Phenobook: An open source software for phenotypic data collection

Background: Research projects often involve observation, registration, and data processing starting from information obtained in field experiments. In many cases, these tasks are carried out by several persons in different places, times, and ways, adding different levels of complexity and error in data collecting. Furthermore, data processing can be time consuming, and input errors may produce unwanted results. Results: We have developed a novel, open source software called Phenobook, an easy, flexible, and intuitive tool to organize, collect, and save experimental data for further analyses. Phenobook was conceived to collect phenotypic observations in a user-friendly, cost-effective way. It consists of a web-based software for experiment design, data input and visualization, and exportation, combined with a mobile application for remote data collecting. We provide in this article a detailed description of the developed tool. Conclusion: Phenobook is a software tool that can be easily implemented in collaborative research and development projects involving data collecting and forward analyses. Adopting Phenobook is expected to improve the involved processes by minimizing input errors, resulting in higher quality and reliability of the research outcomes.Fil: Crescente, Juan Manuel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Guidobaldi, Fabio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Demichelis, Melina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Formica, Maria B.. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Helguera, Marcelo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Vanzetti, Leonardo Sebastián. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Córdoba. Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Zoonosis por parapoxvirus: diagnóstico e identificación de pseudocowpox (PCPV)

Las zoonosis son enfermedades infecciosas que han pasado de un animal a humanos y representan un gran porcentaje de todas las enfermedades infecciosas recientemente identificadas, así como de muchas de las ya existentes. Los patógenos zoonóticos pueden ser bacterias, virus, parásitos o agentes no convencionales que se contagian a los humanos por contacto directo o a través de los alimentos, el agua o el medio ambiente. Representan un importante problema de salud pública en todo el mundo debido a nuestra estrecha relación con los animales en el medio agrícola, la vida cotidiana (animales de compañía) o el entorno natural. La Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación (FAO), la Organización Mundial de Sanidad Animal (OIE) y la Organización Mundial de la Salud (OMS), se han comprometido a fortalecer la coordinación multisectorial y los esfuerzos para combatir las amenazas para la salud pública derivadas de las interacciones entre humanos, animales y medio ambiente. Algunas de estas enfermedades son subdiagnosticadas porque no se emplean diagnósticos confirmatorios y pueden ser confundidas sobre todo en los grandes centros urbanos (Steinhart, 2005). Las enfermedades producidas por poxvirus se encuentran entre este grupo de posibles diagnósticos indefinidos y aunque no son graves, merecen ser tenidas en cuenta por los centros de salud de las regiones ganaderas. Los retrasos en la confirmación de infecciones humanas pueden resultar en un tratamiento inadecuado o una recuperación prolongada, El reconocimiento temprano de las infecciones asociadas al poxvirus y la aplicación de medidas preventivas adecuadas pueden reducir la propagación del virus entre los animales y sus dueños (Tack & Reynolds, 2011). El objetivo del artículo es describir el diagnóstico de una enfermedad zoonótica producida por un Parapoxvirus incluido dentro de la familia Poxvidae mediante la intervención interdisciplinaria de la medicina humana, la animal y el diagnóstico especializado.Estación Experimental Agropecuaria General VillegasFil: Peralta, Andrea. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). UEDD IABIMO. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Buffarini, Miguel Angel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria General Villegas; ArgentinaFil: Trojaola, Ariel. Actividad privada; Argentina.Fil: Bruni, Andrea. Actividad privada; Argentina.Fil: Formica, Marcelo. Actividad privada; Argentina

Libro de campo : Sistema de información para la toma de observaciones a campo

Los proyectos de investigación y desarrollo en ciencias biológicas y agronómicas dependen en gran medida de la observación, registro y análisis de un gran n´umero de datos obtenidos en experimentos a campo. En este trabajo se desarrolló un software configurable que permite llevar registros y realizar reportes sobre datos de distinto tipo. El sistema cuenta con una aplicación móvil multiplataforma la cual fue diseñada para la rápida toma de datos en distintos escenarios.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

SIAM: Sistema Integral de Administración para el Mejoramiento

Los programas de mejoramiento vegetal requieren de la administración de grandes cantidades de información: desde la incorporación, manejo y desarrollo de germoplasma, siguiendo por la planificación y seguimiento de ensayos, hasta el análisis de los resultados previo a la selección de genotipos superiores y difusión en el territorio. En éste trabajo se formalizó una estrategia metodológica basada en el desarrollo de herramientas informáticas para dar soporte a todas las actividades involucradas en el proceso de mejora vegetal.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

Towards a new conditions data infrastructure in ATLAS

The ATLAS experiment is preparing a major change in the conditions data infrastructure in view of LHC Run 4. In this paper we describe the ongoing changes in the database architecture which have been implemented for Run 3, and describe the motivations and the on-going developments for the deployment of a new system (called CREST for Conditions Representational State Transfer, as a reference to REST architectures). The main goal is to set up a parallel infrastructure for full scale testing before the end of Run 3

MS INTA 416 : a new Argentinean wheat cultivar carrying Fhb1 and Lr47 resistance genes

MS INTA 416 is a hard red winter wheat selected for high yield potential and good bread-making quality, combined with moderate resistance to Fusarium-head-blight and high resistance to leaf-rust, due mainly to presence of resistance genes Fhb1 and Lr47. MS INTA 416 is adapted to main production areas of Central-ArgentinaFil: Bainotti, Carlos Tomas. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Lewis, Silvina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Recursos Biológicos; ArgentinaFil: Campos, Pablo Eduardo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Bordenave; ArgentinaFil: Alberione, Enrique Javier. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Salines, Nicolas. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Gomez, Dionisio Tomas. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Fraschina, Jorge Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Salines, José Héctor. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Formica, Maria Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Donaire, Guillermo Manuel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Vanzetti, Leonardo Sebastian. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Lombardo, Lucio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Nisi, María Mercedes. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Cuniberti, Martha Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Mir, Leticia Raquel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Conde, María Belén. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; ArgentinaFil: Helguera, Marcelo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Marcos Juárez; Argentin

Wet precipitation in northern Argentina: chemical characterization of soluble components in the Lerma Valley, Salta.

La depresión del valle de Lerma se ubica geográficamente en el centro sur de la Provincia de Salta y geológicamente en la Provincia Cordillera Oriental, en el noroeste de Argentina. Dentro de esta unidad geomorfológica,se ubicaron dos sitios para la colección de muestras de agua de lluvia en el período 2009 a 2012: uno en la localidad deVaqueros y otro en la Ciudad de Salta. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la composición química del agua delluvia de la región e inferir las posibles fuentes que aportan a la misma. También este estudio propone evaluar la posibleinfluencia de las zonas con mineralizaciones polimetálicas, ubicadas al oeste del área de estudio, sobre la composicióndel agua de lluvia para cada muestra se analizó pH, conductividad eléctrica, concentración de aniones (Cl-, NO3- y SO42-),cationes (Na, Mg, K y Ca) y elementos traza (Al, Mn, Co, Cu, Zn, As, Sb, Ba y Pb). Para la interpretación de los resultadosse aplicaron técnicas estadísticas multivariadas y cálculos del factor de enriquecimiento, utilizando como valor dereferencia análisis químicos de polvo atmosférico recolectado en el área. El agua de lluvia local presenta enriquecimientosignificativo en las concentraciones de Ca, Cu, Zn, As, Sb y Pb y, de acuerdo con análisis estadísticos, una correlacióndirecta entre los mismos. La asociación de elementos encontrada es similar a las paragénesis de las mineralizacionespolimetálicas de la Puna-Altiplano, aflorantes al oeste del área de estudio. Imágenes satelitales y trabajos científicosdocumentan intensa deflación de la región Puna-Altiplano con componentes de transporte dominantemente hacia el E,donde se encuentra el Valle de Lerma. Se infiere que este fenómeno otorga una impronta particular a la química delagua de lluvia de este valle. Este trabajo corresponde al primer registro de la composición química del agua de lluviade esta región. Como la ciudad de Salta no registra una contaminación atmosférica significativa ni importantes fuentesde aporte antrópico, se define además el nivel de base del agua de lluvia del Valle de Lerma.Wet precipitation in northern Argentina: chemical characterization of soluble components in the Lerma Valley, Salta. Soluble components in rainwater were studied in Valle de Lerma (Salta-Argentina). The studied area is located in the central south area of Salta Province in the Cordillera Oriental region, Northwest Argentina. The largest urban area corresponds to Salta city, where sample collection and analysis of rainwater were performed between 2009 and 2012 periods. Conductivity and pH were measured on each sample, and major (Cl-, NO3-, SO42-, Na, Mg, K, Ca) and trace elements (Al, Mn, Co, Cu, Zn, As, Sb, Ba and Pb) were analyzed. Multivariate statistical calculation and enrichment factor were applied to the obtained data. Atmospheric dust collected on the same sampling stations were used as reference for enrichment factors calculations. The local rainwater presents significant enrichment in Ca, Cu, Zn, As, Sb and Pb while statistical analyses indicate a direct correlation between them. The association of elements in the rainwater is similar to those for the polymetallic ore deposits outcropping in the Puna-Altiplano region, which are located to west of the study area. Satellite images as well as previous research indicates transport of atmospheric dust from the Puna-Altiplano to the East, where Valle de Lerma is suited. We conclude that this phenomenon gives a particular print to the chemistry of the rainwater in this area. This work corresponds to the first study of the rainwater’s chemical composition in this region. As Salta city lacks of significant air pollution or major sources from anthropogenic activities, the data on this paper establish the background of the Valle de Lerma rainwater geochemistry.Fil: Romero Orué, María Angélica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Bio y Geociencias del NOA. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Museo de Ciencias Naturales. Instituto de Bio y Geociencias del NOA; ArgentinaFil: Gaiero, Diego Marcelo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Ciencias de la Tierra. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales. Centro de Investigaciones en Ciencias de la Tierra; ArgentinaFil: Paris, Marta del Carmen. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Ingeniería y Ciencias Hídricas; ArgentinaFil: Formica, Stella Maris. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Ciencias de la Tierra. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales. Centro de Investigaciones en Ciencias de la Tierra; ArgentinaFil: Murray, Jesica María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Bio y Geociencias del NOA. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Museo de Ciencias Naturales. Instituto de Bio y Geociencias del NOA; ArgentinaFil: de la Hoz, Gonzalo Mauro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Bio y Geociencias del NOA. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Museo de Ciencias Naturales. Instituto de Bio y Geociencias del NOA; ArgentinaFil: López, Emilce de Las Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Bio y Geociencias del NOA. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Museo de Ciencias Naturales. Instituto de Bio y Geociencias del NOA; ArgentinaFil: Kirschbaum, Alicia Matilde. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Bio y Geociencias del NOA. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Museo de Ciencias Naturales. Instituto de Bio y Geociencias del NOA; Argentin

Search for dark matter produced in association with bottom or top quarks in √s = 13 TeV pp collisions with the ATLAS detector

A search for weakly interacting massive particle dark matter produced in association with bottom or top quarks is presented. Final states containing third-generation quarks and miss- ing transverse momentum are considered. The analysis uses 36.1 fb−1 of proton–proton collision data recorded by the ATLAS experiment at √s = 13 TeV in 2015 and 2016. No significant excess of events above the estimated backgrounds is observed. The results are in- terpreted in the framework of simplified models of spin-0 dark-matter mediators. For colour- neutral spin-0 mediators produced in association with top quarks and decaying into a pair of dark-matter particles, mediator masses below 50 GeV are excluded assuming a dark-matter candidate mass of 1 GeV and unitary couplings. For scalar and pseudoscalar mediators produced in association with bottom quarks, the search sets limits on the production cross- section of 300 times the predicted rate for mediators with masses between 10 and 50 GeV and assuming a dark-matter mass of 1 GeV and unitary coupling. Constraints on colour- charged scalar simplified models are also presented. Assuming a dark-matter particle mass of 35 GeV, mediator particles with mass below 1.1 TeV are excluded for couplings yielding a dark-matter relic density consistent with measurements