Determination of potential habitat suitability for the European Otter (Lutra lutra) in geographical sectors of metropolitan France

Après une longue période de régression (de 1930 à 1990), la Loutre d’Europe est aujourd’hui en phase de recolonisation en France. Afin de favoriser sa reconquête, un des objectifs du plan national d’action en faveur de ce mustélidé est de déterminer et localiser les habitats potentiellement favorables à cette espèce. Pour cela, pour chaque sous-secteur hydrographique, nous avons renseigné des facteurs indispensables à la présence de la Loutre : disponibilité et qualité du milieu aquatique et des zones humides, disponibilité de la ressource alimentaire, dérangement humain et caractéristiques générales de l’écosystème (type d’occupation du sol, relief) afin de pouvoir créer un modèle Maxent. D’après ce modèle, 30 % des sous-secteurs de France métropolitaine sont peu favorables à la Loutre, 68 % sont assez favorables à l’implantation de cette espèce et 2 % peuvent être considérés comme très favorables à l’installation de la Loutre d’Europe.After a long period of decline, the European Otter is now in the process of recolonizing the French territory. In order to facilitate its expansion, one of the objectives of the National Action Plan is to define and locate the habitat suitability for this mustelid in France. For each river sub-sector we gathered all available information about the factors (availability and quality of aquatic habitat, availability of food resources, human disturbances and general characteristics of the ecosystem) essential to the presence of the otter in order to create a Maxent model. According to this model, 30 % of the sub-sectors in metropolitan France are unlikely to offer favourable habitats for the Otter, 68 % should contain favourable habitats and 2 % could be considered as very favourable for the settling of European otters

Optical Probing of Ultrafast Laser-Induced Solid-to-Overdense-Plasma Transitions

Understanding the target dynamics during its interaction with a relativistic ultrashort laser pulse is a challenging fundamental multi-physics problem involving at least atomic and solid-state physics, plasma physics, and laser physics. Already, the properties of the so-called pre-plasma formed as the laser pulse's rising edge ionizes the target are complicated to access in experiments and modeling, and many aspects of this laser-induced transition from solid to overdense plasma over picosecond time scales are still open questions. At the same time, applications like laser-driven ion acceleration require precise knowledge and control of the pre-plasma because the efficiency of the acceleration process itself crucially depends on the target properties at the arrival of the relativistic intensity peak of the pulse. By capturing the dynamics of the initial stage of the interaction, we report on a detailed visualization of the pre-plasma formation and evolution. Nanometer-thin diamond-like carbon foils are shown to transition from solid to plasma during the laser rising edge with intensities < 10^16 W/cm^2. Single-shot near-infrared probe transmission measurements evidence sub-picosecond dynamics of an expanding plasma with densities above 10^23 cm^-3 (about 100 times the critical plasma density). The complementarity of a solid-state interaction model and a kinetic plasma description provides deep insight into the interplay of ionization, collisions, and expansion

Cartografía en Francia, para el proyecto “Trame verte et bleue”, de las continuidades ecológicas de importancia nacional que constituyen los setos

Maintaining a dense ecological network for different habitats is a challenge to guarantee persistence of ecological processes at national scale. As cultural landscape favourable for biodiversity, bocage represents an important stake in terms of connectivity. In the context of the “Trame verte et bleue” project and the definition of its guidelines, we carried out a survey to propose a map of bocage ecological continuities of national significance. The process is based on a cartographic crossing between three data sources: two existing maps of land use and crop diversity, and an indicative map of ecological quality. The latter was produced representing specific richness of 11 bocage-dependent species in a grid. When the three criteria were visually satisfied in the manual cartographic crossing, structural and functional continuity was identified. The obtained map highlights 9 main indicative continuities. The results were confronted to local data and expertise to assess map relevance. The main objective of this work is to facilitate national coherence of regional ecological networksLa conservación de una red nacional de corredores ecológicos que sea lo suficientemente densa y que incluya diferentes tipos de sistemas naturales es un gran desafío a la hora de asegurar la perennidad de los procesos ecológicos que se desarrollan a gran escala. Entre estos corredores ecológicos, destacan por su importancia los setos y otras formaciones vegetales que aparecen en los paisajes cultivados. Estas formaciones vegetales permiten conciliar la actividad agrícola con la conservación de la biodiversidad. Para el proyecto “Trame verte et bleue” y la definición de sus grandes orientaciones, proponemos un mapa de Francia que incluye continuidades ecológicas importantes a nivel nacional. Para ello, hemos combinado manualmente tres fuentes cartográficas: un mapa de la densidad de setos, otro con la diversidad de cultivos y otro mapa que indica la presencia en una cuadrícula de once especies habituales de los setos y que tienen requerimientos ecológicos estrictos. Los grupos vegetales que destacaban visualmente siguiendo estos tres criterios cartográficos se han considerado como continuidades ecológicas nacionales relevantes desde un punto de vista funcional y estructural. El mapa obtenido presenta nueve grandes corredores a la escala nacional. Estos resultados han sido confrontados con estudios regionales y con cuestionarios a expertos. Esperamos que este mapa permita favorecer la coherencia de las tramas regionales de redes ecológicas en FranciaLe maintien d'un réseau suffisamment dense de continuités écologiques à l'échelle nationale couvrant différents types de milieux est un enjeu majeur pour assurer la pérennité des processus écologiques qui se déroulent à large échelle. Les bocages, milieux agricoles favorables à la biodiversité, sont concernés par ce défi. Dans le cadre du programme « Trame verte et bleue » et de la définition de ses orientations nationales, nous avons mené une réflexion afin de proposer une carte de grandes continuités écologiques bocagères. La démarche repose sur un croisement cartographique manuel entre: une carte de la densité de haies, une carte de la diversité des assolements et une carte indicatrice d'une certaine qualité écologique. Cette dernière carte représente la richesse spécifique par maille pour un ensemble de 11 espèces associées aux bocages et écologiquement exigeantes. Les ensembles présentant visuellement un fort intérêt selon ces trois critères cartographiques ont été considérés comme des continuités à la fois structurelles et fonctionnelles. Le résultat obtenu se présente sous la forme d’une carte indiquant 9 grandes continuités à l’échelle nationale. Une confrontation à l’expertise et à des études locales et régionales a permis de valider la pertinence de cette carte destinée à favoriser la cohérence nationale des trames écologiques régionales

Antimicrobial resistance among migrants in Europe: a systematic review and meta-analysis

BACKGROUND: Rates of antimicrobial resistance (AMR) are rising globally and there is concern that increased migration is contributing to the burden of antibiotic resistance in Europe. However, the effect of migration on the burden of AMR in Europe has not yet been comprehensively examined. Therefore, we did a systematic review and meta-analysis to identify and synthesise data for AMR carriage or infection in migrants to Europe to examine differences in patterns of AMR across migrant groups and in different settings. METHODS: For this systematic review and meta-analysis, we searched MEDLINE, Embase, PubMed, and Scopus with no language restrictions from Jan 1, 2000, to Jan 18, 2017, for primary data from observational studies reporting antibacterial resistance in common bacterial pathogens among migrants to 21 European Union-15 and European Economic Area countries. To be eligible for inclusion, studies had to report data on carriage or infection with laboratory-confirmed antibiotic-resistant organisms in migrant populations. We extracted data from eligible studies and assessed quality using piloted, standardised forms. We did not examine drug resistance in tuberculosis and excluded articles solely reporting on this parameter. We also excluded articles in which migrant status was determined by ethnicity, country of birth of participants' parents, or was not defined, and articles in which data were not disaggregated by migrant status. Outcomes were carriage of or infection with antibiotic-resistant organisms. We used random-effects models to calculate the pooled prevalence of each outcome. The study protocol is registered with PROSPERO, number CRD42016043681. FINDINGS: We identified 2274 articles, of which 23 observational studies reporting on antibiotic resistance in 2319 migrants were included. The pooled prevalence of any AMR carriage or AMR infection in migrants was 25·4% (95% CI 19·1-31·8; I2 =98%), including meticillin-resistant Staphylococcus aureus (7·8%, 4·8-10·7; I2 =92%) and antibiotic-resistant Gram-negative bacteria (27·2%, 17·6-36·8; I2 =94%). The pooled prevalence of any AMR carriage or infection was higher in refugees and asylum seekers (33·0%, 18·3-47·6; I2 =98%) than in other migrant groups (6·6%, 1·8-11·3; I2 =92%). The pooled prevalence of antibiotic-resistant organisms was slightly higher in high-migrant community settings (33·1%, 11·1-55·1; I2 =96%) than in migrants in hospitals (24·3%, 16·1-32·6; I2 =98%). We did not find evidence of high rates of transmission of AMR from migrant to host populations. INTERPRETATION: Migrants are exposed to conditions favouring the emergence of drug resistance during transit and in host countries in Europe. Increased antibiotic resistance among refugees and asylum seekers and in high-migrant community settings (such as refugee camps and detention facilities) highlights the need for improved living conditions, access to health care, and initiatives to facilitate detection of and appropriate high-quality treatment for antibiotic-resistant infections during transit and in host countries. Protocols for the prevention and control of infection and for antibiotic surveillance need to be integrated in all aspects of health care, which should be accessible for all migrant groups, and should target determinants of AMR before, during, and after migration. FUNDING: UK National Institute for Health Research Imperial Biomedical Research Centre, Imperial College Healthcare Charity, the Wellcome Trust, and UK National Institute for Health Research Health Protection Research Unit in Healthcare-associated Infections and Antimictobial Resistance at Imperial College London

Surgical site infection after gastrointestinal surgery in high-income, middle-income, and low-income countries: a prospective, international, multicentre cohort study

Background: Surgical site infection (SSI) is one of the most common infections associated with health care, but its importance as a global health priority is not fully understood. We quantified the burden of SSI after gastrointestinal surgery in countries in all parts of the world. Methods: This international, prospective, multicentre cohort study included consecutive patients undergoing elective or emergency gastrointestinal resection within 2-week time periods at any health-care facility in any country. Countries with participating centres were stratified into high-income, middle-income, and low-income groups according to the UN's Human Development Index (HDI). Data variables from the GlobalSurg 1 study and other studies that have been found to affect the likelihood of SSI were entered into risk adjustment models. The primary outcome measure was the 30-day SSI incidence (defined by US Centers for Disease Control and Prevention criteria for superficial and deep incisional SSI). Relationships with explanatory variables were examined using Bayesian multilevel logistic regression models. This trial is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT02662231. Findings: Between Jan 4, 2016, and July 31, 2016, 13 265 records were submitted for analysis. 12 539 patients from 343 hospitals in 66 countries were included. 7339 (58·5%) patient were from high-HDI countries (193 hospitals in 30 countries), 3918 (31·2%) patients were from middle-HDI countries (82 hospitals in 18 countries), and 1282 (10·2%) patients were from low-HDI countries (68 hospitals in 18 countries). In total, 1538 (12·3%) patients had SSI within 30 days of surgery. The incidence of SSI varied between countries with high (691 [9·4%] of 7339 patients), middle (549 [14·0%] of 3918 patients), and low (298 [23·2%] of 1282) HDI (p < 0·001). The highest SSI incidence in each HDI group was after dirty surgery (102 [17·8%] of 574 patients in high-HDI countries; 74 [31·4%] of 236 patients in middle-HDI countries; 72 [39·8%] of 181 patients in low-HDI countries). Following risk factor adjustment, patients in low-HDI countries were at greatest risk of SSI (adjusted odds ratio 1·60, 95% credible interval 1·05–2·37; p=0·030). 132 (21·6%) of 610 patients with an SSI and a microbiology culture result had an infection that was resistant to the prophylactic antibiotic used. Resistant infections were detected in 49 (16·6%) of 295 patients in high-HDI countries, in 37 (19·8%) of 187 patients in middle-HDI countries, and in 46 (35·9%) of 128 patients in low-HDI countries (p < 0·001). Interpretation: Countries with a low HDI carry a disproportionately greater burden of SSI than countries with a middle or high HDI and might have higher rates of antibiotic resistance. In view of WHO recommendations on SSI prevention that highlight the absence of high-quality interventional research, urgent, pragmatic, randomised trials based in LMICs are needed to assess measures aiming to reduce this preventable complication

Détermination du potentiel d’accueil de la Loutre d’Europe (Lutra lutra) par secteur géographique en France métropolitaine

Determination of potential habitat suitability for the European Otter (Lutra lutra) in geographical sectors of metropolitan France. After a long period of decline, the European Otter is now in the process of recolonizing the French territory. In order to facilitate its expansion, one of the objectives of the National Action Plan is to define and locate the habitat suitability for this mustelid in France. For each river subsector we gathered all available information about the factors (availability and quality of aquatic habitat, availability of food resources, human disturbances and general characteristics of the ecosystem) essential to the presence of the otter in order to create a Maxent model. According to this model, 30 % of the sub-sectors in metropolitan France are unlikely to offer favourable habitats for the Otter, 68 % should contain favourable habitats and 2 % could be considered as very favourable for the settling of European otters.Après une longue période de régression (de 1930 à 1990), la Loutre d’Europe est aujourd’hui en phase de recolonisation en France. Afin de favoriser sa reconquête, un des objectifs du plan national d’action en faveur de ce mustélidé est de déterminer et localiser les habitats potentiellement favorables à cette espèce. Pour cela, pour chaque sous-secteur hydrographique, nous avons renseigné des facteurs indispensables à la présence de la Loutre : disponibilité et qualité du milieu aquatique et des zones humides, disponibilité de la ressource alimentaire, dérangement humain et caractéristiques générales de l’écosystème (type d’occupation du sol, relief) afin de pouvoir créer un modèle Maxent. D’après ce modèle, 30 % des sous-secteurs de France métropolitaine sont peu favorables à la Loutre, 68 % sont assez favorables à l’implantation de cette espèce et 2 % peuvent être considérés comme très favorables à l’installation de la Loutre d’Europe.Savouré-Soubelet Audrey, Witté Isabelle, Flamme Laura, Grech Guillaume, Haffner Patrick. Détermination du potentiel d’accueil de la Loutre d’Europe (Lutra lutra) par secteur géographique en France métropolitaine. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 70, n°4, 2015. pp. 293-313

Quel est le niveau d’intégration des sites d’intérêt géologique dans le réseau d’aires protégées ?

International audienceL'UMS PatriNat (MNHN, AFB, CNRS) développe et administre, à la demande du ministère en charge de l'Écologie, la base de données nationale Espaces protégés. Elle garantit sa cohérence au niveau national pour répondre aux enjeux nationaux, communautaires et internationaux en matière de suivi et d'évaluation des politiques de conservation de la natureL'objectif de cette première étude est de dresser un état de la prise en compte des sites d’intérêt géologique dans le réseau d'aires protégées en fonction des types d’outils de protection et des réseaux de gestionnaires. Les résultats se fondent sur le croisement de la base nationale Espaces protégés avec les couches des sites d’intérêt géologique de quatre régions de France métropolitaine produites dans le cadre de l'Inventaire National du Patrimoine Géologique (INPG)

Quel est le niveau d'intégration des sites d'intérêt géologique dans le réseau d'aires protégées ?

International audienceLa désignation des espaces naturels protégés est une composante majeure des stratégies de protection et de gestion du patrimoine naturel. À ce titre, il existe en France différents types d’espaces de gestion, protection ou mise en valeur de la nature dont la diversité reflète la multiplicité des acteurs, des objectifs et des types de gestion.La constitution et l'actualisation régulière d'une base nationale des espaces protégés se révèlent indispensables pour répondre aux enjeux nationaux, communautaires et internationaux en matière de suivi et d'évaluation des politiques de conservation de la nature.L'UMS PatriNat (MNHN, AFB, CNRS) met ainsi en œuvre (développe et administre), à la demande du Ministère en charge de l'écologie, la « base de données des espaces protégés » et répond de sa cohérence au niveau national. Cette base de référence a pour vocation d'intégrer l'ensemble des types d'espaces qui assurent une protection ou une gestion du patrimoine naturel (protection réglementaire, contractuelle, foncière, ou désignation au titre de conventions et engagements européens ou internationaux) et pour lesquels les données sont mobilisables.L'objectif de cette première étude est de dresser un état de la prise en compte des sites d’intérêt géologique dans le réseau d'aires protégées en fonction des types d’outils de protection et des réseaux de gestionnaires. Les résultats se fondent sur le croisement de la base nationale Espaces protégés avec les couches des sites d’intérêt géologique de 5 régions de France métropolitaine produites dans le cadre de l'Inventaire national du Patrimoine géologique (INPG)

Simple adaptations to speed-up the Particle-In-Cell code Smilei on the ARM-based Fujitsu A64FX processor

International audienc

A task programming implementation for the particle in Cell code SMILEI

International audienceAn implementation of the electromagnetic Particle in Cell loop in the code Smilei using task programming is presented. Through OpenMP, the macro-particles operations are formulated in terms of tasks. This formulation allows asynchronous execution respecting the data dependencies of the macro-particle operations, the most time-consuming part of the code in simulations of interest for plasma physics. Through some benchmarks it is shown that this formulation can help mitigating the load imbalance of these operations at the OpenMP thread level. The improvements in strong scaling for load-imbalanced physical cases are discussed