Migration of a cloud-based microservice platform to a container solution

Este trabajo presenta las labores realizadas durante 6 meses de prácticas en Gandi SAS, en el proyecto Caliopen. Caliopen es un proyecto open-source de mensajería orientado a respetar la privacidad de sus usuarios. El objetivo del trabajo es la administración y mejora de la plataforma de mensajería del proyecto, haciéndola evolucionar a una solución estable y escalable. La memoria describe el estudio y la implantación de una solución basada en Kubernetes para la nueva plataforma, desplegada en la plataforma de IaaS de Gandi. En el proceso también se describen las diferentes herramientas y utilidades desarrolladas, así como la solución implementada para monitorizar el sistema

Forest diversity effects on insect herbivores: do leaf traits matter?

Insect herbivore damage and abundance are often reduced in diverse plant stands. However, few studies have explored whether this phenomenon is a result of plant diversity effects on host plant traits. We explored indirect effects of tree species diversity on herbivory via changes in leaf traits in a long-term forest diversity experiment in Finland. We measured 16 leaf traits and leaf damage by four insect guilds (chewers, gall formers, leaf miners and rollers) on silver birch (Betula pendula) trees growing in one-, two-, three- and five-species mixtures. A decline in the frequency of birch in mixed stands resulted in reduced leaf area. This, in turn, mediated the reduction in chewing damage in mixed stands. In contrast, associational resistance of birch to leaf miners was not trait-mediated but driven directly by concurrent declines in birch frequency as tree species richness increased. Our results show that leaf trait variation across the diversity gradient might promote associational resistance, but these patterns are driven by an increase in the relative abundance of heterospecifics rather than by tree species richness per se. Therefore, accounting for concurrent changes in stand structure and key foliar traits is important for the interpretation of plant diversity effects and predictions of associational patterns

Soil microbial CNP and respiration responses to organic matter and nutrient additions: evidence from a tropical soil incubation

Soil nutrient availability has a strong influence on the fate of soil carbon (C) during microbial decomposition, contributing to Earth's C balance. While nutrient availability itself can impact microbial physiology and C partitioning between biomass and respiration during soil organic matter decomposition, the availability of labile C inputs may mediate the response of microorganisms to nutrient additions. As soil organic matter is decomposed, microorganisms retain or release C, nitrogen (N) or phosphorus (P) to maintain a stoichiometric balance. Although the concept of a microbial stoichiometric homeostasis has previously been proposed, microbial biomass CNP ratios are not static, and this may have very relevant implications for microbial physiological activities. Here, we tested the hypothesis that N, P and potassium (K) nutrient additions impact C cycling in a tropical soil due to microbial stoichiometric constraints to growth and respiration, and that the availability of energy-rich labile organic matter in the soil (i.e. leaf litter) mediates the response to nutrient addition. We incubated tropical soil from French Guiana with a ¹³C labeled leaf litter addition and with mineral nutrient additions of +K, +N, +NK, +PK and +NPK for 30 days. We found that litter additions led to a ten-fold increase in microbial respiration and a doubling of microbial biomass C, along with greater microbial N and P content. We found some evidence that P additions increased soil CO² fluxes. Additionally, we found microbial biomass CP and NP ratios varied more widely than CN in response to nutrient and organic matter additions, with important implications for the role of microorganisms in C cycling. The addition of litter did not prime soil organic matter decomposition, except in combination with +NK fertilization, indicating possible P-mining of soil organic matter in this P-poor tropical soil. Together, these results point toward an ultimate labile organic substrate limitation of soil microorganisms in this tropical soil, but also indicate a complex interaction between C, N, P and K availability. This highlights the difference between microbial C cycling responses to N, P, or K additions in the tropics and explains why coupled C, N and P cycling modeling efforts cannot rely on strict microbial stoichiometric homeostasis as an underlying assumption

Impact of oil on bacterial community structure in bioturbated sediments

Oil spills threaten coastlines where biological processes supply essential ecosystem services. Therefore, it is crucial to understand how oil influences the microbial communities in sediments that play key roles in ecosystem functioning. Ecosystems such as sediments are characterized by intensive bioturbation due to burrowing macrofauna that may modify the microbial metabolisms. It is thus essential to consider the bioturbation when determining the impact of oil on microbial communities. In this study, an experimental laboratory device maintaining pristine collected mudflat sediments in microcosms closer to true environmental conditions - with tidal cycles and natural seawater - was used to simulate an oil spill under bioturbation conditions. Different conditions were applied to the microcosms including an addition of: standardized oil (Blend Arabian Light crude oil, 25.6 mg.g21 wet sediment), the common burrowing organism Hediste (Nereis) diversicolor and both the oil and H. diversicolor. The addition of H. diversicolor and its associated bioturbation did not affect the removal of petroleum hydrocarbons. After 270 days, 60% of hydrocarbons had been removed in all microcosms irrespective of the H. diversicolor addition. However, 16S-rRNA gene and 16S-cDNA T-RFLP and RT-PCR-amplicon libraries analysis showed an effect of the condition on the bacterial community structure, composition, and dynamics, supported by PerMANOVA analysis. The 16S-cDNA libraries from microcosms where H. diversicolor was added (oiled and un-oiled) showed a marked dominance of sequences related to Gammaproteobacteria. However, in the oiled-library sequences associated to Deltaproteobacteria and Bacteroidetes were also highly represented. The 16S-cDNA libraries from oiled-microcosms (with and without H. diversicolor addition) revealed two distinct microbial communities characterized by different phylotypes associated to known hydrocarbonoclastic bacteria and dominated by Gammaproteobacteria and Deltaproteobacteria. In the oiled-microcosms, the addition of H. diversicolor reduced the phylotype-richness, sequences associated to Actinobacteria, Firmicutes and Plantomycetes were not detected. These observations highlight the influence of the bioturbation on the bacterial community structure without affecting the biodegradation capacities

Nutrient limitations to bacterial and fungal growth during cellulose decomposition in tropical forest soils

Nutrients constrain the soil carbon cycle in tropical forests, but we lack knowledge on how these constraints vary within the soil microbial community. Here, we used in situ fertilization in a montane tropical forest and in two lowland tropical forests on contrasting soil types to test the principal hypothesis that there are different nutrient constraints to different groups of microorganisms during the decomposition of cellulose. We also tested the hypotheses that decomposers shift from nitrogen to phosphorus constraints from montane to lowland forests, respectively, and are further constrained by potassium and sodium deficiency in the western Amazon. Cellulose and nutrients (nitrogen, phosphorus, potassium, sodium, and combined) were added to soils in situ, and microbial growth on cellulose (phospholipid fatty acids and ergosterol) and respiration were measured. Microbial growth on cellulose after single nutrient additions was highest following nitrogen addition for fungi, suggesting nitrogen as the primary limiting nutrient for cellulose decomposition. This was observed at all sites, with no clear shift in nutrient constraints to decomposition between lowland and montane sites. We also observed positive respiration and fungal growth responses to sodium and potassium addition at one of the lowland sites. However, when phosphorus was added, and especially when added in combination with other nutrients, bacterial growth was highest, suggesting that bacteria out-compete fungi for nitrogen where phosphorus is abundant. In summary, nitrogen constrains fungal growth and cellulose decomposition in both lowland and montane tropical forest soils, but additional nutrients may also be of critical importance in determining the balance between fungal and bacterial decomposition of cellulose

Diversité des litières et cycles biogéochimiques en forêt tropicale humide

The high tree species diversity in Amazonian rainforest translates into a high variation of leaf litter quality input to the soil. These inputs constitute a major resource of nutrients and energy for saprophageous organisms, particularly in tropical rainforests growing on old and highly weathered soils and consequently impoverished in rock-derived mineral nutrients. However the consequences of such leaf litter heterogeneity for belowground functioning are still poorly understood. In this thesis, I aim to develop a better mechanistic understanding of leaf litter quality effects and litter diversity on decomposition. Using a factorial fertilization of carbon (C), nitrogen (N), phosphorus (P) and a wide range of leaf litter C : N : P stoichiometries (derived from different tree species) in French Guiana rainforest and in laboratory, I aim to assess the nature and the extent of energetic and nutritional constraints imposed by litter quality on decomposer activities. Although the litter mass loss in this study system is greatly explained by the litter C quality, suggesting a strong control of energy availability on decomposition, external C additions do not alleviate this apparent energetic constraint. However, I find that litter decomposition is conjointly limited by N and P and that the extent of this NP co-limitation is widely related to leaf litter P content and to litter N : P stoichiometry. Thus, even if P appears more profoundly limiting in this system (in accordance to the well-recognized P deficiency hypothesis in tropical rainforest), the litter N access seems also constrain the decomposition. Moreover, I find significant litter diversity effects in litter mixtures and most of them are synergistics (observed mass loss in mixture was more often higher than predicted mass loss on the basis of single species decomposition). These litter diversity effects are largely higher in presence of soil fauna and increase with stoichiometric dissimilarity in mixtures. In other words, the association of stoichiometrically dissimilar litter appear promote a better nutritional balance for the saprophageaous fauna, and thus, stimulate the decomposition. Finally, I show that synergistic effects in mixtures are reinforced toward long-term presence of tree species contributing to the litter mixtures. This result suggest that complementarity effects on mixed litter decomposition may emerge through long-term interactions between aboveground and belowground biota.Malgré l'importance reconnue des forêts tropicales humides dans la régulation du climat et du cycle global du carbone, la biogéochimie des forêts tropicales reste moins bien appréhendée que celle d'autres biomes. En particulier, il existe encore de larges incertitudes quant aux limitations nutritives des processus ou encore sur le rôle de la diversité pour les fonctions écosystémiques. La diversité spécifique élevée des arbres de forêt amazonienne se traduit localement par une forte hétérogénéité de la qualité des apports de litière foliaire, ces apports constituant une ressource primordiale d'énergie et de nutriments pour les organismes saprophages. Cependant les conséquences d'une telle hétérogénéité des litières pour le fonctionnement souterrain sont encore peu connues dans ce milieu. L'objectif de cette thèse est d'établir une compréhension mécaniste des effets de la qualité des apports de litière ainsi que du rôle de leur diversité sur la décomposition. J'ai combiné des fertilisations factorielles de carbone (C), d'azote (N) et de phosphore (P) à l'utilisation d'une large gamme de stœchiométrie C : N : P des litières (issues de différentes espèces d'arbres) en forêt tropicale de Guyane française et en laboratoire pour évaluer la nature et l'étendue des contraintes énergétiques et nutritives imposées par la qualité des litières sur les activités des décomposeurs. Bien que la perte en masse des litières dans ce système d'étude apparaît largement expliquée par la qualité des différentes formes de C des litières, suggérant un fort contrôle de la disponibilité en énergie sur la décomposition, les ajouts externes de C n'ont pas permis de mettre en évidence cette apparente contrainte énergétique. Cependant, je montre que la décomposition des litières tropicales est limitée conjointement par N et P, et que l'amplitude de cette co-limitation est fortement reliée à la disponibilité en P des litières ainsi qu'à leur stœchiométrie N : P. Ainsi, même si le P apparaît plus profondément limitant dans ce système (en accord avec l'hypothèse généralement admise d'un fort déficit en P en forêt tropicale humide), l'accès à l'N foliaire semble également contraindre la décomposition. Je mets également en évidence des effets de diversité des mélanges de litières, pour la plupart synergiques (les taux de décomposition observés des mélanges étaient généralement plus élevés que ceux prédits à partir des taux de décomposition des espèces seules) et largement amplifiés par la présence de la faune détritivore. De plus, en présence de faune, il apparaît qu'une forte dissimilarité stœchiométrique dans les mélanges de litières favorise des effets synergiques. Autrement dit, l'association de litières ayant des stœchiométries dissimilaires semble favoriser un meilleur équilibre nutritionnel pour la faune saprophage, stimulant ainsi la décomposition. Finalement, je montre que ces effets synergiques dans les mélanges sont renforcés à travers les effets à long terme des apports de litières issus des différentes espèces d'arbres contribuant à ces mélanges. Ce résultat suggère que la complémentarité de l'utilisation des ressources émerge à travers des interactions à long terme entre les arbres et les organismes décomposeurs

Litter diversity and biogeochemical cycles in tropical rainforest of French Guiana

Malgré l'importance reconnue des forêts tropicales humides dans la régulation du climat et du cycle global du carbone, la biogéochimie des forêts tropicales reste moins bien appréhendée que celle d'autres biomes. En particulier, il existe encore de larges incertitudes quant aux limitations nutritives des processus ou encore sur le rôle de la diversité pour les fonctions écosystémiques. La diversité spécifique élevée des arbres de forêt amazonienne se traduit localement par une forte hétérogénéité de la qualité des apports de litière foliaire, ces apports constituant une ressource primordiale d'énergie et de nutriments pour les organismes saprophages. Cependant les conséquences d'une telle hétérogénéité des litières pour le fonctionnement souterrain sont encore peu connues dans ce milieu. L'objectif de cette thèse est d'établir une compréhension mécaniste des effets de la qualité des apports de litière ainsi que du rôle de leur diversité sur la décomposition. J'ai combiné des fertilisations factorielles de carbone (C), d'azote (N) et de phosphore (P) à l'utilisation d'une large gamme de stœchiométrie C : N : P des litières (issues de différentes espèces d'arbres) en forêt tropicale de Guyane française et en laboratoire pour évaluer la nature et l'étendue des contraintes énergétiques et nutritives imposées par la qualité des litières sur les activités des décomposeurs. Bien que la perte en masse des litières dans ce système d'étude apparait largement expliquée par la qualité des différentes formes de C des litières, suggérant un fort contrôle de la disponibilité en énergie sur la décomposition, les ajouts externes de C n'ont pas permis de mettre en évidence cette apparente contrainte énergétique. Cependant, je montre que la décomposition des litières tropicales est limitée conjointement par N et P, et que l'amplitude de cette co-limitation est fortement reliée à la disponibilité en P des litières ainsi qu'à leur stœchiométrie N : P. Ainsi, même si le P apparaît plus profondément limitant dans ce système (en accord avec l'hypothèse généralement admise d'un fort déficit en P en forêt tropicale humide), l'accès à l'N foliaire semble également contraindre la décomposition. Je mets également en évidence des effets de diversité des mélanges de litières, pour la plupart synergiques (les taux de décomposition observés des mélanges étaient généralement plus élevés que ceux prédits à partir des taux de décomposition des espèces seules) et largement amplifiés par la présence de la faune détritivore. De plus, en présence de faune, il apparait qu'une forte dissimilarité stœchiométrique dans les mélanges de litières favorise des effets synergiques. Autrement dit, l'association de litières ayant des stœchiométries dissimilaires semble favoriser un meilleur équilibre nutritionnel pour la faune saprophage, stimulant ainsi la décomposition. Finalement, je montre que ces effets synergiques dans les mélanges sont renforcés à travers les effets à long terme des apports de litières issus des différentes espèces d'arbres contribuant à ces mélanges. Ce résultat suggère que la complémentarité de l'utilisation des ressources émerge à travers des interactions à long terme entre les arbres et les organismes décomposeurs.The high tree species diversity in Amazonian rainforest translates into a high variation of leaf litter quality input to the soil. These inputs constitute a major resource of nutrients and energy for saprophageous organisms, particularly in tropical rainforests growing on old and highly weathered soils and consequently impoverished in rock-derived mineral nutrients. However the consequences of such leaf litter heterogeneity for belowground functioning are still poorly understood. In this thesis, I aim to develop a better mechanistic understanding of leaf litter quality effects and litter diversity on decomposition. Using a factorial fertilization of carbon (C), nitrogen (N), phosphorus (P) and a wide range of leaf litter C : N : P stoichiometries (derived from different tree species) in French Guiana rainforest and in laboratory, I aim to assess the nature and the extent of energetic and nutritional constraints imposed by litter quality on decomposer activities. Although the litter mass loss in this study system is greatly explained by the litter C quality, suggesting a strong control of energy availability on decomposition, external C additions do not alleviate this apparent energetic constraint. However, I find that litter decomposition is conjointly limited by N and P and that the extent of this NP co-limitation is widely related to leaf litter P content and to litter N : P stoichiometry. Thus, even if P appears more profoundly limiting in this system (in accordance to the well-recognized P deficiency hypothesis in tropical rainforest), the litter N access seems also constrain the decomposition. Moreover, I find significant litter diversity effects in litter mixtures and most of them are synergistics (observed mass loss in mixture was more often higher than predicted mass loss on the basis of single species decomposition). These litter diversity effects are largely higher in presence of soil fauna and increase with stoichiometric dissimilarity in mixtures. In other words, the association of stoichiometrically dissimilar litter appear promote a better nutritional balance for the saprophageaous fauna, and thus, stimulate the decomposition. Finally, I show that synergistic effects in mixtures are reinforced toward long-term presence of tree species contributing to the litter mixtures. This result suggest that complementarity effects on mixed litter decomposition may emerge through long-term interactions between aboveground and belowground biota

Litter diversity and biogeochemical cycles in tropical rainforest of French Guiana

Malgré l'importance reconnue des forêts tropicales humides dans la régulation du climat et du cycle global du carbone, la biogéochimie des forêts tropicales reste moins bien appréhendée que celle d'autres biomes. En particulier, il existe encore de larges incertitudes quant aux limitations nutritives des processus ou encore sur le rôle de la diversité pour les fonctions écosystémiques. La diversité spécifique élevée des arbres de forêt amazonienne se traduit localement par une forte hétérogénéité de la qualité des apports de litière foliaire, ces apports constituant une ressource primordiale d'énergie et de nutriments pour les organismes saprophages. Cependant les conséquences d'une telle hétérogénéité des litières pour le fonctionnement souterrain sont encore peu connues dans ce milieu. L'objectif de cette thèse est d'établir une compréhension mécaniste des effets de la qualité des apports de litière ainsi que du rôle de leur diversité sur la décomposition. J'ai combiné des fertilisations factorielles de carbone (C), d'azote (N) et de phosphore (P) à l'utilisation d'une large gamme de stœchiométrie C : N : P des litières (issues de différentes espèces d'arbres) en forêt tropicale de Guyane française et en laboratoire pour évaluer la nature et l'étendue des contraintes énergétiques et nutritives imposées par la qualité des litières sur les activités des décomposeurs. Bien que la perte en masse des litières dans ce système d'étude apparait largement expliquée par la qualité des différentes formes de C des litières, suggérant un fort contrôle de la disponibilité en énergie sur la décomposition, les ajouts externes de C n'ont pas permis de mettre en évidence cette apparente contrainte énergétique. Cependant, je montre que la décomposition des litières tropicales est limitée conjointement par N et P, et que l'amplitude de cette co-limitation est fortement reliée à la disponibilité en P des litières ainsi qu'à leur stœchiométrie N : P. Ainsi, même si le P apparaît plus profondément limitant dans ce système (en accord avec l'hypothèse généralement admise d'un fort déficit en P en forêt tropicale humide), l'accès à l'N foliaire semble également contraindre la décomposition. Je mets également en évidence des effets de diversité des mélanges de litières, pour la plupart synergiques (les taux de décomposition observés des mélanges étaient généralement plus élevés que ceux prédits à partir des taux de décomposition des espèces seules) et largement amplifiés par la présence de la faune détritivore. De plus, en présence de faune, il apparait qu'une forte dissimilarité stœchiométrique dans les mélanges de litières favorise des effets synergiques. Autrement dit, l'association de litières ayant des stœchiométries dissimilaires semble favoriser un meilleur équilibre nutritionnel pour la faune saprophage, stimulant ainsi la décomposition. Finalement, je montre que ces effets synergiques dans les mélanges sont renforcés à travers les effets à long terme des apports de litières issus des différentes espèces d'arbres contribuant à ces mélanges. Ce résultat suggère que la complémentarité de l'utilisation des ressources émerge à travers des interactions à long terme entre les arbres et les organismes décomposeurs.The high tree species diversity in Amazonian rainforest translates into a high variation of leaf litter quality input to the soil. These inputs constitute a major resource of nutrients and energy for saprophageous organisms, particularly in tropical rainforests growing on old and highly weathered soils and consequently impoverished in rock-derived mineral nutrients. However the consequences of such leaf litter heterogeneity for belowground functioning are still poorly understood. In this thesis, I aim to develop a better mechanistic understanding of leaf litter quality effects and litter diversity on decomposition. Using a factorial fertilization of carbon (C), nitrogen (N), phosphorus (P) and a wide range of leaf litter C : N : P stoichiometries (derived from different tree species) in French Guiana rainforest and in laboratory, I aim to assess the nature and the extent of energetic and nutritional constraints imposed by litter quality on decomposer activities. Although the litter mass loss in this study system is greatly explained by the litter C quality, suggesting a strong control of energy availability on decomposition, external C additions do not alleviate this apparent energetic constraint. However, I find that litter decomposition is conjointly limited by N and P and that the extent of this NP co-limitation is widely related to leaf litter P content and to litter N : P stoichiometry. Thus, even if P appears more profoundly limiting in this system (in accordance to the well-recognized P deficiency hypothesis in tropical rainforest), the litter N access seems also constrain the decomposition. Moreover, I find significant litter diversity effects in litter mixtures and most of them are synergistics (observed mass loss in mixture was more often higher than predicted mass loss on the basis of single species decomposition). These litter diversity effects are largely higher in presence of soil fauna and increase with stoichiometric dissimilarity in mixtures. In other words, the association of stoichiometrically dissimilar litter appear promote a better nutritional balance for the saprophageaous fauna, and thus, stimulate the decomposition. Finally, I show that synergistic effects in mixtures are reinforced toward long-term presence of tree species contributing to the litter mixtures. This result suggest that complementarity effects on mixed litter decomposition may emerge through long-term interactions between aboveground and belowground biota.MONTPELLIER-BU Sciences (341722106) / SudocSudocFranceF

Functional diversity of terrestrial microbial decomposers and their substrates -

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