A genome-wide data assessment of the African lion (Panthera leo) population genetic structure and diversity in Tanzania

The African lion (Panthera leo), listed as a vulnerable species on the IUCN Red List of Threatened Species (Appendix II of CITES), is mainly impacted by indiscriminate killing and prey base depletion. Additionally, habitat loss by land degradation and conversion has led to the isolation of some subpopulations, potentially decreasing gene flow and increasing inbreeding depression risks. Genetic drift resulting from weakened connectivity between strongholds can affect the genetic health of the species. In the present study, we investigated the evolutionary history of the species at different spatiotemporal scales. Therefore, the mitochondrial cytochrome b gene (N = 128), 11 microsatellites (N = 103) and 9,103 SNPs (N = 66) were investigated in the present study, including a large sampling from Tanzania, which hosts the largest lion population among all African lion range countries. Our results add support that the species is structured into two lineages at the continental scale (West-Central vs East-Southern), underlining the importance of reviewing the taxonomic status of the African lion. Moreover, SNPs led to the identification of three lion clusters in Tanzania, whose geographical distributions are in the northern, southern and western regions. Furthermore, Tanzanian lion populations were shown to display good levels of genetic diversity with limited signs of inbreeding. However, their population sizes seem to have gradually decreased in recent decades. The highlighted Tanzanian African lion population genetic differentiation appears to have resulted from the combined effects of anthropogenic pressure and environmental/climatic factors, as further discussed

Prey preferences of modern human hunter-gatherers

Understanding traditional hunter-gatherer lifestyles in our modern world is fundamental to our understanding of their viability, as well as the role of humans as predators in structuring ecosystems. Here, we examine the factors that drive prey preferences of modern hunter-gatherer people by reviewing 85 published studies from 161 tropical, temperate and boreal sites across five continents. From these studies, we estimated Jacobs' selectivity index values (D) for 2243 species/spatiotemporal records representing 504 species from 42 vertebrate orders based on a sample size of 799,072 kill records (median = 259). Hunter-gatherers preferentially hunted 11 large-bodied, riskier species, and were capable of capturing species ranging from 0.6 to 535.3 kg, but avoided those smaller than 2.5 kg. Human prey preferences were driven by whether prey were arboreal or terrestrial, the threats the prey afforded hunters, and prey body mass. Variation in the size of prey species pursued by hunter-gatherers across each continent is a reflection of the local size spectrum of available prey, and historical or prehistorical prey depletion during the Holocene. The nature of human subsistence hunting reflects the ability to use a range of weapons and techniques to capture food, and the prey deficient wildlands where people living traditional lifestyles persist

La chasse aux trophées : conséquences comportementales, démographiques, et évolutives chez les populations d'ongulés : l’exemple des ongulés des savanes africaines

Like predation, trophy hunting may constrain ungulates to adjust their behaviour todecrease mortality risk. Moreover, because this removal is size selective and male-biased, itmay induce morphological changes towards individuals with smaller traits, alter populationstructure and dynamics. Trophy hunting is one of the conservation modes of naturalhabitats, particularly in Africa. However, its conservation potential is still unclear becausethere are few studies outside National Parks. This thesis aimed to investigate the subtleeffects of trophy hunting on African ungulates, i.e. on their behaviour, horn length ofharvested males, proportion of adult males, group size, and population densities. I workedfrom behavioural observations, and from population data of long-term surveys. For severalspecies (mainly impala Aepyceros melampus, greater kudu Tragelaphus strepsiceros, andsable antelope Hippotragus niger), I compared behaviour, population structure, anddensities between Hwange National Park and adjacent hunting areas, Zimbabwe. In huntingareas, I analysed trends in horn length of harvested males over the past 30 years. This thesisshows that ungulates drank more often at night, and were more vigilant in hunting areasthan in the national park. However, the amplitude of these adjustments was constrained bythe need of surface water, and by natural predation risk. Trophy hunting caused a decline inhorn length, particularly for species that experienced high hunting pressure and were ofhigh value for hunters. Trophy hunting tended to decrease proportion of adult males,though not significantly, and did not affect group size. Moreover, during the last 30 years,ungulate densities generally declined more in the national park than in neighbouringhunting areas. This suggests that trophy hunting played a minor role on densities comparedto other factors, i.e. rainfall, and possibly natural predation and elephant densities. Despitebehavioural adjustments induced by hunting risk, decline of horn length, and harvestskewed towards adult males, ungulate densities in hunting areas adjacent to HwangeNational Park remained comparable to densities within the national park. This studyillustrates how trophy hunting areas, when rigorously managed, may play a significant rolein the conservation of ungulates in Africa.La chasse aux trophées peut contraindre les ongulés à ajuster leur comportement pourréduire le risque de mortalité. De plus, comme cette chasse est basée sur des critères detaille, et biaisée en faveur des mâles, elle peut causer des changements morphologiquesvers des individus plus petits, et altérer la structure et la dynamique des populations. Lachasse aux trophées est l’un des modes de conservation des habitats naturels. Son potentielde conservation est encore incertain parce qu’il y a peu d’études en dehors des parcsnationaux, notamment en Afrique. Cette thèse examine les effets de cette chasse sur lesongulés africains, i.e. sur leur comportement, la longueur des cornes, la proportion de mâlesadultes, la taille de groupe, et la densité des populations. J’ai travaillé à partird’observations comportementales et de données populationnelles de suivis à long terme.Pour plusieurs espèces (surtout l’impala Aepyceros melampus, le grand koudouTragelaphus strepsiceros, et l’hippotrague noir Hippotragus niger), j’ai comparé lecomportement, la structure et la densité des populations entre le Parc National de Hwangeet les zones de chasse adjacentes, Zimbabwe. Dans les zones de chasse, j’ai analysé lestendances de longueur des cornes au cours des 30 dernières années. Les ongulés venaientdavantage de nuit aux points d’eau, et étaient plus vigilants dans les zones de chasse quedans le parc national. L’amplitude de ces ajustements en revanche, était limitée par lebesoin en eau, et par le risque de prédation naturelle. La longueur des cornes a décliné, plusparticulièrement pour les espèces prisées des chasseurs et subissant une pression de chasseélevée. Il n’y avait pas de différence significative de la proportion de mâles adultes, ou dela taille de groupe, entre les populations du parc national et des zones de chasse. Au coursdes 30 dernières années, les densités de population ont globalement davantage diminuédans le parc national que dans les zones de chasse. Ceci suggère que la chasse aux trophéesn’a eu qu’un effet minime sur les densités de population par rapport à d’autres facteurscomme les précipitations, ou possiblement la prédation naturelle et l’éléphant. Malgré lesajustements comportementaux, le déclin de la longueur des cornes, et le prélèvement biaiséen faveur des mâles adultes, les densités d’ongulés étaient aussi élevées dans les zones dechasse que dans le Parc National de Hwange. Cette étude illustre comment les zones dechasse aux trophées, lorsque rigoureusement gérées, peuvent jouer un rôle dans laconservation des ongulés africains

Trophy hunting : behavioral, demographic, and evolutionary consequences in ungulate populations : the example of the ungulates of African savannahs

La chasse aux trophées peut contraindre les ongulés à ajuster leur comportement pourréduire le risque de mortalité. De plus, comme cette chasse est basée sur des critères detaille, et biaisée en faveur des mâles, elle peut causer des changements morphologiquesvers des individus plus petits, et altérer la structure et la dynamique des populations. Lachasse aux trophées est l’un des modes de conservation des habitats naturels. Son potentielde conservation est encore incertain parce qu’il y a peu d’études en dehors des parcsnationaux, notamment en Afrique. Cette thèse examine les effets de cette chasse sur lesongulés africains, i.e. sur leur comportement, la longueur des cornes, la proportion de mâlesadultes, la taille de groupe, et la densité des populations. J’ai travaillé à partird’observations comportementales et de données populationnelles de suivis à long terme.Pour plusieurs espèces (surtout l’impala Aepyceros melampus, le grand koudouTragelaphus strepsiceros, et l’hippotrague noir Hippotragus niger), j’ai comparé lecomportement, la structure et la densité des populations entre le Parc National de Hwangeet les zones de chasse adjacentes, Zimbabwe. Dans les zones de chasse, j’ai analysé lestendances de longueur des cornes au cours des 30 dernières années. Les ongulés venaientdavantage de nuit aux points d’eau, et étaient plus vigilants dans les zones de chasse quedans le parc national. L’amplitude de ces ajustements en revanche, était limitée par lebesoin en eau, et par le risque de prédation naturelle. La longueur des cornes a décliné, plusparticulièrement pour les espèces prisées des chasseurs et subissant une pression de chasseélevée. Il n’y avait pas de différence significative de la proportion de mâles adultes, ou dela taille de groupe, entre les populations du parc national et des zones de chasse. Au coursdes 30 dernières années, les densités de population ont globalement davantage diminuédans le parc national que dans les zones de chasse. Ceci suggère que la chasse aux trophéesn’a eu qu’un effet minime sur les densités de population par rapport à d’autres facteurscomme les précipitations, ou possiblement la prédation naturelle et l’éléphant. Malgré lesajustements comportementaux, le déclin de la longueur des cornes, et le prélèvement biaiséen faveur des mâles adultes, les densités d’ongulés étaient aussi élevées dans les zones dechasse que dans le Parc National de Hwange. Cette étude illustre comment les zones dechasse aux trophées, lorsque rigoureusement gérées, peuvent jouer un rôle dans laconservation des ongulés africains.Like predation, trophy hunting may constrain ungulates to adjust their behaviour todecrease mortality risk. Moreover, because this removal is size selective and male-biased, itmay induce morphological changes towards individuals with smaller traits, alter populationstructure and dynamics. Trophy hunting is one of the conservation modes of naturalhabitats, particularly in Africa. However, its conservation potential is still unclear becausethere are few studies outside National Parks. This thesis aimed to investigate the subtleeffects of trophy hunting on African ungulates, i.e. on their behaviour, horn length ofharvested males, proportion of adult males, group size, and population densities. I workedfrom behavioural observations, and from population data of long-term surveys. For severalspecies (mainly impala Aepyceros melampus, greater kudu Tragelaphus strepsiceros, andsable antelope Hippotragus niger), I compared behaviour, population structure, anddensities between Hwange National Park and adjacent hunting areas, Zimbabwe. In huntingareas, I analysed trends in horn length of harvested males over the past 30 years. This thesisshows that ungulates drank more often at night, and were more vigilant in hunting areasthan in the national park. However, the amplitude of these adjustments was constrained bythe need of surface water, and by natural predation risk. Trophy hunting caused a decline inhorn length, particularly for species that experienced high hunting pressure and were ofhigh value for hunters. Trophy hunting tended to decrease proportion of adult males,though not significantly, and did not affect group size. Moreover, during the last 30 years,ungulate densities generally declined more in the national park than in neighbouringhunting areas. This suggests that trophy hunting played a minor role on densities comparedto other factors, i.e. rainfall, and possibly natural predation and elephant densities. Despitebehavioural adjustments induced by hunting risk, decline of horn length, and harvestskewed towards adult males, ungulate densities in hunting areas adjacent to HwangeNational Park remained comparable to densities within the national park. This studyillustrates how trophy hunting areas, when rigorously managed, may play a significant rolein the conservation of ungulates in Africa