Influence du microbiote intestinal sur le métabolisme et la virulence des Escherichia coli entérohémorragiques

Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) représentent un problème majeur de santé publique dans les pays développés. Les EHEC sont régulièrement responsables de toxi-infections alimentaires graves chez l’humain et causent des colites hémorragiques et le symptôme hémolytique et urémique, mortel chez les enfants en bas âge. Les EHEC les plus virulents appartiennent au sérotype O157:H7 et le bovin constitue leur réservoir naturel. À ce jour il n’existe aucun traitement pour éviter l’apparition des symptômes liés à une infection à EHEC. Par conséquent, il est important d’augmenter nos connaissances sur les mécanismes employés par le pathogène pour réguler sa virulence et coloniser efficacement la niche intestinale. Dans un premier temps, l’adaptation de la souche EHEC O157:H7 EDL933 à l’activité métabolique du microbiote intestinal a été étudiée au niveau transcriptionnel. Pour se faire, EDL933 a été cultivée dans les contenus caecaux de rats axéniques (milieu GFC) et dans ceux provenant de rats colonisés par le microbiote intestinal humain (milieu HMC). Le HMC est un milieu cécal conditionné in vivo par le microbiote. Dans le HMC par rapport au GFC, EDL933 change drastiquement de profile métabolique en réponse à l’activité du microbiote et cela se traduit par une diminution de l’expression des voies de la glycolyse et une activation des voies de l’anaplérose (voies métaboliques dont le rôle est d’approvisionner le cycle TCA en intermédiaires métaboliques). Ces résultats, couplés avec une analyse métabolomique ciblée sur plusieurs composés, ont révélé la carence en nutriments rencontrée par le pathogène dans le HMC et les stratégies métaboliques utilisées pour s’adapter au microbiote intestinal. De plus, l’expression des gènes de virulence incluant les gènes du locus d’effacement des entérocytes (LEE) codant pour le système de sécrétion de type III sont réprimés dans le HMC par rapport au GFC indiquant la capacité du microbiote intestinal à réprimer la virulence des EHEC. L’influence de plusieurs composés intestinaux présents dans les contenus caecaux de rats sur l’expression des gènes de virulence d’EDL933 a ensuite été étudiée. Ces résultats ont démontré que deux composés, l’acide N-acétylneuraminique (Neu5Ac) et le N-acétylglucosamine (GlcNAc) répriment l’expression des gènes du LEE. La répression induite par ces composés s’effectue via NagC, le senseur du GlcNAc-6-P intracellulaire et le régulateur du catabolisme du GlcNAc et du galactose chez E. coli. NagC est un régulateur transcriptionnel inactivé en présence de GlcNAc-6-P qui dérive du catabolisme du Neu5Ac et du transport GlcNAc. Ce travail nous a permis d’identifier NagC comme un activateur des gènes du LEE et de mettre à jour un nouveau mécanisme qui permet la synchronisation de la virulence avec le métabolisme chez les EHEC O157:H7. La concentration du Neu5Ac et du GlcNAc est augmentée in vivo chez le rat par le symbiote humain Bacteroides thetaiotaomicron, indiquant la capacité de certaines espèces du microbiote intestinal à relâcher les composés répresseurs de la virulence des pathogènes. Ce travail a permis l’identification des adaptations métaboliques des EHEC O157:H7 en réponse au microbiote intestinal ainsi que la découverte d’un nouveau mécanisme de régulation de la virulence en réponse au métabolisme. Ces données peuvent contribuer à l’élaboration de nouvelles approches visant à limiter les infections à EHEC.Enterohemorrhagic E. coli (EHEC) represent an important public threat especially in developed countries. EHEC are human pathogens involved in food- and water-borne outbreaks and the cause of hemorrhagic colitis and the hemolytic and uremic syndrome that is deadly to young children. The serotype O157:H7 contains the most virulent strain of EHEC and bovines are their natural reservoir. To date, no cure exists to avoid symptoms of an EHEC infection. Consequently, it is of interest to enhance our knowledge about mechanisms used by the pathogen to regulate virulence and to efficiently colonize the intestinal tract. The adaptive response of EHEC O157:H7 strain EDL933 to the metabolic activity of the human intestinal microbiota was first analysed at the transcriptional level. The strain EDL933 was grown in the cecal content of germ-free rats (GFC medium) and that of rats associated with the human intestinal microbiota (HMC medium). The HMC medium is an in vivo microbiota-conditioned medium. An important shift in the metabolic profile of EDL933 was observed in HMC as compared to GFC, with a decreased expression of genes involved in the glycolysis pathways and an increased expression of anaplerosis genes. These results, together with a targeted metabolomics analysis, revealed the nutrient starvation encounters by the pathogen in HMC and the metabolic strategies used to adapt the intestinal microbiota. Moreover, the expression of several virulence genes including those of the locus of enterocyte effacement (LEE) encoding for the type III secretion system was decreased, indicating the ability of the intestinal microbiota to decrease virulence expression of pathogens. The influence of several intestinal compounds present in the cecal contents of rats was then tested for their ability to modulate the virulence gene expression of EDL933. Results demonstrated that the two compounds, N-acetylneuraminic acid (Neu5Ac) and N-acetylglucosamine (GlcNAc) down-regulate the expression of the LEE genes. This repression was dependant of the protein NagC which is the sensor of intracellular GlcNAc-6-P and the regulator of the GlcNAc and the galactose catabolism in E. coli. NagC is a transcriptional regulator that is inactivated in presence of GlcNAc-6-P derived from the Neu5Ac catabolism and the GlcNAc transport. This work led to the identification of NagC as an activator of the LEE genes and the discovery of a new mechanism involved in the coordination of virulence and metabolism in EHEC O157:H7. The concentration of Neu5Ac and GlcNAc was enhance in vivo by the human intestinal symbiont Bacteroides thetaiotaomicron indicating the ability of some species of the microbiota to release compounds that repress virulence of pathogens. This work led to the identification of the metabolic adaptive responses of EHEC O157:H7 in the intestinal milieu conditioned by the intestinal microbiota and the discovery of a new mechanism used to coordinate metabolism and virulence. These data could contribute to the development of news approaches leading to decrease EHEC infections

Spectroscopie d'émission sur plasma induit par laser (LIBS) pour le suivi en continu des polluants émis des sources fixes

National audienceLe contrôle des métaux lourds à l'émission des sources fixes est fait actuellement selon la norme NF: 14385:2004 impliquant des prélèvements sur site, le conditionnement des échantillons et leur analyse en laboratoire par ICP, de qui conduit à des temps d'analyse de plusieurs jours. Notre étude, réalisée dans le cadre d'une thèse ADEME menée à l'INERIS et au CEA vise le développement d'un outil d'analyse permettant le contrôle en continu et in-situ des métaux lourds particulaires présents dans les effluents des sources d'émission fixes. Cet appareillage, basé sur la technique LIBS qui consiste à réaliser l'analyse de la signature spectrale d'un plasma induit par laser, permet en effet d'effectuer des analyses quantitatives de particules micrométriques métalliques directement en sortie de cheminée avec des temps caractéristiques de quelques minutes. Deux approches sont menées conjointement pour l'analyse de particules micrométriques de CuSO4,5H2O (1u

Détection de particules micrométriques en suspension dans l'air par technique LIBS (Laser-Induced Breakdown Spectroscopy)

International audienceLes aérosols peuvent être définis comme des particules solides ou liquides en suspension dans un gaz avec des diamètres s'échelonnant du nanomètre jusqu'à plusieurs micromètres. La génération d'aérosols dans les procédés industriels peut représenter une menace pour les travailleurs comme pour l'environnement. La possible émission, sous forme de particules de tailles micrométriques/submicroniques, de métaux lourds issus des rejets canalisés d'industries (telles que les fonderies ou les incinérateurs) ou bien encore de pelotes de nanotubes de carbone sur leur lieu de production, en sont deux exemples. Les rejets de métaux lourds dans l'atmosphère sont essentiellement d'origine anthropique et produits par des industries impliquant notamment des procédés de combustion comme les incinérateurs et les fonderies. Compte tenu des effets nocifs avérés des métaux lourds sur l'homme et l'environnement, les rejets sont encadrés par des réglementations (arrêtés du 02 février 1998 et du 20 septembre 2002). L'évolution de celles-ci, toujours plus stricte, nécessite le développement d'outils adaptés et notamment, d'une instrumentation de terrain permettant l'analyse in-situ en automatique avec une résolution temporelle adéquate. Les travaux présentés ici sont focalisés sur la quantification en temps réel de la fraction particulaire dans une gamme de tailles s'échelonnant de 1 à 10 µm. Depuis leur découverte, les nanotubes de carbone (NTC) suscitent un intérêt croissant eu égard aux très nombreuses applications possibles dans de nombreux domaines industriels. Les nombreuses applications potentielles des NTC soulèvent l'enthousiasme mais également des inquiétudes. Les possible effets que pourraient avoir les NTC sur la santé humaine sont très mal connus et les recherches sur ces sujets toujours en cours. Leur morphologie en forme de fibre est inquiétante car elle rappelle celle de l'amiante. Au risque lié à la morphologie des NTC s'ajoute celui de la toxicité chimique des éléments contenus dans les nanotubes de carbone, souvent des éléments de catalyse. Sur les lieux de production, la voie aérienne est la source la plus probable de contamination. Bien que les procédés de production soient sécurisés, une possible fuite n'est jamais à écarter. De plus, le risque d'exposition existe à plusieurs étapes de production, tels que le conditionnement du produit final par exemple. Il est donc nécessaire de disposer d'outils de terrain permettant d'accéder à la taille et à la morphologie mais aussi à la composition chimique des particules émises. Il existe à l'heure actuelle peu d'instruments permettant, in-situ et en temps réel, de détecter l'émission de particules et de mesurer les concentrations émises selon leur nature chimique élémentaire. La technique LIBS (Laser-Induced Breakdown Spectroscopy) ou spectroscopie de plasma induit par laser semble adaptée à une telle problématique. C'est pourquoi elle a été appliquée dans les deux cas susmentionné

A higher-order entity formed by the flexible assembly of RAP1 with TRF2

Essonne committee of the Ligue contre le cancer M18756 M22897 Foundation ARC pour la Recherche sur le Cancer SFI20121205503International audienceTelomere integrity is essential to maintain genome stability, and telomeric dysfunctions are associated with cancer and aging pathologies. In human, the shelterin complex binds TTAGGG DNA repeats and provides capping to chromosome ends. Within shel-terin, RAP1 is recruited through its interaction with TRF2, and TRF2 is required for telomere protection through a network of nucleic acid and protein interactions. RAP1 is one of the most conserved shelterin proteins although one unresolved question is how its interaction may influence TRF2 properties and regulate its capacity to bind multiple proteins. Through a combination of biochemical, biophysical and structural approaches, we unveiled a unique mode of assembly between RAP1 and TRF2. The complete interaction scheme between the full-length proteins involves a complex biphasic interaction of RAP1 that directly affects the binding properties of the assembly. These results reveal how a non-DNA binding protein can influence the properties of a DNA-binding partner by mutual conformational adjustments

Incidence and outcome of invasive candidiasis in intensive care units (ICUs) in Europe: results of the EUCANDICU project

BACKGROUND: The objective of this study was to assess the cumulative incidence of invasive candidiasis (IC) in intensive care units (ICUs) in Europe. METHODS: A multinational, multicenter, retrospective study was conducted in 23 ICUs in 9 European countries, representing the first phase of the candidemia/intra-abdominal candidiasis in European ICU project (EUCANDICU). RESULTS: During the study period, 570 episodes of ICU-acquired IC were observed, with a cumulative incidence of 7.07 episodes per 1000 ICU admissions, with important between-center variability. Separated, non-mutually exclusive cumulative incidences of candidemia and IAC were 5.52 and 1.84 episodes per 1000 ICU admissions, respectively. Crude 30-day mortality was 42%. Age (odds ratio [OR] 1.04 per year, 95% CI 1.02-1.06, p < 0.001), severe hepatic failure (OR 3.25, 95% 1.31-8.08, p 0.011), SOFA score at the onset of IC (OR 1.11 per point, 95% CI 1.04-1.17, p 0.001), and septic shock (OR 2.12, 95% CI 1.24-3.63, p 0.006) were associated with increased 30-day mortality in a secondary, exploratory analysis. CONCLUSIONS: The cumulative incidence of IC in 23 European ICUs was 7.07 episodes per 1000 ICU admissions. Future in-depth analyses will allow explaining part of the observed between-center variability, with the ultimate aim of helping to improve local infection control and antifungal stewardship projects and interventions

Search for pair-produced resonances decaying to jet pairs in proton-proton collisions at √s=8 TeV

Results are reported of a general search for pair production of heavy resonances decaying to pairs of hadronic jets in events with at least four jets. The study is based on up to 19.4 fb(-1) of integrated luminosity from proton-proton collisions at a center-of-mass energy of 8 TeV, recorded with the CMS detector at the LHC. Limits are determined on the production of scalar top quarks (top squarks) in the framework of R-parity violating supersymmetry and on the production of color-octet vector bosons (colorons). First limits at the LHC are placed on top squark production for two scenarios. The first assumes decay to a bottom quark and a light-flavor quark and is excluded for masses between 200 and 385 GeV, and the second assumes decay to a pair of light-flavor quarks and is excluded for masses between 200 and 350 GeV at 95% confidence level. Previous limits on colorons decaying to light-flavor quarks are extended to exclude masses from 200 to 835 GeV

Differential cross section measurements for the production of a W boson in association with jets in proton–proton collisions at √s = 7 TeV

Measurements are reported of differential cross sections for the production of a W boson, which decays into a muon and a neutrino, in association with jets, as a function of several variables, including the transverse momenta (pT) and pseudorapidities of the four leading jets, the scalar sum of jet transverse momenta (HT), and the difference in azimuthal angle between the directions of each jet and the muon. The data sample of pp collisions at a centre-of-mass energy of 7 TeV was collected with the CMS detector at the LHC and corresponds to an integrated luminosity of 5.0 fb[superscript −1]. The measured cross sections are compared to predictions from Monte Carlo generators, MadGraph + pythia and sherpa, and to next-to-leading-order calculations from BlackHat + sherpa. The differential cross sections are found to be in agreement with the predictions, apart from the pT distributions of the leading jets at high pT values, the distributions of the HT at high-HT and low jet multiplicity, and the distribution of the difference in azimuthal angle between the leading jet and the muon at low values.United States. Dept. of EnergyNational Science Foundation (U.S.)Alfred P. Sloan Foundatio

Optimasi Portofolio Resiko Menggunakan Model Markowitz MVO Dikaitkan dengan Keterbatasan Manusia dalam Memprediksi Masa Depan dalam Perspektif Al-Qur`an

Risk portfolio on modern finance has become increasingly technical, requiring the use of sophisticated mathematical tools in both research and practice. Since companies cannot insure themselves completely against risk, as human incompetence in predicting the future precisely that written in Al-Quran surah Luqman verse 34, they have to manage it to yield an optimal portfolio. The objective here is to minimize the variance among all portfolios, or alternatively, to maximize expected return among all portfolios that has at least a certain expected return. Furthermore, this study focuses on optimizing risk portfolio so called Markowitz MVO (Mean-Variance Optimization). Some theoretical frameworks for analysis are arithmetic mean, geometric mean, variance, covariance, linear programming, and quadratic programming. Moreover, finding a minimum variance portfolio produces a convex quadratic programming, that is minimizing the objective function ðð¥with constraintsð ð 𥠥 ðandð´ð¥ = ð. The outcome of this research is the solution of optimal risk portofolio in some investments that could be finished smoothly using MATLAB R2007b software together with its graphic analysis