Kin-Driver: a Database of Driver Mutations in Protein Kinases

Somatic mutations in protein kinases (PKs) are frequent driver events in many human tumors, while germ-line mutations are associated with hereditary diseases. Here we present Kin-driver, the first database that compiles driver mutations in PKs with experimental evidence demonstrating their functional role. Kin-driver is a manual expert-curated database that pays special attention to activating mutations (AMs) and can serve as a validation set to develop new generation tools focused on the prediction of gain-of-function driver mutations. It also offers an easy and intuitive environment to facilitate the visualization and analysis of mutations in PKs. Because all mutations are mapped onto a multiple sequence alignment, analogue positions between kinases can be identified and tentative new mutations can be proposed for studying by transferring annotation. Finally, our database can also be of use to clinical and translational laboratories, helping them to identify uncommon AMs that can correlate with response to new antitumor drugs. The website was developed using PHP and JavaScript, which are supported by all major browsers; the database was built using MySQL server. Kin-driver is available at: http://kin-driver.leloir.org.ar/Fil: Simonetti, Franco Lucio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquimicas de Buenos Aires; Argentina. Fundación Instituto Leloir; ArgentinaFil: Tornador, Cristian. Universitat Pompeu Fabra; EspañaFil: Nabau Moretó, Nuria. Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia; EspañaFil: Molina Vila, Miguel A.. Hospital Universitari Dexeus; EspañaFil: Marino Buslje, Cristina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquimicas de Buenos Aires; Argentina. Fundación Instituto Leloir; Argentin

OpenJade development : implementación y formateo del modelo de páginas

Este proyecto trata de añadir nuevas funcionalidades a la herramienta OpenJade, la cual es el único procesador de hojas de estilo DSSSL para documentos SGML, en la comunidad de OpenSource. En concreto se intenta insertar los modelos de páginas para una secuencia de páginas complejas, y a partir de aquí crear un backend en Latex/TeX. Esto supondría un gran salto en la creación de documentos SGML ya que permitiría crear diferentes regiones en una misma página. Se explica todo el procedimiento de implementación, conceptos básicos a tener en cuenta y se muestra cómo se consigue formar el árbol de objetos para poder crear el backend TeX. Finalmente, aunque se consigue construir el backend, donde se muestra que la construcción de la nueva funcionalidad es correcta, no es posible formar una backend en LaTeX sin limitaciones importantes, debido a que LaTeX no está preparado para este tipo de procesamiento automático. Sin embargo se crean diferentes salidas que se fueron formando hasta llegar a la conclusión que se debía implementar una nueva macros en TeX para LaTeX que soportara el modelo de página

Evolutionary Dynamics of the Ty3/Gypsy LTR Retrotransposons in the Genome of Anopheles gambiae

Ty3/gypsy elements represent one of the most abundant and diverse LTR-retrotransposon (LTRr) groups in the Anopheles gambiae genome, but their evolutionary dynamics have not been explored in detail. Here, we conduct an in silico analysis of the distribution and abundance of the full complement of 1045 copies in the updated AgamP3 assembly. Chromosomal distribution of Ty3/gypsy elements is inversely related to arm length, with densities being greatest on the X, and greater on the short versus long arms of both autosomes. Taking into account the different heterochromatic and euchromatic compartments of the genome, our data suggest that the relative abundance of Ty3/gypsy LTRrs along each chromosome arm is determined mainly by the different proportions of heterochromatin, particularly pericentric heterochromatin, relative to total arm length. Additionally, the breakpoint regions of chromosomal inversion 2La appears to be a haven for LTRrs. These elements are underrepresented more than 7-fold in euchromatin, where 33% of the Ty3/gypsy copies are associated with genes. The euchromatin on chromosome 3R shows a faster turnover rate of Ty3/gypsy elements, characterized by a deficit of proviral sequences and the lowest average sequence divergence of any autosomal region analyzed in this study. This probably reflects a principal role of purifying selection against insertion for the preservation of longer conserved syntenyc blocks with adaptive importance located in 3R. Although some Ty3/gypsy LTRrs show evidence of recent activity, an important fraction are inactive remnants of relatively ancient insertions apparently subject to genetic drift. Consistent with these computational predictions, an analysis of the occupancy rate of putatively older insertions in natural populations suggested that the degenerate copies have been fixed across the species range in this mosquito, and also are shared with the sibling species Anopheles arabiensis

Genomic Insights Into The Ixodes scapularis Tick Vector Of Lyme Disease

Ticks transmit more pathogens to humans and animals than any other arthropod. We describe the 2.1 Gbp nuclear genome of the tick, Ixodes scapularis (Say), which vectors pathogens that cause Lyme disease, human granulocytic anaplasmosis, babesiosis and other diseases. The large genome reflects accumulation of repetitive DNA, new lineages of retrotransposons, and gene architecture patterns resembling ancient metazoans rather than pancrustaceans. Annotation of scaffolds representing B57% of the genome, reveals 20,486 protein-coding genes and expansions of gene families associated with tick–host interactions. We report insights from genome analyses into parasitic processes unique to ticks, including host ‘questing’, prolonged feeding, cuticle synthesis, blood meal concentration, novel methods of haemoglobin digestion, haem detoxification, vitellogenesis and prolonged off-host survival. We identify proteins associated with the agent of human granulocytic anaplasmosis, an emerging disease, and the encephalitis-causing Langat virus, and a population structure correlated to life-history traits and transmission of the Lyme disease agent

Genomic Insights Into The Ixodes scapularis Tick Vector Of Lyme Disease

Ticks transmit more pathogens to humans and animals than any other arthropod. We describe the 2.1 Gbp nuclear genome of the tick, Ixodes scapularis (Say), which vectors pathogens that cause Lyme disease, human granulocytic anaplasmosis, babesiosis and other diseases. The large genome reflects accumulation of repetitive DNA, new lineages of retrotransposons, and gene architecture patterns resembling ancient metazoans rather than pancrustaceans. Annotation of scaffolds representing B57% of the genome, reveals 20,486 protein-coding genes and expansions of gene families associated with tick–host interactions. We report insights from genome analyses into parasitic processes unique to ticks, including host ‘questing’, prolonged feeding, cuticle synthesis, blood meal concentration, novel methods of haemoglobin digestion, haem detoxification, vitellogenesis and prolonged off-host survival. We identify proteins associated with the agent of human granulocytic anaplasmosis, an emerging disease, and the encephalitis-causing Langat virus, and a population structure correlated to life-history traits and transmission of the Lyme disease agent

Prognosis and risk models of depression are built from analytical components of the rs-fMRI activity in patients

Depression is the most common type of emotional disorder among the world's population. It is characterized by negative sentiments, the feeling of guilt, low self-esteem, a loss of interest, a high-level process of reflection, and in general by a decrease of the individual's psychic functions. The new non-invasive neuroimaging techniques have increased the ability of studying possible variations in patients' brain activity. In concrete, functional magnetic resonance imaging (fMRI) has become the most important method to study human brain functions in the past two decades, being non-invasive and with no risk for human health. Biswal and others in 1995, and later Lowe and his colleagues in 1998, showed the existence of continous spontaneous activity in the brain's activity at rest. These fluctuations have also been verified in other species like macaques (Vicent JL et l, 2007). Studying the brain's activity at rest (rs-fMRI) by means of neuroimaging techniques has become a powerful tool for the investigation of diseases, since it has demonstrated a better signal to noise ratio concerning task-based approaches on one hand, and since certain patients could have difficulties to perform cognitive, language or motor tasks on the other hand. However, it seems that because of certain inconsistencies found among studies, rs-fMRI techniques would not reach a practical clinical use of a personalised monitoring, prognosis or pre-diagnosis in individuals with depression. In this respect, even if Grecius MD exposed in 2008 the benefits of rs-fMRI techniques, he also commented that the signal to noise ratio remains to be improved to be used in a clinical routine. Grecius suggested to lenghthen the time of the temporal series at rest, and to improve analysis procedures. The aim of this thesis is to elucidate if the existence of certain factors or components in the functional signal at rest could be used at the clinical health level. In order to achieve this, we use rs-fMRI data on two sets of samples. In the first set of samples, composed by 27 patients with major depression (MDD) and 27 individuals as controls, we design descriptors that describe both static and dynamic aspects of the resting-state signal for the construction of prediction models. Conversely, with the second type of samples (48 twins), we analyse the relation between possible genetic and environmental factors which could explain certain depressive components in the activity in resting condition. On the one hand, the results show that depression could simultaneously affect different brain networks located in the prefrontal-limbic area, in the DMN, and between the frontoparietal lobes. Besides, it seems that the alterations in these networks could be explained by both static and dynamic aspects existing in the rest signal. Finally, we achieve the creation of models that would partially explain certain clinical phenomenons present in depressive patients by means of global descriptors in these networks. These network descriptors could be used for personalised monitoring in patients with major depression. On the other hand, using the twin sample, we achieve the construction of a risk model from the amygdalar activity which evaluates the risk or predisposition of an individual from analytical components in the activity at rest. The cerebellum of this sample was also analysed, and the environment was found to be possibly modifying the activity in these regionsLa depresión es el tipo de trastorno emocional más común en la población mundial. Se caracteriza por sentimientos de culpa o negativos, baja autoestima, pérdida de interés, alto nivel de reflexión y en general una disminución de las funciones psíquicas del individuo. Las nuevas técnicas de neuroimagen no invasivas han incrementado la habilidad para estudiar posibles variaciones de la actividad cerebral en pacientes. En concreto, las imágenes por resonancia funcional magnética (fRMI) se han convertido en las dos últimas décadas el método más importante, no-invasivo sin riesgo para la salud humana, para el estudio de las funciones cerebrales humanas. Biswal y otros en 1995, y posteriormente Lowe y compañía en 1998, demostraron la existencia de actividad espontanea continua en la actividad cerebral en estado de reposo. Estas fluctuaciones también han sido confirmadas en otras especies como en macacos (Vincent JL y compañía, 2007). El estudio mediante técnicas de neuroimagen sobre la actividad cerebral en reposo (rs-fMRI) se ha convertido en una potente herramienta para el estudio de enfermedades, puesto que, por un lado, se ha demostrado tener una mejor relación señal-ruido respecto a enfoques basados en tareas, y por otro lado, ciertos pacientes podrían tener dificultades para realizar algún tipo de tareas cognitivas, de lenguaje o motoras. Sin embargo, parece ser que debido a ciertas inconsistencias encontradas entre estudios, las técnicas de rs-fMRI no estarían llegando a un uso clínico-práctico para el seguimiento, pronóstico o pre-diagnostico personalizado en individuos con depresión. En línea a esto, aunque Grecius MD en 2008 expuso los beneficios de la técnica rs-fMRI también comentó que para poder ser utilizada en la rutina clínica aún se debería mejorar la relación señal-ruido. Propuso alargar los tiempos de las series temporales en estado de reposo y mejorar los procedimientos de análisis. En esta tesis se trabaja para dilucidar si existen ciertos factores o componentes en la señal funcional en estado de reposo que pudieran ser utilizados para su uso en la salud clínica. Por ello, utilizamos datos de rs-fMRI sobre dos conjunto de muestras. En el primer conjunto, 27 pacientes con depresión mayor (MDD) y 27 individuos como control, diseñamos descriptores que describan aspectos estáticos y dinámicos de la señal de reposo para la construcción de modelos de prónostico. En cambio, con el segundo tipo de muestras, 48 gemelos, analizamos la relación de posibles factores genéticos y de entorno que pudieran explicar ciertos componentes depresivos en la actividad en estado de reposo. Por un lado, los resultados muestran que la depresión pudiera estar afectando diferentes redes cerebrales al mismo tiempo localizadas en la parte prefrontal-limbica, en la red DMN, y entre los lóbulos frontoparietales. Además, parece ser que las alteraciones sobre estas redes pudieran ser explicadas tanto por aspectos estáticos y dinámicos existentes en la señal de reposo. Finalmente, conseguimos crear modelos que explicarían parcialmente ciertos fenómenos clínicos presentes en los pacientes depresivos, mediante descriptores globales de estas redes. Estos descriptores de red pudieran ser utilizados para el seguimiento personalizado en pacientes con depresión mayor. Por otro, utilizando la muestra de gemelos, conseguimos construir un modelo de riesgo a partir de la actividad amigdalar que evalúa el riesgo o propensión de un individuo a partir de componentes analíticas en la actividad de reposo. También sobre esta muestra, se analizó el cerebelo encontrando que el entorno pudiera estar modificando la actividad en estas regione

OpenJade development: implementación y formateo del modelo de páginas

Este proyecto trata de añadir nuevas funcionalidades a la herramienta OpenJade, la cual es el único procesador de hojas de estilo DSSSL para documentos SGML, en la comunidad de OpenSource. En concreto se intenta insertar los modelos de páginas para una secuencia de páginas complejas, y a partir de aquí crear un backend en Latex/TeX. Esto supondría un gran salto en la creación de documentos SGML ya que permitiría crear diferentes regiones en una misma página. Se explica todo el procedimiento de implementación, conceptos básicos a tener en cuenta y se muestra cómo se consigue formar el árbol de objetos para poder crear el backend TeX. Finalmente, aunque se consigue construir el backend, donde se muestra que la construcción de la nueva funcionalidad es correcta, no es posible formar una backend en LaTeX sin limitaciones importantes, debido a que LaTeX no está preparado para este tipo de procesamiento automático. Sin embargo se crean diferentes salidas que se fueron formando hasta llegar a la conclusión que se debía implementar una nueva macros en TeX para LaTeX que soportara el modelo de página

Prognosis and risk models of depression are built from analytical components of the rs-fMRI activity in patients

Depression is the most common type of emotional disorder among the world's population. It is characterized by negative sentiments, the feeling of guilt, low self-esteem, a loss of interest, a high-level process of reflection, and in general by a decrease of the individual's psychic functions. The new non-invasive neuroimaging techniques have increased the ability of studying possible variations in patients' brain activity. In concrete, functional magnetic resonance imaging (fMRI) has become the most important method to study human brain functions in the past two decades, being non-invasive and with no risk for human health. Biswal and others in 1995, and later Lowe and his colleagues in 1998, showed the existence of continous spontaneous activity in the brain's activity at rest. These fluctuations have also been verified in other species like macaques (Vicent JL et l, 2007). Studying the brain's activity at rest (rs-fMRI) by means of neuroimaging techniques has become a powerful tool for the investigation of diseases, since it has demonstrated a better signal to noise ratio concerning task-based approaches on one hand, and since certain patients could have difficulties to perform cognitive, language or motor tasks on the other hand. However, it seems that because of certain inconsistencies found among studies, rs-fMRI techniques would not reach a practical clinical use of a personalised monitoring, prognosis or pre-diagnosis in individuals with depression. In this respect, even if Grecius MD exposed in 2008 the benefits of rs-fMRI techniques, he also commented that the signal to noise ratio remains to be improved to be used in a clinical routine. Grecius suggested to lenghthen the time of the temporal series at rest, and to improve analysis procedures. The aim of this thesis is to elucidate if the existence of certain factors or components in the functional signal at rest could be used at the clinical health level. In order to achieve this, we use rs-fMRI data on two sets of samples. In the first set of samples, composed by 27 patients with major depression (MDD) and 27 individuals as controls, we design descriptors that describe both static and dynamic aspects of the resting-state signal for the construction of prediction models. Conversely, with the second type of samples (48 twins), we analyse the relation between possible genetic and environmental factors which could explain certain depressive components in the activity in resting condition. On the one hand, the results show that depression could simultaneously affect different brain networks located in the prefrontal-limbic area, in the DMN, and between the frontoparietal lobes. Besides, it seems that the alterations in these networks could be explained by both static and dynamic aspects existing in the rest signal. Finally, we achieve the creation of models that would partially explain certain clinical phenomenons present in depressive patients by means of global descriptors in these networks. These network descriptors could be used for personalised monitoring in patients with major depression. On the other hand, using the twin sample, we achieve the construction of a risk model from the amygdalar activity which evaluates the risk or predisposition of an individual from analytical components in the activity at rest. The cerebellum of this sample was also analysed, and the environment was found to be possibly modifying the activity in these regionsLa depresión es el tipo de trastorno emocional más común en la población mundial. Se caracteriza por sentimientos de culpa o negativos, baja autoestima, pérdida de interés, alto nivel de reflexión y en general una disminución de las funciones psíquicas del individuo. Las nuevas técnicas de neuroimagen no invasivas han incrementado la habilidad para estudiar posibles variaciones de la actividad cerebral en pacientes. En concreto, las imágenes por resonancia funcional magnética (fRMI) se han convertido en las dos últimas décadas el método más importante, no-invasivo sin riesgo para la salud humana, para el estudio de las funciones cerebrales humanas. Biswal y otros en 1995, y posteriormente Lowe y compañía en 1998, demostraron la existencia de actividad espontanea continua en la actividad cerebral en estado de reposo. Estas fluctuaciones también han sido confirmadas en otras especies como en macacos (Vincent JL y compañía, 2007). El estudio mediante técnicas de neuroimagen sobre la actividad cerebral en reposo (rs-fMRI) se ha convertido en una potente herramienta para el estudio de enfermedades, puesto que, por un lado, se ha demostrado tener una mejor relación señal-ruido respecto a enfoques basados en tareas, y por otro lado, ciertos pacientes podrían tener dificultades para realizar algún tipo de tareas cognitivas, de lenguaje o motoras. Sin embargo, parece ser que debido a ciertas inconsistencias encontradas entre estudios, las técnicas de rs-fMRI no estarían llegando a un uso clínico-práctico para el seguimiento, pronóstico o pre-diagnostico personalizado en individuos con depresión. En línea a esto, aunque Grecius MD en 2008 expuso los beneficios de la técnica rs-fMRI también comentó que para poder ser utilizada en la rutina clínica aún se debería mejorar la relación señal-ruido. Propuso alargar los tiempos de las series temporales en estado de reposo y mejorar los procedimientos de análisis. En esta tesis se trabaja para dilucidar si existen ciertos factores o componentes en la señal funcional en estado de reposo que pudieran ser utilizados para su uso en la salud clínica. Por ello, utilizamos datos de rs-fMRI sobre dos conjunto de muestras. En el primer conjunto, 27 pacientes con depresión mayor (MDD) y 27 individuos como control, diseñamos descriptores que describan aspectos estáticos y dinámicos de la señal de reposo para la construcción de modelos de prónostico. En cambio, con el segundo tipo de muestras, 48 gemelos, analizamos la relación de posibles factores genéticos y de entorno que pudieran explicar ciertos componentes depresivos en la actividad en estado de reposo. Por un lado, los resultados muestran que la depresión pudiera estar afectando diferentes redes cerebrales al mismo tiempo localizadas en la parte prefrontal-limbica, en la red DMN, y entre los lóbulos frontoparietales. Además, parece ser que las alteraciones sobre estas redes pudieran ser explicadas tanto por aspectos estáticos y dinámicos existentes en la señal de reposo. Finalmente, conseguimos crear modelos que explicarían parcialmente ciertos fenómenos clínicos presentes en los pacientes depresivos, mediante descriptores globales de estas redes. Estos descriptores de red pudieran ser utilizados para el seguimiento personalizado en pacientes con depresión mayor. Por otro, utilizando la muestra de gemelos, conseguimos construir un modelo de riesgo a partir de la actividad amigdalar que evalúa el riesgo o propensión de un individuo a partir de componentes analíticas en la actividad de reposo. También sobre esta muestra, se analizó el cerebelo encontrando que el entorno pudiera estar modificando la actividad en estas regione

Further development of OpenJade

This paper explains plans for the immediate development of the OpenSP/OpenJade tool-set, its objectives and philosophical approach, and the partial results already obtained. Four works in progress are explained: extension of the style language towards complete coverage of page and column models, and plans to include bidirectional communication between formatter and style engine; full coverage of the grove model for the SGML propset; completion of the query feature together with the full implementation of the transformation language; and integration of OpenJade into the Apache project. Finally, one application of OpenJade being developed is presented, and future work is pointed out. Rendered by www.RenderX.co