HCV Defective Genomes Promote Persistent Infection by Modulating the Viral Life Cycle

Defective interfering (DI) RNAs have been detected in several human viruses. HCV in-frame deletions mutants (IFDMs), missing mainly the envelope proteins, have been found in patient sera and liver tissues. IFDMs replicate independently and can be trans-packaged into infectious virions in the presence of full length viral genome. So far, their biological role is unclear. In this study, we have isolated and cloned IFDMs from sera samples and liver tissues of patients infected with HCV genotypes 1b, 2a, and 3a. IFDMs were present in up to 26% of samples tested. Using the in vitro HCV cell culture system, co-expression of the wild type (wt) HCV replicon with HCV IFDMs RNA resulted in increased HCV replication. Additionally, co-transfection of the HCV full length genome RNA and a defective mutant missing the envelope region led to increased viral release, collectively suggesting an important biological role for IFDMs in the virus life cycle. Recently, exosomes, masters of intercellular communication, have been implicated in the transport of HCV viral genomes. We report for the first time that exosomal RNA isolated from HCV sera samples contains HCV defective genomes. We also demonstrate that inhibition of exosomal biogenesis and release influences HCV viral replication. Overall, we provide evidence that the presence of HCV IFDMs affects both viral replication and release. IFDMs exploit exosomes as means of transport, a way to evade the immune system, to spread more efficiently and possibly maintain persistent infection

SARS-CoV-2 Molecular Transmission Clusters and Containment Measures in Ten European Regions during the First Pandemic Wave

International audienceBackground: The spatiotemporal profiling of molecular transmission clusters (MTCs) using viral genomic data can effectively identify transmission networks in order to inform public health actions targeting SARS-CoV-2 spread. Methods: We used whole genome SARS-CoV-2 sequences derived from ten European regions belonging to eight countries to perform phylogenetic and phylodynamic analysis. We developed dedicated bioinformatics pipelines to identify regional MTCs and to assess demographic factors potentially associated with their formation. Results: The total number and the scale of MTCs varied from small household clusters identified in all regions, to a super-spreading event found in Uusimaa-FI. Specific age groups were more likely to belong to MTCs in different regions. The clustered sequences referring to the age groups 50–100 years old (y.o.) were increased in all regions two weeks after the establishment of the lockdown, while those referring to the age group 0–19 y.o. decreased only in those regions where schools’ closure was combined with a lockdown. Conclusions: The spatiotemporal profiling of the SARS-CoV-2 MTCs can be a useful tool to monitor the effectiveness of the interventions and to reveal cryptic transmissions that have not been identified through contact tracing

Molecular Epidemiology and Evolutionary Trajectory of Emerging Echovirus 30, Europe

In 2018, an upsurge in echovirus 30 (E30) infections was reported in Europe. We conducted a large-scale epidemiologic and evolutionary study of 1,329 E30 strains collected in 22 countries in Europe during 2016-2018. Most E30 cases affected persons 0-4 years of age (29%) and 25-34 years of age (27%). Sequences were divided into 6 genetic clades (G1-G6). Most (53%) sequences belonged to G1, followed by G6 (23%), G2 (17%), G4 (4%), G3 (0.3%), and G5 (0.2%). Each clade encompassed unique individual recombinant forms; G1 and G4 displayed >= 2 unique recombinant forms. Rapid turnover of new clades and recombinant forms occurred over time. Clades G1 and G6 dominated in 2018, suggesting the E30 upsurge was caused by emergence of 2 distinct clades circulating in Europe. Investigation into the mechanisms behind the rapid turnover of E30 is crucial for clarifying the epidemiology and evolution of these enterovirus infections.Peer reviewe

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020

We show the distribution of SARS-CoV-2 genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three available genomic nomenclature systems for SARS-CoV-2 to all sequence data from the WHO European Region available during the COVID-19 pandemic until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation. We provide a comparison of the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.Peer reviewe

Molecular epidemiology and evolutionary trajectory of emerging echovirus 30, Europe

In 2018, an upsurge in echovirus 30 (E30) infections was reported in Europe. We conducted a large-scale epidemiologic and evolutionary study of 1,329 E30 strains collected in 22 countries in Europe during 2016-2018. Most E30 cases affected persons 0-4 years of age (29%) and 25-34 years of age (27%). Sequences were divided into 6 genetic clades (G1-G6). Most (53%) sequences belonged to G1, followed by G6 (23%), G2 (17%), G4 (4%), G3 (0.3%), and G5 (0.2%). Each clade encompassed unique individual recombinant forms; G1 and G4 displayed >= 2 unique recombinant forms. Rapid turnover of new clades and recombinant forms occurred over time. Clades G1 and G6 dominated in 2018, suggesting the E30 upsurge was caused by emergence of 2 distinct clades circulating in Europe. Investigation into the mechanisms behind the rapid turnover of E30 is crucial for clarifying the epidemiology and evolution of these enterovirus infections.Molecular basis of virus replication, viral pathogenesis and antiviral strategie

Detection of corona, HMPV, boca and rinovirus in children presenting with respiratory tract infection

Viruses are the major cause of pediatric respiratory tract infection causing significant morbidity and mortality. This study aimed to determine the distribution of human rhinovirus (hRV), human metapneumovirus (hMPV), human bocavirus (hBoV) and human coronavirus (hCoV) type 229E and OC43 in children diagnosed as having a respiratory tract infection, over the winter period of the years 2005 to 2008. We also focus on the evaluation of the genetic diversity of the newly recognized and poorly studied, within the Greek population, hMPV and hBoV positive strains, classifying them into the main, already characterized, genetic lineages for each virus and compare them with other European strains. Molecular assays used in this study included molecular methods specific for conserved regions between the different circulating strains which included a reverse - transcription PCR for the F gene of hMPV, a nested reverse - transcription PCR for the 5’-UTR of hRV, a real - time PCR for the NP-1 gene of hBoV and a reverse - transcription multiplex real - time PCR for the N gene of hCoV. These assays were employed to screen respiratory specimens, collected by clinicians of the Influenza sentinel system and of outpatient pediatric clinics, for identification of the above mentioned respiratory viruses. In total, clinical specimens from 3307 pediatric patients including males (n=1856, 56.1%) and females (n= 1451, 43.9%), aged from 0 - ≤18 yo, were enrolled in the study. In addition, nucleotide sequences were determined for representative strains of hMPV and hBoV using non-conserved regions of their viral genome.Of 3307 specimens tested, 905 (27.4%) were positive for at least one virus and included 537 rhinoviruses, 193 bocaviruses, 188 metapneumoviruses and 73 coronaviruses. Simultaneous presence of two or three viruses was observed in 86 of the above positive cases. The majority of positive cases occurred during the beginning and the end of every winter season while preschool children seemed to be infected more frequently than the older ones. Clinical symptoms more frequently associated with respiratory infection from the above mentioned viruses included cough (93%), coryza (85.6%) and fever (85%). Lower respiratory infection was observed in 31.7% of positive patients. Viral strains selected throughout the study period where further characterized at the molecular level and phylogenetic trees of the G-gene and of the VP1/VP2 gene were generated for hMPV and hBoV, respectively. Phylogenetic analysis of a total of 50 viral strains for the two viruses revealed the circulation of hMPV genetic subtype B2, presenting with a nucleotide identity of 92-100% with each other, while hBoV isolates clustered within species 1 with the majority of them (84.6%) belonging to genotype ST2. The fields of medical research and diagnosis have grown tremendously with the advent of novel molecular techniques, allowing the detection of several respiratory viruses which contributed to a high proportion of up to 27.4% to respiratory tract infections. While in Greece epidemiological study is limited to influenza virus, this kind of studies could facilitate the understanding of viral biology and pathogenesis thus contributing to an effective restriction of their transmission. The study of developmental evolution through phylogenetic analysis and genotyping characterization could further contribute to a rapid and effective response to new species that can lead to an epidemic or even pandemic with enormous socio-economic impacts.Οι λοιμώξεις του αναπνευστικού συστήματος είναι από τις πιο συνηθισμένες ασθένειες παγκοσμίως, προκαλώντας σημαντικό ποσοστό νοσηρότητας και θνησι-μότητας στους ανθρώπους. Η παρούσα διδακτορική διατριβή είχε ως σκοπό την ανάπτυξη και βελτιστοποίηση μοριακών μεθόδων για τη διερεύνηση της συμμετοχής τεσσάρων αναπνευστικών ιών, του ανθρώπινου ρινοϊού (hRV), του ανθρώπινου μεταπνευμονοϊού (hMPV), του ανθρώπινου μπόκα ιού (hBoV) και του ανθρώπινου κορόνα ιού (hCoV), τύπων 229Ε και OC43, σε λοιμώξεις του ανώτερου και κατώτε-ρου αναπνευστικού συστήματος. Ακολούθησε η μελέτη της επιδημιολογίας και η συλλογή κλινικών δεδομένων με σκοπό την πιθανή συσχέτισή τους με την εμφάνιση του κάθε ιού, καθώς και η ανάλυση της αλληλουχίας αντιπροσωπευτικών στελεχών του hMPV και του hBoV που κυκλοφορούσαν στη νότια Ελλάδα κατά τη διάρκεια της υπο-εξέτασης περιόδου.Το υλικό που χρησιμοποιήθηκε, συλλέχθηκε κατά τη χειμερινή περίοδο τριών συνεχόμενων ετών, 2005-06, 2006-07 και 2007-08, και περιελάμβανε ρινικά ή φαρυγγικά επιχρίσματα και εκπλύματα από ασθενείς ηλικίας 0-18 ετών που εμφάνιζαν συμπτώματα λοίμωξης του αναπνευστικού συστήματος. Για την ανίχνευση των παραπάνω ιών χρησιμοποιήθηκαν μοριακές μέθοδοι, με τη χρήση εκκινητών που ήταν ειδικοί για συντηρημένες περιοχές του γονιδιώματός τους, οι οποίες περιελάμβαναν μία απλή ανάστροφής μεταγραφής PCR για το γονίδιο της πρωτεΐνης σύντηξης του hMPV, μία διπλή ανάστροφής μεταγραφής PCR για την 5’ αμετάφραστη περιοχή του γονιδιώματος του hRV, μία PCR πραγματικού χρόνου για το γονίδιο της γλυκοπ-ρωτεΐνης του hBoV και μία ανάστροφής μεταγραφής πολλαπλή PCR πραγματικού χρόνου για το γονίδιο της νουκλεοκαψιδικής πρωτεΐνης του hCoV. Για την ανάλυση της αλληλουχίας των hMPV και hBoV χρησιμοποιήθηκαν μη-συντηρημένες περιοχές και η συσχέτισή τους έγινε μέσω απεικόνισης σε φυλογενετικά δέντρα.Συνολικά, 3307 δείγματα συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη, από τα οποία 905 (27.4%) βρέθηκαν θετικά για κάποιον από τους υπό μελέτη αναπνευστικούς ιούς. Συγκεκριμένα, 537 ασθενείς βρέθηκαν θετικοί σε hRV, 193 σε hBoV, 188 σε hMPV και 73 σε hCoV. Σε 86 από τις παραπάνω περιπτώσεις παρατηρήθηκε ταυτόχρονη ανίχνευση δύο ή και τριών ιών. Το μεγαλύτερο ποσοστό ανίχνευσης παρατηρήθηκε κατά τους πρώτους και τελευταίους μήνες της υπό μελέτης περιόδου ενώ οι ασθενείς προσχολικής ηλικίας φάνηκε να είναι πιο επιρρεπείς στη λοίμωξη από τους συγκεκ-ριμένους αναπνευστικούς ιούς. Τα κλινικά συμπτώματα που εμφάνιζε η πλειοψηφία των θετικών ασθενών ήταν βήχας (93%), καταρροή (85.6%) και πυρετός (85%) ενώ υψηλά ήταν και τα ποσοστά λοίμωξης του κατώτερου αναπνευστικού συστήματος που περιελάμβανε πνευμονία και βρογχιολίτιδα. Αντιπροσωπευτικά δείγματα που βρέθηκαν θετικά για τους ιούς hMPV και hBoV κατά τις τρεις χειμερινές περιόδους επιλέχθηκαν για να μελετηθούν φυλογενετικά. Συγκεκριμένα, η σύγκριση της αλληλουχίας 24 στελεχών για τον hMPV έδειξε ότι όλα ανήκαν στη γενετική ομάδα Β2 και παρουσίαζαν μεταξύ τους νουκλεοτιδική ομολογία 91.9-100% και αμινοξική ομολογία 84.7-100%. Αντίστοιχα, η σύγκριση της αλληλου-χίας 26 στελεχών για τον hBoV έδειξε ότι η πλειοψηφία (84.6%) ανήκε στο γονότυπο St2, 2 από τα ελληνικά στελέχη ανήκαν στον γονότυπο St1, ενώ τα υπόλοιπα 2 σχημάτιζαν έναν τρίτο κλάδο που διέφερε εξίσου από τους δύο προηγούμενους γονοτύπους. Μεταξύ τους τα ελληνικά hBoV στελέχη παρουσίαζαν νουκλεοτιδική και αμινοξική ομολογία 98.2-100% και 95.6-100%, αντίστοιχα.Για την πραγματοποίηση της παρούσας διδακτορικής διατριβής καθοριστική ήταν η συμβολή των μοριακών τεχνικών καθώς η χρήση τους έχει αλλάξει ριζικά τη μελέτη του γενετικού υλικού και έχει συμβάλει σημαντικά στην ευρεία εφαρμογή της μοριακής βιολογίας στην ιατρική έρευνα και διάγνωση. Η μελέτη της επιδημιολογίας των αναπνευστικών ιών, που στην Ελλάδα περιορίζεται κυρίως στον ιό της γρίπης, μπορεί να βοηθήσει στην περαιτέρω κατανόηση της βιολογίας τους και του τρόπου παθογένειας και μετάδοσής τους ενώ η μελέτη της αναπτυξιακής εξέλιξης του γονιδιώματός τους μπορεί να συμβάλει στη γρήγορη και αποτελεσματική αντιμετώ-πιση νέων ειδών που μπορεί να οδηγήσουν σε επιδημία ή ακόμα και πανδημία με τεράστιες κοινωνικο-οικονομικές επιπτώσεις

Quality Management and Implementation of the ISO 9001:2008 Stadard on a Greek Military Telecommunications Factory

184 σ.Σκοπός της διπλωματικήσ εργασίας είναι η εφαρμογή Συστήματος Διαχείρισης Ποιότητας σε στρατιωτικό εργοστάσιο τηλεπικοινωνιών, και συγκεκριμένα στο Τμήμα Ποιοτικού Ελέγχου. Η επισκευαστική δραστηριότητα του 306 Εργοστασίου Βάσης Τηλεπικοινωνιών κρίνεται ως μια απο τις σημαντικότερες στην αμυντική βιομηχανία. Μελετήθηκε η έννοια της ποιότητας και διαχείρισης της καθώς και οι απαιτήσεις του προτύπου ISO 9001:2008. Εξετάστηκανν σε μεγαλύτερο βάθος οι βασικοί στόχοι και το περιεχόμενο των Συστημάτων Διαχείρισης Ποιότητας, οι κύριοι λόγοι που οδηγούν τις επιχειρήσεις-οργανισμούς στην εφαρμογή συστημάτων ποιότητας και η προσφορά τους στην λειτουργία τους. Τέλος, μελετήθηκαν τα βασικά στοιχεία και οι δυσκολίες ανάπτυξης και εφαρμογής των ΣΔΠ και τα σημαντικότερα θέματα και αρνητικά αποτελέσματα της εφαρμογής τους.The purpose of this dissertation is the implementation of a Quality Management System on the Quality Control Section of the Greek military telecommunications factory in Menidi, Athens. The rapairing-rebuilding activity of this factory is considered one of the most important in the Defense Industry. My research focuses on the meaning of quality and its management, as well as on studying the ISO 9001:2008 standard. The basic goals and contents of the QMS were reviewed, along with the main reasons that lead companies and organizations on the implementing them. Last but not least, the basic components and the difficulty of implementing a Quality Management System were nalyzed, along with the pros and cons of this implementation.Καλλιόπη Ε. Πόγκ

A 5-year study of human parechoviruses in children living in bad sanitation conditions and non-polio acute flaccid paralysis children from Greece

International audienc

Targeted Virome Sequencing Enhances Unbiased Detection and Genome Assembly of Known and Emerging Viruses—The Example of SARS-CoV-2

Targeted virome enrichment and sequencing (VirCapSeq-VERT) utilizes a pool of oligos (baits) to enrich all known—up to 2015—vertebrate-infecting viruses, increasing their detection sensitivity. The hybridisation of the baits to the target sequences can be partial, thus enabling the detection and genomic reconstruction of novel pathogens with <40% genetic diversity compared to the strains used for the baits’ design. In this study, we deploy this method in multiplexed mixes of viral extracts, and we assess its performance in the unbiased detection of DNA and RNA viruses after cDNA synthesis. We further assess its efficiency in depleting various background genomic material. Finally, as a proof-of-concept, we explore the potential usage of the method for the characterization of unknown, emerging human viruses, such as SARS-CoV-2, which may not be included in the baits’ panel. We mixed positive samples of equimolar DNA/RNA viral extracts from SARS-CoV-2, coronavirus OC43, cytomegalovirus, influenza A virus H3N2, parvovirus B19, respiratory syncytial virus, adenovirus C and coxsackievirus A16. Targeted virome enrichment was performed on a dsDNA mix, followed by sequencing on the NextSeq500 (Illumina) and the portable MinION sequencer, to evaluate its usability as a point-of-care (PoC) application. Genome mapping assembly was performed using viral reference sequences. The untargeted libraries contained less than 1% of total reads mapped on most viral genomes, while RNA viruses remained undetected. In the targeted libraries, the percentage of viral-mapped reads were substantially increased, allowing full genome assembly in most cases. Targeted virome sequencing can enrich a broad range of viruses, potentially enabling the discovery of emerging viruses

Oxidative coupling of methane in solid catalysts of mixed oxides promoted by alkali (Li, Na)

Περίληψη: Η ατμοσφαιρική ρύπανση αποτελεί ένα ιδιαίτερα σημαντικό πρόβλημα της σύγχρονης κοινωνίας, το οποίο έχει κλιμακωθεί αρκετά από την ανθρώπινη δραστηριότητα με αποτέλεσμα να παρατηρείται έντονα η παραγωγή αερίων εκπομπών και η υπερθέρμανση του πλανήτη. Κύριες πηγές ατμοσφαιρικής ρύπανσης αποτελούν τα μέσα μεταφοράς, οι διεργασίες παραγωγής ηλεκτρικής ενέργειας, οι βιομηχανικές καύσεις καυσίμων και γενικότερα οι υπόλοιπες βιομηχανικές εκπομπές. Αποτέλεσμα αυτών είναι να ενταθεί το φαινόμενο του θερμοκηπίου και η παραγωγή αερίων , όπως το διοξείδιο του άνθρακα〖(CO〗_2),το μονοξείδιο του άνθρακα(CO), οι υδρογονάνθρακες (Η/Cs) και τα παράγωγα. Ένα παράδειγμα υδρογονάνθρακα είναι το μεθάνιο (CH_4), ο οποίος χρήζει ιδιαίτερης σημασίας εφόσον έχει τη μεγαλύτερη συγκέντρωση στην ατμόσφαιρα. Στη παρούσα διπλωματική εργασία πραγματοποιήθηκε μελέτη της καταλυτικής διεργασίας οξειδωτική σύζευξη μεθανίου σε στερεούς καταλύτες μικτών οξειδίων προωθημένων με αλκάλια (Li,Na), με σκοπό τη παραγωγή αιθυλενίου 〖(C〗_2 H_4) και τη χρήση του ως καύσιμο και ως κύρια ένωση για τη σύνθεση προϊόντων. Συγκεκριμένα μελετήθηκαν και χρησιμοποιήθηκαν οι εξής υποστηριγμένοι καταλύτες: 5%Li_6%s_Zr, 1,86%Na_6%s_CeZrTi, 1,86%Li_6%s_CeZrTi, 5%Li_6%s_CeZrTi και 5%Li_6%s_CeZr. Προκειμένου να προσδιοριστεί η καταλυτική συμπεριφορά και απόδοση των εξεταζόμενων καταλυτών κατά την αντίδραση οξειδωτικής σύζευξης του μεθανίου προς αιθυλένιο πραγματοποιήθηκαν δυο σειρές πειραμάτων, τα πειράματα σταθερότητας (Stability) και τα πειράματα έναυσης (Light off). Τόσο τα πειράματα σταθερότητας όσο και τα πειράματα έναυσης διεξήχθησαν σε αντιδραστήρα στερεής κλίνης και η ποσότητα του εκάστοτε καταλύτη που τοποθετήθηκε στον αντιδραστήρα αντιστοιχούσε σε 50mg. Κατά τη πειραματική διαδικασία διοχετευόταν εντός του αντιδραστήρα τα αέρια αντιδρώντα: Ar, CH_4 και O_2 σε πίεση 1atm και σε ροή 15 cc/min . Μετά το πέρας της αντίδρασης τα αέρια προϊόντα διοχετεύονταν σε αέριο χρωματογράφο, ο οποίος είναι συνδεδεμένος με υπολογιστή προκειμένου να πραγματοποιηθεί η περεταίρω ανάλυση των αποτελεσμάτων.Summarization: Air pollution is a particularly severe problem of modern society, which has escalated considerably because of human activity, resulting in strong emissions and global warming. The main sources of air pollution are means of transport, electricity generation processes, industrial fuel combustion and in general other industrial emissions. As a result, the greenhouse effect and the production of gases such as carbon dioxide (CO 2), carbon monoxide (CO), hydrocarbons (H / Cs) and their derivatives are intensified. An example of a hydrocarbon is methane (CH4), which is of particular importance since it has the highest concentration in the atmosphere. In the present dissertation a study of the catalytic process of methane oxidation in solid alkali-promoted solid oxide catalysts (Li, Na), with the aim of producing ethylene (C2H4) and using it as a fuel and as the main compound for product composition. Specifically, the following supported catalysts were studied and used: 5% Li_6% s_Zr, 1.86% Na_6% s_CeZrTi, 1.86% Li_6% s_CeZrTi, 5% Li_6% s_CeZrTi and 5% Li_6% s_CeZr. In order to determine the catalytic behavior and the performance of the catalysts tested during the oxidative coupling reaction of methane to ethylene, two series of experiments were performed, the Stability experiments and the Light off experiments. Both stability and ignition experiments were performed on a solid bed reactor and the amount of catalyst placed in the reactor was 50 mg. During the experimental process, the reactant gases were introduced into the reactor: Ar, CH4 and O2 at a pressure of 1atm and a flow of 15 cc / min. After the end of the reaction the gaseous products were fed to a gas chromatograph, which is connected to a computer, in order to carry out a further analysis of the results