Investigation of the biological role of the polycystic kidney disease protein bicaudal C (Bicc1) using comparative animal models

The entire thesis text is included in the research.pdf file; the official abstract appears in the short.pdf file; a non-technical public abstract appears in the public.pdf file.Title from PDF of title page (University of Missouri--Columbia, viewed on January 25, 2011).Thesis advisor: Dr. Elizabeth Bryda.Vita.Ph. D. University of Missouri--Columbia 2009.Polycystic kidney disease (PKD) is a common inherited disorder affecting 600,000 Americans and more than 12 million people worldwide. Clinical manifestations include renal enlargement, abnormal tubular development and accumulative cyst formation. PKD is the leading cause of end stage renal disease in adults and children. Currently, there is no cure for PKD and treatment is limited to dialysis and transplantation. The molecular mechanisms involved in cystogenesis remain unclear. Bicaudal C (Bicc1) is the disease-causing gene in the juvenile congenital polycystic kidney (jcpk) mouse model for PKD. The function of Bicc1 is unknown; however the Bicc1 protein contains two conserved functional domains, three K-homology (KH) domains which are known to bind RNA and a sterile alpha motif (SAM) domain which are predicted to participate in protein-protein interactions. We hypothesize that Bicc1 plays an integral role in normal kidney development. In this study, we investigated in vitro RNA and protein interactions of the Bicc1 protein and generated an alternative, comparative zebrafish model to further study the function of Bicc1 in vivo.Includes bibliographical reference

Modèle bayésien pour les prêts investisseurs

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Comment la répartition des rôles et tâches influence l'efficacité du support et des opérations informatiques

Cette recherche porte sur les facteurs d'influence de l'efficacité des opérations et du support TI. Plus précisément nous cherchons à connaître l'impact de la répartition des rôles et des tâches sur l'efficacité. En identifiant ces facteurs, il serait possible d'aider de futures recherches ou projets afin de modéliser une situation organisationnelle optimale. Plusieurs référentiels connus ont tenté de généraliser les meilleures pratiques dans ce domaine, mais ce sujet reste largement sous-exploité par le milieu académique. Nous avons donc tenté de percer le mystère des facteurs d'influence et de comprendre si la répartition de rôles et des tâches a un impact important sur l'efficacité. En second lieu, plusieurs autres variables ont été ajoutées à l'analyse telles que la maturité, la performance, les outils, les compétences et la situation professionnelle. C'est à l'aide des référentiels existants (ITIL, COBIT, MOF, etc.) que la revue de littérature a permis d'établir les variables entourant la question principale de cette recherche. Les facteurs d'influence retenus pour cette recherche ont alors été utilisés afin de construire un questionnaire permettant de faire la lumière sur les interrelations existantes dans le secteur professionnel montréalais. Une fois les données collectées, plusieurs méthodes d'analyse statistique ont été utilisées afin de trouver toutes relations existantes parmi ces variables. Les résultats sont quand même intéressants, même s'ils démontrent que la répartition des rôles et des tâches semble avoir une faible influence sur l'efficacité. On explique en partie cette situation à l'aide des variables concernant l'expertise requise afin d'exécuter les tâches spécifiques aux opérations et support TI. Le résultat final semble sensiblement le même, peu importe qui est responsable de ces tâches. Ce même constat s'applique autant aux tâches bien maîtrisées que celles moins connues par les professionnels du secteur. Par contre, d'autres liens seront découverts et discutés, tels que l'influence de l'utilisation d'outils sur la performance ainsi que celle de la maturité sur l'efficacité.\ud ______________________________________________________________________________ \ud MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : rôles, tâches, opérations, support, TI, efficacité, performance, maturité, outils, ITIL, COBIT, MOF

Cardiorespiratory fitness of women with fibromyalgia evaluated using an evaluation re-evaluation protocol

Les études sur les capacités cardiorespiratoires de femmes atteintes de fibromyalgie (FM) présentent des résultats contradictoires. De plus, aucune étude n’a évalué les capacités à reproduire les mesures physiologiques cardiorespiratoires de cette population, 24 heures suivant un test d’effort maximal. Objectifs : Les objectifs de cette étude étaient les suivants: 1) de décrire la capacité cardiorespiratoire de femmes atteintes de FM et 2) de décrire leurs capacités à reproduire les mesures physiologiques cardiorespiratoires 24 heures suivant une épreuve d’effort cardiorespiratoire maximal. Méthodes : Douze femmes FM ont été soumises à deux épreuves d’effort cardiorespiratoire maximal (T1 et T2) sur tapis roulant (protocole BSU/Bruce ramp) à 24 heures d’intervalle, jusqu’à épuisement. La collecte des échanges gazeux et ECG ont été faites de façon continue tout au long des deux tests. Le lactate sanguin, la pression artérielle, l’intensité de la douleur et la perception de la difficulté à l’effort ont également été évalués. Le Questionnaire révisé sur l’impact de la fibromyalgie (QRIF), l’Échelle de kinésiophobie de Tampa, version canadienne-française (EKT-CF), et le questionnaire international sur le niveau d’activité physique, version canadienne-française (IPAQ) ont été utilisés afin de mieux décrire les caractéristiques des participantes. Des procédures statistiques non paramétriques ont été utilisées pour les besoins d’analyses statistiques. Résultats : En comparant les résultats du volume d'oxygène crête (VO2crête) obtenus au T1 aux valeurs normatives, 75% des participantes se situaient sous la catégorie “Passable”, dont 25% sous le seuil de la catégorie “Très pauvre”. Toutefois, en considérant le niveau de sévérité de la FM et comparant les participantes légèrement et modérément affectées au T1 et T2, les résultats ont démontré une différence significative de la VO2crête au T2 (30,4 ± 3,3 vs 22,9 ± 4,7 ml O2·min−1·kg−1) et de la VO2 au seuil anaérobie ventilatoire (VO2SAV) au T1 (24,0 ± 4,0 vs 18,5 ± 4,4 ml O2·min−1·kg−1) et T2 (24,9 ± 3,2 vs 18,7 ± 4,5 ml O2·min−1·kg−1). Finalement, aucune différence significative au niveau de la VO2crête (25,5 ± 5,3 vs. 26,5 ± 5,3 ml O2·min−1·kg−1, p > 0,05) et de la VO2SAV (21,2 ± 4,8 vs. 21,7 ± 4,8 ml O2·min−1·kg−1, p > 0,05) n’a été observée entre T1 et T2. Conclusion : Soixante-quinze pour cent des participantes avaient une capacité cardiorespiratoire inférieure à celle de la population générale. De plus, les capacités cardiorespiratoires des participantes semblent être affectées par le niveau de sévérité de la FM. Finalement, les résultats de cette étude ne démontrant pas de différence significative des capacités cardiorespiratoires entre T1 et T2, suggèrent qu’il n’y a pas de difficulté à reproduire les mesures physiologiques 24 heures suivant le premier test d’épreuve maximale.Abstract: Studies on cardiorespiratory fitness (CRF) among women with fibromyalgia (FM) has been documented with some contradictory results. Furthermore, no research has looked at the capacity to reproduce the cardiorespiratory physiology measurements 24 hours following a maximal CRF test, in FM patients. Objectives: The objective of this study was twofold: 1) to describe the cardiorespiratory fitness of women with fibromyalgia (FM); and 2) to describe the reproducibility of cardiorespiratory physiological parameters 24 hours following a maximal exercise test. Method: Twelve FM women underwent two maximal exercise tests (T1 and T2) on a treadmill (BSU/Bruce ramp protocol) 24 hours apart, until volitional exhaustion. Gas exchange and ECG were continuously monitored during both tests. Blood lactate, blood pressure, pain intensity and rate of perceived exertion, were also assessed. The Revised Fibromyalgia Impact Questionnaire (FIQR), the Tampa Scale of Kinesiophobia (TSK-CF) and the International Physical Activity Questionnaire (IPAQ) were used to further characterize the participants. Non-parametric statistical procedures were used for statistical analysis. Results: When comparing the peak oxygen uptake (VO2peak) results to normative values at T1, 75% of the participants were below the “Fair” category, of which 25% were below the “Very Poor” category. However, when taking into consideration the FM severity level and comparing mildly to moderately affected participants at T1 and T2, the results showed a significant difference in VO2peak at T2 (30.4 ± 3.3 vs 22.9 ± 4.7 ml O2·min−1·kg−1) and in VO2 at ventilatory anaerobic threshold (VO2VAT) at T1 (24.0 ± 4.0 vs 18.5 ± 4.4 ml O2·min−1·kg−1) and T2 (24.9 ± 3.2 vs 18.7 ± 4.5 ml O2·min−1·kg−1). Finally, no significant differences in VO2peak (25.5 ± 5.3 vs. 26.5 ± 5.3 ml O2·min−1·kg−1, p > 0.05) and VO2VAT (21.2 ± 4.8 vs. 21.7 ± 4.8 ml O2·min−1·kg−1, p > 0.05) were found between T1 & T2. Conclusion: Seventy-five percent of the participants had a cardiorespiratory fitness level lower than the general population. Furthermore, the cardiorespiratory capacities of the participants seemed to be affected by their FM severity level. Finally, the results of this study showed no significant difference in cardiorespiratory fitness between T1 and T2, therefore indicating no cardiorespiratory difficulty to reproduce the physiological measurements 24 hours following a maximal exercise test

Caractérisation systématique des motifs de régulation en cis à l’échelle transcriptomique et liens avec la localisation des ARN

La localisation subcellulaire de l’ARN permet un déploiement prompt et spatialement restreint autant des activités protéiques que des ARN noncodant. Le trafic d’ARN est dirigé par des éléments de séquences (sous-séquences primaires, structures secondaires), aussi appelés motifs de régulation, présents en cis à même la molécule d’ARN. Ces motifs sont reconnus par des protéines de liaisons aux ARN qui médient l’acheminement des transcrits vers des sites précis dans la cellule. Des études récentes, chez l’embryon de Drosophile, indiquent que la majorité des ARN ont une localisation subcellulaire asymétrique, suggérant l’existence d’un « code de localisation » complexe. Cependant, ceci peut représenter un exemple exceptionnel et la question demeurait, jusqu’ici, si une prévalence comparable de localisation d’ARN est observable chez des cellules standards développées en culture. De plus, des informations facilement disponibles à propos des caractéristiques de distribution topologique d’instances de motifs à travers des transcriptomes complets étaient jusqu’à présent manquantes. Afin d’avoir un aperçu de l’étendue et des propriétés impliquées dans la localisation des ARN, nous avons soumis des cellules de Drosophile (D17) et de l’humain (HepG2) à un fractionnement biochimique afin d’isoler les fractions nucléaire, cytosolique, membranaire et insoluble. Nous avons ensuite séquencé en profondeur l’ARN extrait et analysé par spectrométrie de masse les protéines extraites de ces fractions. Nous avons nommé cette méthode CeFra-Seq. Par des analyses bio-informatiques, j’ai ensuite cartographié l’enrichissement de divers biotypes d’ARN (p. ex. ARN messager, ARN long non codant, ARN circulaire) et protéines au sein des fractions subcellulaires. Ceci a révélé que la distribution d’un large éventail d’espèces d’ARN codants et non codants est asymétrique. Une analyse des gènes orthologues entre mouche et humain a aussi démontré de fortes similitudes, suggérant que le processus de localisation est évolutivement conservé. De plus, j’ai observé des attributs (p. ex. la taille des transcrits) distincts parmi les populations d’ARN messagers spécifiques à une fraction. Finalement, j’ai observé des corrélations et anti-corrélations spécifiques entre certains groupes d’ARN messagers et leurs protéines. Pour permettre l’étude de la topologie de motifs et de leurs conservations, j’ai créé oRNAment, une base de données d’instances présumée de sites de liaison de protéines chez des ARN codants et non codants. À partir de données de motifs de liaison protéique par RNAcompete et par RNA Bind-n-Seq, j’ai développé un algorithme permettant l’identification rapide d’instances potentielles de ces motifs dans un transcriptome complet. J’ai pu ainsi cataloguer les instances de 453 motifs provenant de 223 protéines liant l’ARN pour 525 718 transcrits chez cinq espèces. Les résultats obtenus ont été validés en les comparant à des données publiques de eCLIP. J’ai, par la suite, utilisé oRNAment pour analyser en détail les aspects topologiques des instances présumées de ces motifs et leurs conservations évolutives relatives. Ceci a permis de démontrer que la plupart des motifs sont distribués de façon similaire entre espèces. De plus, j’ai discerné des points communs entre les sous-groupes de protéines liant des biotypes distincts ou des régions d’ARN spécifiques. La présence de tels patrons, similaires ou non, entre espèces est susceptible de refléter l’importance de leurs fonctions. D’ailleurs, l’analyse plus détaillée du positionnement d’un motif entre régions transcriptomiques comparables chez les vertébrés suggère une conservation synténique de ceux-ci, à divers degrés, pour tous les biotypes d’ARN. La topologie régionale de certaines instances de motifs répétées apparaît aussi comme évolutivement conservée et peut être importante afin de permettre une liaison adéquate de la protéine. Finalement, les résultats compilés avec oRNAment ont permis de postuler sur un nouveau rôle potentiel pour l’ARN long non codant HELLPAR comme éponge de protéines liant l’ARN. La caractérisation systématique d’ARN localisés et de motifs de régulation en cis présentée dans cette thèse démontre comment l’intégration d’information à l’échelle transcriptomique permet d’évaluer la prévalence de l’asymétrie, les caractéristiques distinctes et la conservation évolutive de collections d’ARN.The subcellular localization of RNA allows a rapid and spatially restricted deployment of protein and noncoding RNA activities. The trafficking of RNA is directed by sequence elements (primary subsequences, secondary structures), also called regulatory motifs, present in cis within the RNA molecule. These motifs are recognized by RNA-binding proteins that mediate the transport of transcripts to specific sites in the cell. Recent studies in the Drosophila embryo indicate that the majority of RNAs display an asymmetric subcellular localization, suggesting the existence of a complex "localization code". However, this may represent an exceptional example and the question remained, until now, whether a comparable prevalence of RNA localization is observable in standard cells grown in culture. In addition, readily available information about the topological distribution of pattern instances across full transcriptomes has been hitherto lacking. In order to have a broad overview of the extent and properties involved in RNA localization, we subjected Drosophila (D17) and human (HepG2) cells to biochemical fractionation to isolate the nuclear, cytosolic, membrane and insoluble fractions. We then performed deep sequencing on the extracted RNA and analyzed through mass spectrometry the proteins extracted from these fractions. We named this method CeFra-Seq. Through bioinformatics analyses, I then profiled the enrichment of various RNA biotypes (e.g. messenger RNA, long noncoding RNA, circular RNA) and proteins within the subcellular fractions. This revealed the high prevalence of asymmetric distribution of both coding and noncoding RNA species. An analysis of orthologous genes between fly and human has also shown strong similarities, suggesting that the localization process is evolutionarily conserved. In addition, I have observed distinct attributes (e.g. transcript size) among fraction-specific messenger RNA populations. Finally, I observed specific correlations and anti-correlations between defined groups of messenger RNAs and the proteins they encode. To study motifs topology and their conservation, I created oRNAment, a database of putative RNA-binding protein binding sites instances in coding and noncoding RNAs. Using data from protein binding motifs assessed by RNAcompete and by RNA Bind-n-Seq experiments, I have developed an algorithm allowing their rapid identification in a complete transcriptome. I was able to catalog the instances of 453 motifs from 223 RNA-binding proteins for 525,718 transcripts in five species. The results obtained were validated by comparing them with public data from eCLIP. I then used oRNAment to further analyze the topological aspects of these motifs’ instances and their relative evolutionary conservation. This showed that most motifs are distributed in a similar fashion between species. In addition, I have detected commonalities between the subgroups of proteins linking preferentially distinct biotypes or specific RNA regions. The presence or absence of such pattern between species is likely a reflection of the importance of their functions. Moreover, a more precise analysis of the position of a motif among comparable transcriptomic regions in vertebrates suggests a syntenic conservation, to varying degrees, in all RNA biotypes. The regional topology of certain motifs as repeated instances also appears to be evolutionarily conserved and may be important in order to allow adequate binding of the protein. Finally, the results compiled with oRNAment allowed to postulate on a potential new role for the long noncoding RNA HELLPAR as an RNA-binding protein sponge. The systematic characterization of RNA localization and cis regulatory motifs presented in this thesis demonstrates how the integration of information at a transcriptomic scale enables the assessment of the prevalence of asymmetry, the distinct characteristics and the evolutionary conservation of RNA clusters

La critique biblique chez Spinoza

Ce mémoire consiste en une explication de la critique biblique de Spinoza contenue dans la Traité théologico-politique. Cette critique répond à un problème précis : la subversion de la religion en superstition. Cette critique, nous l’expliquons en quatre parties. La première partie consiste en une mise en situation problématique. Elle montre que le problème biblique, qui appelle une critique, est la subversion de la religion. On y montre aussi l’origine de la superstition et la manière dont elle subvertit la religion. La seconde partie consiste en une mise en contexte historique, où l’on montre la pertinence historique d’une telle critique. Nous voyons en effet que la critique biblique de Spinoza s’inscrit dans une période de controverses théologiques importante. La troisième partie expose la méthode d’interprétation des Écritures de Spinoza (méthode historico-critique) et cherche à éclaircir la notion de lumière naturelle, notion fondamentale de la dite méthode. Enfin, dans la quatrième partie, nous exposons la critique spinoziste des autres méthodes interprétatives, jugées erronées par ce dernier, soient les méthodes surnaturelle, sceptique et dogmatique. Nous le verrons, la critique biblique, qui se rapporte à une question très précise, a une finalité plus générale. En effet, la critique biblique est inséparable du but que se donne Spinoza dans le Traité théologico-politique, soit défendre la liberté de penser et de dire ce que l’on pense. En fait, la critique biblique est un moyen pour réaliser ce but.This thesis consists in an explanation of the biblical criticism that we find in Spinoza’s Theologico-Political Treatise. This criticism addresses a specific problem: the subversion of religion in superstition. We explain this criticism in four parts. The first part explain the situation in which Spinoza affirms the necessity of a biblical criticism. This section shows that the actual critical problem is the subversion of religion. We will also explain in this part, the origin of superstition and how it may subvert religion. The second part is historical. It shows the historical context which is relevant for the biblical criticism. We see in fact that Spinoza's criticism is developed in a period of significant theological controversies. The third part describes the interpretative method of the Scripture (the historico-critical method). Finally, in the fourth section, we present Spinoza's criticism of other interpretative methods. These methods (supernatural, skeptical and dogmatic) are considered false by Spinoza. We will see that biblical criticism has a more general purpose. Indeed, biblical criticism is inseparable from the main goal of the Theologico-Political Treatise: the freedom of thought. In fact, biblical criticism is a way to achieve this goal

Analyse de la corrélation conditionnelle dérivée de la coévolution d’un système de trois gènes par un modèle du maximum de vraisemblance

Les gènes codant pour des protéines peuvent souvent être regroupés et intégrés en modules fonctionnels par rapport à un organelle. Ces modules peuvent avoir des composantes qui suivent une évolution corrélée pouvant être conditionnelle à un phénotype donné. Les gènes liés à la motilité possèdent cette caractéristique, car ils se suivent en cascade en réponse à des stimuli extérieurs. L’hyperthermophilie, d’autre part, est interreliée à la reverse gyrase, cependant aucun autre élément qui pourrait y être associé avec certitude n’est connu. Ceci peut être dû à un déplacement de gènes non orthologues encore non résolu. En utilisant une approche bio-informatique, une modélisation mathématique d’évolution conditionnelle corrélée pour trois gènes a été développée et appliquée sur des profils phylétiques d’archaea. Ceci a permis d’établir des théories quant à la fonction potentielle du gène du flagelle FlaD/E ainsi que l’histoire évolutive des gènes lui étant liés et ayant contribué à sa formation. De plus, une histoire évolutive théorique a été établie pour une ligase liée à l’hyperthermophilie.Protein coding gene may often be grouped and integrated in functional modules with respect to an organelle. These modules may have constituents that follow a conditional correlated evolution to a given phenotype. Genes linked to motility posses this characteristic as they follow a cascade in response to external stimuli. Similarly, hyperthermophily is related to reverse gyrase, however no other element that could be associated with certainty is known. This may be caused by an unresolved case of non-orthologous gene displacement. Using a bioinformatic approach, a mathematical model for conditional correlated evolution for three genes has been developed and applied to the phyletic profiles of archaea. This has helped to develop theories about the potential functions of the flagellar gene FlaD/E and the evolutionary history of the genes that are linked to it and that may have contributed to its formation. In addition, a theoretical evolutionary history has been established for a ligase associated with hyperthermophily

Determination of Anthracene on Ag-Au Alloy Nanoparticles/Overoxidized-Polypyrrole Composite Modified Glassy Carbon Electrodes

A novel electrochemical sensor for the detection of anthracene was prepared by modifying a glassy carbon electrode (GCE) with over-oxidized polypyrrole (PPyox) and Ag-Au (1:3) bimetallic nanoparticles (Ag-AuNPs). The composite electrode (PPyox/Ag-AuNPs/GCE) was prepared by potentiodynamic polymerization of pyrrole on GCE followed by its overoxidation in 0.1 M NaOH. Ag-Au bimetallic nanoparticles were chemically prepared by the reduction of AgNO3 and HAuCl4 using C6H5O7Na3 as the reducing agent as well as the capping agent and then immobilized on the surface of the PPyox/GCE. The nanoparticles were characterized by UV-visible spectroscopy technique which confirmed the homogeneous formation of the bimetallic alloy nanoparticles. Transmission electron microscopy showed that the synthesized bimetallic nanoparticles were in the range of 20–50 nm. The electrochemical behaviour of anthracene at the PPyox/Ag-AuNPs/GCE with Ag: Au atomic ratio 25:75 (1:3) exhibited a higher electrocatalytic effect compared to that observed when GCE was modified with each constituent of the composite (i.e., PPyox, Ag-AuNPs) and bare GCE. A linear relationship between anodic current and anthracene concentration was attained over the range of 3.0 × 10−6 to 3.56 × 10−4 M with a detection limit of 1.69 × 10−7 M. The proposed method was simple, less time consuming and showed a high sensitivity

Specificity factors in cytoplasmic polyadenylation

Poly(A) tail elongation after export of an messenger RNA (mRNA) to the cytoplasm is called cytoplasmic polyadenylation. It was first discovered in oocytes and embryos, where it has roles in meiosis and development. In recent years, however, has been implicated in many other processes, including synaptic plasticity and mitosis. This review aims to introduce cytoplasmic polyadenylation with an emphasis on the factors and elements mediating this process for different mRNAs and in different animal species. We will discuss the RNA sequence elements mediating cytoplasmic polyadenylation in the 3′ untranslated regions of mRNAs, including the CPE, MBE, TCS, eCPE, and C-CPE. In addition to describing the role of general polyadenylation factors, we discuss the specific RNA binding protein families associated with cytoplasmic polyadenylation elements, including CPEB (CPEB1, CPEB2, CPEB3, and CPEB4), Pumilio (PUM2), Musashi (MSI1, MSI2), zygote arrest (ZAR2), ELAV like proteins (ELAVL1, HuR), poly(C) binding proteins (PCBP2, αCP2, hnRNP-E2), and Bicaudal C (BICC1). Some emerging themes in cytoplasmic polyadenylation will be highlighted. To facilitate understanding for those working in different organisms and fields, particularly those who are analyzing high throughput data, HUGO gene nomenclature for the human orthologs is used throughout. Where human orthologs have not been clearly identified, reference is made to protein families identified in man