los ratones y uno fue sacrificado para conseguir el contenido del ciegomientras que el otro ratón fue infectado con EVR para determinar los niveles de colonización intestinal. Ratones que se encuentran en la misma jaula recuperan una microbiota muy similar tras el cese del tratamiento antibiótico por lo que el ratón infectado con EVR nos indicaba si esa microbiota protege o no frente a la infección, mientras que el otro ratón de la misma jaula nos aporta las muestras necesarias para los estudios ómicos. Posteriormente, se realizó un análisis meta-transcriptómico sobre las muestras de estos ratones tratados que recibieron la mezcla de bacterias protectoras o no, así como de ratones no tratados, con el fin de determinar que funciones bacterianas se recuperaban gracias a la administración de las bacterias protectoras. 28 KOs (Kegg Orthology, ORFs anotados con la base de datos KEGG) no se detectaron después del tratamiento con vancomicina pero estaban expresados en el grupo de ratones que recibió la mezcla de bacterias protectoras y en los ratones no tratados. Estos KO codifican entre otros para transportadores que permiten la internalización de azucares (transportadores lactosa/L-arabinosa; para la celobiosa, el myo-inositol, la N-acetil-galactosamina y el D-glucosaminato), así como su metabolización (restauración del la vía de las pentosas fosfatos). Se detectó también el incremento de un receptor sensitivo a la serina así como KOs correspondientes a pasos de la síntesis de la histidina y de la lisina. Para averiguar si estas diferencias en expresión génica entre el grupo de ratones que recibió las bacterias intestinales o no se reflejaban en cambios en la concentración de los diferentes metabolitos, hemos analizado el metaboloma intestinal de las muestras anteriores. Este análisis se hizó en colaboración con el centro de investigación Príncipe Felipe (CIPF) mediante estudio de resonancia magnética nuclear (RMN). Gracias a este estudio, hemos confirmado que (i) la disponibilidad intestinal en azucares es baja en ratones no tratados (ii) dicha disponibilidad aumenta drásticamente después del tratamiento con vancomicina (iii) la administración de nuestras bacterias protectoras disminuye la disponibilidad intestinal de azucares después del tratamiento. Concretamente, hemos podido demostrar estas conclusiones para la celobiosa (un azúcar de la dieta). Además, se ha constatado qu

Exploring the natural history of intrinsic capacity impairments: Longitudinal patterns in the 10/66 study

BACKGROUND: intrinsic capacity (IC) is a construct encompassing people\u27s physical and mental abilities. There is an implicit link amongst IC domains: cognition, locomotion, nutrition, sensory and psychological. However, little is known about the integration of the domains. OBJECTIVES: to investigate patterns in the presentation and evolution of IC domain impairments in low-and-middle-income countries and if such patterns were associated with adverse outcomes. METHODS: secondary analyses of the first two waves of the 10/66 study (population-based surveys conducted in eight urban and four rural catchment areas in Cuba, Dominican Republic, Puerto Rico, Venezuela, Peru, Mexico and China). We applied latent transition analysis on IC to find latent statuses (latent clusters) of IC domain impairments. We evaluated the longitudinal association of the latent statuses with the risk of frailty, disability and mortality, and tested concurrent and predictive validity. RESULTS: amongst 14,923 participants included, the four latent statuses were: high IC (43%), low deterioration with impaired locomotion (17%), high deterioration without cognitive impairment (22%), and high deterioration with cognitive impairment (18%). A total of 61% of the participants worsened over time, 35% were stable, and 3% improved to a healthier status.Participants with deteriorated IC had a significantly higher risk of frailty, disability and dementia than people with high IC. There was strong concurrent and predictive validity. (Mortality Hazard Ratio = 4.60, 95%CI 4.16; 5.09; Harrel\u27s C = 0.73 (95%CI 0.72;0.74)). CONCLUSIONS: half of the study population had high IC at baseline, and most participants followed a worsening trend. Four qualitatively different IC statuses or statuses were characterised by low and high levels of deterioration associated with their risk of disability and frailty. Locomotion and cognition impairments showed other trends than psychological and nutrition domains across the latent statuses

Gut colonization by a novel Clostridium species is associated with the onset of epizootic rabbit enteropathy

Epizootic rabbit enteropathy (ERE) represents one of the most devastating diseases affecting rabbit farms. Previous studies showing transmissibility of disease symptoms through oral inoculation of intestinal contents from sick animals suggested a bacterial infectious origin for ERE. However, no etiological agent has been identified yet. On the other hand, ERE is associated with major changes in intestinal microbial communities, pinpointing dysbiosis as an alterna‑ tive cause for the disease. To better understand the role of intestinal bacteria in ERE development, we have performed a prospective longitudinal study in which intestinal samples collected from the same animals before, during and after disease onset were analyzed using high‑throughput sequencing. Changes in hundreds of bacterial groups were detected after the initiation of ERE. In contrast, before ERE onset, the microbiota from rabbits that developed ERE did not differ from those that remained healthy. Notably, an expansion of a single novel Clostridium species (Clostridium cuniculi) was detected the day of ERE onset. C. cuniculi encodes several putative toxins and it is phylogenetically related to the two well‑characterized pathogens C. botulinum and C. perfringens. Our results are consistent with a bac‑ terial infectious origin of ERE and discard dysbiosis as the initial trigger of the disease. Although experimental valida‑ tion is required, results derived from sequencing analysis, propose a key role of C. cuniculi in ERE initiation

Faire connaître et valoriser sa bibliothèque

Comment faire connaître sa bibliothèque, rendre lisible son offre, valoriser ses évolutions ? Quels outils utiliser ? Quelles compétences intégrer ? Quelle organisation mettre en place ? Ces questions s'imposent aujourd'hui aux professionnels qui doivent améliorer la notoriété de leurs établissements et faire évoluer leur image. Dans ce livre, la relation avec les publics est placée au cœur du processus de communication, tant pour le contact en direct, les échanges en ligne, que pour le soin apporté aux espaces, à la signalétique, et à la conception de documents. Construire un plan de communication, mener une campagne d'affichage, réinventer un guide du lecteur, reformuler le règlement intérieur, créer un avatar ou partir à la conquête d'un public spécifique sont autant d'actions qui demandent à la fois de bâtir une stratégie d'ensemble et de maîtriser des savoirs pratiques et concrets. Pour chacune des réalisations évoquées, un mode opératoire précis indique la méthode et les étapes à prendre en compte. Coordonné par Jean-Marc Vidal, conservateur à la bibliothèque municipale de Grenoble, cet ouvrage collectif, qui réunit bibliothécaires, graphiste, responsable de communication, sociologue, rend compte d'expériences multiples menées dans des bibliothèques publiques et universitaires. La communication avec les publics apparaît ainsi comme l'un des éléments révélateurs des transformations des bibliothèques

Interlaboratory comparison study of the Colony Forming Efficiency assay for assessing cytotoxicity of nanomaterials

Nanotechnology has gained importance in the past years as it provides opportunities for industrial growth and innovation. However, the increasing use of manufactured nanomaterials (NMs) in a number of commercial applications and consumer products raises also safety concerns and questions regarding potential unintended risks to humans and the environment. Since several years the European Commission’s Joint Research Centre (JRC) is putting effort in the development, optimisation and harmonisation of in vitro test methods suitable for screening and hazard assessment of NMs. Work is done in collaboration with international partners, in particular the Organisation for Economic Co-operation and Development (OECD). This report presents the results from an interlaboratory comparison study of the in vitro Colony Forming Efficiency (CFE) cytotoxicity assay performed in the frame of OECD's Working Party of Manufactured Nanomaterials (WPMN). Twelve laboratories from European Commission, France, Italy, Japan, Poland, Republic of Korea, South Africa and Switzerland participated in the study coordinated by JRC. The results show that the CFE assay is a suitable and robust in vitro method to assess cytotoxicity of NMs. The assay protocol is well defined and is easily and reliably transferable to other laboratories. The results obtained show good intra and interlaboratory reproducibility of the assay for both the positive control and the tested nanomaterials. In conclusion the CFE assay can be recommended as a building block of an in vitro testing battery for NMs toxicity assessment. It could be used as a first choice method to define dose-effect relationships for other in vitro assays.JRC.I.4-Nanobioscience

Antimicrobial resistance among migrants in Europe: a systematic review and meta-analysis

BACKGROUND: Rates of antimicrobial resistance (AMR) are rising globally and there is concern that increased migration is contributing to the burden of antibiotic resistance in Europe. However, the effect of migration on the burden of AMR in Europe has not yet been comprehensively examined. Therefore, we did a systematic review and meta-analysis to identify and synthesise data for AMR carriage or infection in migrants to Europe to examine differences in patterns of AMR across migrant groups and in different settings. METHODS: For this systematic review and meta-analysis, we searched MEDLINE, Embase, PubMed, and Scopus with no language restrictions from Jan 1, 2000, to Jan 18, 2017, for primary data from observational studies reporting antibacterial resistance in common bacterial pathogens among migrants to 21 European Union-15 and European Economic Area countries. To be eligible for inclusion, studies had to report data on carriage or infection with laboratory-confirmed antibiotic-resistant organisms in migrant populations. We extracted data from eligible studies and assessed quality using piloted, standardised forms. We did not examine drug resistance in tuberculosis and excluded articles solely reporting on this parameter. We also excluded articles in which migrant status was determined by ethnicity, country of birth of participants' parents, or was not defined, and articles in which data were not disaggregated by migrant status. Outcomes were carriage of or infection with antibiotic-resistant organisms. We used random-effects models to calculate the pooled prevalence of each outcome. The study protocol is registered with PROSPERO, number CRD42016043681. FINDINGS: We identified 2274 articles, of which 23 observational studies reporting on antibiotic resistance in 2319 migrants were included. The pooled prevalence of any AMR carriage or AMR infection in migrants was 25·4% (95% CI 19·1-31·8; I2 =98%), including meticillin-resistant Staphylococcus aureus (7·8%, 4·8-10·7; I2 =92%) and antibiotic-resistant Gram-negative bacteria (27·2%, 17·6-36·8; I2 =94%). The pooled prevalence of any AMR carriage or infection was higher in refugees and asylum seekers (33·0%, 18·3-47·6; I2 =98%) than in other migrant groups (6·6%, 1·8-11·3; I2 =92%). The pooled prevalence of antibiotic-resistant organisms was slightly higher in high-migrant community settings (33·1%, 11·1-55·1; I2 =96%) than in migrants in hospitals (24·3%, 16·1-32·6; I2 =98%). We did not find evidence of high rates of transmission of AMR from migrant to host populations. INTERPRETATION: Migrants are exposed to conditions favouring the emergence of drug resistance during transit and in host countries in Europe. Increased antibiotic resistance among refugees and asylum seekers and in high-migrant community settings (such as refugee camps and detention facilities) highlights the need for improved living conditions, access to health care, and initiatives to facilitate detection of and appropriate high-quality treatment for antibiotic-resistant infections during transit and in host countries. Protocols for the prevention and control of infection and for antibiotic surveillance need to be integrated in all aspects of health care, which should be accessible for all migrant groups, and should target determinants of AMR before, during, and after migration. FUNDING: UK National Institute for Health Research Imperial Biomedical Research Centre, Imperial College Healthcare Charity, the Wellcome Trust, and UK National Institute for Health Research Health Protection Research Unit in Healthcare-associated Infections and Antimictobial Resistance at Imperial College London

Global Analysis of Extracytoplasmic Stress Signaling in Escherichia coli

The Bae, Cpx, Psp, Rcs, and σE pathways constitute the Escherichia coli signaling systems that detect and respond to alterations of the bacterial envelope. Contributions of these systems to stress response have previously been examined individually; however, the possible interconnections between these pathways are unknown. Here we investigate the dynamics between the five stress response pathways by determining the specificities of each system with respect to signal-inducing conditions, and monitoring global transcriptional changes in response to transient overexpression of each of the effectors. Our studies show that different extracytoplasmic stress conditions elicit a combined response of these pathways. Involvement of the five pathways in the various tested stress conditions is explained by our unexpected finding that transcriptional responses induced by the individual systems show little overlap. The extracytoplasmic stress signaling pathways in E. coli thus regulate mainly complementary functions whose discrete contributions are integrated to mount the full adaptive response

Gender Gap in Parental Leave Intentions: Evidence from 37 Countries

Despite global commitments and efforts, a gender-based division of paid and unpaid work persists. To identify how psychological factors, national policies, and the broader sociocultural context contribute to this inequality, we assessed parental-leave intentions in young adults (18–30 years old) planning to have children (N = 13,942; 8,880 identified as women; 5,062 identified as men) across 37 countries that varied in parental-leave policies and societal gender equality. In all countries, women intended to take longer leave than men. National parental-leave policies and women’s political representation partially explained cross-national variations in the gender gap. Gender gaps in leave intentions were paradoxically larger in countries with more gender-egalitarian parental-leave policies (i.e., longer leave available to both fathers and mothers). Interestingly, this cross-national variation in the gender gap was driven by cross-national variations in women’s (rather than men’s) leave intentions. Financially generous leave and gender-egalitarian policies (linked to men’s higher uptake in prior research) were not associated with leave intentions in men. Rather, men’s leave intentions were related to their individual gender attitudes. Leave intentions were inversely related to career ambitions. The potential for existing policies to foster gender equality in paid and unpaid work is discussed.Gender Gap in Parental Leave Intentions: Evidence from 37 CountriespublishedVersio