Utveckling av metod för att bedöma behovet av ogräsbekämpning i spår

En miljöanpassad och resurseffektiv hantering av ogräs i spår ställer krav på god kunskap om vegetationsförhållanden för att behovsanpassa bekämpningsinsatserna. En automatiserad registrering skulle kunna utgöra ett komplement till dagens manuella inspektioner och skulle över tiden helt eller delvis kunna ersätta dessa. En utmaning är att hitta en metod som ger en rimlig upplösning i informationen som samlas in, så att den kan hanteras rationellt av berörda aktörer och samtidigt utgöra ett beslutsunderlag med tillräcklig precision. Projektet studerade två automatiserade metoder som kan vara aktuella för Trafikverket att använda i framtiden: 1) Machine vision metoden utnyttjar kamerasensorer för att känna av sin omgivning i det synliga respektive nära infraröda spektrumet. 2) N-sensorn sänder ut ljus inom det område som reflekteras av växternas klorofyll. Mängden klorofyll ger ett mätvärde som kan korreleras till biomassan. Valet av teknik beror på vad informationen ska användas till. Om syftet är att översiktligt kartlägga vegetationsförekomst i spår, för att planera åtgärder för underhåll, kan N-sensortekniken vara lämplig. Om man över ytan och tiden vill övervaka och kartlägga aktuell och precis vegetationsstatus, för att kunna bekämpa utvald vegetation med rätt insats, är machine vision tekniken bättre lämpad. Såväl machine vision metoden som N-sensortekniken bygger på registrering av data tillsammans med en GPS-positionering. På sikt kan denna information läggas i databaser som är direkt åtkomliga för berörda organisationer och t o m online i fält under eller i samband med en bekämpningsåtgärd. De två teknikerna jämfördes med manuella (visuella) skattningar av ogräsförekomsten. Den visuella skattningen av yttäckningsgrad av ogräs i fält skiljde sig statistiskt mellan olika bedömare. När det gäller att uppskatta frekvensen (antalet) vedartade växter (träd och buskar) inom provytorna så var observatörerna relativt överens. Samma person är ofta konsekvent i sitt bedömande, men att jämföra med andra personers bedömning kan ge missvisande resultat. Systemet för användning av informationen om ogräsförekomst behöver utvecklas som helhet. Tröskelvärden för hur mycket ogräs som kan tolereras på olika typer av spår/driftsplatser är en viktig komponent i ett sådant system. Klassificeringssystemet ska kunna hantera de krav som ställs för att säkerställa banans kvalitet och olika förutsättningar som trafikförhållanden, platsgivna förutsättningar för banan och vegetationens egenskaper. Projektet rekommenderar Trafikverket att: diskutera hur tröskelvärden för vegetationsförekomst på spår kan fastställas genomföra registrering av vegetationsförekomst över längre och fler sträckor med en eller flera av de metoder som studerats i projektet inleda införande av system som effektivt kopplar informationen om vegetation till position inkludera förekomst av vegetation i den registrering som idag sker av spårens (banans) tekniska kvalitet och ansluta datamaterialet till övriga underhållsrelaterade databaser inrätta ett antal representativa ytor där ogräsfloran på spåren regelbundet inventeras och mäts för att få en bild av den långsiktiga utveckling som grund för säkrare prognoser för vegetationsutveckling säkerställa att nödvändiga utbildningsinsatser genomför

Novel genetic loci associated with hippocampal volume

The hippocampal formation is a brain structure integrally involved in episodic memory, spatial navigation, cognition and stress responsiveness. Structural abnormalities in hippocampal volume and shape are found in several common neuropsychiatric disorders. To identify the genetic underpinnings of hippocampal structure here we perform a genome-wide association study (GWAS) of 33,536 individuals and discover six independent loci significantly associated with hippocampal volume, four of them novel. Of the novel loci, three lie within genes (ASTN2, DPP4 and MAST4) and one is found 200 kb upstream of SHH. A hippocampal subfield analysis shows that a locus within the MSRB3 gene shows evidence of a localized effect along the dentate gyrus, subiculum, CA1 and fissure. Further, we show that genetic variants associated with decreased hippocampal volume are also associated with increased risk for Alzheimer's disease (rg =-0.155). Our findings suggest novel biological pathways through which human genetic variation influences hippocampal volume and risk for neuropsychiatric illness

Novel genetic loci underlying human intracranial volume identified through genome-wide association

Intracranial volume reflects the maximally attained brain size during development, and remains stable with loss of tissue in late life. It is highly heritable, but the underlying genes remain largely undetermined. In a genome-wide association study of 32,438 adults, we discovered five novel loci for intracranial volume and confirmed two known signals. Four of the loci are also associated with adult human stature, but these remained associated with intracranial volume after adjusting for height. We found a high genetic correlation with child head circumference (ρgenetic=0.748), which indicated a similar genetic background and allowed for the identification of four additional loci through meta-analysis (Ncombined = 37,345). Variants for intracranial volume were also related to childhood and adult cognitive function, Parkinson’s disease, and enriched near genes involved in growth pathways including PI3K–AKT signaling. These findings identify biological underpinnings of intracranial volume and provide genetic support for theories on brain reserve and brain overgrowth

A Meta-analysis of Gene Expression Signatures of Blood Pressure and Hypertension

Genome-wide association studies (GWAS) have uncovered numerous genetic variants (SNPs) that are associated with blood pressure (BP). Genetic variants may lead to BP changes by acting on intermediate molecular phenotypes such as coded protein sequence or gene expression, which in turn affect BP variability. Therefore, characterizing genes whose expression is associated with BP may reveal cellular processes involved in BP regulation and uncover how transcripts mediate genetic and environmental effects on BP variability. A meta-analysis of results from six studies of global gene expression profiles of BP and hypertension in whole blood was performed in 7017 individuals who were not receiving antihypertensive drug treatment. We identified 34 genes that were differentially expressed in relation to BP (Bonferroni-corrected p<0.05). Among these genes, FOS and PTGS2 have been previously reported to be involved in BP-related processes; the others are novel. The top BP signature genes in aggregate explain 5%–9% of inter-individual variance in BP. Of note, rs3184504 in SH2B3, which was also reported in GWAS to be associated with BP, was found to be a trans regulator of the expression of 6 of the transcripts we found to be associated with BP (FOS, MYADM, PP1R15A, TAGAP, S100A10, and FGBP2). Gene set enrichment analysis suggested that the BP-related global gene expression changes include genes involved in inflammatory response and apoptosis pathways. Our study provides new insights into molecular mechanisms underlying BP regulation, and suggests novel transcriptomic markers for the treatment and prevention of hypertension

New genetic loci link adipose and insulin biology to body fat distribution.

Body fat distribution is a heritable trait and a well-established predictor of adverse metabolic outcomes, independent of overall adiposity. To increase our understanding of the genetic basis of body fat distribution and its molecular links to cardiometabolic traits, here we conduct genome-wide association meta-analyses of traits related to waist and hip circumferences in up to 224,459 individuals. We identify 49 loci (33 new) associated with waist-to-hip ratio adjusted for body mass index (BMI), and an additional 19 loci newly associated with related waist and hip circumference measures (P < 5 × 10(-8)). In total, 20 of the 49 waist-to-hip ratio adjusted for BMI loci show significant sexual dimorphism, 19 of which display a stronger effect in women. The identified loci were enriched for genes expressed in adipose tissue and for putative regulatory elements in adipocytes. Pathway analyses implicated adipogenesis, angiogenesis, transcriptional regulation and insulin resistance as processes affecting fat distribution, providing insight into potential pathophysiological mechanisms

Genetic associations at 53 loci highlight cell types and biological pathways relevant for kidney function.

Reduced glomerular filtration rate defines chronic kidney disease and is associated with cardiovascular and all-cause mortality. We conducted a meta-analysis of genome-wide association studies for estimated glomerular filtration rate (eGFR), combining data across 133,413 individuals with replication in up to 42,166 individuals. We identify 24 new and confirm 29 previously identified loci. Of these 53 loci, 19 associate with eGFR among individuals with diabetes. Using bioinformatics, we show that identified genes at eGFR loci are enriched for expression in kidney tissues and in pathways relevant for kidney development and transmembrane transporter activity, kidney structure, and regulation of glucose metabolism. Chromatin state mapping and DNase I hypersensitivity analyses across adult tissues demonstrate preferential mapping of associated variants to regulatory regions in kidney but not extra-renal tissues. These findings suggest that genetic determinants of eGFR are mediated largely through direct effects within the kidney and highlight important cell types and biological pathways