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The VALUE perfect predictor experiment: evaluation of temporal variability
Temporal variability is an important feature of climate, comprising systematic vari-ations such as the annual cycle, as well as residual temporal variations such asshort-term variations, spells and variability from interannual to long-term trends.The EU-COST Action VALUE developed a comprehensive framework to evaluatedownscaling methods. Here we present the evaluation of the perfect predictorexperiment for temporal variability. Overall, the behaviour of the differentapproaches turned out to be as expected from their structure and implementation.The chosen regional climate model adds value to reanalysis data for most consid-ered aspects, for all seasons and for both temperature and precipitation. Bias cor-rection methods do not directly modify temporal variability apart from the annualcycle. However, wet day corrections substantially improve transition probabilitiesand spell length distributions, whereas interannual variability is in some cases dete-riorated by quantile mapping. The performance of perfect prognosis (PP) statisticaldownscaling methods varies strongly from aspect to aspect and method to method,and depends strongly on the predictor choice. Unconditional weather generatorstend to perform well for the aspects they have been calibrated for, but underrepre-sent long spells and interannual variability. Long-term temperature trends of thedriving model are essentially unchanged by bias correction methods. If precipita-tion trends are not well simulated by the driving model, bias correction furtherdeteriorates these trends. The performance of PP methods to simulate trendsdepends strongly on the chosen predictors.VALUE has been funded as EU COST Action ES1102
Resource-oriented therapeutic models in psychiatry:conceptual review
International audienc
Intercomparison and developement of statistical models for climate downscaling
L’étude de la variabilité du climat est désormais indispensable pour anticiper les conséquences des changements climatiques futurs. Nous disposons pour cela de quantité de données issues de modèles de circulation générale (GCMs). Néanmoins, ces modèles ne permettent qu’une résolution partielle des interactions entre le climat et les activités humaines entre autres parce que ces modèles ont des résolutions spatiales souvent trop faibles. Il existe aujourd’hui toute une variété de modèles répondant à cette problématique et dont l’objectif est de générer des variables climatiques à l’échelle locale àpartir de variables à grande échelle : ce sont les modèles de régionalisation ou encore appelés modèles de réduction d’échelle spatiale ou de downscaling en anglais.Cette thèse a pour objectif d’approfondir les connaissances à propos des modèles de downscaling statistiques (SDMs) parmi lesquels on retrouve plusieurs approches. Le travail s’articule autour de quatre objectifs : (i) comparer des modèles de réduction d’échelle statistiques (et dynamiques), (ii) étudier l’influence des biais des GCMs sur les SDMs au moyen d’une procédure de correction de biais, (iii) développer un modèle de réduction d’échelle qui prenne en compte la non-stationnarité spatiale et temporelle du climat dans un contexte de modélisation dite spatiale et enfin, (iv) établir une définitiondes saisons à partir d’une modélisation des régimes de circulation atmosphérique ou régimes de temps.L’intercomparaison de modèles de downscaling a permis de mettre au point une méthode de sélection de modèles en fonction des besoins de l’utilisateur. L’étude des biais des GCMs révèle une influence indéniable de ces derniers sur les sorties de SDMs et les apports de la correction des biais. Les différentes étapes du développement d’un modèle spatial de réduction d’échelle donnent des résultats très encourageants. La définition des saisons par des régimes de temps se révèle être un outil efficace d’analyse et de modélisation saisonnière.Tous ces travaux de “Climatologie Statistique” ouvrent des perspectives pertinentes, non seulement en termes méthodologiques ou de compréhension de climat à l’échelle locale, mais aussi d’utilisations par les acteurs de la société.The study of climate variability is vital in order to understand and anticipate the consequences of future climate changes. Large data sets generated by general circulation models (GCMs) are currently available and enable us to conduct studies in that direction. However, these models resolve only partially the interactions between climate and human activities, namely du to their coarse resolution. Nowadays there is a large variety of models coping with this issue and aiming at generating climate variables at local scale from large-scale variables : the downscaling models.The aim of this thesis is to increase the knowledge about statistical downscaling models (SDMs) wherein there is many approaches. The work conducted here pursues four main goals : (i) to discriminate statistical (and dynamical) downscaling models, (ii) to study the influences of GCMs biases on the SDMs through a bias correction scheme, (iii) to develop a statistical downscaling model accounting for climate spatial and temporal non-stationarity in a spatial modelling context and finally, (iv) to define seasons thanks to a weather typing modelling.The intercomparison of downscaling models led to set up a model selection methodology according to the end-users needs. The study of the biases of the GCMs reveals the impacts of those biases on the SDMs simulations and the positive contributions of the bias correction procedure. The different steps of the spatial SDM development bring some interesting and encouraging results. The seasons defined by the weather regimes are relevant for seasonal analyses and modelling.All those works conducted in a “Statistical Climatologie” framework lead to many relevant perspectives, not only in terms of methodology or knowlegde about local-scale climate, but also in terms of use by the society
Intercomparaison et développement de modèles statistiques pour la régionalisation du climat
The study of climate variability is vital in order to understand and anticipate the consequences of future climate changes. Large data sets generated by general circulation models (GCMs) are currently available and enable us to conduct studies in that direction. However, these models resolve only partially the interactions between climate and human activities, namely du to their coarse resolution. Nowadays there is a large variety of models coping with this issue and aiming at generating climate variables at local scale from large-scale variables : the downscaling models.The aim of this thesis is to increase the knowledge about statistical downscaling models (SDMs) wherein there is many approaches. The work conducted here pursues four main goals : (i) to discriminate statistical (and dynamical) downscaling models, (ii) to study the influences of GCMs biases on the SDMs through a bias correction scheme, (iii) to develop a statistical downscaling model accounting for climate spatial and temporal non-stationarity in a spatial modelling context and finally, (iv) to define seasons thanks to a weather typing modelling.The intercomparison of downscaling models led to set up a model selection methodology according to the end-users needs. The study of the biases of the GCMs reveals the impacts of those biases on the SDMs simulations and the positive contributions of the bias correction procedure. The different steps of the spatial SDM development bring some interesting and encouraging results. The seasons defined by the weather regimes are relevant for seasonal analyses and modelling.All those works conducted in a “Statistical Climatologie” framework lead to many relevant perspectives, not only in terms of methodology or knowlegde about local-scale climate, but also in terms of use by the society.L’étude de la variabilité du climat est désormais indispensable pour anticiper les conséquences des changements climatiques futurs. Nous disposons pour cela de quantité de données issues de modèles de circulation générale (GCMs). Néanmoins, ces modèles ne permettent qu’une résolution partielle des interactions entre le climat et les activités humaines entre autres parce que ces modèles ont des résolutions spatiales souvent trop faibles. Il existe aujourd’hui toute une variété de modèles répondant à cette problématique et dont l’objectif est de générer des variables climatiques à l’échelle locale àpartir de variables à grande échelle : ce sont les modèles de régionalisation ou encore appelés modèles de réduction d’échelle spatiale ou de downscaling en anglais.Cette thèse a pour objectif d’approfondir les connaissances à propos des modèles de downscaling statistiques (SDMs) parmi lesquels on retrouve plusieurs approches. Le travail s’articule autour de quatre objectifs : (i) comparer des modèles de réduction d’échelle statistiques (et dynamiques), (ii) étudier l’influence des biais des GCMs sur les SDMs au moyen d’une procédure de correction de biais, (iii) développer un modèle de réduction d’échelle qui prenne en compte la non-stationnarité spatiale et temporelle du climat dans un contexte de modélisation dite spatiale et enfin, (iv) établir une définitiondes saisons à partir d’une modélisation des régimes de circulation atmosphérique ou régimes de temps.L’intercomparaison de modèles de downscaling a permis de mettre au point une méthode de sélection de modèles en fonction des besoins de l’utilisateur. L’étude des biais des GCMs révèle une influence indéniable de ces derniers sur les sorties de SDMs et les apports de la correction des biais. Les différentes étapes du développement d’un modèle spatial de réduction d’échelle donnent des résultats très encourageants. La définition des saisons par des régimes de temps se révèle être un outil efficace d’analyse et de modélisation saisonnière.Tous ces travaux de “Climatologie Statistique” ouvrent des perspectives pertinentes, non seulement en termes méthodologiques ou de compréhension de climat à l’échelle locale, mais aussi d’utilisations par les acteurs de la société
Comparaison des effets des vasopresseurs et immunothérapie du sepsis sur la croissance bactérienne : intérêt d'une alternative thérapeutique
Introduction : Sepsis is a life-threatening organ failure induced by an inappropriate host response to infection. Symptomatic management of vascular dysfunction relies on fluid resuscitation and the use of vasopressors, mainly norepinephrin (NE), which may have deleterious effect. Alternatives are proposed such as vasopressin (VASO), angiotensin II (AngII) and a new adjuvant therapy Procizumab® (PCZ), an antibody blocking the activity of dipeptyl peptidase 3 (DPP3), a myocardial depressant factor. PCZ improves sepsis-induced cardiovascular dysfunction in a murin model of peritonitis. On the microbiological level, experimental understanding of antibiotic resistance and virulence aspects appears to be central. Few studies have focused on the impact of vasopressors on bacterial growth. Escherichia coli is one of the most frequent causes of sepsis. It is well studied and shows a high genetic diversity associated with the intestinal microbiota and infections. The objectives of this work were to study the bacterial ecology in a murin model of peritonitis and to compare the effect of NE, AngII, VASO and PCZ on the bacterial growth of E. coli in media mimicking different compartments of the body. The microbiological effect of the same vasopressor agents were performed in our rat model of peritonitis. Methods : After a literature review of bacterial etiologies of mouse and rat CLP between 2018 and 2019, bacteria strains were identified by blood culture in a sepsis model of cecal ligation puncture (CLP) in rats. A representative E. coli species collection of 21 strains (NILS) was used. Media used were a nutrient-rich medium (lysogeny broth (LB)), a stressful mimicking vascular medium (serum-SAPI) and synthetic urine. The vasopressors were NE, Ang II, VASO and PCZ. Dose effects and therapeutic concentrations were studied. Growth curves were performed in the TECAN reader. The difference in maximum growth rate (MGR) with treatment was the endpoint for assessing bacterial fitness (p<0.05). For the in vivo model, the bacterial load of biological fluids and organs were determined after treatment. Results : According to our literature review, 15% of authors initiated empirical antibiotic therapy with 3rd generation cephalosporin or carbapenem without bacterial documentation. In our LPC model, E. coli, Enterococcus faecalis and Enterobacter cloacae were found. The study of bacterial growth in vitro showed a reduction of MGR in LB (p<0.05) down to physiological concentrations (10-9 M) and an increase of MGR in serum-SAPI (p<0.05) and in urine medium (p<0.05) in the presence of NE up to therapeutic concentration (10-6 M), regardless of phylogenetic group. In contrast, for AngII and VASO, no difference was observed except a dose effect (10x) for VASO with an increased MGR in serum-SAPI and decreased in LB (p<0.05). For PCZ, in rich media, the MGR of all bacterial strains was increased regardless of the concentration used. In a stressful environment, the MGR wasn't affected. In the in vivo investigation, 6 rats were included with a cardiovascular dysfunction. Their early death (between 4h and 7h) with NE (n=4) did not allow us to identify a difference by agar CFU count when compared with the 2 control rats. Conclusion : Unlike NE and PCZ, VASO and AngII have no effect on bacterial growth of E. coli. These results need to be confirmed in an animal model and the pathophysiological mechanisms to be explored.Introduction : Le sepsis est une défaillance d'organe avec un risque vital induit par une réponse inappropriée de l'hôte vis-à-vis d'une infection. La prise en charge symptomatique de la défaillance vasculaire repose sur le remplissage vasculaire et l'utilisation des vasopresseurs, principalement la noradrénaline (NAD), qui peut présenter des effets délétères. Il est proposé des alternatives comme la vasopressine (VASO) ou l'angiotensine II (AngII) et des nouvelles thérapeutiques adjuvantes comme le Procizumab® (PCZ), un anticorps bloquant l'activité de la dipeptyl peptidase 3 (DPP3) un facteur dépresseur myocardique. Le PCZ améliore la défaillance cardio-vasculaire du sepsis dans un modèle murin de péritonite. Sur le plan microbiologique, la compréhension expérimentale des aspects de résistance aux antibiotiques et de virulence apparaît comme centrale. Peu d'études se sont intéressées à l'impact des vasopresseurs sur la croissance bactérienne. Escherichia coli est une des causes les plus fréquentes du sepsis. Très étudiée, elle montre une forte diversité génétique entre les souches associées au microbiote intestinal et aux infections. Les objectifs de ce travail étaient d'étudier l'écologie bactérienne dans un modèle murin de péritonite et de comparer l'effet de la NAD, l'AngII, la VASO et du PCZ sur la croissance bactérienne d'E. coli dans des milieux mimant différents compartiments de l'organisme. Les effets microbiologiques des mêmes agents vasopresseurs ont été réalisés sur notre modèle murin de péritonite. Méthodes : Après une revue de la littérature des étiologies bactériennes des LPC de souris et rats entre 2018 et 2019, les bactéries du modèle de sepsis par ligature ponction caecale (LPC) chez le rat ont été identifiées par hémoculture. Une collection de 21 souches d'E. coli représentative de l'espèce (NILS) était utilisée. Les milieux utilisés étaient un milieu riche en nutriment (lysogeny broth (LB)), un milieu stressant mimant le milieu vasculaire (sérum-SAPI) et des urines synthétiques. Les vasopresseurs étaient la NAD, l'AngII, la VASO et le PCZ. Les effets-doses et des concentrations thérapeutiques ont été étudiées. Les courbes de croissance ont été réalisées en lecteur TECAN. La différence du taux de croissance maximal (MGR) avec traitement était le critère de jugement pour évaluer le fitness bactérien (p< 0.05). Pour le modèle in vivo, la charge bactérienne de fluides biologiques et des organes étaient déterminée après traitement. Résultats : Selon notre revue de la littérature, 15% des auteurs instauraient une antibiothérapie empirique par céphalosporine de 3ème génération ou un carbapénème sans documentation bactérienne. Dans notre modèle de LPC, E. coli, Enterococcus faecalis et Enterobacter cloacae ont été retrouvés. L'étude de la croissance bactérienne in vitro a montré une réduction du MGR en LB (p<0,05) jusqu'à des concentration physiologique (10-9 M) et une augmentation du MGR en sérum-SAPI (p<0,05) en présence de NAD à concentration thérapeutique (10-6), quel que soit le groupe phylogénétique et de même en milieu urine. A contrario pour AngII et VASO, aucune différence n'était observée hormis un effet dose (10x) pour VASO avec un MGR augmenté en sérum-SAPI et diminué en LB (p<0.05). Concernant le PCZ, en milieu riche, le MGR de toutes les souches bactériennes était augmenté quelle que soit la concentration utilisée(p<0.05). En milieu stressant, les effets sur le MGR ne semblaient pas être affecté. Lors de l'investigation in vivo, 6 rats ont été inclus avec une défaillance cardio-vasculaire. Le décès précoce (entre 4h et 7h) des rats avec NAD (n=4) n'a pas permis d'identifier une différence par le comptage des UFC sur gélose avec les 2 rats témoins. Conclusion : Contrairement à la NAD et au PCZ, la VASO et l'AngII n'ont pas d'effets sur la croissance bactérienne de E. coli. Ces résultats doivent être confirmés dans un modèle animal et les mécanismes physiopathologiques explorés
Comparison of the effects of vasopressors and immunotherapy of sepsis on bacterial growth : interest of an alternative therapy
Introduction : Le sepsis est une défaillance d'organe avec un risque vital induit par une réponse inappropriée de l'hôte vis-à-vis d'une infection. La prise en charge symptomatique de la défaillance vasculaire repose sur le remplissage vasculaire et l'utilisation des vasopresseurs, principalement la noradrénaline (NAD), qui peut présenter des effets délétères. Il est proposé des alternatives comme la vasopressine (VASO) ou l'angiotensine II (AngII) et des nouvelles thérapeutiques adjuvantes comme le Procizumab® (PCZ), un anticorps bloquant l'activité de la dipeptyl peptidase 3 (DPP3) un facteur dépresseur myocardique. Le PCZ améliore la défaillance cardio-vasculaire du sepsis dans un modèle murin de péritonite. Sur le plan microbiologique, la compréhension expérimentale des aspects de résistance aux antibiotiques et de virulence apparaît comme centrale. Peu d'études se sont intéressées à l'impact des vasopresseurs sur la croissance bactérienne. Escherichia coli est une des causes les plus fréquentes du sepsis. Très étudiée, elle montre une forte diversité génétique entre les souches associées au microbiote intestinal et aux infections. Les objectifs de ce travail étaient d'étudier l'écologie bactérienne dans un modèle murin de péritonite et de comparer l'effet de la NAD, l'AngII, la VASO et du PCZ sur la croissance bactérienne d'E. coli dans des milieux mimant différents compartiments de l'organisme. Les effets microbiologiques des mêmes agents vasopresseurs ont été réalisés sur notre modèle murin de péritonite. Méthodes : Après une revue de la littérature des étiologies bactériennes des LPC de souris et rats entre 2018 et 2019, les bactéries du modèle de sepsis par ligature ponction caecale (LPC) chez le rat ont été identifiées par hémoculture. Une collection de 21 souches d'E. coli représentative de l'espèce (NILS) était utilisée. Les milieux utilisés étaient un milieu riche en nutriment (lysogeny broth (LB)), un milieu stressant mimant le milieu vasculaire (sérum-SAPI) et des urines synthétiques. Les vasopresseurs étaient la NAD, l'AngII, la VASO et le PCZ. Les effets-doses et des concentrations thérapeutiques ont été étudiées. Les courbes de croissance ont été réalisées en lecteur TECAN. La différence du taux de croissance maximal (MGR) avec traitement était le critère de jugement pour évaluer le fitness bactérien (p< 0.05). Pour le modèle in vivo, la charge bactérienne de fluides biologiques et des organes étaient déterminée après traitement. Résultats : Selon notre revue de la littérature, 15% des auteurs instauraient une antibiothérapie empirique par céphalosporine de 3ème génération ou un carbapénème sans documentation bactérienne. Dans notre modèle de LPC, E. coli, Enterococcus faecalis et Enterobacter cloacae ont été retrouvés. L'étude de la croissance bactérienne in vitro a montré une réduction du MGR en LB (p<0,05) jusqu'à des concentration physiologique (10-9 M) et une augmentation du MGR en sérum-SAPI (p<0,05) en présence de NAD à concentration thérapeutique (10-6), quel que soit le groupe phylogénétique et de même en milieu urine. A contrario pour AngII et VASO, aucune différence n'était observée hormis un effet dose (10x) pour VASO avec un MGR augmenté en sérum-SAPI et diminué en LB (p<0.05). Concernant le PCZ, en milieu riche, le MGR de toutes les souches bactériennes était augmenté quelle que soit la concentration utilisée(p<0.05). En milieu stressant, les effets sur le MGR ne semblaient pas être affecté. Lors de l'investigation in vivo, 6 rats ont été inclus avec une défaillance cardio-vasculaire. Le décès précoce (entre 4h et 7h) des rats avec NAD (n=4) n'a pas permis d'identifier une différence par le comptage des UFC sur gélose avec les 2 rats témoins. Conclusion : Contrairement à la NAD et au PCZ, la VASO et l'AngII n'ont pas d'effets sur la croissance bactérienne de E. coli. Ces résultats doivent être confirmés dans un modèle animal et les mécanismes physiopathologiques explorés.Introduction : Sepsis is a life-threatening organ failure induced by an inappropriate host response to infection. Symptomatic management of vascular dysfunction relies on fluid resuscitation and the use of vasopressors, mainly norepinephrin (NE), which may have deleterious effect. Alternatives are proposed such as vasopressin (VASO), angiotensin II (AngII) and a new adjuvant therapy Procizumab® (PCZ), an antibody blocking the activity of dipeptyl peptidase 3 (DPP3), a myocardial depressant factor. PCZ improves sepsis-induced cardiovascular dysfunction in a murin model of peritonitis. On the microbiological level, experimental understanding of antibiotic resistance and virulence aspects appears to be central. Few studies have focused on the impact of vasopressors on bacterial growth. Escherichia coli is one of the most frequent causes of sepsis. It is well studied and shows a high genetic diversity associated with the intestinal microbiota and infections. The objectives of this work were to study the bacterial ecology in a murin model of peritonitis and to compare the effect of NE, AngII, VASO and PCZ on the bacterial growth of E. coli in media mimicking different compartments of the body. The microbiological effect of the same vasopressor agents were performed in our rat model of peritonitis. Methods : After a literature review of bacterial etiologies of mouse and rat CLP between 2018 and 2019, bacteria strains were identified by blood culture in a sepsis model of cecal ligation puncture (CLP) in rats. A representative E. coli species collection of 21 strains (NILS) was used. Media used were a nutrient-rich medium (lysogeny broth (LB)), a stressful mimicking vascular medium (serum-SAPI) and synthetic urine. The vasopressors were NE, Ang II, VASO and PCZ. Dose effects and therapeutic concentrations were studied. Growth curves were performed in the TECAN reader. The difference in maximum growth rate (MGR) with treatment was the endpoint for assessing bacterial fitness (p<0.05). For the in vivo model, the bacterial load of biological fluids and organs were determined after treatment. Results : According to our literature review, 15% of authors initiated empirical antibiotic therapy with 3rd generation cephalosporin or carbapenem without bacterial documentation. In our LPC model, E. coli, Enterococcus faecalis and Enterobacter cloacae were found. The study of bacterial growth in vitro showed a reduction of MGR in LB (p<0.05) down to physiological concentrations (10-9 M) and an increase of MGR in serum-SAPI (p<0.05) and in urine medium (p<0.05) in the presence of NE up to therapeutic concentration (10-6 M), regardless of phylogenetic group. In contrast, for AngII and VASO, no difference was observed except a dose effect (10x) for VASO with an increased MGR in serum-SAPI and decreased in LB (p<0.05). For PCZ, in rich media, the MGR of all bacterial strains was increased regardless of the concentration used. In a stressful environment, the MGR wasn't affected. In the in vivo investigation, 6 rats were included with a cardiovascular dysfunction. Their early death (between 4h and 7h) with NE (n=4) did not allow us to identify a difference by agar CFU count when compared with the 2 control rats. Conclusion : Unlike NE and PCZ, VASO and AngII have no effect on bacterial growth of E. coli. These results need to be confirmed in an animal model and the pathophysiological mechanisms to be explored
Comparaison des effets des vasopresseurs et immunothérapie du sepsis sur la croissance bactérienne : intérêt d'une alternative thérapeutique
Introduction : Sepsis is a life-threatening organ failure induced by an inappropriate host response to infection. Symptomatic management of vascular dysfunction relies on fluid resuscitation and the use of vasopressors, mainly norepinephrin (NE), which may have deleterious effect. Alternatives are proposed such as vasopressin (VASO), angiotensin II (AngII) and a new adjuvant therapy Procizumab® (PCZ), an antibody blocking the activity of dipeptyl peptidase 3 (DPP3), a myocardial depressant factor. PCZ improves sepsis-induced cardiovascular dysfunction in a murin model of peritonitis. On the microbiological level, experimental understanding of antibiotic resistance and virulence aspects appears to be central. Few studies have focused on the impact of vasopressors on bacterial growth. Escherichia coli is one of the most frequent causes of sepsis. It is well studied and shows a high genetic diversity associated with the intestinal microbiota and infections. The objectives of this work were to study the bacterial ecology in a murin model of peritonitis and to compare the effect of NE, AngII, VASO and PCZ on the bacterial growth of E. coli in media mimicking different compartments of the body. The microbiological effect of the same vasopressor agents were performed in our rat model of peritonitis. Methods : After a literature review of bacterial etiologies of mouse and rat CLP between 2018 and 2019, bacteria strains were identified by blood culture in a sepsis model of cecal ligation puncture (CLP) in rats. A representative E. coli species collection of 21 strains (NILS) was used. Media used were a nutrient-rich medium (lysogeny broth (LB)), a stressful mimicking vascular medium (serum-SAPI) and synthetic urine. The vasopressors were NE, Ang II, VASO and PCZ. Dose effects and therapeutic concentrations were studied. Growth curves were performed in the TECAN reader. The difference in maximum growth rate (MGR) with treatment was the endpoint for assessing bacterial fitness (p<0.05). For the in vivo model, the bacterial load of biological fluids and organs were determined after treatment. Results : According to our literature review, 15% of authors initiated empirical antibiotic therapy with 3rd generation cephalosporin or carbapenem without bacterial documentation. In our LPC model, E. coli, Enterococcus faecalis and Enterobacter cloacae were found. The study of bacterial growth in vitro showed a reduction of MGR in LB (p<0.05) down to physiological concentrations (10-9 M) and an increase of MGR in serum-SAPI (p<0.05) and in urine medium (p<0.05) in the presence of NE up to therapeutic concentration (10-6 M), regardless of phylogenetic group. In contrast, for AngII and VASO, no difference was observed except a dose effect (10x) for VASO with an increased MGR in serum-SAPI and decreased in LB (p<0.05). For PCZ, in rich media, the MGR of all bacterial strains was increased regardless of the concentration used. In a stressful environment, the MGR wasn't affected. In the in vivo investigation, 6 rats were included with a cardiovascular dysfunction. Their early death (between 4h and 7h) with NE (n=4) did not allow us to identify a difference by agar CFU count when compared with the 2 control rats. Conclusion : Unlike NE and PCZ, VASO and AngII have no effect on bacterial growth of E. coli. These results need to be confirmed in an animal model and the pathophysiological mechanisms to be explored.Introduction : Le sepsis est une défaillance d'organe avec un risque vital induit par une réponse inappropriée de l'hôte vis-à-vis d'une infection. La prise en charge symptomatique de la défaillance vasculaire repose sur le remplissage vasculaire et l'utilisation des vasopresseurs, principalement la noradrénaline (NAD), qui peut présenter des effets délétères. Il est proposé des alternatives comme la vasopressine (VASO) ou l'angiotensine II (AngII) et des nouvelles thérapeutiques adjuvantes comme le Procizumab® (PCZ), un anticorps bloquant l'activité de la dipeptyl peptidase 3 (DPP3) un facteur dépresseur myocardique. Le PCZ améliore la défaillance cardio-vasculaire du sepsis dans un modèle murin de péritonite. Sur le plan microbiologique, la compréhension expérimentale des aspects de résistance aux antibiotiques et de virulence apparaît comme centrale. Peu d'études se sont intéressées à l'impact des vasopresseurs sur la croissance bactérienne. Escherichia coli est une des causes les plus fréquentes du sepsis. Très étudiée, elle montre une forte diversité génétique entre les souches associées au microbiote intestinal et aux infections. Les objectifs de ce travail étaient d'étudier l'écologie bactérienne dans un modèle murin de péritonite et de comparer l'effet de la NAD, l'AngII, la VASO et du PCZ sur la croissance bactérienne d'E. coli dans des milieux mimant différents compartiments de l'organisme. Les effets microbiologiques des mêmes agents vasopresseurs ont été réalisés sur notre modèle murin de péritonite. Méthodes : Après une revue de la littérature des étiologies bactériennes des LPC de souris et rats entre 2018 et 2019, les bactéries du modèle de sepsis par ligature ponction caecale (LPC) chez le rat ont été identifiées par hémoculture. Une collection de 21 souches d'E. coli représentative de l'espèce (NILS) était utilisée. Les milieux utilisés étaient un milieu riche en nutriment (lysogeny broth (LB)), un milieu stressant mimant le milieu vasculaire (sérum-SAPI) et des urines synthétiques. Les vasopresseurs étaient la NAD, l'AngII, la VASO et le PCZ. Les effets-doses et des concentrations thérapeutiques ont été étudiées. Les courbes de croissance ont été réalisées en lecteur TECAN. La différence du taux de croissance maximal (MGR) avec traitement était le critère de jugement pour évaluer le fitness bactérien (p< 0.05). Pour le modèle in vivo, la charge bactérienne de fluides biologiques et des organes étaient déterminée après traitement. Résultats : Selon notre revue de la littérature, 15% des auteurs instauraient une antibiothérapie empirique par céphalosporine de 3ème génération ou un carbapénème sans documentation bactérienne. Dans notre modèle de LPC, E. coli, Enterococcus faecalis et Enterobacter cloacae ont été retrouvés. L'étude de la croissance bactérienne in vitro a montré une réduction du MGR en LB (p<0,05) jusqu'à des concentration physiologique (10-9 M) et une augmentation du MGR en sérum-SAPI (p<0,05) en présence de NAD à concentration thérapeutique (10-6), quel que soit le groupe phylogénétique et de même en milieu urine. A contrario pour AngII et VASO, aucune différence n'était observée hormis un effet dose (10x) pour VASO avec un MGR augmenté en sérum-SAPI et diminué en LB (p<0.05). Concernant le PCZ, en milieu riche, le MGR de toutes les souches bactériennes était augmenté quelle que soit la concentration utilisée(p<0.05). En milieu stressant, les effets sur le MGR ne semblaient pas être affecté. Lors de l'investigation in vivo, 6 rats ont été inclus avec une défaillance cardio-vasculaire. Le décès précoce (entre 4h et 7h) des rats avec NAD (n=4) n'a pas permis d'identifier une différence par le comptage des UFC sur gélose avec les 2 rats témoins. Conclusion : Contrairement à la NAD et au PCZ, la VASO et l'AngII n'ont pas d'effets sur la croissance bactérienne de E. coli. Ces résultats doivent être confirmés dans un modèle animal et les mécanismes physiopathologiques explorés
Contrasting projections of the ENSO-driven CO2 flux variability in the equatorial Pacific under high-warming scenario
The El Niño–Southern Oscillation (ENSO) widely modulates the global carbon cycle. More specifically, it alters the net uptake of carbon in the tropical ocean. Indeed, over the tropical Pacific less carbon is released by oceans during El Niño, while the opposite is the case for La Niña. Here, the skill of Earth system models (ESMs) from the latest Coupled Model Intercomparison Project (CMIP6) to simulate the observed tropical Pacific CO2 flux variability in response to ENSO is assessed. The temporal amplitude and spatial extent of CO2 flux anomalies vary considerably among models, while the surface temperature signals of El Niño and La Niña phases are generally well represented. Under historical conditions followed by the high-warming Shared Socio-economic Pathway (SSP5-8.5) scenarios, about half the ESMs simulate a reversal in ENSO–CO2 flux relationship. This gradual shift, which occurs as early as the first half of the 21st century, is associated with a high CO2-induced increase in the Revelle factor that leads to stronger sensitivity of partial pressure of CO2 (pCO2) to changes in surface temperature between ENSO phases. At the same time, uptake of anthropogenic CO2 substantially increases upper-ocean dissolved inorganic carbon (DIC) concentrations (reducing its vertical gradient in the thermocline) and weakens the ENSO-modulated surface DIC variability. The response of the ENSO–CO2 flux relationship to future climate change is sensitive to the contemporary mean state of the carbonate ion concentration in the tropics. We present an emergent constraint between the simulated contemporary carbonate concentration with the projected cumulated CO2 fluxes. Models that simulate shifts in the ENSO–CO2 flux relationship simulate positive bias in surface carbonate concentrations
Influence of Bias Correcting Predictors on Statistical Downscaling Models
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Contrasting projections of the ENSO-driven CO2 flux variability in the equatorial Pacific under high-warming scenario
The El Niño–Southern Oscillation (ENSO) widely modulates the global carbon cycle. More specifically, it alters the net uptake of carbon in the tropical ocean. Indeed, over the tropical Pacific less carbon is released by oceans during El Niño, while the opposite is the case for La Niña. Here, the skill of Earth system models (ESMs) from the latest Coupled Model Intercomparison Project (CMIP6) to simulate the observed tropical Pacific CO2 flux variability in response to ENSO is assessed. The temporal amplitude and spatial extent of CO2 flux anomalies vary considerably among models, while the surface temperature signals of El Niño and La Niña phases are generally well represented. Under historical conditions followed by the high-warming Shared Socio-economic Pathway (SSP5-8.5) scenarios, about half the ESMs simulate a reversal in ENSO–CO2 flux relationship. This gradual shift, which occurs as early as the first half of the 21st century, is associated with a high CO2-induced increase in the Revelle factor that leads to stronger sensitivity of partial pressure of CO2 (pCO2) to changes in surface temperature between ENSO phases. At the same time, uptake of anthropogenic CO2 substantially increases upper-ocean dissolved inorganic carbon (DIC) concentrations (reducing its vertical gradient in the thermocline) and weakens the ENSO-modulated surface DIC variability. The response of the ENSO–CO2 flux relationship to future climate change is sensitive to the contemporary mean state of the carbonate ion concentration in the tropics. We present an emergent constraint between the simulated contemporary carbonate concentration with the projected cumulated CO2 fluxes. Models that simulate shifts in the ENSO–CO2 flux relationship simulate positive bias in surface carbonate concentrations.publishedVersio