Modelling the molecular mechanisms of ageing

This document is the Accepted Manuscript version of a published work that appeared in final form in Bioscience reports. To access the final edited and published work see http://www.bioscirep.org/content/37/1/BSR20160177.The ageing process is driven at the cellular level by random molecular damage which slowly accumulates with age. Although cells possess mechanisms to repair or remove damage, they are not 100% efficient and their efficiency declines with age. There are many molecular mechanisms involved and exogenous factors such as stress also contribute to the ageing process. The complexity of the ageing process has stimulated the use of computational modelling in order to increase our understanding of the system, test hypotheses and make testable predictions. As many different mechanisms are involved, a wide range of models have been developed. This paper gives an overview of the types of models that have been developed, the range of tools used, modelling standards, and discusses many specific examples of models which have been grouped according to the main mechanisms that they address. We conclude by discussing the opportunities and challenges for future modelling in this field

Yhteisöllinen tapahtumatuotanto kulttuuriareena Glorialla

Opinnäytetyöni pyrkii kartoittamaan kulttuuriareena Glorian yhteisöllisen tapahtumatuotannon mallia. Nuorten ryhmien Glorialla toteuttamat tapahtumat järjestetään talon tuottajan johdolla ja nuoret osallistetaan kaikkiin tuotantoprosessin vaiheisiin. Tätä mallia ei ole toistaiseksi dokumentoitu kulttuuriareena Glorialla ja tämän tarpeen työni pyrkii täyttämään. Työni teoreettinen tausta on sosiokulttuurisessa innostamisessa sekä sosiaalisen median mahdollistamassa uusyhteisöllisyydessä. Tuottaja ottaa prosessissa innostajan roolin tukien nuorten ryhmää tapahtumansa tuotannossa sen kaikissa vaiheissa ideoinnista purkuun. Nuorten sosiaalisessa mediassa kommunikoivat yhteisöt ovat usein harraste-, taiteenlaji- tai ilmiökeskeisiä, ja tapahtumien sisällöt niistä kumpuavia. Gloria tarjoaa vakiintuneet puitteet joissa nuoret voivat järjestää tapahtumansa murehtimatta tiloista, esitystekniikasta tai henkilöstöstä. Opinnäytetyöni on tapaustutkimus, jonka aineisto on kerätty nuorille keväällä 2014 tehdyllä kyselyllä sekä tapahtumia järjestäneiden nuorten teemahaastatteluilla. Lisäksi yhteisöllisen tuotannon prosessia pyritään hahmottamaan blueprinting -menetelmällä käyttäen asiakaskontaktin sijaan itse tuotantoprosessia rajapintana jossa tuottaja ja nuoret kohtaavat. Tulosten perusteella nuoret ovat kokeneet tapahtumansa suhteellisen onnistuneiksi ja oman osuutensa tärkeäksi tapahtuman onnistumisen kannalta. Valtaosa haluaisi myös osallistua uuden tapahtuman tuottamiseen mikäli sellaista oltaisiin järjestämässä. Työssä kartoitettu yhteisöllisen tapahtumatuotannon prosessi nojaa vahvasti siihen että tuottaja pystyy sitoutumaan nuorten tuotantoon tarpeeksi pitkäjänteisesti. Koska tapahtumia järjestävät nuoret saattavat olla eri puolilta Suomea, tapahtumien tuotanto tapahtuu käytännössä kokonaan sosiaalisessa mediassa. Tuottaja osallistuu keskusteluun nuorten valitsemalla alustalla, joista yleisin on suljettu facebook-ryhmä. Toimintamallissa pyritään toistuvaan tapahtumaan, jossa jokaisella kerralla tuottaja osallistuu vähemmän ja nuoret ottavat enemmän vastuuta tapahtumastaan. Lopuksi voidaan todeta että yhteisöllisen tapahtumatuotannon malli edistää kulttuurista demokratiaa ja nuorten osallisuutta juuri sillä tavalla joka vastaa kulttuuriareena Glorian arvoja ja toimintaperiaatteita. Siksi on ensiarvoisen tärkeää että mallia tuetaan ja kehitetään myös jatkossa.In my thesis we examine the model of community sourced event production in Culture Arena Gloria. Groups of youth arrange events in Gloria with help from the house producer. The group participates in every step of the production process. This model has not been documented thus far, and this thesis aspires to fill that need. The theoretical background of this work lies in sociocultural empowerment and the new forms of community social media has enabled. The producer takes the role of an empowerer in the process, supporting the group of youth while the event is produced in all phases from the initial idea to debriefing. These loose communities of young people are usually centered around a hobby, artform or phenomenon, and the content of their events is sourced from these. Gloria offers an established enviromnent where the youth groups don't need to worry about the space, equipment or staff. This thesis is a case study, and the data was gathered via a questionnaire and halfstructured theme interviews. In addition we try to build a process blueprint for community sourced event production where instead of client interaction the production process itself is the interface where the youth and the producer meet. Based on the results the youth have deemed their events quite successful, and their own participation as quite important in that aspect. Most youth would also like to participate again if a similar event was to be made. The model of community sourced event production that this work examines is largely based on the long term commitment of the producer. Because the youth can be from different parts of the country, the production process happens mostly in social media. The producer takes part in the discussion in the youth's forum of choice, usually a closed facebook group. The model aims for a repeating event, where each time the producer participates less and the youth take more responsibility for their event. Finally we can state that the model for community sourced event procuction furthers cultural democracy and youth participation, and thus matches exactly the values of Gloria. Therefore it is important that this model be supported and developed further

Intern marknadsföring : en fallstudie av Malmia hotell AB

Validerat; 20101217 (root

Yhdessä eteenpäin. Työharjoittelumallien haasteet ja mahdollisuudet.

Ammattikorkeakoulutuksen työssäoppimismallit elävät murroksen vuosia. Tutkinto-uudistukset sekä ammatillisen koulutuksen reformi luovat suuntaviivoja uudenlaisille toimintamalleille jotka osallistavat työelämää yhä vahvemmin osaksi opintoja. Vuonna 2018–2019 toteutetun Katiska-hankkeen tavoitteena oli kehittää Metropolia Ammattikorkeakoulun kulttuuripalveluiden ja median osaamisalojen koulutukseen kuuluvaa työssäoppimista. Toimintakenttänä oli Kaapelitehtaan ja Suvilahden alueiden luovien yrittäjien, yritysten, taiteilijoiden ja yhdistysten verkosto. Tässä artikkelikokoelmassa on kattava otos kentän aktiivisten toimijoiden näkemyksiä opiskeluun liittyvän työharjoittelun nykytilasta ja tulevaisuudesta. Ääneen pääsevät sekä työnantajat, järjestötoimijat, opiskelijat että opettajat. Historiasta meillä on paljon opittavaa, ja tulevaisuus tuo tullessaan sekä haasteita että mahdollisuuksia. Yhdessä tekemällä kaikki voittavat

Gas-Phase Collisions with Trimethylamine-N-Oxide Enable Activation-Controlled Protein Ion Charge Reduction

Modulating protein ion charge is a useful tool for the study of protein folding and interactions by electrospray ionization mass spectrometry. Here, we investigate activation-dependent charge reduction of protein ions with the chemical chaperone trimethylamine-N-oxide (TMAO). Based on experiments carried out on proteins ranging from 4.5 to 35kDa, we find that when combined with collisional activation, TMAO removes approximately 60% of the charges acquired under native conditions. Ion mobility measurements furthermore show that TMAO-mediated charge reduction produces the same end charge state and arrival time distributions for native-like and denatured protein ions. Our results suggest that gas-phase collisions between the protein ions and TMAO result in proton transfer, in line with previous findings for dimethyl- and trimethylamine. By adjusting the energy of the collisions experienced by the ions, it is possible to control the degree of charge reduction, making TMAO a highly dynamic charge reducer that opens new avenues for manipulating protein charge states in ESI-MS and for investigating the relationship between protein charge and conformation

Leucine-rich Repeats of Bacterial Surface Proteins Serve as Common Pattern Recognition Motifs of Human Scavenger Receptor gp340*

Scavenger receptors are innate immune molecules recognizing and inducing the clearance of non-host as well as modified host molecules. To recognize a wide pattern of invading microbes, many scavenger receptors bind to common pathogen-associated molecular patterns, such as lipopolysaccharides and lipoteichoic acids. Similarly, the gp340/DMBT1 protein, a member of the human scavenger receptor cysteine-rich protein family, displays a wide ligand repertoire. The peptide motif VEVLXXXXW derived from its scavenger receptor cysteine-rich domains is involved in some of these interactions, but most of the recognition mechanisms are unknown. In this study, we used mass spectrometry sequencing, gene inactivation, and recombinant proteins to identify Streptococcus pyogenes protein Spy0843 as a recognition receptor of gp340. Antibodies against Spy0843 are shown to protect against S. pyogenes infection, but no function or host receptor have been identified for the protein. Spy0843 belongs to the leucine-rich repeat (Lrr) family of eukaryotic and prokaryotic proteins. Experiments with truncated forms of the recombinant proteins confirmed that the Lrr region is needed in the binding of Spy0843 to gp340. The same motif of two other Lrr proteins, LrrG from the Gram-positive S. agalactiae and BspA from the Gram-negative Tannerella forsythia, also mediated binding to gp340. Moreover, inhibition of Spy0843 binding occurred with peptides containing the VEVLXXXXW motif, but also peptides devoid of the XXXXW motif inhibited binding of Lrr proteins. These results thus suggest that the conserved Lrr motif in bacterial proteins serves as a novel pattern recognition motif for unique core peptides of human scavenger receptor gp340