73 research outputs found
Whole genome sequencing identifies novel mutations in malaria parasites resistant to artesunate (ATN) and to ATN + mefloquine combination
Funding Information: The author(s) declare that financial support was received for the research, authorship, and/or publication of this article. The authors would like to acknowledge i. the Portuguese “Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT)” for funds to GHTM – UID/Multi/04413/2020, LA-REAL-LA/P/0117/2020 and for funds to Pedro Ferreira`s project ref. PTDC/SAU-PAR/2766/2021 and ii. the Brazilian funding agencies, CNPq, CAPES, FAPEG, FUNADESP. Carolina Horta Andrade thanks CNPq BRICS STI COVID-19 (grant 441038/2020-4) and FAPEG (grant 202010267000272). Melina Mottin thanks the financial support from CNPq/FAPEG DCR (grant 300508/2017-4). Funding Information: The author(s) declare that financial support was received for the research, authorship, and/or publication of this article. The authors would like to acknowledge i. the Portuguese “Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT)” for funds to GHTM – UID/Multi/04413/2020, LA-REAL-LA/P/0117/2020 and for funds to Pedro Ferreira`s project ref. PTDC/SAU-PAR/2766/2021 and ii. the Brazilian funding agencies, CNPq, CAPES, FAPEG, FUNADESP. Carolina Horta Andrade thanks CNPq BRICS STI COVID-19 (grant 441038/2020-4) and FAPEG (grant 202010267000272). Melina Mottin thanks the financial support from CNPq/FAPEG DCR (grant 300508/2017-4). Acknowledgments Publisher Copyright: Copyright © 2024 Cassiano, Martinelli, Mottin, Neves, Andrade, Ferreira and Cravo.Introduction: The global evolution of resistance to Artemisinin-based Combination Therapies (ACTs) by malaria parasites, will severely undermine our ability to control this devastating disease. Methods: Here, we have used whole genome sequencing to characterize the genetic variation in the experimentally evolved Plasmodium chabaudi parasite clone AS-ATNMF1, which is resistant to artesunate + mefloquine. Results and discussion: Five novel single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified, one of which was a previously undescribed E738K mutation in a 26S proteasome subunit that was selected for under artesunate pressure (in AS-ATN) and retained in AS-ATNMF1. The wild type and mutated three-dimensional (3D) structure models and molecular dynamics simulations of the P. falciparum 26S proteasome subunit Rpn2 suggested that the E738K mutation could change the toroidal proteasome/cyclosome domain organization and change the recognition of ubiquitinated proteins. The mutation in the 26S proteasome subunit may therefore contribute to altering oxidation-dependent ubiquitination of the MDR-1 and/or K13 proteins and/or other targets, resulting in changes in protein turnover. In light of the alarming increase in resistance to artemisin derivatives and ACT partner drugs in natural parasite populations, our results shed new light on the biology of resistance and provide information on novel molecular markers of resistance that may be tested (and potentially validated) in the field.publishersversionpublishe
A dicotomia marítimo versus conntinental : uma aporia epistemológica da geopolítica
O caos identitário atingiu a geopolítica. A derivação semântica tende a confundir geopolítica com geoestratégia, a apropriação da geoestratégia pela geopolítica que desvirtua o seu conceito “kjelleniano”. Influência da escola realista norte-americana. Esta amálgama concetual abre espaço para o surgimento de novas abordagens da geopolítica. A nova geopolítica, ainda numa fase ensaísta, nas suas quatro dimensões, ecopolítica, demopolítica, geoeconomia e biopolítica. Visão prospetiva obrigatória na análise geopolítica. Análises prospetivas de dois temas atuais da nova geopolítica e que exigem intervenções urgentes dos poderes políticos: o Ártico, que de espaço geopolítico e geoestratégico marginal está a tornar-se, em virtude do aquecimento global, centro e fator determinante de uma revolução geopolítica; as migrações, fenómeno geopolítico de primeira importância, fator de manipulação das decisões políticas nos espaços de destino e acolhimento.Desprezada pelos seus vizinhos do Norte como uma América inferior, a América do Sul foi, de facto, colonizada por Portugueses e Espanhóis de uma forma muito diferente daquela que ocorreu a Norte. Mas não só: as duas colonizações também diferiram bastante entre si, revelando diferentes conceções do espaço, mas também obedecendo aos gigantescos ditames da geografia sul-americana. Desta forma, quando libertos da tutela europeia os povos acabaram por organizar-se em várias unidades políticas que, com exceção do Brasil, resultaram da fragmentação, muitas vezes violenta, das unidades administrativas da coroa espanhola. Sem elites, sem formação política, estes Estados frequentemente prodigiosamente ricos em recursos, foram presa fácil de poderes exteriores. De facto, em muitos casos a independência política não passou de uma realidade virtual. Sempre desunida perante as crises que abalaram o mundo e o próprio subcontinente, mau grado a
pletora de organizações multilaterais constituídas, a América do Sul que conheceu alguns sucessos políticos e económicos nas duas últimas décadas, enfrenta hoje o risco de desintegração das iniciativas que permitiram estes sucessos e, como é de regra, alinha-se de novo em dois campos. Continuará a ser um arquipélago de nações?Este artigo começa por revisitar o conceito de comunidade de segurança. Recupera o contexto da criação da comunidade transatlântica, a sua sobrevivência no fim da Guerra Fria e a revelação do “revisionismo hegemónico” norte-americano. Tenta, em seguida, explicar as razões das crescentes divergências transatlânticas e europeias. Paralelamente, analisa as implicações do fim da comunidade de segurança ocidental e avalia as possibilidades da sua reconstituição.Este artigo discute a conceção de “Indo-Pacífico” e analisa as justificações subjacentes ao uso deste novo léxico por alguns atores em substituição de “Ásia-Pacífico”, argumentando que as motivações são de natureza geopolítica e relacionadas, sobretudo, com o “fator China”. O texto está dividido em três partes. A primeira apresenta as principais perspetivas e abordagens acerca da nascente “região Indo-Pacífico”. A segunda explica o “fator China” e o seu impacto nas perceções e políticas dos outros atores. A terceira e última parte analisa as narrativas dos principais proponentes da conceção Indo-Pacífico, evidenciando as suas motivações geopolíticas e as ambivalências que lhe estão associadas. A fechar, as considerações finais sintetizam os nossos argumentos e perspetivam as possibilidades da noção Indo-Pacífico se consolidar como nova referência regional.Até ao início da epopeia marítima dos portugueses, com a conquista de Ceuta em 1415, a África a sul do Grande Deserto permaneceu quase totalmente desconhecida para a Europa. Demorou muito tempo para que as principais potências europeias começassem a colonizar o interior de África, estabelecendo fronteiras onde apenas existiam espaços abertos e determinando orientações culturais e linguísticas para ajudar a consolidar essas fronteiras. Hoje a África subsariana reflete ainda essas influências e os países e comunidades que a constituem continuarão a ser, cada vez mais, afetadas pelas influências externas. Após muitos anos de domínio europeu, assistir-se-á atualmente a uma situação de neocolonialismo, com os países africanos ainda muito dependentes da ajuda dos países do Norte, enquanto vão ficando devedores a novos poderes, como a China, podendo afirmar-se que a atual conjuntura da África Subsaariana, incluindo as suas fronteiras, está completamente desligada das realidades étnicas ou culturais, constituindo apenas uma sequência da fase colonial.O artigo que se segue procura corresponder à finalidade que se pensa descortinar da temática que lhe dá título, isto é, evidenciar relações entre ação atual e teorizações de natureza geopolítica. O texto sustentou-se num conjunto de pressupostos e a opção tomada foi aquela que privilegiou um conjunto de letras curioso, encadeado e consequente, pensa-se, sem navegar pelas fossas abissais do pormenor ou das explicações exaustivas da teoria. Por sua vez, demos mais corpo ao clássico por gosto pessoal e porque não existe um presente sem um passado e, por conseguinte, não se deve ostracizar ou mesmo esquecer o último, sob pena de não possuirmos a necessária ferramenta intelectual para percebermos o molde em que hoje estamos inseridos, nem um modelo de análise que consiga desvendar racionalidade nos caminhos que propomos para o futuro. Iniciamos o texto pelo seu átrio, esforçamo-nos de seguida para o desenvolvermos para, à laia de momento último, efetuarmos sintéticas considerações finais.O presente artigo pretende mostrar como uma das mais importantes teses da geopolítica clássica, a dicotomia entre potências marítimas e potências continentais, não tem sustentação nem histórica nem epistemológica para explicar os racionais e os fenómenos políticos condicionados pelo espaço. Nesse sentido alinham-se alguns dos materiais possíveis para a desconstrução da dicotomia, não sem antes escorar sucintamente o objeto da geopolítica, distinguindo-o tanto da geoestratégia quanto da geografia políticainfo:eu-repo/semantics/publishedVersio
In-hospital outcomes and predictors of mortality in acute myocardial infarction with cardiogenic shock treated by primary angioplasty: data from the InCor registry
INTRODUÇÃO: O choque cardiogênico é a maior causa de morte em pacientes com infarto agudo do miocárdio com supradesnivelamento do segmento de ST (IAMCSST). O presente estudo avaliou pacientes com IAMCSST e choque cardiogênico submetidos a intervenção coronária percutânea primária com o objetivo de estabelecer seu perfil e os preditores de mortalidade hospitalar. MÉTODOS: Registro unicêntrico, incluindo 100 pacientes avaliados no período de 2001 a 2009 quanto a características clínicas, angiográficas e do procedimento, e a desfechos intra-hospitalares. Por análise multivariada foram determinados preditores independentes da mortalidade hospitalar. RESULTADOS: Com relação às características clínicas, foi observada alta prevalência de fatores de risco, sendo a taxa de sucesso angiográfico de 92%, apesar da complexidade das lesões (83,1% do tipo B2/C). A artéria mais acometida foi a descendente anterior (45%), tendo o padrão multiarterial ocorrido em 73% dos casos. A taxa de mortalidade foi de 45%, sendo seus preditores independentes o padrão multiarterial [odds ratio (OR) 2,62; intervalo de confiança de 95% (IC 95%) 1,16-5,90] e o fluxo coronário TIMI < 3 ao final do procedimento (OR 2,11, IC 95% 1,48-3,02). CONCLUSÕES: Os pacientes com IAMCSST complicado por choque cardiogênico apresentaram características clínicas e angiográficas de alto risco e, apesar do alto sucesso angiográfico do procedimento, altas taxas de mortalidade. Foram preditores independentes de mortalidade o padrão multiarterial e fluxo TIMI < 3 ao final do procedimento
Whole-genome sequencing of 1,171 elderly admixed individuals from Brazil
As whole-genome sequencing (WGS) becomes the gold standard tool for studying population genomics and medical applications, data on diverse non-European and admixed individuals are still scarce. Here, we present a high-coverage WGS dataset of 1,171 highly admixed elderly Brazilians from a census-based cohort, providing over 76 million variants, of which ~2 million are absent from large public databases. WGS enables identification of ~2,000 previously undescribed mobile element insertions without previous description, nearly 5 Mb of genomic segments absent from the human genome reference, and over 140 alleles from HLA genes absent from public resources. We reclassify and curate pathogenicity assertions for nearly four hundred variants in genes associated with dominantly-inherited Mendelian disorders and calculate the incidence for selected recessive disorders, demonstrating the clinical usefulness of the present study. Finally, we observe that whole-genome and HLA imputation could be significantly improved compared to available datasets since rare variation represents the largest proportion of input from WGS. These results demonstrate that even smaller sample sizes of underrepresented populations bring relevant data for genomic studies, especially when exploring analyses allowed only by WGS
MAMMALS IN PORTUGAL : A data set of terrestrial, volant, and marine mammal occurrences in P ortugal
Mammals are threatened worldwide, with 26% of all species being includedin the IUCN threatened categories. This overall pattern is primarily associatedwith habitat loss or degradation, and human persecution for terrestrial mam-mals, and pollution, open net fishing, climate change, and prey depletion formarine mammals. Mammals play a key role in maintaining ecosystems func-tionality and resilience, and therefore information on their distribution is cru-cial to delineate and support conservation actions. MAMMALS INPORTUGAL is a publicly available data set compiling unpublishedgeoreferenced occurrence records of 92 terrestrial, volant, and marine mam-mals in mainland Portugal and archipelagos of the Azores and Madeira thatincludes 105,026 data entries between 1873 and 2021 (72% of the data occur-ring in 2000 and 2021). The methods used to collect the data were: live obser-vations/captures (43%), sign surveys (35%), camera trapping (16%),bioacoustics surveys (4%) and radiotracking, and inquiries that represent lessthan 1% of the records. The data set includes 13 types of records: (1) burrowsjsoil moundsjtunnel, (2) capture, (3) colony, (4) dead animaljhairjskullsjjaws, (5) genetic confirmation, (6) inquiries, (7) observation of live animal (8),observation in shelters, (9) photo trappingjvideo, (10) predators dietjpelletsjpine cones/nuts, (11) scatjtrackjditch, (12) telemetry and (13) vocalizationjecholocation. The spatial uncertainty of most records ranges between 0 and100 m (76%). Rodentia (n=31,573) has the highest number of records followedby Chiroptera (n=18,857), Carnivora (n=18,594), Lagomorpha (n=17,496),Cetartiodactyla (n=11,568) and Eulipotyphla (n=7008). The data setincludes records of species classified by the IUCN as threatened(e.g.,Oryctolagus cuniculus[n=12,159],Monachus monachus[n=1,512],andLynx pardinus[n=197]). We believe that this data set may stimulate thepublication of other European countries data sets that would certainly contrib-ute to ecology and conservation-related research, and therefore assisting onthe development of more accurate and tailored conservation managementstrategies for each species. There are no copyright restrictions; please cite thisdata paper when the data are used in publications.info:eu-repo/semantics/publishedVersio
The 16th Data Release of the Sloan Digital Sky Surveys: First Release from the APOGEE-2 Southern Survey and Full Release of eBOSS Spectra
This paper documents the 16th data release (DR16) from the Sloan Digital Sky Surveys (SDSS), the fourth and penultimate from the fourth phase (SDSS-IV). This is the first release of data from the Southern Hemisphere survey of the Apache Point Observatory Galactic Evolution Experiment 2 (APOGEE-2); new data from APOGEE-2 North are also included. DR16 is also notable as the final data release for the main cosmological program of the Extended Baryon Oscillation Spectroscopic Survey (eBOSS), and all raw and reduced spectra from that project are released here. DR16 also includes all the data from the Time Domain Spectroscopic Survey and new data from the SPectroscopic IDentification of ERosita Survey programs, both of which were co-observed on eBOSS plates. DR16 has no new data from the Mapping Nearby Galaxies at Apache Point Observatory (MaNGA) survey (or the MaNGA Stellar Library "MaStar"). We also preview future SDSS-V operations (due to start in 2020), and summarize plans for the final SDSS-IV data release (DR17)
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