Analysis of clinical samples from Doberman and Toy Poodle dogs with a targeted next-generation genotyping system

Next-generation sequencing (NGS) is a powerful tool to study DNA or RNA samples. New methods and protocols based on NGS have been developed to carry out the analysis of genetic variation for animal parentage testing, disease screening and trait detection. Targeted NGS is aimed at achieving targeted enrichment of genome subregions to reduced significantly the sequencing of genomic loci of interest, as well as costs and efforts, compared with whole-genome sequencing (WGS). We generated genotyping information of 387 targets from 95 clinical canine samples (76 Doberman and 19 Toy Poodle dogs) and 3 control samples using AgriSeq Targeted GBS. Based on these data, we calculated the exclusion power of 228 parentage markers with Cervus 3.0 software. Furthermore, we detected disease/trait markers presenting polymorphism and calculated their allele frequencies within each breed. In the case of parentage markers, the assigned parents showed a higher LOD score (>1.22 x1016), and the available pedigree data of offspring agreed with the assigned parent information. Interestingly, full siblings were also assigned like parents. On the other hand, we found 19 polymorphic disease/trait markers in the total sample, 3 of which (progressive rod-cone degeneration, von Willebrand disease 1 and dilated cardiomyopathy) were validated by pyrosequencing with 100% concordance. The mutant allele for cone-rod dystrophy3 (CRD3) was found in both groups, a variant which had not been reported in either breed to date. Sequencing of genomic loci of interest, costs and efforts can be reduced significantly with targeted NGS as compared with WGS. The AgriSeq Targeted GBS is a very good alternative for the massive genetic evaluation of animal populations.Fil: Arizmendi, Analía. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Hospital Escuela; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Barrientos, Laura Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Crespi, Julian Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Rudd Garces, Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Giovambattista, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Peral Garcia, Pilar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; Argentina37th International Society of Animal Genetics (ISAG) ConferenceLleidaEspañaInternational Society of Animal Genetics (ISAG

Detection by pyrosequencing and prevalence of canine ABCB1 gene mutation nt230 [del4] in sheep dog breeds of Buenos Aires province

El gen ABCB1 codifica para la glicoproteínaP (Pgp), una proteína de membrana que transporta múltiples fármacos fuera de la célula. Este gen se expresa principalmente en la barrera hematoencefálica, cumpliendo también importantes funciones en otros órganos. En caninos, se ha informado una deleción de 4 pb en el exón 4, que genera una terminación prematura y una proteína no funcional. Los animales homocigotos para la mutación presentan neurotoxicidad al administrarles drogas como las avermectinas. Esta mutación ha sido comunicada principalmente en collie, border collie y otras razas de perros pastores. El objetivo del trabajo consistió en desarrollar un método de diagnóstico rápido de la mutación nt230 [del4] del gen ABCB1 basado en pirosecuenciación y validarla en una población local. Se analizaron 72 perros mediante pirosecuenciación y secuenciación directa. Los resultados obtenidos con ambas técnicas evidenciaron 100 % de concordancia. El cálculo de la frecuencia génica del alelo nt230 [del4] (q) mostró diferencias entre las razas tipificadas: collie (n=30 y q=0,32), border collie (n=17 y q=0,06), pastor de Shetland (n=12 y q=0) y otras (n=16 y q=0). El valor promedio obtenido de frecuencia génica del alelo nt230 [del4] resultó menor al reportado en otros países. En conclusión, el método desarrollado podría ser utilizado para la detección temprana de la mutación nt230 [del4] causal de la deficiencia de Pgp, siendo una herramienta muy útil para la reproducción controlada y la prevención de la neurotoxicidad en los pacientes frente a tratamientos con avermectinas y otras drogas sustrato de la Pgp.ABCB1 gene codes for Pglycoprotein (Pgp), a membrane protein that transports multiple drugs out of the cell. It is mainly expressed in the bloodbrain barrier, although it also plays a role in other organs. In dogs, a 4 bp deletion in exon 4 of ABCB1 gene has been reported. This mutation results in a premature stop codon and a nonfunctional protein. Homozygous animals for the deletion present neurotoxicity when administered drugs such as avermectins. This mutation is found mainly in collie, border collie and other related dog breeds. The aim of the present work was to develop a pyrosequencing method for rapid diagnosis of the ABCB1 gene nt230 [del4] mutation and validate it by direct sequencing in a local population. A total of 72 dogs were analyzed, obtaining a 100 % agreement between both methods. The genetic variation of the mutated allele (q) showed differences between the evaluated breeds: collie (n = 30; q = 0.32), border collie (n = 17; q = 0.06), Shetland sheep dog (n=12; q= 0), others (n=13; q = 0). On average, the q value was lower than reported in other countries. Pyrosequencing could be used for early diagnosis of Pgp deficiency, being a very useful tool for controlled reproduction in kennels and for the prevention of neurotoxicity in patients treated with avermectins and other Pgp substrate drugs.Facultad de Ciencias Veterinaria

Nuevas perspectivas en el diagnóstico genético de la cardiomiopatía dilatada en doberman pinscher

La Cardiomiopatía Dilatada (CMD) es una de las enfermedades cardiovasculares más frecuentes en caninos. Se presenta principalmente en perros de razas grandes y gigantes, siendo el Doberman Pinscher (DP) una de las más afectadas. Esta enfermedad tiene alta prevalencia en este grupo racial, oscilando la misma entre 45% y 63%. La CMD se caracteriza por desarrollar una dilatación de las cámaras cardíacas con pérdida progresiva de la capacidad de contracción del miocardio. Esto genera una disminución del volumen minuto, pudiendo derivar en una falla cardíaca congestiva y/o muerte súbita debido a la aparición de arritmias. Durante la progresión de la misma se identifica una fase oculta, en la cual el animal no presenta signos clínicos, pero aparecen cambios morfológicos y/o eléctricos, diagnosticables mediante ecocardiografía y electrocardiografía. Se ha demostrado que la CMD es una enfermedad de base hereditaria, por lo cual en los últimos años las investigaciones se orientaron a definir las bases genéticas de la misma. El objetivo de este trabajo fue realizar una revisión bibliográfica acerca de los avances en estudios relacionados con el diagnóstico genético de la CMD en DP.Facultad de Ciencias VeterinariasInstituto de Genética Veterinari

Nuevas perspectivas en el diagnóstico genético de la cardiomiopatía dilatada en doberman pinscher

La Cardiomiopatía Dilatada (CMD) es una de las enfermedades cardiovasculares más frecuentes en caninos. Se presenta principalmente en perros de razas grandes y gigantes, siendo el Doberman Pinscher (DP) una de las más afectadas. Esta enfermedad tiene alta prevalencia en este grupo racial, oscilando la misma entre 45% y 63%. La CMD se caracteriza por desarrollar una dilatación de las cámaras cardíacas con pérdida progresiva de la capacidad de contracción del miocardio. Esto genera una disminución del volumen minuto, pudiendo derivar en una falla cardíaca congestiva y/o muerte súbita debido a la aparición de arritmias. Durante la progresión de la misma se identifica una fase oculta, en la cual el animal no presenta signos clínicos, pero aparecen cambios morfológicos y/o eléctricos, diagnosticables mediante ecocardiografía y electrocardiografía. Se ha demostrado que la CMD es una enfermedad de base hereditaria, por lo cual en los últimos años las investigaciones se orientaron a definir las bases genéticas de la misma. El objetivo de este trabajo fue realizar una revisión bibliográfica acerca de los avances en estudios relacionados con el diagnóstico genético de la CMD en DP.Facultad de Ciencias VeterinariasInstituto de Genética Veterinari

Nuevas perspectivas en el diagnóstico genético de la cardiomiopatía dilatada en doberman pinscher

La Cardiomiopatía Dilatada (CMD) es una de las enfermedades cardiovasculares más frecuentes en caninos. Se presenta principalmente en perros de razas grandes y gigantes, siendo el Doberman Pinscher (DP) una de las más afectadas. Esta enfermedad tiene alta prevalencia en este grupo racial, oscilando la misma entre 45% y 63%. La CMD se caracteriza por desarrollar una dilatación de las cámaras cardíacas con pérdida progresiva de la capacidad de contracción del miocardio. Esto genera una disminución del volumen minuto, pudiendo derivar en una falla cardíaca congestiva y/o muerte súbita debido a la aparición de arritmias. Durante la progresión de la misma se identifica una fase oculta, en la cual el animal no presenta signos clínicos, pero aparecen cambios morfológicos y/o eléctricos, diagnosticables mediante ecocardiografía y electrocardiografía. Se ha demostrado que la CMD es una enfermedad de base hereditaria, por lo cual en los últimos años las investigaciones se orientaron a definir las bases genéticas de la misma. El objetivo de este trabajo fue realizar una revisión bibliográfica acerca de los avances en estudios relacionados con el diagnóstico genético de la CMD en DP.Facultad de Ciencias VeterinariasInstituto de Genética Veterinari

Uso de tecnologías digitales en el diseño de una autoevaluación formativa en el curso de Genética General de la Facultad de Ciencias Veterinarias

Los nuevos planteamientos curriculares en la universidad demandan una integración de los contenidos, saberes y una actitud renovada de los docentes frente a las estrategias metodológicas, hechos estos que evocan la evaluación formativa como la manera más propia de acompañar el aprendizaje y la enseñanza. En la FCV- UNLP, las nuevas tecnologías de la información y comunicación (TIC), se comenzaron a utilizar ampliamente en los últimos cinco años para mejorar los modelos formativos y organizativos que sustentan el aprendizaje. El curso Genética General de la Carrera de Ciencias Veterinarias- UNLP (Plan 406/04) se concibe como la base del conocimiento de la Genética y el individuo. El objetivo fue diseñar una autoevaluación virtual optativa, utilizando el entorno virtual Moodle. A partir de los conceptos desarrollados por los docentes, se diseño un cuestionario con 20 preguntas del tipo opciones múltiples; respuesta corta; de emparejamiento y verdadero o falso. Sobre un total de 193 (100%) alumnos, 85 (44%) resolvieron el cuestionario; 47 (55%) aprobaron. En una Universidad presencial, el uso de tecnologías digitales como herramienta pedagógica representa una propuesta innovadora, se utiliza como complemento de las actividades curriculares presenciales.Facultad de Ciencias Veterinaria

Antimicrobial resistance among migrants in Europe: a systematic review and meta-analysis

BACKGROUND: Rates of antimicrobial resistance (AMR) are rising globally and there is concern that increased migration is contributing to the burden of antibiotic resistance in Europe. However, the effect of migration on the burden of AMR in Europe has not yet been comprehensively examined. Therefore, we did a systematic review and meta-analysis to identify and synthesise data for AMR carriage or infection in migrants to Europe to examine differences in patterns of AMR across migrant groups and in different settings. METHODS: For this systematic review and meta-analysis, we searched MEDLINE, Embase, PubMed, and Scopus with no language restrictions from Jan 1, 2000, to Jan 18, 2017, for primary data from observational studies reporting antibacterial resistance in common bacterial pathogens among migrants to 21 European Union-15 and European Economic Area countries. To be eligible for inclusion, studies had to report data on carriage or infection with laboratory-confirmed antibiotic-resistant organisms in migrant populations. We extracted data from eligible studies and assessed quality using piloted, standardised forms. We did not examine drug resistance in tuberculosis and excluded articles solely reporting on this parameter. We also excluded articles in which migrant status was determined by ethnicity, country of birth of participants' parents, or was not defined, and articles in which data were not disaggregated by migrant status. Outcomes were carriage of or infection with antibiotic-resistant organisms. We used random-effects models to calculate the pooled prevalence of each outcome. The study protocol is registered with PROSPERO, number CRD42016043681. FINDINGS: We identified 2274 articles, of which 23 observational studies reporting on antibiotic resistance in 2319 migrants were included. The pooled prevalence of any AMR carriage or AMR infection in migrants was 25·4% (95% CI 19·1-31·8; I2 =98%), including meticillin-resistant Staphylococcus aureus (7·8%, 4·8-10·7; I2 =92%) and antibiotic-resistant Gram-negative bacteria (27·2%, 17·6-36·8; I2 =94%). The pooled prevalence of any AMR carriage or infection was higher in refugees and asylum seekers (33·0%, 18·3-47·6; I2 =98%) than in other migrant groups (6·6%, 1·8-11·3; I2 =92%). The pooled prevalence of antibiotic-resistant organisms was slightly higher in high-migrant community settings (33·1%, 11·1-55·1; I2 =96%) than in migrants in hospitals (24·3%, 16·1-32·6; I2 =98%). We did not find evidence of high rates of transmission of AMR from migrant to host populations. INTERPRETATION: Migrants are exposed to conditions favouring the emergence of drug resistance during transit and in host countries in Europe. Increased antibiotic resistance among refugees and asylum seekers and in high-migrant community settings (such as refugee camps and detention facilities) highlights the need for improved living conditions, access to health care, and initiatives to facilitate detection of and appropriate high-quality treatment for antibiotic-resistant infections during transit and in host countries. Protocols for the prevention and control of infection and for antibiotic surveillance need to be integrated in all aspects of health care, which should be accessible for all migrant groups, and should target determinants of AMR before, during, and after migration. FUNDING: UK National Institute for Health Research Imperial Biomedical Research Centre, Imperial College Healthcare Charity, the Wellcome Trust, and UK National Institute for Health Research Health Protection Research Unit in Healthcare-associated Infections and Antimictobial Resistance at Imperial College London

Desarrollo educativo al servicio del desarrollo social

La publicación recoge las aportaciones y los trabajos realizados con motivo del "Proyecto de apoyo y fortalecimiento educacional en gestión directiva y competencias profesionales docentes", promovido por varias instituciones, coordinado por el Equipo de Desarrollo Organizacional (EDO) de la Universidad Autónoma de Barcelona; y subvencionado por la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID). La finalidad del proyecto, en el que se enmarcan las aportaciones de la publicación, es construir una red de cooperación y apoyo con y entre los centros educativos dependientes de la municipalidad de Coyhaique (Chile), para impulsar la mejora educativa y con ella el desarrollo social y cultural del territorio. La temática enlaza con la labor promotora del desarrollo y el liderazgo que las universidades han de realizar en su contexto referencial; además, de potenciar el rol y el compromiso del profesorado en esos procesos. Durante los dos años y medio transcurridos en la materialización del proyecto, la labor realizada en 12 escuelas dependientes del Departamento de Educación de la municipalidad de Coyhaique ha sido intensa por la cantidad de acciones y actividades desarrolladas, fructífera en relación al proceso de desarrollo de colaboración interuniversitaria de la Universidad de Talca y la Universidad Autónoma de Barcelona y muy satisfactoria en relación a los procesos iniciados y a los indicadores de éxito ya alcanzados. La aportación recoge reflexiones sobre la temática y realizaciones de los doce centros. La proyección última es la de mejorar la capacidad de los centros para promover los cambios que posibiliten aumentar su calidad educativa e, indirectamente, mejorar el desarrollo social a partir de una mejor cualificación de sus recursos humanos y de una mayor implicación social de los promotores del mismo

EstuPlan: Methodology for the development of creativity in the resolution of scientific and social problems

[EN] Creative thinking is necessary to generate novel ideas and solve problems. "EstuPlan" is a methodology in which knowledge and creativity converge for the resolution of scientific problems with social projection. It is a training programme that integrates teachers, laboratory technicians and PhD students, master and undergraduate students which form working groups for the development of projects. Projects have a broad and essential scope and projection in terms of environmental problems, sustainable use of natural resources, food, health, biotechnology or biomedicine. The results show the success of this significant learning methodology using tools to develop creativity in responding to scientific and social demand for problem-solving to transfer academic knowledge to different professional environments. Bioplastics, Second Life of Coffee, LimBio, Algae oils, Ecomers, Caring for the life of your crop and Hate to Deforestate are currently being developed.Astudillo Calderón, S.; De Díez De La Torre, L.; García Companys, M.; Ortega Pérez, N.; Rodríguez Martínez, V.; Alzahrani, S.; Alonso Valenzuela, R.... (2019). EstuPlan: Methodology for the development of creativity in the resolution of scientific and social problems. En HEAD'19. 5th International Conference on Higher Education Advances. Editorial Universitat Politècnica de València. 711-717. https://doi.org/10.4995/HEAD19.2019.9205OCS71171

Surgical site infection after gastrointestinal surgery in high-income, middle-income, and low-income countries: a prospective, international, multicentre cohort study

Background: Surgical site infection (SSI) is one of the most common infections associated with health care, but its importance as a global health priority is not fully understood. We quantified the burden of SSI after gastrointestinal surgery in countries in all parts of the world. Methods: This international, prospective, multicentre cohort study included consecutive patients undergoing elective or emergency gastrointestinal resection within 2-week time periods at any health-care facility in any country. Countries with participating centres were stratified into high-income, middle-income, and low-income groups according to the UN's Human Development Index (HDI). Data variables from the GlobalSurg 1 study and other studies that have been found to affect the likelihood of SSI were entered into risk adjustment models. The primary outcome measure was the 30-day SSI incidence (defined by US Centers for Disease Control and Prevention criteria for superficial and deep incisional SSI). Relationships with explanatory variables were examined using Bayesian multilevel logistic regression models. This trial is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT02662231. Findings: Between Jan 4, 2016, and July 31, 2016, 13 265 records were submitted for analysis. 12 539 patients from 343 hospitals in 66 countries were included. 7339 (58·5%) patient were from high-HDI countries (193 hospitals in 30 countries), 3918 (31·2%) patients were from middle-HDI countries (82 hospitals in 18 countries), and 1282 (10·2%) patients were from low-HDI countries (68 hospitals in 18 countries). In total, 1538 (12·3%) patients had SSI within 30 days of surgery. The incidence of SSI varied between countries with high (691 [9·4%] of 7339 patients), middle (549 [14·0%] of 3918 patients), and low (298 [23·2%] of 1282) HDI (p < 0·001). The highest SSI incidence in each HDI group was after dirty surgery (102 [17·8%] of 574 patients in high-HDI countries; 74 [31·4%] of 236 patients in middle-HDI countries; 72 [39·8%] of 181 patients in low-HDI countries). Following risk factor adjustment, patients in low-HDI countries were at greatest risk of SSI (adjusted odds ratio 1·60, 95% credible interval 1·05–2·37; p=0·030). 132 (21·6%) of 610 patients with an SSI and a microbiology culture result had an infection that was resistant to the prophylactic antibiotic used. Resistant infections were detected in 49 (16·6%) of 295 patients in high-HDI countries, in 37 (19·8%) of 187 patients in middle-HDI countries, and in 46 (35·9%) of 128 patients in low-HDI countries (p < 0·001). Interpretation: Countries with a low HDI carry a disproportionately greater burden of SSI than countries with a middle or high HDI and might have higher rates of antibiotic resistance. In view of WHO recommendations on SSI prevention that highlight the absence of high-quality interventional research, urgent, pragmatic, randomised trials based in LMICs are needed to assess measures aiming to reduce this preventable complication