Étude des mécanismes de contrôle de l’ARNm par les riborégulateurs traductionnels d’Escherichia coli

Les bactéries utilisent un large éventail de mécanismes afin d’ajuster avec précision le niveau d’expression génique en fonction des besoins cellulaires. Aujourd’hui, il est clair que les ARN régulateurs ont une fonction clef dans ce phénomène d’adaptation. Parmi eux se trouvent les riborégulateurs. Ces éléments génétiques sont localisés dans la région 5’ non traduite de certains ARNm bactériens. La liaison d’un métabolite au riborégulateur induit un changement conformationnel de l’ARNm ce qui contrôle l’expression du gène en aval. Durant mes recherches doctorales, je me suis intéressée aux riborégulateurs thiM et btuB d’Escherichia coli, reconnaissant respectivement la thiamine pyrophosphate et l’adénosylcobalamine. Ces deux riborégulateurs étaient initialement connus pour bloquer l’initiation de la traduction du gène adjacent suite à la liaison du ligand. Cependant, mes travaux ont montré que l’arrêt de la traduction est corrélé à une diminution du niveau d’ARNm des gènes régulés. Dans le cas du riborégulateur thiM, j’ai démontré que l’inhibition de la traduction est un prérequis à la diminution de l’ARNm. Cette régulation implique une séquence unique de l’ARNm qui induit à la fois une terminaison de la transcription Rho-dépendante et l’initiation de la dégradation. Mes résultats suggèrent que ce mécanisme de contrôle serait davantage répandu. Cette découverte établit ainsi un nouveau paradigme expliquant le fonctionnement des riborégulateurs bactériens. Au cours de mes recherches, j’ai également montré que le petit ARN OmrA s’apparie par complémentarité de séquence à btuB afin d’inhiber l’initiation de la traduction. L’expression du même gène est donc contrôlée au niveau traductionnel par deux catégories distinctes d’ARN non codants. Tout comme pour le riborégulateur, le blocage de la traduction induit par OmrA est suivi de la diminution rapide de l’ARNm. Étonnamment, mes résultats montrent que les voies de contrôle de l'ARNm employées par le riborégulateur et le petit ARN sont foncièrement différentes. Cette étude contribue grandement à améliorer la compréhension des mécanismes corrélant la traduction à la dégradation

Folklore: cultural roadmaps to creating, perpetuating, resolving and evolving peace and conflict

© 2023 The Author(s). Published with license by Taylor & Francis Group, LLC. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/).Given folklore’s quiet pervasiveness in all our lives, it is unsurprising that it has often been used to think through the big issues faced by a community. Folklore is at once a useful lens, permitting focus and diverse perspectives, and an adaptable tool in the handling of such matters. Stories and customs travel, taken as cultural luggage as people move in and out of communities. And just as folklore is not sedentary, neither is it stable. Practices and beliefs that appear ancient and unchanging are often surprisingly recent inventions, adoptions, or adaptations. Folklore is by necessity fluid – otherwise it would not retain its relevance. This Special Issue is concerned with how folklore has been used as such in engagements with two particularly big – and equally pervasive – issues: managing conflict and striving for peace. It is an invitation to consciously and deliberately engage with and explore the interdisciplinary nature of folklore; to experiment with a different lens, a shift in perspective to see if, perhaps, the mechanisms for understanding and positive change are magic beans that we already possess.Peer reviewe

Ich bin kein Etikett: Eine Ausstellung über Diskriminierung

Wir versehen Menschen oft allein aufgrund ihres Geschlechts, ihrer Hautfarbe, ihres Namens oder ihres Verhaltens mit einem Etikett. Dieses Etikett beruht auf Gedanken und Bildern, wie wir uns die Menschen vorstellen – ohne sie zu kennen. Etiketten transportieren Vorurteile. Die Folgen sind massiv. So können Vorurteile in diskriminierende Verhaltensweisen münden. Abwertende Bemerkungen, Beschimpfungen, Benachteiligungen erfahren bestimmte Menschen recht häufig. Dabei findet Diskriminierung unbewusst oder bewusst in allen Bereichen der Gesellschaft statt: u.a. in der Familie, auf dem Arbeits- und Wohnungsmarkt, in der Gesundheitsversorgung und in der Bildung. Die Ausstellung im April 2016 im Hygienemuseum Dresden ist in Teilen finanziert über RomaRespekt, einem Modellprojekt des BMFSFJ im Rahmen des Bundesprogramms „Demokratie leben!“. April 201

Politisch handeln im autoritären Sog: Tagungsband zu den Demokratie-Tagungen 2019 und 2021: Ungehorsam

Der Band gliedert sich in zwei Teile, analog zu den beiden Tagungen. Im ersten Teil werfen Solveig Höppner, Thorsten Mense und Robert Feustel einen Blick auf das Autoritäre: Solveig Höppner widmet sich in ihrem Beitrag der Delegitimierung von Antifaschismus. Mit langer Tradition wird in Sachsen Antifaschismus als Extremismus und damit als ungehorsam kriminalisiert. Antifaschismus ist jedoch Teil von Demokratie, was ihn nicht weniger selbstbewusst und provokant machen soll. Thorsten Mense beschreibt Heimat als eine autoritäre Versuchung, die gefährliche Ausschlüsse, aber keine Antworten auf gesellschaftliche Probleme bietet. Robert Feustel zeigt am Beispiel künstlicher Intelligenz, wie polizeiliches Handeln immer weiter auf uns zugreifen kann. Die anderen Beiträge im ersten Teil setzen den Fokus auf das politische Handeln für eine Gesellschaft der Vielen. Johannes Richter befragt Hamida Taamiri zu ihrem Engagement in Bautzen, Mara Knauthe befragt Rebecca Rahe zum Gedanken der Vernetzung und gegenseitigen Unterstützung im Bündnis #unteilbar. Hannah Eitel plädiert dafür, solidarisches Handeln bei radikaler Offenheit als politischen Entwurf zu denken und erklärt das an Kämpfen für das Recht auf Stadt. Tobias Prüwer geht der Frage nach, warum rechte Proteste so viel mediale Aufmerksamkeit erhalten und wirbt für mehr Verständnis zwischen emanzipatorischen Bewegungen und Journalist:innen. Er gibt Hinweise, die dabei weiterhelfen sollen. Redaktionsschluss: Dezember 202

Regulation of heterogenous lexA expression in staphylococcus aureus by an antisense RNA originating from transcriptional read-through upon natural mispairings in the sbrB intrinsic terminator

Bacterial genomes are pervasively transcribed, generating a wide variety of antisense RNAs (asRNAs). Many of them originate from transcriptional read-through events (TREs) during the transcription termination process. Previous transcriptome analyses revealed that the lexA gene from Staphylococcus aureus, which encodes the main SOS response regulator, is affected by the presence of an asRNA. Here, we show that the lexA antisense RNA (lexA-asRNA) is generated by a TRE on the intrinsic terminator (TTsbrB) of the sbrB gene, which is located downstream of lexA, in the opposite strand. Transcriptional read-through occurs by a natural mutation that destabilizes the TTsbrB structure and modifies the efficiency of the intrinsic terminator. Restoring the mispairing mutation in the hairpin of TTsbrB prevented lexA-asRNA transcription. The level of lexA-asRNA directly correlated with cellular stress since the expressions of sbrB and lexA-asRNA depend on the stress transcription factor SigB. Comparative analyses revealed strain-specific nucleotide polymorphisms within TTsbrB, suggesting that this TT could be prone to accumulating natural mutations. A genome-wide analysis of TREs suggested that mispairings in TT hairpins might provide wider transcriptional connections with downstream genes and, ultimately, transcriptomic variability among S. aureus strains.This work was supported by the European Research Council (ERC) under the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (grant no. 646869 to A.T.-A.) and by the Spanish Ministry of Science and Innovation grants (BIO2017-83035-R to I.L. and PID2019-105216GB-I00 to A.T.-A.). Funding for open access charge was provided by the CSIC Open Access Publication Support Initiative, Unit of Information Resources for Research (URICI)

A mechanism for bacterial transformation of dimethylsulfide to dimethylsulfoxide: a missing link in the marine organic sulfur cycle

The volatile organosulfur compound, dimethylsulfide (DMS), plays an important role in climate regulation and global sulfur biogeochemical cycles. Microbial oxidation of DMS to dimethylsulfoxide (DMSO) represents a major sink of DMS in surface seawater, yet the underlying molecular mechanisms and key microbial taxa involved are not known. Here, we reveal that Ruegeria pomeroyi, a model marine heterotrophic bacterium, can oxidise DMS to DMSO using trimethylamine monooxygenase (Tmm). Purified Tmm oxidises DMS to DMSO at a 1:1 ratio. Mutagenesis of the tmm gene in R. pomeroyi completely abolished DMS oxidation and subsequent DMSO formation. Expression of Tmm and DMS oxidation in R. pomeroyi is methylamine-dependent and regulated at the post-transcriptional level. Considering that Tmm is present in approximately 20% of bacterial cells inhabiting marine surface waters, particularly the marine Roseobacter clade and the SAR11 clade, our observations contribute to a mechanistic understanding of biological DMSO production in surface seawater

Comparative genomics of metabolic capacities of regulons controlled by cis-regulatory RNA motifs in bacteria

BACKGROUND: In silico comparative genomics approaches have been efficiently used for functional prediction and reconstruction of metabolic and regulatory networks. Riboswitches are metabolite-sensing structures often found in bacterial mRNA leaders controlling gene expression on transcriptional or translational levels. An increasing number of riboswitches and other cis-regulatory RNAs have been recently classified into numerous RNA families in the Rfam database. High conservation of these RNA motifs provides a unique advantage for their genomic identification and comparative analysis. RESULTS: A comparative genomics approach implemented in the RegPredict tool was used for reconstruction and functional annotation of regulons controlled by RNAs from 43 Rfam families in diverse taxonomic groups of Bacteria. The inferred regulons include ~5200 cis-regulatory RNAs and more than 12000 target genes in 255 microbial genomes. All predicted RNA-regulated genes were classified into specific and overall functional categories. Analysis of taxonomic distribution of these categories allowed us to establish major functional preferences for each analyzed cis-regulatory RNA motif family. Overall, most RNA motif regulons showed predictable functional content in accordance with their experimentally established effector ligands. Our results suggest that some RNA motifs (including thiamin pyrophosphate and cobalamin riboswitches that control the cofactor metabolism) are widespread and likely originated from the last common ancestor of all bacteria. However, many more analyzed RNA motifs are restricted to a narrow taxonomic group of bacteria and likely represent more recent evolutionary innovations. CONCLUSIONS: The reconstructed regulatory networks for major known RNA motifs substantially expand the existing knowledge of transcriptional regulation in bacteria. The inferred regulons can be used for genetic experiments, functional annotations of genes, metabolic reconstruction and evolutionary analysis. The obtained genome-wide collection of reference RNA motif regulons is available in the RegPrecise database (http://regprecise.lbl.gov/)

Estimation des propriétés de rétention en eau des sols à l'aide de fonctions de pédotransfert : développement de nouvelles approches

108 ref. *INRA d'Orléans, Documentation, Ardon 45166 Olivet Diffusion du document : INRA d'Orléans, Documentation, Ardon 45166 Olivet Diplôme : Dr. d'Universit