Epichloid endophytes confer resistance to the smut Ustilago bullata in the wild grass Bromus auleticus (Trin.)

In this work it was studied for the first time whether asexual Epichloë (Neotyphodium) endophytes of Bromus auleticus, protect their host plants against the pathogenic fungus Ustilago bullata.Seeds of two different ecotypes of B. auleticus, one of them infected with the endophyte Neotyphodium pampeanum (NpE+) and the other infected with the endophyte Neotyphodium tembladerae (NtE+) and their respectively endophyte-free (NpE-/NtE-) counterparts were used. Seeds of each ecotype and endophytic status were superficially disinfected and were randomly assigned to different treatments named: S+ (smut fungus inoculated) and S- (mock-inoculated). It was evaluated the effect of U. bullata infection on plant characteristics in every stage of their life cycle: seedling emergence, vegetative growth, mortality and smut symptoms in the florets.In NtE+ infected plants, smut disease was almost completely suppressed, whereas in their endophyte-free counterparts (NpE-) the incidence of smut symptoms reached 64%. In NpE+ infected plants smut incidence was significantly lower (7%) than in endophyte-free plants (39%). Although U. bullata infection decreased the emergence rate of both endophyte-infected and endophyte-free plants, neutral or protective effects of the endophytes were observed in seedling development and survival. The survival during the first year of NtE+ plants was higher than in their NtE- counterparts.These results indicate a strong beneficial effect of vertically transmitted endophytes against this pathogen.Fil: Vignale, Maria Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Astiz Gassó, Marta Mónica. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales. Instituto Fitotécnico de "Santa Catalina"; ArgentinaFil: Novas, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Iannone, Leopoldo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; Argentin

Asociación entre endofitos Epichloë y especies de Trichoderma aisladas de la rizósfera de Bromus auleticus

Bromus auleticus es una gramínea nativa perenne, considerada una excelente forrajera invernal. Sus poblaciones se encuentran asociadas a hongos endofitos del género Epichloë, los cuales establecen asociaciones mutualistas con gramíneas C3 colonizando sistémica e intercelularmente los tejidos aéreos. Se transmiten verticalmente a través de las semillas por lo que esta asociación es previa a que la planta establezca interacciones con otros microorganismos. Evidencias indican que los endofitos Epichloë otorgan beneficios a sus hospedantes por medio de metabolitos que producen dentro de las plantas, los que podrían ser excretados a través de las raíces, afectando las comunidades microbianas del suelo.El objetivo fue evaluar la abundancia y diversidad de cepas de Trichoderma en la rizosfera de plantas de B. auleticus asociadas (E+) o no (E-) a E. tembladera. Se tomaron muestras de raíces de 8 plantas E+ y de 8 plantas E- cultivadas en el campo experimental del INTA Concepción del Uruguay. Para el aislamiento de Trichoderma, de cada planta se cortaron fragmentos de raíz de (1.5-2)cm que fueron lavados con agua durante 15´ y suavemente desinfectados superficialmente (hipoclorito de sodio 0,5% 2´, enjuague con agua estéril y secado con papel estéril). Se sembraron 15 fragmentos por planta en cajas de Petri (90mmØ) en medio agar-agua con cloranfenicol (100µg/ml), 3 placas por planta y fueron incubados a 24°C en oscuridad. Ante la detección de colonias asociadas a las raíces se realizaron repiques en agar-papa-glucosado con mismo antibiótico hasta obtener cultivos puros. La identificación se realizó analizando características morfofisiológicas macro y microscópicas según Druzhinina et al.(2005). Se obtuvieron 38 aislamientos con características afines a especies de Trichoderma, que fueron agrupados en 6 morfotipos: 1 de identificación incierta y 5 identificados como afín a T. harzianum, T. gamsii, T. saturnisporum, T. sp.nov. 1, T. sp.nov. 2 (Barrera V. 2012. Tesis Doctoral UBA). Se comparó la diversidad entre plantas E+ y E- utilizando los índices de Shannon (H) y Simpson inverso (1/D). Se encontró mayor diversidad y abundancia de cepas de Trichoderma en las plantas asociadas a Epichloë (H(E+)=1,54;H(E-)=1,40. 1/D(E+)=4,44;1/D(E-)=3,68), sugiriendo que podría modular la comunidad fúngica asociada. Cepas afines a T. harzianum fueron aisladas únicamente de plantas E+. Considerando que son potenciales biocontroladores, podría ser un beneficio otorgado por Epichloë.Fil: Lanari, Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Avanzato, María Valeria. University of Arkansas-Fayetteville; Estados UnidosFil: Iannone, Leopoldo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Novas, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaIV Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental y I Jornada de Microbiología GeneralMar del PlataArgentinaAsociación Argentina de Microbiologí

Asociación entre endofitos Epichloë y la micobiota del rizoplano de bromus auleticus

Bromus auleticus, es una gramínea nativa, considerada una excelente forrajera invernal, . Sus poblaciones establecense asocia asociaciones mutualísticamenteistas con hongos endofitos del género Epichloë. Estos, los cuales colonizan sistémica e intercelularmente los tejidos aéreos y. sSe transmiten verticalmente a través de las semillas, por lo quesiendo esta su asociación es previa a que la planta establezcaotras interacciones con otros microorganismos. Los metabolitos de del origen fúngicoendofito o de la interacción planta-endofito, producidos en el interior del hospedante, son excretados a través de las raíces hacia el rizoplano, afectando a las comunidades microbianas del suelo. El objetivo fue analizar la abundancia y diversidad de la micobiota del rizoplano de B. auleticus asociadas (E+) o no (E-) a Epichloë. Se muestrearon raíces de 8 plantas E+ y 8 E-, cultivadas en el campo experimental del INTA Concepción del Uruguay. Se cortaron fFragmentos de raíz fueron , se desinfectaronesterilizados superficialmente y e incubados se sembraron 15 fragmentos/3 placas por planta en cajas de Petri con medio AgarAgua y fueron incubados a 24°C/oscuridad. Las colonias asociadas a las raíces se repicaron en APG hasta obtener cultivos puros. La identificación se realizó mediante técnicas macro y micromorfológicas. Se obtuvieron 126 aislamientos, identificados como: Alternaria, Clonostachys, Cylindrocarpon, Fusarium, Gonytrichum, Penicillium, Rhizomucor, Trichoderma y Mycelia sterilia. La abundancia fue semejante entre las plantas E+ (61) y en las E- (65), fue semejante. Se comparó la diversidad utilizando los índices de Shannon y Simpson inverso. Si bien lLos géneros más abundantes fueron, Trichoderma y Fusarium, ambos fueron aislados a partir del rizoplano de plantas E+/- y, fue de las E+, y de las E+ de donde se aislaron todos laos hongos especies restantes. Los índices de diversidad muestran leves diferencias entre las E+ y E-. Los resultados obtenidos sugieren que no habría una asociación directa entre la infección con Epichloë y la abundancia de hongos del rizoplano, pero sí con una mayor diversidad. La asociación con Epichloë podría favorecer modular las iasociaciones con organismos benéficos e inhibir nteracciones del hospedante con organismos detrimentales.Fil: Lanari, Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Avanzato, María Valeria. Coker University; Estados UnidosFil: Iannone, Leopoldo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Novas, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaXII Reunión Nacional Científico Técnica de Biología del SueloArgentinaUniversidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomí

Epichloid endophytes confer resistance to the smut Ustilago bullata in the wild grass Bromus auleticus (Trin.)

In this work it was studied for the first time whether asexual Epichloe ( Neotyphodium ) endophytes of Bromus auleticus , protect their host plants against the pathogenic fungus Ustilago bullata. Seeds of two different ecotypes of B. auleticus , one of them infected with the endophyte Neotyphodium pampeanum (NpE+) and the other infected with the endophyte Neotyphodium tembladerae (NtE+) and their respectively endophyte-free (NpE−/NtE−) counterparts were used. Seeds of each ecotype and endophytic status were superficially disinfected and were randomly assigned to different treatments named: S+ (smut fungus inoculated) and S− (mock-inoculated). It was evaluated the effect of U. bullata infection on plant characteristics in every stage of their life cycle: seedling emergence, vegetative growth, mortality and smut symptoms in the florets. In NtE+ infected plants, smut disease was almost completely suppressed, whereas in their endophyte-free counterparts (NpE−) the incidence of smut symptoms reached 64%. In NpE+ infected plants smut incidence was significantly lower (7%) than in endophyte-free plants (39%). Although U. bullata infection decreased the emergence rate of both endophyte-infected and endophyte-free plants, neutral or protective effects of the endophytes were observed in seedling development and survival. The survival during the first year of NtE+ plants was higher than in their NtE− counterparts. These results indicate a strong beneficial effect of vertically transmitted endophytes against this pathogen.Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Loss of fungal symbionts at the arid limit of the distribution range in a native Patagonian grass—Resource eco-physiological relations

Crucial to our understanding of plant ecology is the consideration of the eco-physiological responses and constraints of plant–fungal symbioses throughout the native distribution range of their host. We examined key eco-physiological roles of two co-occurring fungal symbionts [Epichloë endophytes and arbuscular mycorrhizal fungi (AMF)] in the endemic grass Hordeum comosum across a wide bioclimatic gradient and contrasting grazing severity. We sampled H. comosum plants along four humid-to-arid transects in Patagonia, Argentina, covering its entire distribution range and determined Epichloë presence, AMF root colonization, nitrogen and phosphorus concentration, intrinsic water-use efficiency (iWUE, the ratio of photosynthesis to stomatal conductance) and 18O-enrichment of cellulose in shoots. Root colonization by AMF increased with Epichloë presence. All plants hosted Epichloë in the humid range of the gradient, but symbioses occurrence decreased towards arid sites which also displayed severe grazing symptoms at site level. Symbiosis with Epichloë correlated positively with shoot nitrogen concentration in the centre of the distribution range, and with shoot phosphorus concentration across the entire distribution range. The site-level relationship of AMF colonization with 18O-enrichment and iWUE suggested that mycorrhiza boosted stomatal conductance in humid environments but curbed it in arid environments. While the interpretation of interactions and potential causalities from observational studies should be done with caution, this study demonstrates distinct correlations between plant–fungal symbiont associations and key resource parameters (phosphorus, nitrogen and iWUE vs. 18O-enrichment). Such correlations may suggest particular functional roles for these symbionts in the ecology of their host plant. A free Plain Language Summary can be found within the Supporting Information of this article.Fil: Casas, Cecilia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Fisiológicas y Ecológicas Vinculadas a la Agricultura. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Instituto de Investigaciones Fisiológicas y Ecológicas Vinculadas a la Agricultura; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Departamento de Recursos Naturales y Ambiente; Argentina. Universitat Technical Zu Munich; AlemaniaFil: Gundel, Pedro Emilio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Fisiológicas y Ecológicas Vinculadas a la Agricultura. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Instituto de Investigaciones Fisiológicas y Ecológicas Vinculadas a la Agricultura; Argentina. Universidad de Talca; ChileFil: Deliens, Eluney. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Departamento de Recursos Naturales y Ambiente; ArgentinaFil: Iannone, Leopoldo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: García Martinez, Guillermo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Patagonia Sur. Estación Experimental Agropecuaria Esquel; ArgentinaFil: Vignale, Maria Victoria. Universidad Nacional de Misiones; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; Argentina. Gobierno de la Provincia de Misiones. Instituto Misionero de Biodiversidad (imibio); ArgentinaFil: Schnyder, Hans. Universitat Technical Zu Munich; Alemani

Diversity of Epichloë in native grasses from Uruguay

Studies on endophyte diversity have allowed to describe at least 43 taxa that belong to the genus Epichloë,including distinct species, subspecies, and varieties[1]. Screenings for grasses associated with Epichloë arecontinuously being done worldwide due to the agronomically important beneficial effects they provide to theirhosts. In spite of this, Epichloë presence and diversity in South America has been poorly studied, with most worksfocused in Argentina, although preliminary studies revealed the presence of Epichloë in grasses from Uruguay. Ourobjective was to assess the diversity of Epichloë associated with native grasses from Uruguay, South America.We sampled native grasses from Uruguay and inspected under microscope for typical Epichloë mycelia theparenchymal tissue from within the culm pith or sheaths stained with aniline blue[2]. Fragments of leaves and culmsof endophyte-infected plants were surface-sterilized and plated in Potatoe Dextrose Agar to isolate Epichloë.Subsequently, we obtained single spore cultures for morphological and molecular characterization by phylogeniesof calM gene and detection by PCR multiplex of alkaloid genes[3, 4].Specimens of Bromus auleticus, Bromus brachyanthera, Calamagrostis alba, Festuca fimbriata, Poalanigera and Polypogon elongatus were detected associated with Epichloë. Morphological differences in colony andmicroscopic characteristics were observed among isolates from different host species, but also among isolates fromthe same host species (B. auleticus and P. lanigera). Phylogenetic analyzes based on calmodulin gene (calM)sequences allowed us to infer at least 5 interspecific hybrid lineages. The E. typhina x E. festucae hybrid, Epichloëtembladerae, was detected in all of the studied hosts except in F. fimbriata. Some isolates from B. auleticus and F.fimbriata were also hybrids between E. typhina and E. festucae but clustered in different clades with endophytes ofthese hosts from Argentina, different from any previously described species. A hybrid isolate (E. baconii x E.typhina) was detected in B. auleticus. One isolate from Bromus auleticus presented three copies of calM indicatinga triple hybrid origin (E. festucae x E. typhina x E. elymi) and grouped in a clade that also included isolates fromArgentina. Alkaloid gene profiling indicated that all of the endophytes have perA gene. The endophytes from F.fimbriata and the triple hybrid were dmaW positive. LolC gene was only detected in some endophytes from B.auleticus. Indole di-terpene gene profiling allowed us to detect variability among isolates considered as E.tembladerae, and only some endophytes of B. auleticus were negative for the screened idt genes.These results suggest a great diversity of endophytes in Uruguay and, although most of the endophyteshave been also detected in Argentina, some lineages seem to be endemic to Uruguay. Taking into account thediversity of grasses in this country and that we only studied a small amount of isolates of each host, it is likely thatmore hosts and endophytes will be discovered in Uruguay.Fil: Mc Cargo, Patricia Débora. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; ArgentinaFil: Olivero, Laura Maria. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Ecología, Genética y Evolución; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Corallo, Ana B.. Universidad de la Republica. Facultad de Ingeniería; UruguayFil: Lupo, Sandra. Universidad de la Republica. Facultad de Ingeniería; UruguayFil: Novas, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Iannone, Leopoldo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; Argentina10th International Symposium on Fungal Endophytes of GrassesSalamancaEspañaInstitute of Natural Resources and Agrobiology of Salamanc

Calidad microbiológica y micobiota de muestras de harina de algarrobo de La Rioja

La importancia del algarrobo (género {Prosopis}) dentro de las culturas originarias ha sido muy significativa en el pasado y aún hoy sigue vigente, a pesar de la deforestación y los cambios culturales.Es valorado por sus múltiples aplicaciones que incluyen, entre otras, la alimentación humana (harina, miel, bebidas, patay). El proceso tradicional de secado del fruto al sol para la obtención de la harina es simple, pero trae consigo condiciones antihigiénicas que provocan elevadas cargas microbianas, especialmente de bacterias mesófilas, bacterias esporuladas, mohos y levaduras. Hasta el momento no existen referencias de la calidad microbiológica y micológica de la harina de algarroba producida en nuestro país, por lo cual el objetivo del presente trabajo fue estudiar el nivel de contaminación microbiana y la presencia de microorganismos patógenos en muestras de harina de algarroba{Prosopis flexuosa} de la Provincia de La Rioja, así como también conocer la micobiota asociada, con especial referencia a las cepas fúngicaspotencialmente productoras de micotoxinas.Se estudió la calidad microbiológica de 18 muestras de harina de algarroba provenientes de distintos productores de los departamentos de Arauco y Castro Barros de Provincia de La Rioja. Se realizaron recuentos de aerobios mesófilos en Agar para Recuento en Placa, coliformes totales en Agar Bilis Rojo Violeta Lactosa, mohos y levaduras en Agar Diclorán Glicerol 18% y {Bacilluscereus} en Agar Manitol Yema de huevo Polimixina (MYP). Se reaislaron todas las cepasde mohos para su posterior identificación. La determinación de {Salmonella}spp. en 25 g de muestra fue realizada siguiendo la metodología de la ANMAT.Se obtuvieron recuentos de aerobios mesófilos en el rango de <10^2 est. a 2,1.10^5 UFC/g, coliformes totales de <10^2 est. a 4,7.10^4 UFC/g, mohos y levaduras de 2,1.10^2 a 8,1.10^4 UFC/g y {B. cereus} <10^2 est.Se observó ausencia de {Salmonella}spp. en 25 g en todas las muestras. De los hongos filamentosos, el género predominante fue {Aspergillus},presente en todas las muestras analizadas.Otros aislamientospertenecientes a los géneros {Penicillium}, {Cladosporium}, {Aureobasidium}, {Phoma}, {Subplenodomus}, {Nigrospora} y {Taeniolella} fueron encontrados en menor proporción.Se identificaron especies de {Aspergillus} de las secciones Nigri y Flavi, potenciales productores de ocratoxina A y aflatoxinas.Se destaca la ausencia en todas las muestras de los microorganismos patógenos analizados. La presencia de hongos capaces de producir micotoxinas en este producto debe ser considerado un riesgo potencial para la salud pública.Fil: Mom, María Pía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Romero, Stella Maris. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Larumbe, Ada Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Romero, Andrea Irene. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Iannone, Leopoldo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaFil: Vaamonde, Graciela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botánica; ArgentinaVI Simposio Latinoamericano de Inocuidad Alimentaria y III Simposio Argentino de Inocuidad AlimentariaBuenos AiresArgentinaAsociacion Argentina de Microbiologi

The PAMPA datasets: a metagenomic surveyof microbial communities in Argentinean pampean soils

Background Soil is among the most diverse and complex environments in the world. Soil microorganisms play an essential role in biogeochemical cycles and affect plant growth and crop production. However, our knowledge of the relationship between species-assemblies and soil ecosystem processes is still very limited. The aim of this study was to generate a comprehensive metagenomic survey to evaluate the effect of high-input agricultural practices on soil microbial communities. Results We collected soil samples from three different areas in the Argentinean Pampean region under three different types of land uses and two soil sources (bulk and rhizospheric). We extracted total DNA from all samples and also synthetized cDNA from rhizospheric samples. Using 454-FLX technology, we generated 112 16S ribosomal DNA and 14 16S ribosomal RNA amplicon libraries totaling 1.3 M reads and 36 shotgun metagenome libraries totaling 17.8 million reads (7.7 GB). Our preliminary results suggested that water availability could be the primary driver that defined microbial assemblages over land use and soil source. However, when water was not a limiting resource (annual precipitation >800 mm) land use was a primary driver. Conclusion This was the first metagenomic study of soil conducted in Argentina and our datasets are among the few large soil datasets publicly available. The detailed analysis of these data will provide a step forward in our understanding of how soil microbiomes respond to high-input agricultural systeFil: Rascovan, Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Carbonetto, María Belén. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Revale, Santiago. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Reinert, Marina Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; ArgentinaFil: Alvarez, Roberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomia; ArgentinaFil: Godeas, Alicia Margarita. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; ArgentinaFil: Colombo, Roxana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Biodiversidad y Biología Experimental; ArgentinaFil: Aguilar, Mario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet -La Plata. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Biotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Novas, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botanica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botanica; ArgentinaFil: Iannone, Leopoldo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Micología y Botanica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Micología y Botanica; ArgentinaFil: Zelada, Alicia Mercedes. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; ArgentinaFil: Pardo, Alejandro Guillermo. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Micología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Schrauf, Gustavo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomia; ArgentinaFil: Mentaberry, Alejandro Nestor. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Vazquez, Martin Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Agrobiotecnología de Rosario; Argentin

Mortality and pulmonary complications in patients undergoing surgery with perioperative SARS-CoV-2 infection: an international cohort study

Background: The impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) on postoperative recovery needs to be understood to inform clinical decision making during and after the COVID-19 pandemic. This study reports 30-day mortality and pulmonary complication rates in patients with perioperative SARS-CoV-2 infection. Methods: This international, multicentre, cohort study at 235 hospitals in 24 countries included all patients undergoing surgery who had SARS-CoV-2 infection confirmed within 7 days before or 30 days after surgery. The primary outcome measure was 30-day postoperative mortality and was assessed in all enrolled patients. The main secondary outcome measure was pulmonary complications, defined as pneumonia, acute respiratory distress syndrome, or unexpected postoperative ventilation. Findings: This analysis includes 1128 patients who had surgery between Jan 1 and March 31, 2020, of whom 835 (74·0%) had emergency surgery and 280 (24·8%) had elective surgery. SARS-CoV-2 infection was confirmed preoperatively in 294 (26·1%) patients. 30-day mortality was 23·8% (268 of 1128). Pulmonary complications occurred in 577 (51·2%) of 1128 patients; 30-day mortality in these patients was 38·0% (219 of 577), accounting for 81·7% (219 of 268) of all deaths. In adjusted analyses, 30-day mortality was associated with male sex (odds ratio 1·75 [95% CI 1·28–2·40], p\textless0·0001), age 70 years or older versus younger than 70 years (2·30 [1·65–3·22], p\textless0·0001), American Society of Anesthesiologists grades 3–5 versus grades 1–2 (2·35 [1·57–3·53], p\textless0·0001), malignant versus benign or obstetric diagnosis (1·55 [1·01–2·39], p=0·046), emergency versus elective surgery (1·67 [1·06–2·63], p=0·026), and major versus minor surgery (1·52 [1·01–2·31], p=0·047). Interpretation: Postoperative pulmonary complications occur in half of patients with perioperative SARS-CoV-2 infection and are associated with high mortality. Thresholds for surgery during the COVID-19 pandemic should be higher than during normal practice, particularly in men aged 70 years and older. Consideration should be given for postponing non-urgent procedures and promoting non-operative treatment to delay or avoid the need for surgery. Funding: National Institute for Health Research (NIHR), Association of Coloproctology of Great Britain and Ireland, Bowel and Cancer Research, Bowel Disease Research Foundation, Association of Upper Gastrointestinal Surgeons, British Association of Surgical Oncology, British Gynaecological Cancer Society, European Society of Coloproctology, NIHR Academy, Sarcoma UK, Vascular Society for Great Britain and Ireland, and Yorkshire Cancer Research

Reducing the environmental impact of surgery on a global scale: systematic review and co-prioritization with healthcare workers in 132 countries

Abstract Background Healthcare cannot achieve net-zero carbon without addressing operating theatres. The aim of this study was to prioritize feasible interventions to reduce the environmental impact of operating theatres. Methods This study adopted a four-phase Delphi consensus co-prioritization methodology. In phase 1, a systematic review of published interventions and global consultation of perioperative healthcare professionals were used to longlist interventions. In phase 2, iterative thematic analysis consolidated comparable interventions into a shortlist. In phase 3, the shortlist was co-prioritized based on patient and clinician views on acceptability, feasibility, and safety. In phase 4, ranked lists of interventions were presented by their relevance to high-income countries and low–middle-income countries. Results In phase 1, 43 interventions were identified, which had low uptake in practice according to 3042 professionals globally. In phase 2, a shortlist of 15 intervention domains was generated. In phase 3, interventions were deemed acceptable for more than 90 per cent of patients except for reducing general anaesthesia (84 per cent) and re-sterilization of ‘single-use’ consumables (86 per cent). In phase 4, the top three shortlisted interventions for high-income countries were: introducing recycling; reducing use of anaesthetic gases; and appropriate clinical waste processing. In phase 4, the top three shortlisted interventions for low–middle-income countries were: introducing reusable surgical devices; reducing use of consumables; and reducing the use of general anaesthesia. Conclusion This is a step toward environmentally sustainable operating environments with actionable interventions applicable to both high– and low–middle–income countries