Is the impact of COVID-19 on housing construction activity inside and outside a large city evident? The example of Łódź (Poland)

The coronavirus pandemic has influenced cities’ shape and future. Telecommuting, teleconferencing, telelearning and e-commerce are creating a new environment of human life. These new factors should be added to the existing problems of urbanisation that are urban sprawl and depopulation. The authors of the paper decided to examine the intensity and spatial distribution of residential construction activity and residential real-estate trade in one of the biggest Polish cities – Łódź – and neighbouring municipalities to answer the question of whether the pandemic has affected housing decisions taken by developers and buyers. Based on statistical data, attempts were made to observe new signs confirming the intensification or weakening of past trends. The research was based on desk research and comparative analysis

Functional analysis of selected, “orphan” regulatory proteins belonging to mycobacterial two-component signal transduction systems

Terapia gruźlicy, choroby zabijającej każdego roku setki tysięcy ludzi na całym świecie stanowi ogromny problem ze względu na rosnącą lekooporność bakterii na tradycyjne chemioterapeutyki. Szybka adaptacja M. tuberculosis do warunków środowiska, utrzymanie niektórych życiowych funkcji oraz liczne procesy metaboliczne mykobakterii są kontrolowane przez dwukomponentowe systemy transdukcji sygnału, składające się z zakotwiczonej w błonie komórkowej kinazy histydynowej oraz cytoplazmatycznego białka regulatorowego. Specyficzny sygnał ze środowiska prowadzi do autofosforylacji kinazy, a następnie przeniesienia reszty fosforanowej na wewnątrzkomórkowy regulator, który w odpowiedzi na sygnał reguluje ekspresję określonych genów. W komórkach M. tuberculosis obecne jest przynajmniej jedenaście dwuskładnikowych systemów oraz pięć „sierocych” białek regulatorowych, dla których partnerskie kinazy nie zostały dotąd zidentyfikowane. W niniejszej pracy analizie poddano dwa z takich regulatorów: białko Rv0195 i Rv0260c (Msmeg_0432 u M. smegmatis). Badania miały na celu określić funkcję badanych czynników transkrypcyjnych u M. tuberculosis oraz ocenić niezbędność genów je kodujących w komórce bakteryjnej. Do zaplanowanych eksperymentów wykorzystano szczepy M. tuberculosis i M. smegmatis. Oceny niezbędności genów rv0195 i rv0260c w komórkach M. tuberculosis oraz genu msmeg_432 w komórkach M. smegmatis dokonano przez próbę konstrukcji ukierunkowanych mutantów pozbawionych zdolności syntezy funkcjonalnych białek. Zastosowanie techniki opartej o rekombinację homologiczną pozwoliło uzyskać mutanty o pożądanym fenotypie ostatecznie potwierdzając, że badane geny nie są niezbędne do przeżycia mykobakterii. Mutanty Δrv0195 i Δrv0260c M. tuberculosis poddano wstępnej analizie polegającej na ocenie wzrostu i przeżywalności szczepów w obecności reaktywnych form tlenu i azotu generowanych przez menadion i DETA-NO. Badania te wykazały, że mutant Δrv0195 hodowany z rodnikami nie wykazuje różnic w kinetyce wzrostu i żywotności w stosunku do szczepu dzikiego, jednakże hodowany bez związków charakteryzuje się osłabioną przeżywalnością w stacjonarnej fazie wzrostu oraz opóźnionym tworzeniem się kolonii na podłożu stałym. Mutant Δrv0260c wykazał natomiast znacząco wyższą żywotność w obecności menadionu, porównując badany parametr między mutantem a szczepem dzikim hodowanym w takich samych warunkach. W kolejnych badaniach, dwiema metodami oceniono wrażliwość szczepów Δrv0195 i Δrv0260c M. tuberculosis na wybrane tuberkulostatyki oraz inne związki. W testach na podłożu stałym oba mutanty wykazały zwiększoną w stosunku do szczepu dzikiego wrażliwość na streptomycynę, dihydrostreptomycynę i izoniazyd, jednak takich różnic nie zaobserwowano badając działanie antybiotyków w hodowlach płynnych. Z wykorzystaniem metody immunodetekcji wykazano, że w warunkach optymalnych dla wzrostu prątków gruźlicy białko Rv0260c występuje w komórkach w bardzo małych ilościach, poniżej progu detekcji. Dalsze analizy dotyczące regulatora Rv0260c przeprowadzono na modelu M. smegmatis, w genomie którego obecny jest gen kodujący białko Msmeg_0432, homolog czynnika transkrypcyjnego Rv0260c. Zaplanowane doświadczenia miały na celu poznanie funkcji białka w metabolizmie związków azotowych, uwzględniając rolę globalnego regulatora metabolizmu azotu Msmeg_5784, bezpośrednio kontrolującego ekspresję genu msmeg_0432. Zastosowane dla mutanta Δmsmeg_0432 M. smegmatis analizy fenotypowe systemem BIOLOG oraz profilowanie transkrypcyjne szczepów Δmsmeg_0432 i Δmsmeg_5784 hodowanych w warunkach głodu azotowego wykazały udział białka Msmeg_0432 w asymilacji azotanów i azotynów oraz detoksyfikacji komórki z tlenku azotu. W hodowlach w podłożu płynnym potwierdzono, że mutant Δmsmeg_0432 nie jest zdolny do wzrostu, kiedy jedynym źródłem azotu w środowisku jest azotan lub azotyn sodu. Oceniając stężenie azotynów i jonów amonowych w hodowlach z azotanem sodu dowiedziono, że mutant jest zdolny do redukcji azotanów, natomiast zaburzeniu w komórce uległy szlaki konwersji azotynów do amoniaku. Globalna analiza transkryptomu pozwoliła określić regulon białka Msmeg_0432, kontrolowany przez czynnik transkrypcyjny w odpowiedzi na zużycie środowiskowego azotu. Wykazano także, że białko Msmeg_0432 wiąże się do sekwencji promotorowych regulowanych genów w pobliżu miejsca wiązania białka Msmeg_5784 wskazując na występowanie mechanizmu współregulacji. Badając oddziaływania rekombinowanych białek MBP-Msmeg_0432 i His-Msmeg_5784 z sekwencjami promotorowymi wybranych genów, stosując pojedyncze białka lub ich mieszaninę potwierdzono, że obecność globalnego regulatora jest wymagana do związania przez białko Msmeg_0432 niektórych sekwencji promotorowych. Analiza oddziaływania potencjalnych współregulatorów wykazała natomiast słabą interakcję między rekombinowanymi białkami. Uzyskane wyniki pozwalają stwierdzić, że białko Msmeg_0432 jest niezbędne w komórkach M. smegmatis do asymilacji azotu pochodzącego z azotanów i azotynów. Biorąc pod uwagę analizy z udziałem mutantów M. smegmatis i M. tuberculosis istnieje także duże prawdopodobieństwo udziału regulatora w odpowiedzi komórki na stres nitrozacyjny oraz oksydacyjny, warunków przypominających wewnątrzkomórkowe środowisko prątków gruźlicy.Grant 2013/11/D/NZ6/02888 NCN SONATA

Le Robert – Îlet Madame

Le projet « Archéologie des petites îles de la Martinique », commencé en 2006, avec la prospection archéologique de l’Îlet Oscar, s’est poursuivi en 2012 sur l’Îlet Madame, sur la commune du Robert. Sur la base de notre expérience de plusieurs dizaines d’années de recherches systématiques pionnières au large des côtes du Venezuela, nous considérons que les « petites » îles peuvent livrer des informations intéressantes et inattendues sur l’archéologie locale et régionale. Elles ont été considé..

Rynek nieruchomości mieszkaniowych – współczesne aspekty przestrzenne, prawne i finansowe

W monografii poruszono problematykę nasilających się nowych zjawisk i procesów, zmian zarówno w odniesieniu do uwarunkowań społeczno-gospodarczych, jak i środowiskowych, warunkujących mechanizmy rynku mieszkaniowego. Praca nie dotyczy wyłącznie specyfiki polskiego rynku mieszkaniowego, ale jest przeglądem o charakterze komparatywnym w kontekście międzynarodowym. Monografia rozpoczyna się szeroką analizą współczesnych i innowacyjnych przemian przestrzeni miejskiej w Holandii, wskazuje praktyczne rozwiązania dotyczące podaży mieszkań dostępnych według koncepcji Inclusionary Housing, analizuje potencjał spółdzielni mieszkaniowych jako uczestników rynków mieszkaniowych we współczesnych uwarunkowaniach. Ponadto w publikacji przedstawiono problem opuszczonych i negatywnie oddziałujących na otoczenie, a nawet stanowiących potencjalne zagrożenie zombi developments oraz niebezpieczeństwa wynikające z cykliczności rynku kredytowego

Short Clinically-Based Prediction Model to Forecast Transition to Psychosis in Individuals at Clinical High Risk State

AbstractObjective:The predictive accuracy of the Clinical High Risk criteria for Psychosis (CHR-P) regarding the future development of the disorder remains suboptimal. It is therefore necessary to incorporate refined risk estimation tools which can be applied at the individual subject level. The aim of the study was to develop an easy-to use, short refined risk estimation tool to predict the development of psychosis in a new CHR-P cohort recruited in European country with less established early detection services.Methods:A cohort of 105 CHR-P individuals was assessed with the Comprehensive Assessment of At Risk Mental States12/2006, and then followed for a median period of 36 months (25th-75th percentile:10–59 months) for transition to psychosis. A multivariate Cox regression model predicting transition was generated with preselected clinical predictors and was internally validated with 1000 bootstrap resamples.Results:Speech disorganization and unusual thought content were selected as potential predictors of conversion on the basis of published literature. The prediction model was significant (p < 0.0001) and confirmed that both speech disorganization (HR = 1.69; 95%CI: 1.39–2.05) and unusual thought content (HR = 1.51; 95%CI: 1.27–1.80) were significantly associated with transition. The prognostic accuracy of the model was adequate (Harrell's c- index = 0.79), even after optimism correction through internal validation procedures (Harrell's c-index = 0.78).Conclusions:The clinical prediction model developed, and internally validated, herein to predict transition from a CHR-P to psychosis may be a promising tool for use in clinical settings. It has been incorporated into an online tool available at:https://link.konsta.com.pl/psychosis. Future external replication studies are needed

The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens

Background The Critical Assessment of Functional Annotation (CAFA) is an ongoing, global, community-driven effort to evaluate and improve the computational annotation of protein function. Results Here, we report on the results of the third CAFA challenge, CAFA3, that featured an expanded analysis over the previous CAFA rounds, both in terms of volume of data analyzed and the types of analysis performed. In a novel and major new development, computational predictions and assessment goals drove some of the experimental assays, resulting in new functional annotations for more than 1000 genes. Specifically, we performed experimental whole-genome mutation screening in Candida albicans and Pseudomonas aureginosa genomes, which provided us with genome-wide experimental data for genes associated with biofilm formation and motility. We further performed targeted assays on selected genes in Drosophila melanogaster, which we suspected of being involved in long-term memory. Conclusion We conclude that while predictions of the molecular function and biological process annotations have slightly improved over time, those of the cellular component have not. Term-centric prediction of experimental annotations remains equally challenging; although the performance of the top methods is significantly better than the expectations set by baseline methods in C. albicans and D. melanogaster, it leaves considerable room and need for improvement. Finally, we report that the CAFA community now involves a broad range of participants with expertise in bioinformatics, biological experimentation, biocuration, and bio-ontologies, working together to improve functional annotation, computational function prediction, and our ability to manage big data in the era of large experimental screens.Peer reviewe

Individualized Prediction of Transition to Psychosis in 1,676 Individuals at Clinical High Risk: Development and Validation of a Multivariable Prediction Model Based on Individual Patient Data Meta-Analysis

Background: The Clinical High Risk state for Psychosis (CHR-P) has become the cornerstone of modern preventive psychiatry. The next stage of clinical advancements rests on the ability to formulate a more accurate prognostic estimate at the individual subject level. Individual Participant Data Meta-Analyses (IPD-MA) are robust evidence synthesis methods that can also offer powerful approaches to the development and validation of personalized prognostic models. The aim of the study was to develop and validate an individualized, clinically based prognostic model for forecasting transition to psychosis from a CHR-P stage.Methods: A literature search was performed between January 30, 2016, and February 6, 2016, consulting PubMed, Psychinfo, Picarta, Embase, and ISI Web of Science, using search terms (“ultra high risk” OR “clinical high risk” OR “at risk mental state”) AND [(conver* OR transition* OR onset OR emerg* OR develop*) AND psychosis] for both longitudinal and intervention CHR-P studies. Clinical knowledge was used to a priori select predictors: age, gender, CHR-P subgroup, the severity of attenuated positive psychotic symptoms, the severity of attenuated negative psychotic symptoms, and level of functioning at baseline. The model, thus, developed was validated with an extended form of internal validation.Results: Fifteen of the 43 studies identified agreed to share IPD, for a total sample size of 1,676. There was a high level of heterogeneity between the CHR-P studies with regard to inclusion criteria, type of assessment instruments, transition criteria, preventive treatment offered. The internally validated prognostic performance of the model was higher than chance but only moderate [Harrell’s C-statistic 0.655, 95% confidence interval (CIs), 0.627–0.682].Conclusion: This is the first IPD-MA conducted in the largest samples of CHR-P ever collected to date. An individualized prognostic model based on clinical predictors available in clinical routine was developed and internally validated, reaching only moderate prognostic performance. Although personalized risk prediction is of great value in the clinical practice, future developments are essential, including the refinement of the prognostic model and its external validation. However, because of the current high diagnostic, prognostic, and therapeutic heterogeneity of CHR-P studies, IPD-MAs in this population may have an limited intrinsic power to deliver robust prognostic models