Inventering och modellering av fisk- och kräftdjurssamhället i Stigfjorden sommaren 2012

Under 31 juli-3 augusti 2012 utförde Kustlaboratoriet vid SLU Aqua ett inventeringsfiske med småryssjor i Stigfjorden mellan Orust och Tjörn med syfte att beskriva fisksamhället i fjorden och att kartlägga viktiga fiskhabitat. Totalt fiskades 80 stationer på djup från ytan ner till 20 m. Området uppvisade ovanligt höga tätheter av juvenil rödspotta, gråsej och torsk. Även fångsterna av stensnultra och tånglake var höga, och bland kräftdjuren dominerade strandkrabban. Resultaten från Stigfjorden jämförs med resultat från tidigare och samtida undersökningar av samma karaktär. Den rumsliga fördelningen av olika arter i förhållande till habitatet beskrevs statistiskt med hjälp av generella additiva modeller, där fångsterna i ryssjorna relateras till data på olika miljövariabler. De statistiska modellerna i kombination med kartor över miljövariabler i området användes sedan för att i GIS producera heltäckande kartor över potentiella habitat för arterna. De arter som modellerades var torsk <18 cm, torsk >18 cm, ål, rödspotta, vitling, stensnultra, tånglake och strandkrabba. Modellernas förklaringsgrad var generellt god, och vattendjup utgjorde den variabel som var viktigast för fördelningen av de flesta arter. Ungtorsk och rödspotta förekom i högst tätheter i de djupare delarna av fjorden, medan gulål, tånglake och strandkrabba, där de två förstnämnda tillsammans med torsken är rödlistade, främst återfanns i de grunda delarna av fjorden. Sammantaget tyder resultaten på att Stigfjorden håller viktiga livsmiljöer för ett flertal fiskarter, framför allt som uppväxtområde för arter som t ex rödspotta och gråsej

Digitalt byggeri og svensk og dansk byggeklkassifikation i et Öresundsperspektiv

Rapporten som er opdelt i fire delrapporter er udarbejdet i projektet ”ICT i byggesektoren – Netværk til udvikling”, som er delfinansieret af regionsudviklingsprojektet Interreg IIIA. ”ICT i byggesektoren – netværk til udvikling”. Projektet styrer mod, via et netværk om IKT omkring Øresund, at muliggøre bedre, billigere og mere miljørigtigt byggeri og boliger, ved at identificere og fjerne hindringer, såvel som at skabe en udvikling. Projektet har tre effektmålsætninger: • En plan for, hvordan et fremtidigt samarbejde mellem Øresundsregionens universitet, institut og offentlige og private virksomheder etc. kan fremmes. • Gennemførelse af et casestudie i interoperabilitet mellem byggesektoren i DK og SE i et konkret byggeprojekt/vidensområde. • Gennemgang af et program til uddannelse inden for industrielt byggeri. Byggesektoren står over for den store udfordring at skulle implementere ny informations- og kommunikationsteknologi (IKT) i byggeprocessen – digitalisering. Det er ikke kun nye IT-systemer, der skal indføres. Det handler lige så meget om nye arbejdsmetoder og rollefordelinger og om at skabe bedre integration mellem parterne, samt nye måder at organisere sig på, nye samarbejdsformer og dermed nye forretningsgrundlag for virksomhederne. At digitaliseringen er en dynamisk proces betyder, at disse værktøjer er genstand for forandringer løbende, i og med at byggeriets parter opbygger større kompetencer indenfor IKT og får adgang til software, der forbedrer interoperabiliteten. I et sådant udviklingsforløb vil et samarbejde og parallelle studier på hver side af Øresund kunne bidrage til at kvalificere udviklingsresultaterne både i Danmark og i Sverige. Alle fyre delrapporter fokuserer på spørgsmålet om hvordan man kan sikre interoperabilitet mellem dansk og svensk byggeri. Den danske og den svenske byggesektor står over for de samme udfordringer i forbindelse med at udvikle og opdatere retningslinier og standarder, der sikrer interoperabilitet mellem parterne, når der anvendes nye, 3D objektorienterede arbejdsmetoder, byggeklassifikation, og når der generelt udveksles information og kommunikation mellem parterne i byggeprocessen. Studiet har som formål at undersøge mulighederne for at skabe en fælles informationsplatform for derigennem at sikre kvaliteten i dansk/svenske byggeprojekter – interregionale projekter. Studiet har udmøntet sig i fire delrapporter: Del rapport 1 – DBK, BSAB og anvendelsen af 3D-arbejdsmetode i ”The Icelandic Concert and Conference Centre” - et dansk/svensk perspektiv – analyserer/sammenligner det danske initiativ "Det Digitale Byggeri", Dansk Bygge Klassifikation (DBK), 3D arbejdsmetode og det svenske klassifikationssystem BSAB. Endvidere er der et eksempel på, hvordan ingeniørfirmaet Rambøll arbejder med 3D arbejdsmetode i praksis i projektet The Icelandic Concert and Conference Centre. Analysen viser nogle forskelle mellem de to klassifikationer. Det danske arbejde med Det Digitale Byggeri sigter mod at skabe forudsætninger for en overgang fra 2D tegningsbaseret informationshåndtering til 3D objektorienteret informationshåndtering i danske byggeprojekter. Her spiller byggeklassifikationen en vigtig rolle ved identifikation og navngivning af byggeobjekter. Studiet har vist forskellige opfattelser mellem det svenske byggeklassifikationssystem BSAB og det danske DBK med hensyn til klassifikation og objektorienteret modellering. Begge standarder siges at følge den internationale standard for byggeklassifikation ISO 12006-2. En vigtig forskel gælder synet på begrebet bygningsdel. BSAB følger ISO rammestandarden, som foreskriver, at bygningsdele identificeres ud fra et funktionelt aspekt. DBK anvender det, man benævner ”produktaspektet” - som man mener svarer til, hvordan ”de fleste ser på bygningsdele i dag” - til at identificere bygningsdele. Inddelingsgrundlaget er umiddelbart ikke i overensstemmelse med ISO-standarden. Motivet er, at man vil støtte successiv bestemmelse af egenskaber. En dybere undersøgelse er nødvendig for at afgøre, hvordan DBK og BSAB relaterer til ISO-standarden. I den beskrevne case, The Icelandic Concert and Conference Centre, anvendes en tilpasset DBK løsning og der anvendes blandt andet dele af 3D arbejdsmetode. Rambølls erfaringer med digitalisering er gode, det har givet overblik over mere komplekse geometriske og tekniske problemstillinger. Rambøll anvender forskellige digitaliseringselementer: 3D projektering (3D koncept/model), implementering af DBK, projektweb, BIM (fællesmodel), CFD beregninger, 3D-modeller (CAD) med mulighed for 3D plotning. Der er dog nogle begrænsninger i udveksling af data mellem forskellige systemer, pga. de digitale formaters forskellige indhold af information, her fremføres DWG formatet frem for IFC, når det er muligt. Der mangler stadig eksempler på en fuldskala afprøvning af DBK og DDB. Mange gode kræfter arbejder på at få en sådan afprøvning i stand, hvor relationen til ISO og BSAB også kunne blive inddraget. Del rapport 2 – Implementeringen af Det Digitale Byggeri’s standarder og arbejdsmetoder i Danmark - et udgangspunkt for et dansk/svensk samarbejde – beskriver de væsentlige standarder og retningslinier inden for det danske indsatsområde Det Digitale Byggeri, DDB, fra 2003 til 2006. Specielt er det formålet at beskrive baggrunden for dem, implementeringen af dem i den danske kontekst indenfor den relativt korte indkøringsperiode og udviklingsmuligheder og visionerne for digitaliseringen i Danmark. Der er fokus på 3D arbejdsmetoden og dens implementering i den danske praksis og specielt de udviklingstendenser, der er registreret. Baggrunden beskrives for metoden samt gennem eksempler på forskellige IKT- niveauer i forskellige projekter gives der et overblik over metodens anvendelsesmuligheder og dens rummelighed i forhold til konkret projekthåndtering. Her er Danmark langt fremme og vil kunne inspirere de svenske tiltag på området, Bygghandlinger 90, Digitala leveranser för bygg och forvaltning’, som for øjeblikket er under revision. Det samme gælder den danske ’3D CAD Manual 2006’, som ligeledes nu er under revision mod en version 2007 eller 2008. Et andet fokusområde er den danske klassifikation DBK. Den er på nuværende tidspunkt ikke implementeret i den danske praksis af mange forskellige grunde, og det er derfor ikke muligt at beskrive konkrete erfaringer og potentialer. Det svenske BSAB-system har haft en længere indkøringsperiode, over 10 år, og vil derfor kunne bidrage til revisionen og færdiggørelsen af DBK til et implementerbart niveau og specielt til en afklaring af, hvad klassifikation kan anvendes til i byggesektoren. En overordnet undersøgelse af de danske og svenske standarder inden for en objektorienteret arbejdsmetode viser, at de bygger på de samme grundlæggende internationale standarder og at man grundlæggende arbejder med de samme modelkoncepter og udvekslingsstrategier. Det danske system har haft meget fokus på bygningsmodelleringen og har udviklet et system af modeltyper (systemmodel-fagmodel-fællesmodel) og informationsniveauer, som håndterer specifikationen af bygningsobjekter og udvekslingen af projektinformationer. Der har været knapt så megen fokus på specifikation og udveksling af dokumenter. Dette løses gennem de revisioner af standarderne, der pågår for tiden. På klassifikationssiden har Danmark været handicappet af, at der først er blevet udviklet et dansk klassifikationssystem, DBK, til ikrafttrædelse af bygherrekravene den 1. januar 2007. Der tilbagestår en seriøs test af systemet og en implementering i software og i metoder til bygningsmodellering og udveksling. I tests og udviklingsprojekter vil en sammenligning med og inspiration fra det svenske BSAB være ønskelig. Rapporten anbefaler at etablere et interregionalt samarbejde på tværs af Øresund inden for de to hovedområder: 3D objektorienteret arbejdsmetode og interoperabilitet og Byggeklassifikation som struktureringsværktøj i byggeprocessen. På den ene side vil det kvalificere udviklingen af standarderne i begge lande, som løbende vil være under revision, og dels vil dette medføre, at de to landes standarder og rekommandationer vil nærme sig hinanden, så man også interregionalt vil kunne opnå en større interoperabilitet i byggeprojekter. Til denne del er der også et bilag: DBK Dansk Bygge Klassifikation 2006. Del rapport 3 - En teoretisk undersøgelse af dagens svenske nationale ”guidelines” – er en svensk gennemgang af ” Bygghandlingar 90” Byggbranschens rekommendationer för redovisning av byggprojekt, del 8, Digitala leveranser för bygg och förvaltning”, der på tilsvarende vis skal blive det lettilgængelige standardværk, som vi på de projekterende kontorer anvender som vejledning og guide Undersøgelsen begrænser sig til det seneste, vi kan se i nationale svenske guidelines, Forslagsudgaven af Bygghandlingar 90 del 8, BH90. Denne undersøgelse består af en kort beskrivelse af baggrund og hovedtræk i Bygghandlingar 90 samt kommentarer og kritiske synspunkter om indhold og anbefalinger i BH90. Bygghandlingar 90 i den udgave, den tidligere har været anvendt, har været en relativ lettilgængelig ledestjerne under projekteringen, dette gælder såvel benævnelser som leverancer mm. Håbet er, at den reviderede og opdaterede BH90 på tilsvarende vis skal blive det lettilgængelige standardværk, som de projekterende kontorer anvender som vejledning og guide. Som base for arbejdet indgår den foreliggende Bygghandlinger 90 del 8. I forhold til denne publikation er forslagsudgavens disposition dog væsentligt forandret og indholdet udvidet. Anbefalingerne skal omfatte håndtering af alle slags digitale dokumenter, både tekniske og administrative. Afgrænsningen skal ske i forhold til dokument/informationsmængder, som indgår i processer, hvor det fysiske byggeri eller anlæg er centralt. Konkret menes, at håndbogen skal omfatte informationshåndtering i anvendelse, drift og vedligehold af byggerier samt i projektering og byggeri. I det hele taget er processerne centrale i udformningen af anbefalingerne. De skal give konkret vejledning til, hvordan information organiseres og udveksles, i passende udstrækning med anvendelse af formelle standarder og industristandarder. Et eksempel på dette er internationale og svenske standarder til dokumentation af byggerier, internetstandarder for kommunikation af information, samt branchestandarder for ejendomsinformation (F12) og metadata for dokumenter. Kort fra projektbeskrivelsen til ”Handbok för digitala leveranser i byggande och förvaltning”: De branchefælles anbefalinger til byggedokumentation – Bygghandlingar 90 – indeholder en del 8, som omhandler dokumentation med CAD. Denne publikation er nu 10 år gammel. Selvom den hidtil har opfyldt sit formål godt har både teknik og syn på anvendelse af IT forandret sig grundigt siden da. Herefter ser mange på digital information ikke bare som en måde at skabe dokumenter på, men som en resurse der anvendes til forskellige formål, og som skal kunne følge et byggeri eller et anlæg gennem hele dets livscyklus. I begrebet indgår CAD i tegning og modelform ligesom en mængde andre dokumenter og datamængder, som anvendes i virksomheder og projekter. Flere dataspecifikationer er blevet udviklet til at lagre informationer om byggerier og anlæg i modelbaseret form, blandt dem IFC (Industry Foundation Classes) og F12 (Forvaltnings Information 2002). Et formål er at lagring sker i et neutralt format, ubundet af det program, som anvendes til at skabe data. Til håndtering i praksis kræves ikke bare standarder, som teknisk gør det muligt at lagre og overføre data, men frem for alt en metode til at beskrive forventet indhold og kvalitet, og at sikre den faktiske leverance. En kritisk faktor er at kunne levere information, så at den bliver anvendelig i kommende tider og leverancer. Hensigten med dette projekt (Forslagsudgave BH90) er at bidrage med en sådan metode til anvendelse af forekommende standarder og praksis. Håndbogen skal udgøre ejendoms- og byggesektorens fælles metodehåndbog til at organisere og håndtere information om byggerier og anlæg, så den kan indgå i et ubrudt informationsflow under hele disses levedtid. Håndbogen skal tilfredsstille behovet for såvel administratorer som de projekterende og byggeentreprenørerne. Håndbogens anbefalinger skal afspejle dagens førende praksis, altså god udførelse, som er afprøvet i virksomheder og projekter. Derudover skal de give et godt overblik overl nye metoder i frontlinien. I dag befinder sektoren sig i et teknikskifte, hvor dokumentbaseret information komplementeres med og delvis erstattes af informationsmodeller. Anbefalingerne kan udgøre et virksomt hjælpemiddel til at understøtte kombineret anvendelse af begge disse former. Delrapport 4 - Informationsstrukturer för samverkan i byggprojekt – er et svensk delstudie, hvor krav til informationsstrukturer ved samarbejde i et byggeprojekt behandles. Formålet med dette svenske studie var at undersøge mulighederne for øget samordning af informationsflowet i byggeprojekter samt at udarbejde forslag til retningslinier for fortsat udviklingsarbejde både branchefællesskabsmæssigt og projektbaseret. Delstudiet publiceres separat som Bilag 3 i rapporten Undersökning av nyttan av ICT för industrialisering av byggindustrin (BICT) i Boverkets Byggkostnadsforums rapportserie med temaet Effektivare bygg- och förvaltningsprocess, se: http://www.boverket.se/. Byggeprocessens dokumenter er logisk sammenlænkede gennem hele byggeprocessen. Aktørerne har brug for at have kontrol over informationsindholdet i dokumenterne, samt hvordan denne information overføres mellem parterne, for derigennem enkelt og sikkert at kunne forædle informationen gennem hele byggeprocessen. Dagens dokumenter og overførelsesformater er strukturerede i varierende omfang, etablerede strukturer følges mere eller mindre nøjagtigt, og grænsefladerne mellem forskellige processer er svagt udviklede. Dette resulterer ofte i manglende pålidelighed og anvendelighed af informationen og skaber derfor ”informationsomstart” i forskellige led, når overført information fra tidligere led ikke kan anvendes i næste, eller ikke opfylder modtagerens kvalitetskrav. Ved at information tilføres flere gange, i forskellige dokumenter med forskellige formater, opstår der let informationssammenstød og utydelighed. I forskellige brancheprojekter har man arbejdet med at skabe stærkere koblinger og mere pålidelig information. Dette har ofte koncentreret sig i afgrænsede processer, hvor aktørerne har fundet konkrete fordele ved at udvikle formater eller arbejdsmetoder. I det svenske projekt er blandt andet overførelsesformater til forvaltningsinformation (fi2XML) og mængde/beregning (sbXML) taget frem. I et igangværende arbejde ”Digitale leverancer til byggeri og forvaltning” revideres Bygghandlinger 90, Del 8, som skal erstatte den tidligere udgave med titlen Dokumentation med CAD. Projektet ”Demohuset” er et initiativ til at opbygge en informationsmodel omkring et virkeligt objekt. Definitioner på objektet og objektets udvikling gennem processen behandles slet ikke eller kun perifert i det igangværende projekt Internationalt findes formatet IFC (Inustry Foundation Classes), som med stor tilpasningsevne kan anvendes til at beskrive et byggeri gennem hele dets livscyklus. I Norge og Danmark har man startet projekter, som har til formål at udvikle brancheoverskridende rammer til projektbaseret informationshåndtering med et højt niveau af detailstyring. Disse baseres delvis på IFC-formatet. Kendetegnende for branchearbejdet er, at fokus er rettet mod det, der findes, og hvordan det ser ud nu. Definitioner på objektet og objektets udvikling gennem processen behandles slet ikke eller kun perifert, og da fortrinsvist inden for dets eget fagområde. I dette delstudie er dokument- og informationsflowet i projektets casestudie, et fleretages husprojekt, blevet gransket for at undersøge informationshuller og udviklingsmuligheder. Mulighederne for modelbaseret informationshåndtering er blevet belyst, og et forslag til retningslinier for udviklingsarbejde med det formål at muliggøre informationshåndtering baseret på byggeinformationsmodeller, BIM er blevet udarbejdet. I de fleste trin i arbejdsprocessen findes der muligheder for samarbejde og samordning, med potentiale til at øge informationsudbyttet og højne pålideligheden i forhold til andre aktører og processer. For at sikre pålideligheden i informationen må den tilknyttes formater og processer, som kan accepteres af alle aktører i byggebranchen. Informationen må også kunne videreføres i processen uden at skulle genskabes, men alligevel stemme overens med de forskellige arbejdsmetoder og strukturer, som findes. Ved at se informationsmodellen som det centrale i processen og dokumenterne som forskellige billeder af denne informationsmasse undgås fortolkningsproblemer. Rapporten formulerer et antal anbefalinger, som i korthed går ud på at skabe: • Et ”Råd til digitalt byggeri”, med opgaven at muliggøre en overgang til digitalt byggeri, blandt andet gennem at formulere en generel informationsramme for byggeri og forvaltning med klasser og egenskaber uafhængig af udvekslingsformat • Et sted, hvor forskellige informationsformater kan verificeres i rammen, og hvor informationen kan transformeres mellem forskellige verificerede formater. Det praktiske arbejde med definitioner af rammen kan gennemføres trinvis i projektet ved at arbejdet koncentreres om et specifikt informationsflow i overensstemmelse med nedenstående trin: • Bestem den proces og de objekter, der skal studeres specielt • Bestem de detaljeringsniveauer, som kræves, og identificer objekterne i hvert detaljeringsniveau • Formuler de krav, som afsendere og modtagere af information opstiller for forskellige objekter • Studer også objekterne nøje ud fra et fremtidsperspektiv for at tage hensyn til yderligere krav og egenskaber, som kan tilføres objekterne • Definer objekterne og relationerne mellem disse og eventuelle andre objekter • Gennemfør hele informationsflowet i praksis, erstat og komplementer i overensstemmelse med resultatet • Dokumenter og afrapporter resultaterne til ”Råd til digitalt byggeri” til videre beslutning om at indlemme de beskrevne objekter i rammen

Effects of seasonal spawning closures on pike (<i>Esox lucius</i> L.) and perch (<i>Perca fluviatilis</i> L.) catches and coastal food webs in the western Baltic Sea

Marine protected areas have become one of the main tools in the battle to curb marine biodiversity loss and habitat degradation. Yet, implementation of permanent fishery closures has often generated resource user conflicts that ultimately undermine conservation goals. Here we assessed the influence of an alternative and often more accepted measure – seasonal fish spawning closures – on large predatory fish and coastal food webs in the western Baltic Sea (Sweden). In spring 2017, we conducted a multivariable field survey in 11 seasonal closures and 11 paired references areas open to fishing. In each area, pike was sampled through angling, and perch and mesopredators through gillnet surveys. To assess trophic cascades, we measured zooplankton abundance and loss of tethered gammarids from predation. Catches per unit effort of northern pike (Esox lucius) – the main target species in recreational fisheries – were ca. 2.5 times higher per unit effort in closures than reference areas; an effect that may be caused by higher abundance and/or higher catchability of pike in the absence of fishing. Catch and weight per unit effort of the more common predator European perch (Perca fluviatilus), and the mesopredators roach (Rutilus rutilus) and three-spined stickleback (Gasterosteus aculeatus) in survey nets were, however, unaffected by closures. Moreover, a previously hypothesized trophic cascade from perch to zooplankton via three-spined stickleback was supported by the analyses, but appeared independent of closures. Yet, predation risk for tethered gammarid amphipods (a prey of stickleback and an important grazer on macroalgae) was three times higher in fished areas than in closures; a cascading closure effect that may potentially be caused by small predatory fish being less active in protected areas to avoid pike predation. Overall, our results suggest that spawning closures impact pike abundance and/or behavior and could help limit the effects of fishing, but that more research is needed to disentangle i) what mechanism(s) that underlie the protection effect on pike catches, ii) the apparently weaker closure impacts on other fish species, as well as iii) the potential for cascading effects on lower trophic levels. Therefore, new seasonal spawning closures should be implemented in addition to (and not instead of) much-needed permanent closures, which have well-known effects on the wider ecosystem.</p

Effects of seasonal spawning closures on pike (Esox lucius L.) and perch (Percafluviatilis L.) catches and coastal food webs in the western Baltic Sea

Marine protected areas have become one of the main tools in the battle to curb marine biodiversity loss and habitat degradation. Yet, implementation of permanent fishery closures has often generated resource user conflicts that ultimately undermine conservation goals. Here we assessed the influence of an alternative and often more accepted measure - seasonal fish spawning closures - on large predatory fish and coastal food webs in the western Baltic Sea (Sweden). In spring 2017, we conducted a multivariable field survey in 11 seasonal closures and 11 paired references areas open to fishing. In each area, pike was sampled through angling, and perch and mesopredators through gillnet surveys. To assess trophic cascades, we measured zooplankton abun-dance and loss of tethered gammarids from predation. Catches per unit effort of northern pike (Esox lucius) - the main target species in recreational fisheries - were ca. 2.5 times higher per unit effort in closures than reference areas; an effect that may be caused by higher abundance and/or higher catchability of pike in the absence of fishing. Catch and weight per unit effort of the more common predator European perch (Perca fluviatilus), and the mesopredators roach (Rutilus rutilus) and three-spined stickleback (Gasterosteus aculeatus) in survey nets were, however, unaffected by closures. Moreover, a previously hypothesized trophic cascade from perch to zooplankton via three-spined stickleback was supported by the analyses, but appeared independent of closures. Yet, predation risk for tethered gammarid amphipods (a prey of stickleback and an important grazer on mac-roalgae) was three times higher in fished areas than in closures; a cascading closure effect that may potentially be caused by small predatory fish being less active in protected areas to avoid pike predation. Overall, our results suggest that spawning closures impact pike abundance and/or behavior and could help limit the effects of fishing, but that more research is needed to disentangle i) what mechanism(s) that underlie the protection effect on pike catches, ii) the apparently weaker closure impacts on other fish species, as well as iii) the potential for cascading effects on lower trophic levels. Therefore, new seasonal spawning closures should be implemented in addition to (and not instead of) much-needed permanent closures, which have well-known effects on the wider ecosystem

Association of heat-shock protein 70.1 gene with physiological and physical performance of Bali cattle

Background and Aim: Global warming challenges cattle productivity and welfare since it affects heat stress and scarce feed. The heat-shock protein 70 (HSP70) gene is essential in cytoprotection against stressors, protecting cells from dysregulated gene expression and apoptosis. This study aimed to identify significant genetic markers of the HSP70.1 gene that can be leveraged genetically to enhance thermotolerance and production in Bali cattle further. Materials and Methods: Animals were sampled from three different rearing systems. In this study, 83 healthy adult male Bali cattle without abnormalities were utilized. Single-nucleotide polymorphism (SNP) diversity associated with the physiological and physical traits of Bali cattle was assessed using SNPStat online software. Gene expression for putative SNPs and their genotypic groups was further evaluated. Results: There were 15 polymorphic SNPs (c.-185G>A, c.-69T>G, c.10G>C, c.19A>G, c.45C>T, c.101INS, c.115T>C, c.130T>C, c.136G>T, c.159G>C, c.164G>T, c.234G>A, c.303G>A, c.333C>A, and c.456C>T) identified, of which 12 were associated with the assessed trait. Nine SNPs were associated with physiological traits, while eight were with physical traits. The c.136G>T as a novel, high minor allele frequency, and associative SNP was selected for HSP70 gene expression. Individuals with the TT genotype have a trim physique, susceptible physiology, and high HSP70 mRNA expression. On the other hand, the GG genotype was significantly associated with larger physique, lower physiology, and low HSP70 mRNA expression. The higher expression may indicate that HSP70.1 is involved in mitigating the deleterious effects of stress. As a result, the animal experienced negative energy balance, decreasing body size. Conclusion: Single-nucleotide polymorphism c.136G>T is a candidate biomarker for heat resistance traits in Bali cattle

The Methylococcus capsulatus (Bath) Secreted Protein, MopE*, Binds Both Reduced and Oxidized Copper

Under copper limiting growth conditions the methanotrophic bacterium Methylococcus capsulatus (Bath) secrets essentially only one protein, MopE*, to the medium. MopE* is a copper-binding protein whose structure has been determined by X-ray crystallography. The structure of MopE* revealed a unique high affinity copper binding site consisting of two histidine imidazoles and one kynurenine, the latter an oxidation product of Trp130. In this study, we demonstrate that the copper ion coordinated by this strong binding site is in the Cu(I) state when MopE* is isolated from the growth medium of M. capsulatus. The conclusion is based on X-ray Near Edge Absorption spectroscopy (XANES), and Electron Paramagnetic Resonance (EPR) studies. EPR analyses demonstrated that MopE*, in addition to the strong copper-binding site, also binds Cu(II) at two weaker binding sites. Both Cu(II) binding sites have properties typical of non-blue type II Cu (II) centres, and the strongest of the two Cu(II) sites is characterised by a relative high hyperfine coupling of copper (

Anthropogenic perturbation of the carbon fluxes from land to ocean

A substantial amount of the atmospheric carbon taken up on land through photosynthesis and chemical weathering is transported laterally along the aquatic continuum from upland terrestrial ecosystems to the ocean. So far, global carbon budget estimates have implicitly assumed that the transformation and lateral transport of carbon along this aquatic continuum has remained unchanged since pre-industrial times. A synthesis of published work reveals the magnitude of present-day lateral carbon fluxes from land to ocean, and the extent to which human activities have altered these fluxes. We show that anthropogenic perturbation may have increased the flux of carbon to inland waters by as much as 1.0 Pg C yr-1 since pre-industrial times, mainly owing to enhanced carbon export from soils. Most of this additional carbon input to upstream rivers is either emitted back to the atmosphere as carbon dioxide (~0.4 Pg C yr-1) or sequestered in sediments (~0.5 Pg C yr-1) along the continuum of freshwater bodies, estuaries and coastal waters, leaving only a perturbation carbon input of ~0.1 Pg C yr-1 to the open ocean. According to our analysis, terrestrial ecosystems store ~0.9 Pg C yr-1 at present, which is in agreement with results from forest inventories but significantly differs from the figure of 1.5 Pg C yr-1 previously estimated when ignoring changes in lateral carbon fluxes. We suggest that carbon fluxes along the land–ocean aquatic continuum need to be included in global carbon dioxide budgets.Peer reviewe

The genetic architecture of the human cerebral cortex

The cerebral cortex underlies our complex cognitive capabilities, yet little is known about the specific genetic loci that influence human cortical structure. To identify genetic variants that affect cortical structure, we conducted a genome-wide association meta-analysis of brain magnetic resonance imaging data from 51,665 individuals. We analyzed the surface area and average thickness of the whole cortex and 34 regions with known functional specializations. We identified 199 significant loci and found significant enrichment for loci influencing total surface area within regulatory elements that are active during prenatal cortical development, supporting the radial unit hypothesis. Loci that affect regional surface area cluster near genes in Wnt signaling pathways, which influence progenitor expansion and areal identity. Variation in cortical structure is genetically correlated with cognitive function, Parkinson's disease, insomnia, depression, neuroticism, and attention deficit hyperactivity disorder