Obesity genetic risk score

Tese de mestrado em Bioestatística, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020A obesidade é a doença metabólica humana mais comum e mais antiga que foi registada até aos dias de hoje. Desde a pré-história que a obesidade assumiu um papel preponderante na vida do ser humano, sendo referida como símbolo de fertilidade e beleza. Remetendo ao Período Neolítico (cerca de 10.000 A.C.), as ”deusas”, isto é, as mulheres com características como seios volumosos e coxas bem definidas já eram admiradas neste período. Contudo, nesta época, o ser humano tinha grande dificuldade em obter comida e conseguir stock da mesma. Portanto, a natureza foi encarregada de fornecer ao corpo humano um mecanismo para armazenar energia. Esse mecanismo consistia em incentivar o Homem, através da fome, a ingerir uma grande quantidade de calorias e fazer com que seu organismo transformasse o excesso em gordura, armazenando-o por períodos de falta de comida. As sementes, raízes e frutos eram os principais alimentos ingeridos pelo Homem e foi para esse padrão alimentar que a genética preparou o organismo herdado por nós. O problema é que nosso estilo de vida é completamente diferente do estilo de vida levado pelo Homem no Período Neolítico. Atualmente, os alimentos estão facilmente disponíveis nas sociedades modernas e, por outro lado, as mudanças no nosso ambiente ocorrem mais rapidamente do que as modificações no contexto genético. Desta forma, ao considerar o desequilíbrio do nosso estilo de vida moderno e do nosso perfil genético ”antigo”, é compreensível que muitas pessoas ganhem peso com tanta facilidade. Embora fazendo este paralelismo entre o passado e a atualidade a obesidade não é o simples resultado de indisciplina pela qual o indivíduo ingere uma quantidade excessiva de alimentos ou o facto de não fazer atividade física suficiente. Muitos indivíduos são mais suscetíveis do que outros a aumentarem de peso, ou desenvolverem obesidade, devido aos próprios genes. Na maioria dos casos, os genes envolvidos no aumento de peso aumentam o risco ou a suscetibilidade de um indivíduo para desenvolver a obesidade, quando exposto a fatores ambientais adversos. Em casos raros, a ação direta de certos genes pode causar diretamente aumento de peso ou obesidade. Assim, podemos afirmar que a obesidade é uma doença crónica grave associada ao excesso de gordura corporal, na medida em que pode ter um efeito negativo na saúde. A escolha de estilos de vida pouco saudáveis ou fatores ambientais contribuem para o aparecimento desta doença que é conhecida por ser hereditária e altamente poligénica. Milhões de variações subtis na sequência de DNA humano, ou genoma, são a chave para uma série de condições, do cancro de mama às doenças cardíacas. Este estudo de caso-controle de associação genética compara a frequência de alelos ou genótipos nos loci dos marcadores genéticos, isto é, polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), numa amostra de indivíduos, com e sem uma determinada característica de doença, de uma determinada população. Os sucessos recentes nas descobertas de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) potencialmente causais para doenças complexas são bastante promissores. Curiosamente, nos dias de hoje, várias empresas oferecem, por taxas relativamente modestas, serviços genómicos personalizados que fornecem estimativas individualizadas de risco de doença com base na genotipagem do SNP em todo o genoma. A maioria das empresas que oferecem esse perfil deixa claro que não é um serviço clínico e que seus cálculos não se destinam a fins de diagnóstico ou prognóstico. Apenas aconselham os seus clientes a consultar o seu médico para obter mais informações. Foi recolhida uma amostra de 212 mulheres caucasianas, composta por 112 mulheres obesas e um grupo de controle (peso normal) de 100 mulheres. Para os dois grupos, foram registados o peso corporal total, o índice de massa corporal (IMC), a circunferência da cintura e do quadril, a relação cintura-quadril e a gordura corporal. Além disso, foi também recolhida informação correspondente a 19 SNPs relacionados com a obesidade em 13 genes, também estes relacionados com a doença, para ambos os grupos de mulheres. Este tipo de estudo de caso-controlo considera métodos e técnicas básicas de análise estatística e tem como objetivo determinar se existe associação entre a característica da doença, isto é, a obesidade e o marcador genético. Um pressuposto fundamental deste tipo de estudo é que os indivíduos selecionados nos grupos de caso/controlo forneçam estimativas imparciais da frequência do alelo. Caso contrário, os resultados encontrados da associação refletirão apenas vieses resultantes do desenho do estudo. Os modelos dominante e recessivo, para cada SNP, são exemplos que são estudados através de tabelas de contingência e nos quais se quer encontrar alguma associação estatística entre a doença e o respetivo modelo, neste trabalho de investigação. Num modelo recessivo são necessárias duas cópias do alelo A para que o risco da doença aumente. Assim, a tabela de contingência, isto é, uma tabela 2×2 é composta pelas observações dos genótipos de aa versus as observações dos genótipos Aa e AA. Enquanto que um modelo dominante, cujo número de cópias do alelo A aumenta o risco de doença, a tabela de contingência pode ser resumida como uma tabela 2×2 da contagem de genótipos de AA versus Aa e aa combinado. Perfis multi-locus de risco genético, os chamados ”scores de risco genético”, podem ser usados para traduzir descobertas de estudos de associação, em todo o genoma, sendo ferramentas para pesquisa da saúde da população. Portanto, os principais objetivos deste trabalho são identificar polimorfismos associados `a obesidade em mulheres portuguesas, identificar o score de risco genético da obesidade e associar polimorfismos genéticos a traços relacionados à obesidade, usando o software Excel, SPSS e Rstudio. Como sabemos, fatores como idade, sexo, etnia e massa muscular podem influenciar a relação entre o IMC e a gordura corporal. Além disso, o IMC não faz distinção entre excesso de gordura, músculo ou massa óssea, nem fornece qualquer indicação da distribuição de gordura entre os indivíduos. Apesar dessas limitações, o IMC continua a ser amplamente utilizado como indicador de excesso de peso. Como existem fatores que podem influenciar os valores de IMC, é necessário incluir, neste estudo, covariáveis adicionais para lidar com características complexas, i.e, aplicar modelos de associação de regressão logística e, posteriormente, avaliar a qualidade de um modelo de risco através da curva ROC (Operating Operating receiver Characteristic) e da AUC (Area Under The Curve). Com base em toda a análise estatística apenas os SNPs PON 1 Q192R, the AdipoQ G11377C, ACE I D and FTO A T SNP demonstraram estar geneticamente associados com a obesidade. Contudo, através do modelo de regressão logístico apenas os SNPs AdipoQ G11377C, FTO A T SNP e PON 1 Q192R demonstraram ser estatisticamente significativos. Dado este resultado, o score de risco genético foi calculado apenas com base nestes 3 SNPs, apresentando um maior risco genético quando uma mulher é portadora de 2 alelos de risco pertencentes aos SNPs AdipoQ G11377C e PON 1 Q192R, mas não apresentar nenhum alelo de risco pertencente a FTO A T. Este tipo de estudos de associação genética têm sido amplamente utilizados para melhor entender a patogénese genética de determinadas doenças a fim de melhorar as estratégias preventivas, meios de diagnóstico e terapias.The obesity is a serious chronic disease associated with having excess body fat to the extent that it may have a negative effect on your health. Unhealthy lifestyle choices or environmental factors contribute to the development of this disease, which is known to be hereditary and highly polygenic. Millions of subtle variations in the human DNA sequence, or genome, hold the key to a host of conditions, from breast cancer to heart disease. This genetic association case-control study compares the frequency of alleles or genotypes at genetic marker locus, i.e, single-nucleotide polymorphisms (SNPs), in a sample of individuals with and without a particular disease characteristic from a given population. A sample of 212 Caucasian women, which is composed by 112 obese women and a control group (normal weight) of 100 women, was collected. For both groups was recorded the total body weight, body mass index (BMI), waist and hip circumference, waist-hip ratio and body fat. Moreover, 19 obesity-related SNPs in 13 obesity related genes, where genotyped for all samples. This type of study considers basic methods and techniques of statistical analysis and aims to determine whether there is an association between the disease characteristic and the genetic marker read-based association study. Multi-locus profiles of genetic risk, so-called ”genetic risk score,” can be used to translate discoveries from genome-wide association studies into tools for population health research. Therefore, the main purposes of this dissertation are identify polymorphisms associated with obesity in Portuguese Women, identifying the obesity genetic risk score and associate genetic polymorphisms with obesity related traits, using Excel, SPSS and Rstudio software. As we know, factors such as age, sex, ethnicity, and muscle mass can influence the relationship between BMI and body fat. Also, BMI does not distinguish between excess fat, muscle, or bone mass, nor does it provide any indication of the distribution of fat among individuals. Despite these limitations, BMI continues to be widely used as an indicator of excess weight. For this reason, it is necessary to understand if a high risk score is a guarantee of being obese, as their data show or if despite the strength of these associations, polygenic susceptibility to obesity is not deterministic

Time-trends in human immunodeficiency virus infection in Portugal: 1984-2013

Avaliaram-se tendências temporais da infeção pelo vírus da imunodeficiência humana (VIH) em Portugal. Calcularam-se incidência (1984-2013), prevalência e mortalidade por VIH (1988-2013). Com modelos de regressão linear segmentada obteve-se percentagem de variação anual (%VA) e intervalo de confiança a 95% (IC95%) para esses parâmetros, identificando-se anos (pontos de inflexão) em que ocorreram mudanças significativas na tendência. A incidência aumentou até 1999 (homens) e 2000 (mulheres) e depois diminuiu de 47 para 20/100000 homens e de 15 para 8/100000 mulheres até 2013, com decréscimo significativo desde 2003 em homens (%VA=-3,1;IC95%:-4,3;-1,9) e 2000 em mulheres (%VA=-2,8;IC95%:-4,1;-1,6 até 2010 e %VA=-11,3;IC95%:-18,5;-3,6 após 2010). O pico para a mortalidade ocorreu em 1996, decrescendo de 19 para 7/100000 homens e de 4 para 2/100000 mulheres durante 1996-2013, com declínio significativo desde 2003 em homens (%VA=-7,1;IC95%:-8,6;-5,6) e 1996 em mulheres (%VA=-2,9%;IC95%:-4,1;-1,7). A prevalência aumentou significativamente até 2013 para 0,4% (homens) e 0,2% (mulheres), mas com redução gradual da %VA entre pontos de inflexão. O maior declínio da incidência observou-se em utilizadores de drogas injetáveis (UDI) decrescendo de 17 para 1/100000 habitantes durante 1997-2013. Em heterossexuais decresceu de 12 para 8/100000 durante 2002-2013 mas em homossexuais aumentou até 2011 estabilizando em 4/100000. Portugal apresenta progresso favorável relativamente ao controlo da infeção com redução drástica da infeção entre UDI

Ciência, Crise e Mudança. 3.º Encontro Nacional de História das Ciências e da Tecnologia. ENHCT2012

III Encontro Nacional de História das Ciências e da Tecnologia. O Centro de Estudos de História e Filosofia da Ciência, organiza o 3.º Encontro Nacional de História da Ciência e da Técnica, sob o tema «Ciência, Crise e Mudança» que tem lugar na Universidade de Évora, nos dias 26, 27 e 28 de Setembro de 2012. O Primeiro Encontro Nacional de História da Ciência teve lugar em 21 e 22 Julho de 2009, no seguimento do programa de estímulo ao de¬senvolvimento da História da Ciência em Portugal e de valorização do património cultural e científico do País, lançado pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (MCTES) em 31 de Janeiro desse ano. A sua organização coube a investigadores do Instituto de História Contemporânea (IHC), da FCSH da UNL, e do Centro Científico e Cultural de Macau (CCCM), em cujas instalações se realizou. De en¬tre as conclusões do Encontro, destacou-se a de realizar periodicamen¬te novos Encontros Nacionais, a serem organizados de forma rotativa por diferentes centros e núcleos de investigadores. Na sequência deste Primeiro Encontro, o Centro Interuniversitário de História das Ciências e da Tecnologia (CIUHCT) organizou, entre 26 e 28 de Julho de 2010, o II Encontro, dedicado ao tema “Comunicação das Ciências e da Tecnologia em Portugal: Agentes, Meios e Audiências”. Cabe agora ao CEHFCi cumprir o que foi decidido no final deste Encontro. Na situação económica e política que hoje vivemos torna-se particularmente urgente aprofundar o estudo e o debate sobre a interação entre a Sociedade, a Ciência e a sua História. Coordenação Científica e Executiva do encontro estiveram a cargo de dois investigadores CEHFCi: Maria de Fátima Nunes, José Pedro Sousa Dia

Characterisation of microbial attack on archaeological bone

As part of an EU funded project to investigate the factors influencing bone preservation in the archaeological record, more than 250 bones from 41 archaeological sites in five countries spanning four climatic regions were studied for diagenetic alteration. Sites were selected to cover a range of environmental conditions and archaeological contexts. Microscopic and physical (mercury intrusion porosimetry) analyses of these bones revealed that the majority (68%) had suffered microbial attack. Furthermore, significant differences were found between animal and human bone in both the state of preservation and the type of microbial attack present. These differences in preservation might result from differences in early taphonomy of the bones. © 2003 Elsevier Science Ltd. All rights reserved

Effects of hospital facilities on patient outcomes after cancer surgery: an international, prospective, observational study

© 2022 The Author(s). Published by Elsevier Ltd. This is an Open Access article under the CC BY 4.0 licenseBackground: Early death after cancer surgery is higher in low-income and middle-income countries (LMICs) compared with in high-income countries, yet the impact of facility characteristics on early postoperative outcomes is unknown. The aim of this study was to examine the association between hospital infrastructure, resource availability, and processes on early outcomes after cancer surgery worldwide. Methods: A multimethods analysis was performed as part of the GlobalSurg 3 study—a multicentre, international, prospective cohort study of patients who had surgery for breast, colorectal, or gastric cancer. The primary outcomes were 30-day mortality and 30-day major complication rates. Potentially beneficial hospital facilities were identified by variable selection to select those associated with 30-day mortality. Adjusted outcomes were determined using generalised estimating equations to account for patient characteristics and country-income group, with population stratification by hospital. Findings: Between April 1, 2018, and April 23, 2019, facility-level data were collected for 9685 patients across 238 hospitals in 66 countries (91 hospitals in 20 high-income countries; 57 hospitals in 19 upper-middle-income countries; and 90 hospitals in 27 low-income to lower-middle-income countries). The availability of five hospital facilities was inversely associated with mortality: ultrasound, CT scanner, critical care unit, opioid analgesia, and oncologist. After adjustment for case-mix and country income group, hospitals with three or fewer of these facilities (62 hospitals, 1294 patients) had higher mortality compared with those with four or five (adjusted odds ratio [OR] 3·85 [95% CI 2·58–5·75]; p<0·0001), with excess mortality predominantly explained by a limited capacity to rescue following the development of major complications (63·0% vs 82·7%; OR 0·35 [0·23–0·53]; p<0·0001). Across LMICs, improvements in hospital facilities would prevent one to three deaths for every 100 patients undergoing surgery for cancer. Interpretation: Hospitals with higher levels of infrastructure and resources have better outcomes after cancer surgery, independent of country income. Without urgent strengthening of hospital infrastructure and resources, the reductions in cancer-associated mortality associated with improved access will not be realised. Funding: National Institute for Health and Care Research

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)

In 2008, we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, this topic has received increasing attention, and many scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Thus, it is important to formulate on a regular basis updated guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Despite numerous reviews, there continues to be confusion regarding acceptable methods to evaluate autophagy, especially in multicellular eukaryotes. Here, we present a set of guidelines for investigators to select and interpret methods to examine autophagy and related processes, and for reviewers to provide realistic and reasonable critiques of reports that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a dogmatic set of rules, because the appropriateness of any assay largely depends on the question being asked and the system being used. Moreover, no individual assay is perfect for every situation, calling for the use of multiple techniques to properly monitor autophagy in each experimental setting. Finally, several core components of the autophagy machinery have been implicated in distinct autophagic processes (canonical and noncanonical autophagy), implying that genetic approaches to block autophagy should rely on targeting two or more autophagy-related genes that ideally participate in distinct steps of the pathway. Along similar lines, because multiple proteins involved in autophagy also regulate other cellular pathways including apoptosis, not all of them can be used as a specific marker for bona fide autophagic responses. Here, we critically discuss current methods of assessing autophagy and the information they can, or cannot, provide. Our ultimate goal is to encourage intellectual and technical innovation in the field