The Phylogenetic Position of the Enigmatic, Polypodium hydriforme (Cnidaria, Polypodiozoa): Insights from Mitochondrial Genomes

Polypodium hydriforme is an enigmatic parasite that belongs to the phylum Cnidaria. Its taxonomic position has been debated: whereas it was previously suggested to be part of Medusozoa, recent phylogenomic analyses based on nuclear genes support the view that P. hydriforme and Myxozoa form a clade called Endocnidozoa. Medusozoans have linear mitochondrial (mt) chromosomes, whereas myxozoans, as most metazoan species, have circular chromosomes. In this work, we determined the structure of the mt genome of P. hydriforme, using Illumina and Oxford Nanopore Technologies reads, and showed that it is circular. This suggests that P. hydriforme is not nested within Medusozoa, as this would entail linearization followed by recirculation. Instead, our results support the view that P. hydriforme is a sister clade to Myxozoa, and mt linearization in the lineage leading to medusozoans occurred after the divergence of Myxozoa + P. hydriforme. Detailed analyses of the assembled P. hydriforme mt genome show that: (1) it is encoded on a single circular chromosome with an estimated size of ∼93,000 base pairs, making it one of the largest metazoan mt genomes; (2) around 78% of the genome encompasses a noncoding region composed of several repeat types; (3) similar to Myxozoa, no mt tRNAs were identified; (4) the codon TGA is a stop codon and does not encode for tryptophan as in other cnidarians; (5) similar to myxozoan mt genomes, it is extremely fast evolving

The global biogeography of lizard functional groups

Aim: Understanding the mechanisms determining species richness is a primary goal of biogeography. Richness patterns of sub-groups within a taxon are usually assumed to be driven by similar processes. However, if richness of distinct ecological strategies respond differently to the same processes, inferences made for an entire taxon may be misleading. We deconstruct the global lizard assemblage into functional groups and examine the congruence among richness patterns between them. We further examine the species richness – functional richness relationship to elucidate the way functional diversity contributes to the overall species richness patterns. Location: Global. Methods: Using comprehensive biological trait databases we classified the global lizard assemblage into ecological strategies based on body size, diet, activity times and microhabitat preferences, using Archetypal Analysis. We then examined spatial gradients in the richness of each strategy at the one-degree grid cell, biomes and realm scales. Results: We found that lizards can best be characterized by seven 'ecological strategies': scansorial, terrestrial, nocturnal, herbivorous, fossorial, large and semiaquatic. There are large differences among the global richness patterns of these strategies. While the major richness hotspot for lizards in general is in Australia, several strategies exhibit highest richness in the Amazon Basin. Importantly, the global maximum in lizard species richness is achieved at intermediate values of functional diversity and increasing functional diversity further result in a shallow decline of species richness. Main conclusions: The deconstruction of the global lizard assemblage along multiple ecological axes offers a new way to conceive lizard diversity patterns. It suggests that local lizard richness mostly increases when species belonging to particular ecological strategies become hyper-diverse there, and not because more ecological types are present in the most species rich localities. Thus maximum richness and maximum ecological diversity do not overlap. These results shed light on the global richness pattern of lizards, and highlight previously unidentified spatial patterns in understudied functional groups

100 ancient genomes show repeated population turnovers in Neolithic Denmark.

Major migration events in Holocene Eurasia have been characterized genetically at broad regional scales <sup>1-4</sup> . However, insights into the population dynamics in the contact zones are hampered by a lack of ancient genomic data sampled at high spatiotemporal resolution <sup>5-7</sup> . Here, to address this, we analysed shotgun-sequenced genomes from 100 skeletons spanning 7,300 years of the Mesolithic period, Neolithic period and Early Bronze Age in Denmark and integrated these with proxies for diet ( <sup>13</sup> C and <sup>15</sup> N content), mobility ( <sup>87</sup> Sr/ <sup>86</sup> Sr ratio) and vegetation cover (pollen). We observe that Danish Mesolithic individuals of the Maglemose, Kongemose and Ertebølle cultures form a distinct genetic cluster related to other Western European hunter-gatherers. Despite shifts in material culture they displayed genetic homogeneity from around 10,500 to 5,900 calibrated years before present, when Neolithic farmers with Anatolian-derived ancestry arrived. Although the Neolithic transition was delayed by more than a millennium relative to Central Europe, it was very abrupt and resulted in a population turnover with limited genetic contribution from local hunter-gatherers. The succeeding Neolithic population, associated with the Funnel Beaker culture, persisted for only about 1,000 years before immigrants with eastern Steppe-derived ancestry arrived. This second and equally rapid population replacement gave rise to the Single Grave culture with an ancestry profile more similar to present-day Danes. In our multiproxy dataset, these major demographic events are manifested as parallel shifts in genotype, phenotype, diet and land use

Sexes and species as rival units of niche saturation during community assembly

This is the author accepted manuscript. The final version is available from Wiley via the DOI in this record.Aim Community assembly is traditionally assumed to result from speciation and colonization mediated by available niche space. This paradigm is expanded by the theory that niche space can also be saturated by intersexual adaptive divergence (ecological sexual dimorphism) when interspecific competition is relaxed. This theory (here termed ‘niche-packing equivalence’) predicts that the evolution of ecological sexual dimorphism constrains the ecological opportunity that would otherwise lead to ecological speciation or colonization, and that saturation of niches by different species constrains divergent selection for divergence between the sexes. Therefore, sexes and species are equivalent, yet antagonistic units of niche occupation. We present the most comprehensive test of the niche-packing equivalence theory at ecological time-scales (assemblage level) to date. Location South America Major taxa studied Liolaemus lizards. Methods We identified 23 Liolaemus assemblages varying in species richness and sexual size dimorphism (SSD), distributed across a wide environmental range. We used mixed effects models, permutation tests and Markov Chain Monte Carlo (MCMC) regressions to quantify the relationship between SSD and species richness. We then partitioned the body size niche dimension between the sexes and amongst species, and tested for non-overlapping body size distributions. We regressed SSD and species richness of each assemblage against environmental predictors, using multi-model inference and structural equation modelling. Results Sexual dimorphism declines with increasing species richness, and a strong signal of tension between the two remains following phylogenetic control. This pattern is accompanied by evidence of constraints on body-size partitioning amongst species and between the sexes: the two units of niche saturation tend not to overlap. However, across assemblages, species richness and SSD correlate with different environmental variables, suggesting that their tension is context-specific. Main conclusions Our evidence supports the prediction that sexual dimorphism and species richness are alternative outcomes of adaptive radiation. However, this antagonism is mediated by a suite of environmental predictors that influence dimorphism and species richness differentially.The authors thank David Hosken, Tim Barraclough, Trine Bilde, Lilly Harvey, Shai Meiri, Dave Shuker and Jonathan Chase for valuable insights on earlier versions of this manuscript. Alejandro Scolaro provided extensive data and expertise on Patagonian assemblages of lizards. Three referees and Adriana Ruggiero made excellent critical comments to improve this paper. This study was funded by the Leverhulme Trust, and received additional support from the University of Lincoln through a RIF Grant to D.P.-D. D.J.H. was supported by NERC standard grant NE/L007770/1 and by NERC International Opportunities Fund NE/N006798/1

Lateralization in escape behaviour at different hierarchical levels in a Gecko: Tarentola angustimentalis from eastern Canary Islands

At the individual level, to be behaviourally lateralized avoids costly duplication of neural circuitry and decreases possible contradictory order from the two brain hemispheres. However, being prey behaviour lateralized at higher hierarchical levels could generate different negative implications, especially if predators are able to make predictions after multiple encounters. These conflicting pressures, namely between the advantages for individuals and the disadvantages for populations could be concealed if higher-level lateralization would arise from the combination of lateralized behaviours of individuals which are mutually dependent. Here, we investigated the lateralization patterns in the escape behaviour of the gecko Tarentola angustimentalis undergoing a predatory attack simulation in a "T" maze experiment. Results showed that gecko populations displayed different degrees of lateralization, with an overall dominance of right-biased individuals. This trend is similar to that observed in the Podarcis wall lizards, which share predators with Tarentola. In addition, different morphological parameters plausible to affect refuge selection were explored in order to link directional asymmetries at morphological level with lateralization during refuge selection.Fieldwork was carried out with the support of the project PTDC/BIA-BEC/101256/2008 funded by Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT, Portugal). E.G.-M. was supported by postdoc grant from FCT (SFRH/BPD/72806/2010). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript. Thanks are due to Herve Seligmann and an anonymous reviewer for comments and suggestions on an earlier draft of the manuscript.publishe

A roadmap for island biology: 50 fundamental questions after 50 years of The Theory of Island Biogeography

Aims The 50th anniversary of the publication of the seminal book, The Theory of Island Biogeography, by Robert H. MacArthur and Edward O. Wilson, is a timely moment to review and identify key research foci that could advance island biology. Here, we take a collaborative horizon-scanning approach to identify 50 fundamental questions for the continued development of the field. Location Worldwide. Methods We adapted a well-established methodology of horizon scanning to identify priority research questions in island biology, and initiated it during the Island Biology 2016 conference held in the Azores. A multidisciplinary working group prepared an initial pool of 187 questions. A series of online surveys was then used to refine a list of the 50 top priority questions. The final shortlist was restricted to questions with a broad conceptual scope, and which should be answerable through achievable research approaches. Results Questions were structured around four broad and partially overlapping island topics, including: (Macro)Ecology and Biogeography, (Macro)Evolution, Community Ecology, and Conservation and Management. These topics were then subdivided according to the following subject areas: global diversity patterns (five questions in total); island ontogeny and past climate change (4); island rules and syndromes (3); island biogeography theory (4); immigration–speciation–extinction dynamics (5); speciation and diversification (4); dispersal and colonization (3); community assembly (6); biotic interactions (2); global change (5); conservation and management policies (5); and invasive alien species (4). Main conclusions Collectively, this cross-disciplinary set of topics covering the 50 fundamental questions has the potential to stimulate and guide future research in island biology. By covering fields ranging from biogeography, community ecology and evolution to global change, this horizon scan may help to foster the formation of interdisciplinary research networks, enhancing joint efforts to better understand the past, present and future of island biotas

СОЦІОКУЛЬТУРНІ ЧИННИКИ ФОРМУВАННЯ ЕТНО-ВИХОВНОГОСЕРЕДОВИЩА СТУДЕНТСЬКОЇ МОЛОДІ ПРИКАРПАТТЯ

Стаття  присвячена аналізу  соціально-культурного середовища  як важливогофактора  у формуванні та розвитку  особистості  на  сучасному  етапі у  зв’язку  з історичною та соціально-культурною моделлю розвитку країни.Ключові слова: соціокультурне середовище, соціокультурний підхі

Адміністративно-територіальний поділ і динаміка чисельності населення Галичини протягом другої половини ХІХ ст. - першої третини ХХ ст.

The study consists of two parts: the administrative-territorial division of Galicia and the general description of its population. The first part of the study provides information on the administrative subordination of Galicia during the 14th century - the first third of the 20th century. Detailed information is given on administrative-territorial division of Galicia in the days of Austria, Austria-Hungary, the West Ukrainian People's Republic, the Ukrainian People's Republic, and interwar Poland before the Second World War. The system of administration as well as territorial boundaries of voivodeships and powiats is described. The second part of the study contains quantitative and qualitative data on the total population of Galicia, its ethnic and religious groups.Реконструкция административно-территориального устройства и этнической, социальной, религиозной картины жизни Галичины во всей его многогранности до начала Второй мировой войны является основной задачей данного исследования. Ряд вопросов, рассматриваемых в статье, требуют применения широкого ретроспективного подхода к проблеме и нестандартных методологических решений. Источниковедческой базой исследования является картографический материал и статистические данные, демонстрирующие административно-территориальное деление и динамику населения в Галичине. Важная статистическая информация содержится в материалах переписей населения 1921 и 1931 гг., проведенных польским правительством в рамках современных Ивано-Франковской, Львовской, Тернопольской, частично Волынской и Ровенской областей Украины, Малопольском и Подкарпатском воеводствах Польши. Много статистической информации содержится в ежегодных статистических бюллетенях и научных работах польских ученых. Галичина на протяжении своей многовековой истории была как суверенным государством, так и субъектом различных административных образований: Галицкого и Галицко-Волынского княжеств, Венгерского и Польского королевств, Речи Посполитой, Габсбургской и Австрийской империй, Австро-Венгрии, Западноукраинской и Украинской Народных Республик, Республики Польша. 1773 г. Галичина разделена на шесть циркулей и 59 окрýг; 1774 г. количество округ уменьшилась до 19. 1782 г. ликвидирован институт окрýг и увеличено количество циркулей до 18, которые непосредственно подчинялись Львовской губернии. 1810 г. на территории Галичины образовано Королевство Галиции и Лодомерии, которое делилось на 12 дистриктов с административно-политическим центром в г. Львове. До 1849 г. отдельным округом Галичины оставалась Буковина. Тогда же создано 17 коронных краев во главе с губернаторами (следовательно - наместниками), которым подчинялись поветовые старосты, бурмистры и войты. 1853 г. введена двухступенчатая административная власть: 16 окружных староств и 176 поветовых правительств. 1867 г. образовано 74 поветовых правительства, подчинявшихся Краевому правительству во Львове. Накануне Первой мировой войны в Галичине было 76 поветов. Ко второй половине ноября 1918 г. под администрированием Западно-Украинской Народной Республики (ЗУНР) оказалось 49 поветов Галичины. 22 января 1919 г. ЗУНР объединилась с Украинской Народной Республикой, получив название «Западная Область Украинской Народной Республики» (ЗОУНР), которая была ликвидирована 18 июля 1919 г. и разделена между Польшей, Румынией и Чехословакией. В декабре 1920 г. в пределах Галичины создано четыре новых воеводства: Краковское, Львовское, Станиславское и Тернопольское. 14 марта 1923 г. Совет послов государств Антанты окончательно ликвидировал ЗОУНР, а Восточной Галичине (Львовское, Станиславское и Тернопольское воеводства) предоставлена автономия в составе Польши. 1776 г. в Галичине проживало более 2,6 млн человек, 1810 г. - 3,5, 1843 г. - 4,5, 1869 г. - 5,5, 1880 - 6, 1910 - 8, 1939 г. - 8,5 млн жителей. Происходила положительная динамика численности населения, за исключением периода Первой мировой войны, когда его количество в течение 1910-1921 гг. уменьшилась на 0,6 млн человек и почти соответствовало показателю 1900 г. Господствующее место в национальном составе края составляли поляки и украинцы, численность которых в течение 1880-1931 гг. колебалась в пределах 93-98%. Оригинальной была религиозная ситуация: если в середине XIX в. численность римо-католиков и греко-католиков была примерно одинаковой, то до 1931 г. количество римо-католиков выросло до 50,8%, а греко-католиков уменьшилась до 39%. Численность иудеев колебалась в пределах 9-11%.Реконструкція адміністративно-територіального устрою та етнічної, соціальної, релігійної картини життя Галичини в усій його багатогранності до початку Другої світової війни є основним завданням цього дослідження. Низка питань, що розглядаються у статті, потребують застосування широкого ретроспективного підходу до проблеми та нестандартних методологічних рішень. Джерельною базою дослідження є картографічний матеріал і статистичні дані, що демонструють адміністративно-територіальний поділ і динаміку населення в Галичині. Важлива статистична інформація міститься в матеріалах переписів населення 1921 і 1931 рр., проведених польським урядом у межах сучасних Івано-Франківської, Львівської, Тернопільської, частково Волинської та Рівненської областей України, Малопольському та Підкарпатському воєводствах Республіки Польща. Багато статистичної інформації міститься в щорічних статистичних бюлетенях і наукових роботах польських вчених. Галичина впродовж своєї багатовікової історії була як суверенною державою, так і суб’єктом різних адміністративних утворень: Галицького та Галицько-Волинського князівств, Угорського та Польського королівств, Речі Посполитої, Габсбурзької та Австрійської імперій, Австро-Угорщини, Західноукраїнської та Української Народних Республік, Польської Республіки. 1773 р. Галичину поділено на шість циркулів і 59 окрýг; 1774 р. кількість округ зменшилася до 19. 1782 р. ліквідовано інститут окрýг та збільшено кількість циркулів до 18, які безпосередньо підпорядковувалися Львівській губернії. 1810 р. на теренах Галичини утворено Королівство Галичини і Володимирії, яке поділялося на 12 дистриктів з адміністративно-політичним центром у м. Львові. До 1849 р. окремим округом Галичини залишалася Буковина. Тоді ж утворено 17 коронних країв на чолі з губернаторами (відтак - намісниками), яким підпорядковувалися повітові старости, бурмістри і війти. 1853 р. запроваджено двоступінчату адміністративну владу: 16 окружних староств і 176 повітових урядів. 1867 р. утворено 74 повітові уряди, що підпорядковувалися Крайовому уряду у Львові. Напередодні Першої світової війни у Галичині було 76 повітів. До другої половини листопада 1918 р. під адмініструванням Західноукраїнської Народної Республіки (ЗУНР) опинилося 49 повітів Галичини. 22 січня 1919 р. ЗУНР об’єдналася з Українською Народною Республікою, отримавши назву «Західна Область Української Народної Республіки» (ЗОУНР), що була ліквідована 18 липня 1919 р. і розділена між Польщею, Румунією і Чехословаччиною. У грудні 1920 р. в межах Галичини утворено чотири нові воєводства: Краківське, Львівське, Станиславівське і Тернопільське. 14 березня 1923 р. Рада Послів держав Антанти остаточно ліквідувало ЗОУНР, а Східній Галичині (Львівське, Станиславівське та Тернопільське воєводства) надано автономію у складі Польщі. 1776 р. у Галичині проживало понад 2,6 млн осіб, 1810 р. - 3,5, 1843 р. - 4,5, 1869 р. - 5,5, 1880 р. - 6, 1910 р. - 8, 1939 р. - 8,5 млн мешканців. Відбувалася позитивна динаміка чисельності населення, за винятком періоду Першої світової війни, коли його кількість впродовж 1910-1921 рр. зменшилася на 0,6 млн осіб і майже відповідала показнику 1900 р. Панівне місце у національному складі краю складали поляки та українці, чисельність яких упродовж 1880-1931 рр. коливалася у межах 93-98 %. Оригінальною була релігійна ситуація: якщо у середині XIX ст. чисельність римо-католиків і греко-католиків була приблизно однаковою, то до 1931 р. кількість римо-католиків зросла до 50,8 %, а греко-католиків зменшилася до 39 %. Чисельність іудеїв коливалася в межах 9-11 %