Composição e uso do habitat pela herpetofauna em uma área de mata paludosa da Planície Costeira do Rio Grande do Sul, extremo sul do Brasil

The herpetofauna from the Coastal Plain from the state of Rio Grande do Sul although it is relatively well known presents a gap of information about their areas of restinga forests. To cover this deficiency of information data of composition and use of habitat from amphibians and reptiles found in a fragment of swamp forest in the municipality of Rio Grande, Rio Grande do Sul are presented. We present a list of amphibians and reptiles found in a swamp forest fragment in the Rio Grande municipality, state of Rio Grande do Sul. Ecological spatial data about the herpetofauna are also presented. Through visual search, manual capture and traps (pit fall, artificial shelter, arboreal and waters collectors), there were 12 amphibian and 12 reptile species registered. Four distinct sites of occupation were identified and sampled in the interior and border of the studied fragment, being observed differences in the species composition in each site. Physalaemus gracilis (Anura: Leiuperidae) was the most abundant amphibian in the samples and it was present in all studied sites. Liophis jaegeri (Squamata: Dipsadidae) was the reptile most collected. The found species are typical from open environments and showed have a strong influence of the open areas that are predominant in the landscape. The studied contributed for the knowledge of the herpetofauna of the swamp forests of southern Brazil which were studied in this level of detail for the first time.A herpetofauna da Planície Costeira do Rio Grande do Sul, apesar de ser relativamente bem conhecida, carece de informações no que tange as suas áreas de matas de restinga. Para suprir essa deficiência de informações, são apresentados dados de composição e uso do habitat dos anfíbios e répteis encontrados em um fragmento de mata paludosa no município de Rio Grande, Rio Grande do Sul. Através dos métodos de procura visual, coleta manual e armadilhas (armadilha de interceptação e queda, abrigos artificiais, coletores arbóreos e covos), foram registradas 12 espécies de anfíbios e 12 espécies de répteis. Quatro distintos sítios de ocupação foram identificados e amostrados no interior e borda do fragmento estudado, sendo observadas diferenças na composição de espécies em cada sítio. Physalaemus gracilis (Anura: Leiuperidae) foi o anfíbio mais abundante nas coletas, sendo encontrada em todos os biótopos amostrados. Liophis jaegeri (Squamata: Dipsadidae) foi o réptil com maior número de exemplares coletados. As espécies encontradas são típicas de ambientes abertos, evidenciando a forte influência das áreas abertas que predominam na paisagem. O estudo contribui para o conhecimento da herpetofauna das matas paludosas do sul do Brasil, os quais são examinados neste nível de detalhe pela primeira vez

Dieta de Lontra longicaudis (Olfers) (Carnivora, Mustelidae) em um arroio costeiro da região sul do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil

This paper presents data on diet of Lontra longicaudis in a coastal stream with riparian canopy in southern Coastal Plain on Rio Grande do Sul State, Brazil. From February 2007 to May 2008, 242 feces samples and six feeding remains were collected in an approximately 1,100 m length stretch of Bolaxa stream, at Reserve Area of Lagoa Verde. The most common items identified were fishes (82,6%), followed by decapod crustaceans (20,6%). Other items, found less often, were birds, mammals, reptiles, amphibians, insects and mollusks. In the feeding remains it was possible to identify Conepatus chinga (Carnivora: Mephitidae) and Rhamdia quelem (Siluriformes: Heptapteridae). Among the fishes, the most common family in the feces sample was Cichlidae (59,5%) followed by Curimatidae (32,6%). Other families, found less often, were Erythrinidae, Heptapteridae, Characidae, Mugilidae, Callichthyidae and Synbranchidae. A varied diet was observed, in parts as effect of the surrounding environments influence on the study area. Key words: neotropical otter, Lontra longicaudis, feeding items, Coastal Plain.Este estudo apresenta dados referentes à composição da dieta de Lontra longicaudis em um arroio costeiro com vegetação ripária, localizado na região sul da Planície Costeira do Rio Grande do Sul, Brasil. Entre fevereiro de 2007 e maio de 2008, 242 amostras de fezes e seis restos alimentares foram coletados em um trecho de aproximadamente 1.100 m do arroio Bolaxa, na Área de Proteção Ambiental da Lagoa Verde. Os itens identificados como os mais consumidos foram peixes (82,6%), seguidos por crustáceos decápodes (20,6%). Outros itens, encontrados em menor freqüência, foram: aves, mamíferos, répteis, anfíbios, insetos e moluscos. Na análise dos restos alimentares, foi possível a identificação de Conepatus chinga (Carnivora: Mephitidae) e Rhamdia quelem (Siluriformes: Heptapteridae). Dentre os peixes, a família mais freqüente nas amostras fecais foi Cichlidae (59,5%), seguida por Curimatidae (32,6%). Outras famílias, encontradas em menor freqüência, foram Erythrinidae, Heptapteridae, Characidae, Mugilidae, Callichthyidae e Synbranchidae. Foi verificada uma dieta variada, reflexo, em parte, da influência dos ecossistemas adjacentes sobre a área de estudo. Palavras-chave: lontra neotropical, Lontra longicaudis, itens alimentares, Planície Costeira

Javalis e porcos ferais (Suidae, Sus scrofa) na Restinga de Rio Grande, RS, Brasil: ecossistemas de ocorrência e dados preliminares sobre impactos ambientais

The present work reports the ecosystems of occurrence of wild boars and feral pigs (Sus scrofa) in the Restinga of Rio Grande, Southern Lagunar Plain of Rio Grande do Sul State, besides showing preliminary data on environmental impacts. Between November 2006 and February 2009 the presence of S. scrofa was recorded in the following ecosystems: restinga woods (peat wood and sandy riparian wood), salt marsh, coastal dune formations, and oceanic beach. In relation to the phenotypical types, wild boars were found within both wood formations, while feral pigs were sighted within and around the borders of the peat wood. It was not possible to determine the occurring phenotypical types in the salt marsh and coastal dunes, since the presence of S. scrofa in these environments was recorded through the identification of footprints, feces and rooting. The largest rooted area was found in the salt marsh with 49 meter length. The removal of the gramineous and herbaceous vegetation, and seedlings and saplings of arboreal species was verified in rooted areas. Seeds of Syagrus romanzoffiana were identified in fecal samples within the peat wood. These are the first records of wild boars in coastal restinga environments. These accounts include the city of Rio Grande in the list of cities with confirmed occurrence of the species living in the wild, currently amounting to 32 localities.Key words: invasive exotic species, restinga woods, salt marsh, Suidae.O presente trabalho reporta os ecossistemas de ocorrência de javalis e porcos asselvajados (Sus scrofa) na Restinga de Rio Grande, região sul da Planície Lagunar do Rio Grande do Sul, além de trazer observações preliminares sobre impactos ambientais. Entre novembro de 2006 e fevereiro de 2009, foi registrada a presença de S. scrofa nos seguintes ecossistemas: matas de restinga (mata paludosa e mata arenosa ciliar), pântano salobro, cordão de dunas costeiras e praia oceânica. Em relação aos tipos fenotípicos, javalis foram observados no interior de ambos os fragmentos florestais, enquanto porcos domésticos foram encontrados no interior e na borda da mata palustre. Não foi possível determinar o fenótipo de ocorrência no cordão de dunas costeiras e no pântano salobro, mas a presença de S. scrofa nesses ambientes foi registrada através da identificação de pegadas, fezes e escavações. A maior área escavada foi localizada no pântano salobro, apresentando 49m de extensão. Foi verificada a remoção da vegetação gramínea e herbácea e de plântulas e plantas jovens de espécies arbóreas nas áreas acometidas por escavações. Sementes de Syagrus romanzoffiana foram identificadas em amostras de fezes no interior da mata palustre. Estes representam os primeiros registros de javalis asselvajados nos ambientes de restingas costeiras do Estado, incluindo o município de Rio Grande na relação dos municípios rio-grandenses com ocorrência confirmada da espécie em vida livre, que até o momento somam 32 localidades. Palavras-chave: espécie exótica invasora, matas de restinga, pântano salobro, Suidae

Distribuição e conservação do rato-do-bambu Kannabateomys amblyonyx (Rodentia, Echimyidae) no Estado de Minas Gerais, Brasil

This note reports data on occurrence of the echimyid Kannabateomys amblyonyx in Minas Gerais State, southeastern Brazil. Data were obtained from consult to 26 museums, bibliography search and field sampling. We found nine municipalities with species records, eight within the Atlantic Forest biome and one in the transitional area between the Atlantic Forest and Cerrado. Habitats occupied comprised bamboo groves in Montane Stational Semidecidual Forest, Submontane Stational Semidecidual Forest and bamboo patches located in middle of open area, originally covered by Submontane Stational Semidecidual Forest. Potential impacts detected were deforestation, fires, hunting and the presence of livestock and domestic dogs. Key words: bamboo rat, Atlantic Forest, threats, records.Este trabalho apresenta dados sobre a ocorrência do equimídeo Kannabateomys amblyonyx no Estado de Minas Gerais, sudeste do Brasil. Dados foram obtidos a partir de consultas a 26 museus, pesquisa bibliográfica e de amostragens de campo. Encontramos nove municípios com registros da espécie, sendo oito inseridos no bioma Mata Atlântica e um em área de transição entre Mata Atlântica e Cerrado. Os habitats ocupados compreenderam bambuzais em Floresta Estacional Semidecidual Montana, Floresta Estacional Semidecidual Submontana e manchas de bambu localizadas em meio a áreas aberta, originalmente coberta por Floresta Estacional Semidecidual Submontana. Os potenciais impactos detectados foram desmatamento, queimadas, caça e presença de gado e cães domésticos.Palavras-chave: rato-do-bambu, Mata Atlântica, ameaças, registros

Genetic and microenvironmental intra-tumor heterogeneity impacts colorectal cancer evolution and metastatic development

© The Author(s) 2022 Open Access This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License, which permits use, sharing, adaptation, distribution and reproduction in any medium or format, as long as you give appropriate credit to the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons license, and indicate if changes were made. The images or other third party material in this article are included in the article’s Creative Commons license, unless indicated otherwise in a credit line to the material. If material is not included in the article’s Creative Commons license and your intended use is not permitted by statutory regulation or exceeds the permitted use, you will need to obtain permission directly from the copyright holder. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.Colorectal cancer (CRC) is a highly diverse disease, where different genomic instability pathways shape genetic clonal diversity and tumor microenvironment. Although intra-tumor heterogeneity has been characterized in primary tumors, its origin and consequences in CRC outcome is not fully understood. Therefore, we assessed intra- and inter-tumor heterogeneity of a prospective cohort of 136 CRC samples. We demonstrate that CRC diversity is forged by asynchronous forms of molecular alterations, where mutational and chromosomal instability collectively boost CRC genetic and microenvironment intra-tumor heterogeneity. We were able to depict predictor signatures of cancer-related genes that can foresee heterogeneity levels across the different tumor consensus molecular subtypes (CMS) and primary tumor location. Finally, we show that high genetic and microenvironment heterogeneity are associated with lower metastatic potential, whereas late-emerging copy number variations favor metastasis development and polyclonal seeding. This study provides an exhaustive portrait of the interplay between genetic and microenvironment intra-tumor heterogeneity across CMS subtypes, depicting molecular events with predictive value of CRC progression and metastasis development.This work was financed by national funds from FCT - Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., in the scope of the project UIDP/04378/2020 and UIDB/04378/2020 of the Research Unit on Applied Molecular Biosciences - UCIBIO and the project LA/P/0140/2020 of the Associate Laboratory Institute for Health and Bioeconomy - i4HB. This research was also funded by: PTDC/MED-ONC/28660/2017 from Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) to A.R.G. A.R.G is recipient of Researcher Grant CEECIND/02699/2017 from FCT. The biobanking of CRC samples from Hospital Santa Maria, Lisbon, Portugal was supported by FCT research grant PIC/IC/82821/2007. This work was produced with the support of INCD funded by FCT and FEDER under the project 22153-01/SAICT/2016.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Photography-based taxonomy is inadequate, unnecessary, and potentially harmful for biological sciences

The question whether taxonomic descriptions naming new animal species without type specimen(s) deposited in collections should be accepted for publication by scientific journals and allowed by the Code has already been discussed in Zootaxa (Dubois & Nemésio 2007; Donegan 2008, 2009; Nemésio 2009a–b; Dubois 2009; Gentile & Snell 2009; Minelli 2009; Cianferoni & Bartolozzi 2016; Amorim et al. 2016). This question was again raised in a letter supported by 35 signatories published in the journal Nature (Pape et al. 2016) on 15 September 2016. On 25 September 2016, the following rebuttal (strictly limited to 300 words as per the editorial rules of Nature) was submitted to Nature, which on 18 October 2016 refused to publish it. As we think this problem is a very important one for zoological taxonomy, this text is published here exactly as submitted to Nature, followed by the list of the 493 taxonomists and collection-based researchers who signed it in the short time span from 20 September to 6 October 2016

Aspectos filogeográficos e taxonômicos de DELTAMYS E SCAPTEROMYS (CRICETIDAE: SIGMODONTINAE)

A tribo Akodontini corresponde a segunda maior tribo de roedores sigmodontíneos, compreendendo 13 gêneros e mais de 100 espécies reconhecidas. Os gêneros Deltamys e Scapteromys abrigam akodontes distribuídos em áreas úmidas do Brasil meridional, Uruguai e nordeste da Argentina. Este estudo objetivou investigar a variabilidade genética e morfológica, padrões filogeográficos e eventos demográficos históricos em Scapteromys no Brasil e Uruguai e Deltamys em toda a sua distribuição. Análises de seqüências do gene mitocondrial citocromo b (cit b) revelaram que os cariomorfos 2n=34 e 2n=36 de Scapteromys procedentes do Planalto Meridional correspondem a uma única espécie, nova e aqui descrita, internamente subestruturada. Essa estruturação, no entanto, não corresponde aos cariótipos. Scapteromys meridionalis sp.n. possui pelagem comparativamente escurecida e menores valores na maioria das medidas externas e craniométricas. Também é distinguível de S. tumidus pela forma do processo hamular do pterigóide e morfologia plantar do manus. A análise filogeográfica de S. tumidus revelou a estruturação deste táxon em três haplogrupos, sendo um destes, ocorrente no extremo norte da distribuição da espécie e porção central da planície costeira do Rio Grande do Sul (RS), marcadamente divergente em seqüências de cit b e na forma do crânio. Foi observado um evento de expansão demográfica temporalmente coincidente com o início da formação da planície costeira do RS. Deltamys kempi apresentou um padrão filogeográfico bem estruturado, caracterizado por diversas diferenciações locais e poucos haplótipos compartilhados entre localidades. Assim como em estudos precedentes, foram identificados dois clados mitocondriais, apoiados por diferenças craniométricas. Nossos resultados indicam que a quebra filogeográfica observada tanto em D. kempi quanto em S. tumidus pode estar relacionada à evolução geológica da planície costeira do RS e conseqüente formação do canal do estuário da Lagoa dos Patos, que 13 pode representar uma barreira geográfica para o fluxo gênico histórico. Similarmente a S. meridinalis, uma nova linhagem de Deltamys divergente a nível específico é reconhecida e apresentada, porém ainda não descrita. Esta linhagem é encontrada em uma única localidade no Planalto Meridional do RS e mostrou-se, segundo análises de sequências de cit b, irmã de Deltamys sp. (2n=40), outra linhagem também ocorrente no Planalto Meridional e ainda não formalmente descrita. É possível que a diferenciação no gênero Deltamys tenha sido direcionada por eventos de dispersão e isolamento em diferentes gradientes altitudinais na porção leste riograndense da bacia geológica do Paraná. Dada a existencia de um maior esforço em análises filogeográficas de espécies e gêneros de sigmodontíneos em sistemas tropicais, este estudo representa uma significativa contribuição aos processos evolutivos na região subtropical, ainda pouco explorado também para outras espécies. Os padrões encontrados podem ser contrastados em futuras abordagens com organismos diversos.The tribe Akodontini represents the second largest tribe of sigmodontine rodents, comprising 13 genera and more than 100 recognized species. The genera Deltamys and Scapteromys compass akodonts distributed in wetlands of southern Brazil, Uruguay and northeastern Argentina. The present study aimed to investigate the genetic and morphological variability, phylogeographic patterns and historical demographic events in Scapteromys from Brazil and Uruguay and Deltamys along its whole distribution. Analysis of sequences of the mitochondrial gene citochromo b (cyt b) revealed that the karyomorphs 2n=34 and 2n=36 of Meridional Plateau Scapteromys correspond to a single species, internally substructured. This structure, therefore, does not correspond to the karyotypes. Scapteromys meridionalis sp.n. has comparatively darker pelage and smaller values of most external and craniometric measurements. It is also distinguishable from S. tumidus by the shape of hamular process of pterygoid and morphology of manus surface. The phylogeographic analysis of S. tumidus revealed that this taxon is structured in three haplogroups, one of them occurring in the extreme north of the species distribution and Central Rio Grande do Sul (RS) coastal plain markedly divergent in cyt b sequences and skull shape. We observed a demographic expansion event temporally coincident with the beginning of the formation of RS coastal plain. Deltamys kempi presented a well structured phylogeographic pattern, characterized by several local differentiations and few haplotypes shared by sampled localities. As in previous studies, two mitochondrial clades were identified, supported by craniometrical differences. Our results indicate that the phylogeographic break observed both in D. kempi and S. tumidus can be related to the geological evolution of RS coastal plain and consequent formation of the Patos lagoon 15 estuarine channel, which may represent a geographic barrier to the historical gene flow. Finally, a new Deltamys lineage divergent at specific level is presented. This lineage is known from a single locality in RS Meridional Plateau and appears in cyt b sequences analysis as sister of Deltamys sp. (2n=40), another undescribed form from Meridional Plateau. It is possible that the differentiation in Deltamys genus have been driven by events of dispersion and isolation along distinct altitudinal gradients in RS eastern portion of the Paraná geological basin. Given the existence of a larger effort in phylogeographic analyzes of species and genera of sigmodontines in tropical systems, this study represents a significant contribution to the evolutionary processes in the subtropical region, yet little investigated also for other species. Patterns found herein can be also contrasted to other organisms in further studies