Geometric effects on mixing performance in a novel passive micromixer with trapezoidal-zigzag channels

A novel passive micromixer, called a trapezoidal-zigzag micromixer (TZM), is reported. A TZM is composed of trapezoidal channels in a zigzag and split–recombine arrangement that enables multiple mixing mechanisms, including splitting–recombining, twisting, transversal flows, vortices, and chaotic advection. The effects of geometric parameters of the TZM on mixing performance are systematically investigated by the Taguchi method and numerical simulations in COMSOL Multiphysics. The number of mixing units, the slope angle of the trapezoidal channel, the height of the constriction element, and the width ratio between the middle-trapezoidal channel and the side-trapezoidal channel are the four parameters under study. The mixing performance of the TZM is investigated at three different Reynolds number (Re) values of 0.5, 5, and 50. The results showed that a TZM with six mixing units, a trapezoidal slope angle of 75°, a constricting height of 100 µm, and a width ratio of 0.5 has the highest mixing efficiency. This optimal TZM has a mixing efficiency greater than 85% for Re values from 0.1 to 80. In particular, for Re  ≤  0.9 and Re  ≥  20, the mixing efficiency of the optimal TZM is greater than 90%. The proposed TZM has a higher mixing efficiency and a smaller footprint than previously reported micromixers

The potential of RNA as a target for national screening of pre-cancer

Whole national screening of pre-cancer is done only in some few countries, dominated by The Netherlands, Denmark, UK, Norway and Finland. This national screening are done combining national cancer registry, national public health and national medical bodies or hospitals. Until some few years ago national screening was only done using morphological or visual methods or technology. Today a number of molecular methods have been implemented to serve these national screening programs. Based on all the discussions within this review, it is clear that the main driving engine and the cause of cervical pre-cancer and the main cause of invasive cervical cancer is the expression of E6 and E7 oncoproteins from HPV 16, 18, 31, 33 and 45. However, the main challenge is the role of morphology or imaging based diagnosis in the original definition of pre-cancer disease. This definition is not based on the cause of cervical pre-cancer but based on a complex morphological observation heavily based on subjective matters. The challenge between these two definitions are discussed in this review. The unique discovery done while validating the first standardized detection technology used against mRNA, confirmed that the presence of both abnormal E6 and/or E7 mRNA and protein is the cause of cervical pre-cancer or severe neoplasia and the main cause of invasive cervical cancer. This confirmation was evident even though all these studies were disturbed by the above biases from morphology or imaging based  diagnosis. The presence of the template for high production of the most carcinogenic compounds ever discovered, must cause a more accurate screening program. A number of studies have proved that the detection of E6/E7 mRNA followed-up by indirect or direct treatment in a well-organized national screening program would reduce the incidence of cervical cancer. This review discuss the main studies involved in the scientific, clinical evaluation and how this unique technology could be used as a new medical gold standard for national screening of cervical pre-cancer

Unique human papillomavirus-type distribution in South African women with invasive cervical cancer and the effect of human immunodeficiency virus infection

OBJECTIVES : Cervical cancer is the most common cause of cancer-related deaths among South African women. Viral types associated with cervical cancer may differ not only between countries and regions, but possibly also between human immunodeficiency virus (HIV)Yinfected and noninfected women. METHODS : In a population with high HIV prevalence, human papillomavirus (HPV)Ytype infections detected with DNA analyses were reported in a cohort of 299 women diagnosed with invasive cervical cancer. RESULTS : One hundred fifty-four women tested HIV negative, 77 tested HIV positive, and HIVstatuswas unknown for 68women. Themean age forHIV-positivewomenwas 41.3 years, and that for HIV-negative women was 55.8 years (P G 0.001). Ninety-two percent of women tested HPV-DNA positive. Human papillomavirus types 16 and/or 18 were present in 62% of HIV-negative women and 65% of HIV-positive women. The 5 most common HPV types in HIV-positive women were, in decreasing frequency, HPV 16, 18, 45, 33, and 58. In HIVnegative women, the most common HPV types were HPV 16, 18, 35, and 45, followed by HPV 33 and 52.Human papillomavirus type 45wasmore likely in the HIV positive compared with theHIV negative (odds ratio, 3.07; 95%confidence interval, 1.07Y8.77).TheHIV-positive women had more multiple high-risk HPV-type infections than did the HIV-negative women (27% vs 8%, P = 0.001). CONCLUSIONS : A high number of women in South Africa with cervical cancer are HIV positive. Without viral cross-protection, HPV vaccines should prevent around 65% of cervical cancers in this population. Human papillomavirus type 45 infection is significantly linked to HIV and important for future vaccine developments.Discovery Foundation.http://journals.lww.com/ijgc2016-06-30hb201

Vurdering av heterogenitet i lakselusindusert villfiskdødelighet innen produksjonsområder i 2022. Oppdatert med nye modeller

Ekspertgruppen oppnevnt til å vurdere lakselusindusert villfiskdødelighet på utvandrende laksesmolt har fått i oppdrag å vurdere heterogeniteten i dødelighet mellom vassdrag, det vil si om det er stor forskjell i dødelighet av smolt fra forskjellige vassdrag innen samme produksjonsområde (PO). Dette er viktig ettersom heterogenitet kan føre til at noen bestander kan bli mer påvirket enn det gjennomsnittet for POet tilsier (Vollset mfl. 2022). Kort oppsummert vurderer vi først om smittepresset og dødelighetsestimater varierer innad i produksjonsområdet, og deretter om denne variasjonen fører til at grupper av spesielt sårbare og viktige bestander har høyere dødelighet enn den mest sannsynlige dødelighetskategorien for hele POet. Vi rapporterer også om det er enkeltbestander som påvirkes mer enn den mest sannsynlige dødelighetskategorien for det POet bestanden tilhører. Resultatene for 2022 viser at det i ett PO var grupper av sårbare og viktige bestander med sannsynlighetsovervekt for at lakselusindusert dødelighet var høyere enn den mest sannsynlige dødelighetskategorien for POet: • Bestander med dårlig eller svært dårlig tilstand etter delnormen “Gytebestandsmål og høstingspotensial” i kvalitetsnormen i PO10. I ytterligere fem POer tyder resultater fra én eller flere virtuelle postsmoltmodeller på at enkeltbestander hadde høyere lakselusindusert dødelighet enn den mest sannsynlige dødelighetskategorien for POet. Dette gjaldt også enkelte av bestandene innenfor de følgende kategoriene av sårbare og viktige bestander: • Nasjonale laksevassdrag, bestander med dårlig eller svært dårlig tilstand etter delnormen “Gytebestandsmål og høstingspotensial” i kvalitetsnormen, små og sårbare bestander og bestander under reetablering i PO6. • Små og sårbare bestander i PO7. • Bestander med dårlig eller svært dårlig tilstand etter delnormen “Gytebestandsmål og høstingspotensial” i kvalitetsnormen og små og sårbare bestander i PO9. • Nasjonale laksevassdrag i PO11. • Nasjonale laksevassdrag og små og sårbare bestander i PO12. I fem POer tilsa ikke resultatene at enkeltbestander hadde høyere dødelighet enn den mest sannsynlige dødelighetskategorien for POet. Dette gjaldt: • PO1, PO2, PO5, PO8 og PO13. I to POer var den mest sannsynlige dødelighetskategorien over 30 %, og heterogenitetsvurderinger ikke relevante. Dette gjaldt: • PO3 og PO4

Towards a “Sample-In, Answer-Out” Point-of-Care Platform for Nucleic Acid Extraction and Amplification: Using an HPV E6/E7 mRNA Model System

The paper presents the development of a “proof-of-principle” hands-free and self-contained diagnostic platform for detection of human papillomavirus (HPV) E6/E7 mRNA in clinical specimens. The automated platform performs chip-based sample preconcentration, nucleic acid extraction, amplification, and real-time fluorescent detection with minimal user interfacing. It consists of two modular prototypes, one for sample preparation and one for amplification and detection; however, a common interface is available to facilitate later integration into one single module. Nucleic acid extracts (n = 28) from cervical cytology specimens extracted on the sample preparation chip were tested using the PreTect HPV-Proofer and achieved an overall detection rate for HPV across all dilutions of 50%–85.7%. A subset of 6 clinical samples extracted on the sample preparation chip module was chosen for complete validation on the NASBA chip module. For 4 of the samples, a 100% amplification for HPV 16 or 33 was obtained at the 1 : 10 dilution for microfluidic channels that filled correctly. The modules of a “sample-in, answer-out” diagnostic platform have been demonstrated from clinical sample input through sample preparation, amplification and final detection

Vurdering av heterogenitet i lakselusindusert villfiskdødelighet innen produksjonsområder i 2020 og 2021

Denne rapporten belyser om utvandrende smolt av laks fra sårbare og viktige bestander har en avvikende høyere gjennomsnittlig lakselusindusert dødelighet enn gjennomsnittet for produksjonsområdet. Rapporten er utarbeidet av medlemmer av Ekspertgruppen for Trafikklyssystemet på oppdrag for styringsgruppen og Nærings- og fiskeridepartementet. Til sammenlikning vurderer hovedrapporten til ekspertgruppen hvert produksjonsområde som helhet (Vollset mfl. 2021). Å utføre slike heterogenitetsanalyser var blant anbefalingene til en ekspertgruppe som hadde til oppdrag å vurdere og gi råd om faglig vurdering av naturfaglige kriterier som kan brukes til å vekte laksebestander i Trafikklyssystemet (Thorstad mfl. 2021). Vurderingen gjøres for fire grupper av sårbare og viktige bestander: (1) bestander med dårlig eller svært dårlig tilstand etter delnormen “Gytebestandsmål og høstingspotensial” i Kvalitetsnormen for villaks, (2) bestander som er knyttet til nasjonale laksevassdrag, (3) bestander definert som små og/eller sårbare og (4) bestander under reetablering etter behandling mot sur nedbør eller parasitten Gyrodactylus salaris. Utvandrende smolt fra sårbare og viktige bestander er vurdert å ha en høyere kategori av lakselusindusert dødelighet enn produksjonsområdet som helhet i følgende tilfeller: - Bestander under reetablering i produksjonsområde 8 i 2020 og i produksjonsområde 11 i 2021 - Bestander i dårlig eller svært dårlig tilstand for gytebestandsmål og høstingspotensial i produksjonsområde 10 i 2020 og i produksjonsområder 9 og 10 i 2021 - Små og/eller sårbare bestander i produksjonsområder 8 og 10 i 2021 For hvert av disse syv tilfellene er usikkerheten i kategoriseringen stor. Gjennomsnittlig lakselusindusert dødelighet for hver av de andre gruppene av sårbare og viktige bestander er vurdert å være i samme kategori eller i en lavere kategori enn produksjonsområdet som helhet. Vi har også vurdert om usikkerheten til konklusjonene for sårbare og viktige bestander avviker fra usikkerheten til konklusjonen for produksjonsområdet som helhet. Dersom usikkerheten er mindre for sårbare og viktige bestander enn for produksjonsområdet som helhet, vil dette samlet sett kunne styrke tilliten til hovedkonklusjonen. Et slikt avvik i usikkerhet kan blant annet inntreffe hvis sårbare og viktige bestander er bedre dekket av observasjonsdata eller har lengre utvandringsruter enn flertallet av bestandene i produksjonsområdet. Usikkerheten for enkeltgrupper av sårbare og viktige bestander er vurdert til å være mindre enn for produksjonsområdet som helhet i åtte tilfeller. Dette gjelder blant annet for konklusjonen om høy lakselusindusert dødelighet i produksjonsområde 4 i 2021, der usikkerheten er liten til middels for tre grupper av sårbare og viktige bestander, mens usikkerheten er stor for produksjonsområdet som helhet. Usikkerheten for enkeltgrupper av sårbare og viktige bestander er vurdert til å være større enn for produksjonsområdet som helhet i 11 tilfeller. I flere produksjonsområder tydet dataene på betydelige geografiske forskjeller i lakselusindusert dødelighet samtidig som ingen av gruppene av sårbare og viktige bestander ble vurdert til å ha høyere gjennomsnittlig dødelighet enn produksjonsområdet som helhet. Årsaken er at de fleste gruppene av sårbare og viktige bestander er spredt over ulike deler av produksjonsområdet. Det kan være betydelig heterogenitet innen en gruppe av sårbare og viktige bestander samtidig som gjennomsnittet er på nivå med produksjonsområdet som helhet. Et eksempel er produksjonsområde 5 i 2020, der ingen av gruppene av sårbare og viktige bestander ble vurdert til å ha høyere lakselusindusert dødelighet enn produksjonsområdet som helhet (lav dødelighet med middels usikkerhet). Imidlertid vurderer vi det som sannsynlig at lakselusindusert dødelighet var i moderat kategori for smolt fra bestander i indre fjordstrøk på Sunnmøre, i den sørligste delen av produksjonsområdet. Dette inkluderer trolig også et nasjonalt laksevassdrag og flere bestander i dårlig eller svært dårlig tilstand for gytebestandsmål og høstingspotensial. Dette eksempelet tyder på en heterogenitet i produksjonsområdet som ikke blir plukket opp av heterogenitetsanalysen som de blir gjort i denne rapporten. Produksjonsområde 5 var ett av tre produksjonsområder der lakselusindusert dødelighet var vurdert til forskjellig kategori i 2020 og 2021. De andre var produksjonsområder 2 og 4. Det er spesielt interessant å få informasjon om det var sårbare og viktige bestander som skilte seg ut med høyere dødelighet i året med lavest dødelighet i toårsperioden (dvs. produksjonsområde 2 i 2021, produksjonsområde 4 i 2020 og produksjonsområde 5 i 2020). Eksempelet fra produksjonsområde 5 i 2020 viser at det trolig var geografiske områder med sårbare og viktige bestander som hadde høyere dødelighetskategori enn produksjonsområdet som helhet, selv om dette ikke ble fanget opp i hovedanalysene. Vi fant ikke et slikt mønster for produksjonsområde 2 i 2021 og produksjonsområde 4 i 2020. Til slutt brukes erfaringene fra analysene i denne rapporten til å skissere hvordan heterogeniteten i lakselusindusert dødelighet kan synliggjøres bedre i framtidig trafikklysarbeid

The ocean sampling day consortium

Ocean Sampling Day was initiated by the EU-funded Micro B3 (Marine Microbial Biodiversity, Bioinformatics, Biotechnology) project to obtain a snapshot of the marine microbial biodiversity and function of the world’s oceans. It is a simultaneous global mega-sequencing campaign aiming to generate the largest standardized microbial data set in a single day. This will be achievable only through the coordinated efforts of an Ocean Sampling Day Consortium, supportive partnerships and networks between sites. This commentary outlines the establishment, function and aims of the Consortium and describes our vision for a sustainable study of marine microbial communities and their embedded functional traits

Patients with Cholangiocarcinoma Present Specific RNA Profiles in Serum and Urine Extracellular Vesicles Mirroring the Tumor Expression: Novel Liquid Biopsy Biomarkers for Disease Diagnosis

Cholangiocarcinoma (CCA) comprises a group of heterogeneous biliary cancers with dismal prognosis. The etiologies of most CCAs are unknown, but primary sclerosing cholangitis (PSC) is a risk factor. Non-invasive diagnosis of CCA is challenging and accurate biomarkers are lacking. We aimed to characterize the transcriptomic profile of serum and urine extracellular vesicles (EVs) from patients with CCA, PSC, ulcerative colitis (UC), and healthy individuals. Serum and urine EVs were isolated by serial ultracentrifugations and characterized by nanoparticle tracking analysis, transmission electron microscopy, and immunoblotting. EVs transcriptome was determined by Illumina gene expression array [messenger RNAs (mRNA) and non-coding RNAs (ncRNAs)]. Differential RNA profiles were found in serum and urine EVs from patients with CCA compared to control groups (disease and healthy), showing high diagnostic capacity. The comparison of the mRNA profiles of serum or urine EVs from patients with CCA with the transcriptome of tumor tissues from two cohorts of patients, CCA cells in vitro, and CCA cellsderived EVs, identified 105 and 39 commonly-altered transcripts, respectively. Gene ontology analysis indicated that most commonly-altered mRNAs participate in carcinogenic steps. Overall, patients with CCA present specific RNA profiles in EVs mirroring the tumor, and constituting novel promising liquid biopsy biomarkers