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Optimizing small mammal relative abundance measures using non-invasive sampling and assessment of its contribution to occupancy modelling of small carnivores in dry woodland savannah of South Africa
Tese de mestrado, Biologia da Conservação, Universidade de Lisboa, Faculdade de CiĂȘncias, 2019Os pequenos mamĂferos sĂŁo essenciais para a estrutura e funcionamento dos ecossistemas pelo papel que desempenham na dispersĂŁo de sementes, ciclo de nutrientes e como principal fonte de alimentos de diversos predadores de superfĂcie e voadores. Enquanto presas, as flutuaçÔes na sua abundĂąncia de acordo com a disponibilidade de alimento e temperatura, influenciam os padrĂ”es de ocupação do espaço, as densidades e os padrĂ”es de atividade dos seus predadores. Contudo, e apesar de constituĂrem uma importante fonte de alimento para muitos pequenos carnĂvoros, os estudos acerca da distribuição destes sĂŁo limitados pela nĂŁo utilização de medidas de abundĂąncia das suas presas, em particular os roedores. Esta falha deve-se muito a limitaçÔes e constrangimentos dos mĂ©todos de amostragem para avaliação de abundĂąncia. O mĂ©todo de captura-recaptura por armadilhagem, largamente usado em estudos de roedores, alĂ©m de invasivo requer um esforço amostral muito elevado, visto que as armadilhas devem ser verificadas duas vezes ao dia para evitar a morte indesejada de indivĂduos, acarreta um elevado custo e necessita de licença de captura e manuseamento de animais selvagens. Estes fatores impedem o seu uso em estudos de larga escala, tais como estudos de distribuição de carnĂvoros. Como alternativa, os tĂșneis de tinta sĂŁo um mĂ©todo de amostragem que permite a estimativa de abundĂąncia relativa de pequenos mamĂferos atravĂ©s das suas pegadas, sendo, portanto, nĂŁo invasivo e evitando a necessidade de licença, tĂȘm reduzido baixo custo e, principalmente, sĂŁo de fĂĄcil colocação e nĂŁo requerem controlo diĂĄrio. Sendo objetivo da presente tese avaliar os padrĂ”es de distribuição dos pequenos mamĂferos numa savana seca da Ăfrica do Sul, numa primeira fase este estudo procurou avaliar a eficĂĄcia da amostragem de roedores com tĂșneis de tinta para estimar a sua abundĂąncia relativa, comparativamente a um Ăndice de abundĂąncia relativa obtido por armadilhagem. Numa segunda fase testou-se a utilidade do uso do Ăndice de pegadas obtido com tĂșneis de tinta como medida de abundĂąncia de presas no estudo da distribuição de pequenos carnĂvoros. A amostragem dividiu-se assim em duas etapas. Numa primeira etapa, em 19 locais selecionados num gradiente de perturbação antropogĂ©nica (Reserva Natural de Phinda, fazendas e comunidades rurais), os tĂșneis de tinta foram colocados num desenho em Y de 3 x 3 com 10 m de distĂąncia entre si, lado a lado com uma grelha de 7 x 7 armadilhas Sherman. Na segunda etapa, os tĂșneis foram colocados com o mesmo desenho em redor de cada uma das 192 cĂąmaras de foto-armadilhagem para os pequenos carnĂvoros, dispostas em grelha (1311 m de distĂąncia mĂ©dia entre cĂąmaras), cobrindo o mesmo gradiente de perturbação. Considerando que os carnĂvoros podem mostrar preferĂȘncia por presas de diferentes tamanhos de acordo com as suas necessidades energĂ©ticas, ainda que nas anĂĄlises se tenham considerado os roedores no geral (variĂĄvel presas), pegadas foram ainda divididas em grupos funcionais de acordo com o seu tamanho, refletindo consequentemente o tamanho dos roedores: roedores pequenos, mĂ©dios e grandes. A partir desta divisĂŁo foi estimado o Ăndice de pegadas por grupo funcional, que consiste numa proporção de tĂșneis por local com pegadas de cada grupo. Ao comparar este Ăndice com o Ăndice de abundĂąncia obtido atravĂ©s da armadilhagem, foi possĂvel observar uma forte correlação entre ambas as medidas, a qual Ă© dependente da abundĂąncia local de roedores. Ou seja, o mĂ©todo Ă© mais eficaz a capturar grandes diferenças na abundĂąncia relativa quando os roedores se encontram em elevada abundĂąncia, do que quando a sua abundĂąncia Ă© reduzida. Ă de referir que os tĂșneis de tinta nĂŁo permitem uma estimativa rigorosa da abundĂąncia das populaçÔes, mas sĂŁo Ășteis na monitorização de flutuaçÔes de abundĂąncia, permitindo uma comparação entre locais ou ao longo do tempo. Os resultados previamente obtidos sustentaram a aplicação do mĂ©todo dos tĂșneis de tinta para avaliação da abundĂąncia relativa de presas no estudo de foto-armadilhagem de pequenos carnĂvoros ao longo do referido gradiente de perturbação antropogĂ©nica. Os Ăndices de pegadas de roedores pequenos e mĂ©dios, e de roedores em geral, foram incorporados no processo de modelação da ocupação pelos pequenos carnĂvoros, juntamente com variĂĄveis de habitat e perturbação. Os roedores grandes nĂŁo foram considerados devido ao reduzido nĂșmero de deteçÔes. Os resultados mostraram que para os carnĂvoros em estudo a abundĂąncia relativa dos roedores (global ou por grupo funcional) nĂŁo Ă© um fator decisivo na sua distribuição. A Ășnica exceção foi registada relativamente Ă geneta-malhada, na paisagem com mais alto nĂvel de perturbação (comunidades rurais), mas apenas quando as variĂĄveis de presas foram combinadas com variĂĄveis de habitat e perturbação. Assim, Ă© possĂvel concluir que a importĂąncia de roedores depende da espĂ©cie e do contexto, podendo a sua utilização ser pouco relevante no estudo da distribuição de espĂ©cies de carnĂvoros generalistas, no entanto, deve ser considerada juntamente com variĂĄveis de habitat em estudos de carnĂvoros especialistas em roedores ou cuja dieta integre uma elevada percentagem de roedores.Small mammals of the Order Rodentia represent a large portion of small carnivoresâ diet, influencing their distribution, densities and activity patterns. However, small carnivore studies based on camera-trapping do not include small mammalsâ relative abundance as prey covariate, mainly because of the large effort and cost associated with live-trapping at large scales. Alternatively, ink-tracking tunnels are a non-invasive, inexpensive and a low effort sampling method that can be used to monitor fluctuations in small mammalsâ relative abundance across sites and time. I implemented ink-tracking tunnels in a y-design to understand its efficiency when compared to live-trapping and the utility of the track index as prey covariate in a carnivore distribution study across a landscape gradient of human disturbance. Tracks were successfully divided into functional groups according to track size and consequently rodentsâ biomass. Track index of these groups was highly correlated with live-trapping abundance index, despite this correlation being abundance dependent, as the method is better at detecting large fluctuations of abundance when the group is very abundant than for low abundant species. I applied the track index of the rodent functional groups as prey covariates to a single species â single season occupancy model for African small carnivore species, along with habitat and disturbance as alternative covariates. Results showed no preference for prey size and neither were prey covariates important for most combinations of species and areas. The only exception was the large-spotted genet at the highest level of disturbance, but only when prey was combined with habitat and disturbance variables. Therefore, the importance of prey covariates is species and context dependent, and it can be discarded from generalist multi-species distribution studies. However, prey should be considered together with habitat variables in studies of carnivore species that are rodent specialists or that rodents represent a large percentage of their diet
Neotropical freshwater fisheries : A dataset of occurrence and abundance of freshwater fishes in the Neotropics
The Neotropical region hosts 4225 freshwater fish species, ranking first among the world's most diverse regions for freshwater fishes. Our NEOTROPICAL FRESHWATER FISHES data set is the first to produce a large-scale Neotropical freshwater fish inventory, covering the entire Neotropical region from Mexico and the Caribbean in the north to the southern limits in Argentina, Paraguay, Chile, and Uruguay. We compiled 185,787 distribution records, with unique georeferenced coordinates, for the 4225 species, represented by occurrence and abundance data. The number of species for the most numerous orders are as follows: Characiformes (1289), Siluriformes (1384), Cichliformes (354), Cyprinodontiformes (245), and Gymnotiformes (135). The most recorded species was the characid Astyanax fasciatus (4696 records). We registered 116,802 distribution records for native species, compared to 1802 distribution records for nonnative species. The main aim of the NEOTROPICAL FRESHWATER FISHES data set was to make these occurrence and abundance data accessible for international researchers to develop ecological and macroecological studies, from local to regional scales, with focal fish species, families, or orders. We anticipate that the NEOTROPICAL FRESHWATER FISHES data set will be valuable for studies on a wide range of ecological processes, such as trophic cascades, fishery pressure, the effects of habitat loss and fragmentation, and the impacts of species invasion and climate change. There are no copyright restrictions on the data, and please cite this data paper when using the data in publications
Characterisation of microbial attack on archaeological bone
As part of an EU funded project to investigate the factors influencing bone preservation in the archaeological record, more than 250 bones from 41 archaeological sites in five countries spanning four climatic regions were studied for diagenetic alteration. Sites were selected to cover a range of environmental conditions and archaeological contexts. Microscopic and physical (mercury intrusion porosimetry) analyses of these bones revealed that the majority (68%) had suffered microbial attack. Furthermore, significant differences were found between animal and human bone in both the state of preservation and the type of microbial attack present. These differences in preservation might result from differences in early taphonomy of the bones. © 2003 Elsevier Science Ltd. All rights reserved
Evaluation of a quality improvement intervention to reduce anastomotic leak following right colectomy (EAGLE): pragmatic, batched stepped-wedge, cluster-randomized trial in 64 countries
Background
Anastomotic leak affects 8 per cent of patients after right colectomy with a 10-fold increased risk of postoperative death. The EAGLE study aimed to develop and test whether an international, standardized quality improvement intervention could reduce anastomotic leaks.
Methods
The internationally intended protocol, iteratively co-developed by a multistage Delphi process, comprised an online educational module introducing risk stratification, an intraoperative checklist, and harmonized surgical techniques. Clusters (hospital teams) were randomized to one of three arms with varied sequences of intervention/data collection by a derived stepped-wedge batch design (at least 18 hospital teams per batch). Patients were blinded to the study allocation. Low- and middle-income country enrolment was encouraged. The primary outcome (assessed by intention to treat) was anastomotic leak rate, and subgroup analyses by module completion (at least 80 per cent of surgeons, high engagement; less than 50 per cent, low engagement) were preplanned.
Results
A total 355 hospital teams registered, with 332 from 64 countries (39.2 per cent low and middle income) included in the final analysis. The online modules were completed by half of the surgeons (2143 of 4411). The primary analysis included 3039 of the 3268 patients recruited (206 patients had no anastomosis and 23 were lost to follow-up), with anastomotic leaks arising before and after the intervention in 10.1 and 9.6 per cent respectively (adjusted OR 0.87, 95 per cent c.i. 0.59 to 1.30; P = 0.498). The proportion of surgeons completing the educational modules was an influence: the leak rate decreased from 12.2 per cent (61 of 500) before intervention to 5.1 per cent (24 of 473) after intervention in high-engagement centres (adjusted OR 0.36, 0.20 to 0.64; P < 0.001), but this was not observed in low-engagement hospitals (8.3 per cent (59 of 714) and 13.8 per cent (61 of 443) respectively; adjusted OR 2.09, 1.31 to 3.31).
Conclusion
Completion of globally available digital training by engaged teams can alter anastomotic leak rates. Registration number: NCT04270721 (http://www.clinicaltrials.gov)