Genomic diversity evaluation of populus trichocarpa germplasm for rare variant genetic association studies

Genome-wide association studies are powerful tools to elucidate the genome-to-phenomerelationship. In order to explain most of the observed heritability of a phenotypic trait, asufficient number of individuals and a large set of genetic variants must be examined. Thedevelopment of high-throughput technologies and cost-efficient resequencing of completegenomes have enabled the genome-wide identification of genetic variation at large scale.As such, almost all existing genetic variation becomes available, and it is now possible toidentify rare genetic variants in a population sample. Rare genetic variants that were usuallyfiltered out in most genetic association studies are the most numerous genetic variationsacross genomes and hold great potential to explain a significant part of the missingheritability observed in association studies. Rare genetic variants must be identified withhigh confidence, as they can easily be confounded with sequencing errors. In this study,we used a pre-filtered data set of 1,014 purePopulus trichocarpaentire genomes toidentify rare and common small genetic variants across individual genomes. We comparedvariant calls betweenPlatypusandHaplotypeCallerpipelines, and we further applied strictqualityfilters for improved genetic variant identification. Finally, we only retained geneticvariants that were identified by both variant callers increasing calling confidence. Based onthese shared variants and after stringent qualityfiltering, we found high genomic diversity inP. trichocarpagermplasm, with 7.4 million small genetic variants. Importantly, 377k non-synonymous variants (5% of the total) were uncovered. We highlight the importance ofgenomic diversity and the potential of rare defective genetic variants in explaining asignificant portion ofP. trichocarpa's phenotypic variability in association genetics. Theultimate goal is to associate both rare and common alleles with poplar's wood quality traitsto support selective breeding for an improved bioenergy feedstock

La vid silvestre en México. Actualidades y potencial

En ocho capítulos se aborda el estado del arte de la vid silvestre en MéxicoEl estudio de las especies vegetales nativas de México representa un reto que cada día más investigadores mexicanos asumen. Durante muchos años, el apoyo a la investigación pública ha sido mínimo; desde el punto de vista agronómico es insuficiente para avanzar a la velocidad que requiere nuestro país para afrontar problemas de producción y distribución de alimentos. Por esa razón, entre otras, me es grato presentar esta obra que compila parte de los trabajos de la Red de Vid Silvestre patrocinada por el Sistema Nacional de Recursos Fitogenéticos (sinarefi) dependiente de la sagarpa; trabajos apuntalados por investigadores que sin pertenecer a la red han colaborado en el estudio de las plantas del género Vitis. En este libro se muestra el potencial del país para aprovechar el recurso vid, empleado desde antes de la conquista española por nativos mexicanos que conocían sus bondades. Es necesario continuar el avance en el conocimiento de este recurso, por ello el presente libro pretende invitar a toda persona interesada en contribuir con el rescate y conservación de las vides mexicanas. Los autores y editores, así como las instituciones en donde laboramos y aquellas que patrocinan estas investigaciones, esperamos se cumpla este objetivo y que el lector, alumno, profesor, investigador, público en general, disfrute esta lectura y, sobre todo, se interese en el recurso VitisSEP, SINAREFI, UAEME

Prospección geológica minera del ANAP Pampa Grande. Informe final

El Instituto Geológico Minero y Metalúrgico (INGEMMET) a través de su dirección de Recursos Mineros y Energéticos, actividad ANAP´s, realizó la evaluación Geológico Minero del ANAP Pampa Grande; los trabajos de campo fueron encargados a los suscritos, con fines de corroborar los hallazgos realizados en anteriores trabajos, muestreos geoquímicos de “stream sediment” “rock chip” y cartografiado geológico entre otros estudios, llevados a cabo por INGEMMET en el cuadrángulo de Cajabamba 16 g; los cuales reportan valores anómalos de Zn, Mo, As y Hg así como definir la naturaleza de las ocurrencias minerales relacionadas a estos elementos metálicos dentro de la zona del ANAP Pampa Grande. Las actividades de prospección se realizaron durante los meses de abril a octubre del 2014, y se retomaron los trabajos prospectivos durante los meses de abril y mayo del 2015 enfocándose principalmente en el reconocimiento, revisión de anomalías geoquímicas y espectrales en una primera instancia; para luego continuar con los trabajos de cartografiado geológico, de alteraciones hidrotermales, muestro geoquímico de rocas, sedimentos de corriente y agua, así mismo se llevaron a cabos los trabajos de prospección geofísica magnetometría y polarización inducida (IP). El ANAP está ubicado en la región de La Libertad, provincias de Otuzco, distritos de Agallpampa y Usquil. Tiene un área de 8,700 has con altura promedio de 4100 m.s.n.m. El ANAP Pampa Grande está dentro de la franja metalogenética XXI donde se hallan múltiples ocurrencias mineras como la mina Lagunas Norte, Alto Chicama (Barrick Gold Corporation); la mina Comarsa (Compañía Minera Aurífera Santa Rosa S.A.); la mina La Virgen (Compañía Minera San Simón S.A.) y la Mina Quiruvilca; también están los proyectos de oro y plata Caupar (S.A.C Sociedad Minera Trinity Perú SAC), Shahuindo (Sulliden Exploration Inc.); Tres Cruces (New Oroperu Resources Inc.) y La Arena (Río Alto Mining Limited). El marco geológico regional del ANAP, está conformado por rocas sedimentarias del Cretácico (Grupo Goyllarisquizga) y volcánicas de edad Oligomiocénico (Grupo Calipuy). El principal control estructural regional lo constituye el sistema de fallas Pallasca–Cordillera Blanca de orientación NO-SE; relacionado a este corredor estructural, se encuentran 03 lineamientos que se disponen en forma paralela; estos son: de norte a sur, Dos de Mayo-Barro Negro-Tambo de dirección N310°, Payhual – San Apolonio de dirección N 300°-310° y Otuzco-Quirúvilca-Tres Cruces de sentido N300°-305°. Se recolectaron un total de 337 muestras, en las campañas de campo realizadas por INGEMMET durante el 2014 y 2015; 307 muestras de rocas primarias con 30 muestras de control lo que equivale al 9.5% QA/QC; además 24 muestras de sedimento de corriente distribuidas en 20 muestras primarias 2 blancos 1 estándar y 1 duplicado. En este ANAP se han reconocido dos targets nominados como ANOMALÍA ULLAPCHAM, esta consiste de afloramientos discontinuos de un lithocap silíceo o litocapa silícea, cuerpo de sílice mantiforme con textura bandeada a coloforme de sílice opalina a calcedonica; con goethita, hematita, jarosita y diseminaciones de pirita, en algunos sectores se puede observar estructuras anulares de sílice porosa a oquerosa con óxidos, que estaría relacionada a conductos de escape de gases; en algunos lugares se observa la textura "patchy" definida por parches de caolín-illita ameboidea que se encuentran en rocas silicificadas, que nos sitúa en la parte media a inferior de la litocapa, como por ejemplo en los yacimientos de La Escondida y Yanachocha. La proximidad al pórfido de cobre se puede deducir por la firma geoquímica con anomalías de molibdeno y arsénico además la presencia de calcopirita en trazas muestra PG14-112, nos hace pensar en la proximidad al sistema tipo pórfido de cobre-, sus dimensiones son 1.7 por 0.15 km su espesor esta entre 0.5 a 1m y pueden alcanzar los 2m; su rumbo varía entre N 300° a 290° y su inclinación es de 20° NE; cubren un área de unos 2.5 km. Presentan anomalías geoquímicas de rocas en Mo (> 10ppm), As (> 10ppm) las que circunscriben una anomalía de 650 x 100 m de rumbo N35° para el Mo>10 ppm y otra de 220 x 40 m de dirección N40° para el Mo>25 ppm. ANOMALÍA SAN APOLONIO, constituida por venillas irregulares tipo network de sílice gris con óxidos; anchos promedio 02 centímetros con direcciones de N50° a 60° N70° a 80°, N20° a 30° y N300° a 310°, estas estructuras se han desarrollado en andesitas de color gris blanquecino de textura porfirítica con fenocristales de plagioclasas tiene una alteración tipo sílice–argílica; sus dimensiones son: 1,5 km de largo por 0,3 km de ancho tiene una dirección de N60°. Además se han reconocido dos estructuras discontinuas de brechas hidrotermales polimícticas matriz soportada conformada por sílice y arcillas blancas 20% y cuyo cemento es sílice y óxidos, sus fragmentos son de 70% cuarcitas con diseminaciones y venillas irregulares de óxidos, 20% andesitas porfíricas gris rojizas y 10% andesitas porfiríticas con fenocristales de plagioclasas con alteración de sílice ARCs blancas, de forma subangulosa a subredondeada cuyos diámetros de estos clastos son mayores 13 a 10 cm, en promedio es 4 cm y menores 0,5 cm además se observa venillas irregulares de sílice gris con óxidos de anchos centimétricos, de rumbo N65°/35°SE ancho 1,0 m. y de extensión de afloramiento 4 m. Por su parte la segunda estructura de brecha su dirección varia N40°/60°NW ancho 0,80 m. y de corrida de afloramiento de 3 m. Reporta valores anómalos para el Zn (> 100 ppm) y Hg (> 1 ppm), que delimitan una superficie de 1,5 km de largo por 0,3 km de dirección de N60°. En ambos sectores no se reportan valores anómalos de Au ni Ag

Guía Mexicana para el Diagnóstico y el Tratamiento de la Urticaria

La urticaria es una enfermedad que padece una quinta parte de la población en algún momento de su vida. Las guías inter- nacionales recientes han propuesto unos cambios de fondo en su diagnóstico y tratamiento, por lo que había la necesidad de crear una guía nacional y multidisciplinaria, con base amplia en los gremios de especialistas y médicos de primer contacto en México. ABSTRACT Urticaria is a disease that a fifth of the population shall suffer once in a lifetime. Recent clinical guidelines have proposed some fundamental changes in the diagnosis and treatment of urticaria, making the development of a national, multidisciplinary guideline, with wide acceptability among different professional groups –both specialists and primary health care workers–, necessary in Mexico

Recent Progress in Solar Atmospheric Neutrino Searches with IceCube

Cosmic-rays interacting with nucleons in the solar atmosphere produce a cascade of particles that give rise to a flux of high-energy neutrinos and gamma-rays. Fermi has observed this gamma-ray flux; however, the associated neutrino flux has escaped observation. In this contribution, we put forward two strategies to detect these neutrinos, which, if seen, would push forward our understanding of the solar atmosphere and provide a new testing ground of neutrino properties. First, we will extend the previous analysis, which used high-energy through-going muon events collected in the years of maximum solar activity and yielded only flux upper limits, to include data taken during the solar minima from 2018 to 2020. Extending the analysis to the solar minima is important as the gamma-ray data collected during past solar cycles indicates a possible enhancement in the high-energy neutrino flux. Second, we will incorporate sub-TeV events and include contributions from all neutrino flavors. These will improve our analysis sensitivity since the solar atmospheric spectrum is soft and, due to oscillation, contains significant contributions of all neutrino flavors. As we will present in this contribution, these complementary strategies yield a significant improvement in sensitivity, making substantial progress towards observing this flux

Why Are Outcomes Different for Registry Patients Enrolled Prospectively and Retrospectively? Insights from the Global Anticoagulant Registry in the FIELD-Atrial Fibrillation (GARFIELD-AF).

Background: Retrospective and prospective observational studies are designed to reflect real-world evidence on clinical practice, but can yield conflicting results. The GARFIELD-AF Registry includes both methods of enrolment and allows analysis of differences in patient characteristics and outcomes that may result. Methods and Results: Patients with atrial fibrillation (AF) and ≥1 risk factor for stroke at diagnosis of AF were recruited either retrospectively (n = 5069) or prospectively (n = 5501) from 19 countries and then followed prospectively. The retrospectively enrolled cohort comprised patients with established AF (for a least 6, and up to 24 months before enrolment), who were identified retrospectively (and baseline and partial follow-up data were collected from the emedical records) and then followed prospectively between 0-18 months (such that the total time of follow-up was 24 months; data collection Dec-2009 and Oct-2010). In the prospectively enrolled cohort, patients with newly diagnosed AF (≤6 weeks after diagnosis) were recruited between Mar-2010 and Oct-2011 and were followed for 24 months after enrolment. Differences between the cohorts were observed in clinical characteristics, including type of AF, stroke prevention strategies, and event rates. More patients in the retrospectively identified cohort received vitamin K antagonists (62.1% vs. 53.2%) and fewer received non-vitamin K oral anticoagulants (1.8% vs . 4.2%). All-cause mortality rates per 100 person-years during the prospective follow-up (starting the first study visit up to 1 year) were significantly lower in the retrospective than prospectively identified cohort (3.04 [95% CI 2.51 to 3.67] vs . 4.05 [95% CI 3.53 to 4.63]; p = 0.016). Conclusions: Interpretations of data from registries that aim to evaluate the characteristics and outcomes of patients with AF must take account of differences in registry design and the impact of recall bias and survivorship bias that is incurred with retrospective enrolment. Clinical Trial Registration: - URL: http://www.clinicaltrials.gov . Unique identifier for GARFIELD-AF (NCT01090362)

Innovación, desarrollo tecnológico y gestión : una construcción desde la investigación

Libro que compila investigaciones de carácter aplicadas y descriptivas en materia de innovación y desarrollo tecnológico, gestión organizacional y empresarial orientada a productividad, rentabilidad, competitividad y sostenibilidadBook that compiles researches of applied and descriptive character in the matter of innovation and technological development, organizational and business management oriented to productivity, profitability, competitiveness and sustainabilityCapítulo 1. Material compuesto para la construcción a partir de la celulosa del papel y cartón reciclado / Carlos Arturo Tamayo S; Nicolás Montero Camacho; Fredy Antonio Herrera -- Capítulo 2. Tecnologías de conservación para base de sopa de frijol rojo (phaseolus vulgaris) y vegetales / Yaceris Castro Escorcia; Teresa Altamar Pérez; Enedys Florez Cortés; Ángela Ortiz Ruiz. Capítulo 3. Utilización de harina compuesta de frijol caupi (vigna unguiculata) en masas para alimentos congelados / Marcela Villalba Cadavid; Matilde Rodríguez Muñoz; Beatriz Fernández; Juan Mendoza Combatt -- Capítulo 4. Elaboración de biorrecubrimiento comestible para carne de hamburguesa como alternativa de conservación y condimento natural / Camila Andrea Ubaque Beltrán. CAPÍTULO 5. Identificación de alternativas de industrialización de productos y subproductos agroindustriales en nuevos materiales bio poliméricos / Luz Henao Díaz; Deya Pérez Zúñiga; Herold Arango Gómez. Capítulo 6. SCADA inalámbrico para monitoreo de sistemas de energía solar / Nelson Giovanni Agudelo Cristancho; Juan Carlos Amezquita Tovar; Ángela María Montoya Castro. -- Capítulo 7. Evaluación de la calidad del agua para consumo humano del corregimiento de Jaraquiel, Montería, Córdoba / Carlos Burgos Galeano; Álvaro Aleán Vásquez; Paula Estrada Palencia -- Capítulo 8. Optimización del sistema de abastecimiento de agua en la comunidad de Jaraquel, Montería Colombia / Carlos Burgos Galeano; Pedro Ramos Tejada; Paula Estrada Palencia; Jhon Sánchez Correa. -- Capítulo 9. Ejecución y sostenibilidad de proyectos productivos en la microrregión cafetera del municipio de Ciénaga, Magdalena / Sugey Issa Fontalvo; Eduardo Robles Panetta; Freddy González Castillo. -- Capítulo 10. Aplicación del método cualitativo por puntos para determinar aspirante favorito a cargos directivos en IES / Zamir Martelo Ballesteros; Raúl Martelo Gómez; Luis Tovar Garrido; Natividad Villabona Gómez; David Franco Borré. -- Capítulo 11 Responsabilidad social en comunidades indígenas orientada al diseño de automatización de válvulas del gasoducto Riohacha-Maicao / Gelvis Melo Freile; César Rivera Romero; Jesús García Guiliany. -- Capítulo 12 Fortalecimiento de la gestión económica de las Mipymes a través de la consultoría / Gloria Amparo Acosta Romero; Mónica Andrade Ríos; Karen Roxana Sánchez. -- Capítulo 13. El compromiso como valor en la responsabilidad social universitaria / Maura Quintero Gutiérrez, Dubys Villarreal Torres; Jesús García Guiliany; Annherys Paz Marcano; Marieth Orcasitas Peñaloza. -- Capítulo 14. Educación financiera como alternativa de desarrollo económico y social para el distrito de Riohacha / Henitzo Martínez Pinedo; Darcy Luz Mendoza; Martha Jaramillo Acosta; Edwin Salas Solano. -- Capítulo 15. Tecnologías de información y comunicación en proceso contable y financiero en pymes del sector turístico / Martha Josefina Castrillón Rois; Edilberto Rafael Santos Moreno; Lorena Esther Gómez Bermúdez; Génesis Barros González. -- Capítulo 16. Aplicación de brainstorming y problem trees para determinar factores que inciden en enseñanza del inglés / Jesús Llerena; Raúl J. Martelo; Jhon Cuesta; Javier Pinedo; David Franco.-- Capítulo 17. Incidencia del marketing en las microempresas del sector comercio en Rionegro Antioquia: conceptualización / Santiago Álzate Carmona; María Yamile Mazo Gil; Leidy García Jaramillo. -- Capítulo 18. Turismo en el Cabo de la Vela: un acercamiento entre los imaginarios turísticos de los visitantes y la creencia de Jepirra, territorio sagrado / María Laura Aponte Aarón; Esmerlis Camargo Torres. -- Capítulo 19. Caracterización de la actividad turística en buenaventura y su integración con las comunidades locales / Víctor Cándelo Aragón; Henry Orobio García; Luis Montaño Aguilar. -- Capítulo 20. Plataforma de comercialización electrónica de un centro de abastos / Karen Ávila Suarez; Mauro Reyes Ortiz. -- Capítulo 21. El teletrabajo en la gestión administrativa / Estefanía Sandoval Cruz; René Alexander Guerrero Vergel. -- Capítulo 22. Gestión del conocimiento y alianzas estratégicas en los procesos de innovación tecnológica / Elder Rivero Gutiérrez; Fátima Bolaño Mendoza. -- Capítulo 23. Competitividad e innovación en el aprendiz SENA: perspectivas de formación / Elizabeth Tuberquia Vanegas; René Alexander Guerrero Vergel. -- Capítulo 24. Bomba de riego por goteo solar, una alternativa para aumentar la eficiencia energética en las unidades acuícolas / Sergio Gabriel Brito Brito; Daldo Ricardo Araujo Vidal; Nicolás Annicharico Jiménez. -- Capítulo 25. Herramienta digital de consultas contables y tributarias para unidades productivas creadas en el fondo emprender / Elkin Fuentes Jiménez; Alda Pérez Campuzano; Marieth Orcasitas Peñaloza; Olga Elena Guerra ArmentaPrimera ediciónna347 página

Risk profiles and one-year outcomes of patients with newly diagnosed atrial fibrillation in India: Insights from the GARFIELD-AF Registry.

BACKGROUND: The Global Anticoagulant Registry in the FIELD-Atrial Fibrillation (GARFIELD-AF) is an ongoing prospective noninterventional registry, which is providing important information on the baseline characteristics, treatment patterns, and 1-year outcomes in patients with newly diagnosed non-valvular atrial fibrillation (NVAF). This report describes data from Indian patients recruited in this registry. METHODS AND RESULTS: A total of 52,014 patients with newly diagnosed AF were enrolled globally; of these, 1388 patients were recruited from 26 sites within India (2012-2016). In India, the mean age was 65.8 years at diagnosis of NVAF. Hypertension was the most prevalent risk factor for AF, present in 68.5% of patients from India and in 76.3% of patients globally (P < 0.001). Diabetes and coronary artery disease (CAD) were prevalent in 36.2% and 28.1% of patients as compared with global prevalence of 22.2% and 21.6%, respectively (P < 0.001 for both). Antiplatelet therapy was the most common antithrombotic treatment in India. With increasing stroke risk, however, patients were more likely to receive oral anticoagulant therapy [mainly vitamin K antagonist (VKA)], but average international normalized ratio (INR) was lower among Indian patients [median INR value 1.6 (interquartile range {IQR}: 1.3-2.3) versus 2.3 (IQR 1.8-2.8) (P < 0.001)]. Compared with other countries, patients from India had markedly higher rates of all-cause mortality [7.68 per 100 person-years (95% confidence interval 6.32-9.35) vs 4.34 (4.16-4.53), P < 0.0001], while rates of stroke/systemic embolism and major bleeding were lower after 1 year of follow-up. CONCLUSION: Compared to previously published registries from India, the GARFIELD-AF registry describes clinical profiles and outcomes in Indian patients with AF of a different etiology. The registry data show that compared to the rest of the world, Indian AF patients are younger in age and have more diabetes and CAD. Patients with a higher stroke risk are more likely to receive anticoagulation therapy with VKA but are underdosed compared with the global average in the GARFIELD-AF. CLINICAL TRIAL REGISTRATION-URL: http://www.clinicaltrials.gov. Unique identifier: NCT01090362

Gestión del conocimiento. Perspectiva multidisciplinaria. Volumen 10

El libro “Gestión del Conocimiento. Perspectiva Multidisciplinaria”, Volumen 10, de la Colección Unión Global, es resultado de investigaciones. Los capítulos del libro, son resultados de investigaciones desarrolladas por sus autores. El libro es una publicación internacional, seriada, continua, arbitrada de acceso abierto a todas las áreas del conocimiento, que cuenta con el esfuerzo de investigadores de varios países del mundo, orientada a contribuir con procesos de gestión del conocimiento científico, tecnológico y humanístico que consoliden la transformación del conocimiento en diferentes escenarios, tanto organizacionales como universitarios, para el desarrollo de habilidades cognitivas del quehacer diario. La gestión del conocimiento es un camino para consolidar una plataforma en las empresas públicas o privadas, entidades educativas, organizaciones no gubernamentales, ya sea generando políticas para todas las jerarquías o un modelo de gestión para la administración, donde es fundamental articular el conocimiento, los trabajadores, directivos, el espacio de trabajo, hacia la creación de ambientes propicios para el desarrollo integral de las instituciones