23 research outputs found
Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19
- Author
- Abd Elghafar M. S.
- Abdel-Aziz M.
- Abdelrazik M.
- Abdollahi H.
- Abdullah T.
- Abecasis G. R.
- Abedalthagafi M.
- Abel L.
- Abernathy C.
- Abraheem A.
- Abul-Husn N. S.
- Acquilini D.
- Adams C.
- Adams E. L.
- Adams K.
- Adamsara A.
- Adanini O.
- Adeleye O.
- Adra D.
- Afilalo J.
- Afilalo M.
- Afolabi D.
- Afrasiabi Z.
- Agasou A.
- Agrawal S.
- Aguero D.
- Ahmad N.
- Ahmadi S.
- Ahmed A.
- Ahmed C.
- Akeroyd L.
- Akhtar M. N.
- Akinkugbe O.
- Aksentijevich A.
- Al-Afghani H.
- Al-Awdah L.
- Alaamery M.
- Alahmadey Z. Z.
- Alaverdian D.
- Alavere H.
- Albader A.
- Albaiceta G. M.
- Albakri J. K.
- AlBardis H.
- Albeladi M.
- Albesher N.
- Albrich W.
- AlDhawi N.
- Aldridge J.
- Aleagha A. E.
- Alexander P.
- Alfonso J.
- Alghamdi B.
- Alghamdi J.
- Ali A.
- Ali A.
- Ali I. A. M.
- Ali S.
- Aliannejad R.
- Aljawini N.
- AlJohani S.
- Alkwai S.
- Allan A.
- Allan E.
- Allan J.
- Alldis Z.
- Allen L.
- Allen M.
- Allen S.
- Allibone S.
- Allison K. S.
- Allos R.
- Ally S. M.
- AlMalik A.
- Almalki F.
- Almohammed I.
- Almutairi M.
- Alotaibi S.
- Alowayn A. M.
- Alqahtani S.
- Alqubaishi F.
- Alrashed M.
- Alshareef A.
- Alsolm E.
- Alswailm M.
- Altabaibeh A.
- Alvaro A.
- AlZahrani D.
- Amin V.
- Amirsavadkouhi A.
- Amitrano S.
- Anastasescu E.
- Anderson F.
- Anderson J.
- Anderson M.
- Anderson P.
- Anderson S.
- Anderson S.
- Anderson T.
- Andolfo I.
- Andretta F.
- Andreucci E.
- Andrew A.
- Andrew B.
- Andrew G.
- Andrews E.
- Andrews S. J.
- Anedda F.
- Anemoli V.
- Annis A.
- Antcliffe D.
- Antinori A.
- Antoni M. D.
- Anumakonda V.
- Apetri E.
- Aquino M.
- Arabi Y. M.
- Aravindan L.
- Arbane G.
- Archer K.
- Arden T.
- Arias S. S.
- Arif S.
- Armstrong J.
- Armstrong L.
- Armstrong R.
- Arning N.
- Arnold S.
- Arranz M. J.
- Arribas E.
- Artuso R.
- Arumugam P.
- Ascolillo S.
- Ashraf S.
- Ashton L.
- Aslibekyan S.
- Astin-Chamberlain R.
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- Atkinson E. G.
- Attwood B.
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- Auld D.
- Auld F.
- Austin K.
- Austin P.
- Auton A.
- Ayers A.
- Azarzar S.
- Bachetti T.
- Baikady R. R.
- Baillie J. K.
- Baines B.
- Baines D.
- Baines K.
- Baird Y.
- Bakthavatsalam D.
- Balaconis M. K.
- Baldassarri M.
- Ball C. A.
- Baltzell A. H.
- Bamford A.
- Bamford P.
- Banach D.
- Bancroft H.
- Band G.
- Bandini M.
- Bandla N.
- Bano S.
- Baptista D.
- Barakeh D.
- Baras A.
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- Barber R.
- Barberis L.
- Barbieri C.
- Barclay L.
- Bargagli E.
- Barhoush E.
- Barker J.
- Barnes K. C.
- Baroni S.
- Barrett F.
- Barron A.
- Barry P.
- Bartels M.
- Bartley S.
- Baruah R.
- Bashyal A.
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- Bastion V.
- Bates H.
- Bates M.
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- Baya N.
- Bayo L. -A.
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- Beavis S.
- Beck A.
- Beckmann N. D.
- Bedini J. L.
- Bee C. E.
- Beech E.
- Beech V.
- Beekes M.
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- Begg C.
- Beguin Y.
- Behan T.
- Beith C. M.
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- Belbin G. M.
- Belfield H.
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- Beligni G.
- Belisle A.
- Bell D.
- Bell G.
- Bell M.
- Bell S.
- Bellamy M.
- Belli M. A.
- Bellini A.
- Bellwood R.
- Below J.
- Bemand T.
- Benetti E.
- Benham L.
- Bennett D.
- Bennett S.
- Bentley D.
- Bentley M.
- Benyon S.
- Beranova E.
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- Bergantini L.
- Bergomi P.
- Berkowitz N.
- Bernardo D.
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- Biagio A. D.
- Bianchi F.
- Bibert S.
- Bibi F.
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- Birch J.
- Birch J.
- Birch S.
- Birchall K.
- Birchall K.
- Bird S.
- Birkinshaw I.
- Birt M.
- Biscarini F.
- Black E.
- Black K.
- Blackledge B.
- Blackman H.
- Blakemore H.
- Blay N.
- Blow S.
- Blunt M.
- Board S.
- Bochud P. -Y.
- Bociek A.
- Boezen M.
- Boillat N.
- Bokhari M.
- Bolton M.
- Bolton R.
- Bonner S.
- Booker L.
- Borislavova B.
- Borra C.
- Botello A.
- Botfield L.
- Botta G.
- Bouab M.
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- Boughton A. P.
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- Bowles R.
- Boyle P.
- Boyle R.
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- Bradford Y.
- Bradley C.
- Bradley P.
- Bradley-Potts J.
- Bradshaw Z.
- Brady A.
- Brady M.
- Brady R.
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- Branney D.
- Brantwood C.
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- Bremmer P.
- Brenner B.
- Bretherick A. D.
- Brett M.
- Brett S.
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- Briton K.
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- Brown A.
- Brown A.
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- Brown E.
- Brown J.
- Bruce M.
- Brumpton B. M.
- Bruno R.
- Brunton M.
- Bruttini M.
- Bryant J.
- Bryant S.
- Buckley C.
- Buckley S.
- Bunni L.
- Burda D.
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- Burnett C.
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- Burton M.
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- Bussotti M.
- Butcher D.
- Butler A.
- Butler J.
- Butler S.
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- Butterworth A. S.
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- Cabrelli L.
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- Caldarelli G. P.
- Callaghan M.
- Callier S.
- Cameli P.
- Campbell A.
- Campbell A.
- Campbell H.
- Campbell R.
- Campbell S.
- Campos S.
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- Cantor M. N.
- Capasso M.
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- Capps N.
- Carbral-Ortega L.
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- Carella M.
- Carey D. J.
- Carmody M.
- Carmody S.
- Carnahan M.
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- Carriero M. L.
- Carter A.
- Carter D.
- Carter E.
- Carter J.
- Carter S.
- Carungcong J.
- Casey M.
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- Castelli F.
- Castle K.
- Castori M.
- Caswell M.
- Catena E.
- Caterson J.
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- Cawthron K.
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- Chablani M.
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- Chan R.
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- Chang X.
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- Charnock R.
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- Chen J.
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- Cho K.
- Choi S.
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- Clamp S.
- Clapham M.
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- Clark A.
- Clark M.
- Clark M.
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- Clark S.
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- Clarke D.
- Clarke N.
- Clarkson M.
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- Clement I.
- Clements S.
- Coates C.
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- Cole J.
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- Coles H.
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- Collier D.
- Collier D.
- Collins A.
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- Collins E.
- Collins K.
- Collins R.
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- Connolly K.
- Conticini E.
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- Conyngham J. -A.
- Cooper J.
- Cooper L.
- Corcoran E.
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- Cornell S.
- Corral M. A.
- Corridi M.
- Cortes B.
- Cosgrove D.
- Cosier T.
- Cossarizza A.
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- Coto E.
- Coton Z.
- Coulding M.
- Coutts A.
- Coventry T.
- Coviello D. A.
- Cowley A.
- Cowley N.
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- Cox A.
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- Crawley R.
- Creagh-Brown B.
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- Crisp N.
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- Cristiano D.
- Croci L.
- Croci S.
- Croft M.
- Crook D. W.
- Crooks K.
- Crotti L.
- Crowe R.
- Crowley M.
- Cruz C.
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- Cunningham M.
- Cupitt J.
- Curgenven H.
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- Cusick C.
- Cutler S.
- D'Alessandro M.
- D'Mellow K.
- D'Sylva S.
- Da Gloria E. F.
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- Dale S.
- Dalmau D.
- Daly M. J.
- Daly Z.
- Dalziel J.
- Dance A.
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- Daniel A.
- Daniel P.
- Daniels A.
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- Das M.
- Das S.
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- Davies F.
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- Davies L.
- Davies M.
- Davies R.
- Davis C.
- Davison C.
- Dawson D.
- Dawson J.
- Day N.
- Daya M.
- de Almeida Martins L. G.
- de Cid R.
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- de Gordoa L. O. -R.
- de la Cal-Sabater P.
- De Neef M.
- De Vivo O.
- Deacon B.
- Dearden J.
- Death Y.
- Debreceni G.
- DeDiego M. L.
- Deelen P.
- Deery J.
- Dei S.
- Delgado C. C.
- Demetriou C.
- Denmade C.
- Dennis C.
- Dent K.
- Dent M.
- Depante M.
- Desanctis E.
- Dexter C.
- Di Angelantonio E.
- Di Domenico P.
- Di Pietro M.
- Dietl B.
- Digby B.
- Digby S.
- Ding L.
- Djeugam B.
- Do R.
- Dobano C.
- Doble P.
- Dobson E.
- Doddato G.
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- Donaldson D.
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- Donlon S.
- Donnachie J.
- Donne B.
- Donnelly K.
- Donnelly L.
- Donner K.
- Donnison P.
- Donovan S.
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- Doonan R.
- Dore R.
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- Downes C.
- Drummond A.
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- Duffield J.
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- Duffy S.
- Duncan E.
- Duncan E.
- Duncan T.
- Dunmore C.
- Durand M.
- Durga L.
- Durie A.
- Durrans L. J.
- Durrant G.
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- Eapen B.
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- Eastgate-Jackson C.
- Easthope A.
- Easton J.
- Ebano P.
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- Edwards M.
- Efford G.
- Egan J.
- Eid M. A.
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- El-Lawaty W. A.
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- El-Sherbiny Y. M.
- Elgar G.
- Elhadidy T. A.
- Elhassan M.
- Elliott K.
- Elliott K. S.
- Elliott P.
- Ellis H.
- Elnagdy M. H.
- Elsaadany M.
- Elston K.
- Eltayeb A.
- Eltoukhy M. M.
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- English K.
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- Esko T.
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- Farquhar F.
- Farre X.
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- Faulkner B.
- Faulkner M.
- Fava F.
- Fawkes A.
- Fawns-Ritchie C.
- Fawzy M. S.
- Fearby M.
- Felemban W. A.
- Felton T.
- Feng Y. -C. A.
- Ferguson S.
- Feri M.
- Fernandes K.
- Fernandes R.
- Fernandez Z.
- Fernandez-Cadenas I.
- Fernandez-Roman J.
- Ferreira M. A. R.
- Ferri C.
- Fidler K.
- Filipe H.
- Filshtein-Sonmez T.
- Finch C.
- Findlay L.
- Fine C.
- Finer S.
- Finernan P.
- Finn J.
- Finn S.
- Finney C.
- Finucane H.
- Fiorentino G.
- Fisher E.
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- Fletcher J.
- Flint N.
- Fofano A.
- Folkes L.
- Foote D.
- Ford A.
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- Forsey M.
- Foster L.
- Fotiadis S.
- Fottrell-Gould D.
- Fourman M. H.
- Fowler S.
- Fowler T.
- Fowler T. A.
- Fox C.
- Fox H.
- Fox J.
- Franchi F.
- Francisci D.
- Franco G.
- Franke G.
- Franke L.
- Frankham J.
- Frater A.
- Frediani B.
- Free R. C.
- Frippiat F.
- Frise M.
- Frithiof R.
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- Frullanti E.
- Fuller B.
- Furini S.
- Furlong A.
- Furniss J.
- Gabbi C.
- Gabrieli A.
- Gaddis M.
- Gales A.
- Gallagher B.
- Galvan-Femenia I.
- Ganesan A.
- Ganna A.
- Garcia S. M.
- Garcia-Aymerich J.
- Garcia-Clemente M.
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- Gardner A.
- Garg A.
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- Garrioch S.
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- Gass M. C.
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- Gay B.
- Gaylard J.
- Gaziano J. M.
- Geary T.
- Gellamucho M.
- Gemmell L.
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- Genetu R.
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- George L.
- Georges M.
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- Gherman A.
- Ghosh A.
- Ghosh B.
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- Gill J.
- Gill M.
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- Girardis M.
- Girshick A.
- Glasgow S.
- Glass L.
- Gledhill L.
- Glessner J. R.
- Glessner J. T.
- Goddard P.
- Goddard W.
- Goff E.
- Gofflot S.
- Golden D.
- Golder K.
- Golding H.
- Goldstein J. I.
- Golightly A.
- Gomez J.
- Gomez R.
- Gondo P.
- Gonzalez-Villa E.
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- Goodsell J.
- Goodwin E.
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- Gordon E.
- Gori M.
- Gorman C.
- Graham C.
- Grassi D.
- Gratrix A.
- Grau N.
- Grauslyte L.
- Green J.
- Green R. C.
- Greer S.
- Gregory J.
- Greig J.
- Griffin D.
- Griffiths C. J.
- Griffiths F.
- Grimmer L.
- Grip J.
- Guarnaccia A.
- Gude E. T.
- Guerin J.
- Guerrini S.
- Guidelli L.
- Guindo-Martinez M.
- Guiot J.
- Gulati A.
- Gumbrill B.
- Gummadi M.
- Guntz J.
- Gupta A.
- Gupta R.
- Gurasashvili J.
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- Guturu H.
- Guyatt A. L.
- Guzman C.
- Hadebe B.
- Hafezi K.
- Hairsine B.
- Hakonarson H.
- Halawani R. T.
- Haldeos A.
- Hales D.
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- Hall K.
- Halls R.
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- Hamilton D.
- Hamilton D. O.
- Hammerton K.
- Hanley S.
- Hanratty H.
- Hanson H.
- Hanson K.
- Hansson K.
- Haq R.
- Hard K.
- Harden L.
- Harding P.
- Hardy J.
- Harerimana N.
- Harford R.
- Hargreaves J.
- Harling R.
- Harper R.
- Harrington K.
- Harris C.
- Harris J.
- Harris J. R.
- Harris N.
- Harrison A.
- Harrison A.
- Harrison L.
- Harrison W.
- Harthi F. A.
- Hartley J.
- Hartridge P.
- Harvey A.
- Hasanato R.
- Hass I.
- Hatton J.
- Hawcutt D.
- Hawes J.
- Hay A.
- Hayes A.
- Hayes K.
- Hayman M.
- Hays C.
- Hayward C.
- Hazelton T.
- Headlam E.
- Heeney E.
- Hegazy M. A. F.
- Helgeland O.
- Hellen M.
- Helm D.
- Henderson S.
- Hendry R.
- Hendry S. C.
- Henry D.
- Hensen K.
- Herdman-Grant R.
- Heron A. E.
- Hesseldon L.
- Hewitt C.
- Hey S.
- Hibbert M.
- Hierons S.
- Hiester L. L.
- Higham A.
- Highgate J.
- Hijazi M.
- Hill H.
- Hill M.
- Hilldrith A.
- Hilltout P.
- Hilton M.
- Hindale J.
- Hinds C.
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- Ho Y. -L.
- Hobden G.
- Hobrok M.
- Hodgkiss T.
- Hodgson L.
- Hoggart C.
- Holcombe H.
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- Holdroyd K.
- Holland M.
- Hollox E. J.
- Home M.
- Hong E. L.
- Hope D.
- Hope S.
- Hopkins B.
- Horby P.
- Hormis A.
- Horner D.
- Hornsby J.
- Horowitz J. E.
- Horsley E.
- Hosseini A.
- Hottenga J. J.
- Houlden H.
- Housley K.
- Houston G.
- Howard K.
- Howe G. S.
- Howie L.
- Howle R.
- Howlett A.
- Hruska M.
- Huang Q. Q.
- Huckins L. M.
- Hudig L.
- Hudson A.
- Huffman J. E.
- Hughes A.
- Hughes G.
- Hughes R. A.
- Hugill K.
- Hull R.
- Hulme J.
- Hultstrom M.
- Humphrey C.
- Humphreys S.
- Hunt J.
- Hunt J.
- Hunt K. A.
- Hurford F.
- Hurt W. J.
- Hussain M.
- Hussain S.
- Hussain Y.
- Hutter J.
- Hutton P.
- Huynen P.
- Hveem K.
- Iglesias L. L.
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- Imeson-Wood J.
- Ingham J.
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- Ireland J.
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- Ishaq T.
- Itan Y.
- Jackson M.
- Jackson P.
- Jackson Y.
- Jackson-Lawrence K.
- Jacob R.
- Jacques J.
- Jacques N.
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- Jantarabenjakul W.
- Jardine C.
- Jarmain J.
- Jarman C.
- Javaid A.
- Jeffrey H.
- Jenkins S.
- Jenkins S.
- Jennings C.
- Jerome E.
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- Jha R.
- Jhanji S.
- Jim R.
- Jimenez-Xarrie E.
- Joe W.
- Joefield T.
- John C.
- Johnson E.
- Johnson L.
- Johnson R.
- Johnston B.
- Jones C.
- Jones D.
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- Jones J.
- Jones J.
- Jones M.
- Jones O.
- Jones R.
- Jones S.
- Jones T. O.
- Jordan D. M.
- Jose S.
- Joseph A.
- Joseph R.
- Joseph S.
- Josyula N. S.
- Joy R.
- Jude E.
- Jung J.
- Justice A.
- Kadiri S.
- Kaliappan A.
- Kallaste A.
- Kallon D.
- Kamdar D.
- Kamundi C.
- Kanai M.
- Kannan T.
- Kanu R.
- Kapoor R.
- Karczewski K. J.
- Karjalainen J.
- Karlson E. W.
- Karp A.
- Karthik K.
- Kasipandian V.
- Kassam J.
- Katary A.
- Kaufmann D. E.
- Kaul S.
- Kaunisto M.
- Kausar R.
- Kay A.
- Kayani A.
- Kaye C.
- Kaye D.
- Kazi A.
- Keating L.
- Keating S.
- Keenan N.
- Keenan S.
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- Keller K.
- Kelly D.
- Kelly F.
- Kelly S.
- Kelsall O.
- Kennard-Holden G.
- Kennedy-Hay S.
- Kenny E. E.
- Kent A.
- Kent H.
- Kent M.
- Kerr S. M.
- Keshet-Price J.
- Khade R.
- Khafaga W. T.
- Khaliq W.
- Khan M.
- Khattab A. K.
- Khera J.
- Kibutu F.
- Kimchi N.
- Kinch A.
- King B.
- King D.
- King K.
- King L.
- Kingsley C.
- Kirkby A.
- Kisand K.
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- Kivinen K.
- Klaric L.
- Knight A.
- Knight J.
- Knight S.
- Knighton A.
- Knights E.
- Knowles K.
- Koelling N.
- Kogevinas M.
- Kolakaluri L.
- Kong T.
- Koskelainen S.
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- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2022
- Field of study
Get PDFCritical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2–4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease
Common, low-frequency, rare, and ultra-rare coding variants contribute to COVID-19 severity
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- Quinn A.
- Quinn A.
- Quinn H.
- Quiros-Roldan Eugenia
- Raczkowska Justyna
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- Radhakrishnan J.
- Raffaelli Chiara Spertilli
- Raggi Pamela
- Rai S. Gurung
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- Ramos L.
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- Richards J. Brent
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- Rowan Kathy
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- Wilcox L.
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- Williams A.
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- Williams F.
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- Zucchi Patrizia
- Zuccon Umberto
- Publication venue
- Publication date
- 01/01/2021
- Field of study
Get PDFThe combined impact of common and rare exonic variants in COVID-19 host genetics is currently insufficiently understood. Here, common and rare variants from whole-exome sequencing data of about 4000 SARS-CoV-2-positive individuals were used to define an interpretable machine-learning model for predicting COVID-19 severity. First, variants were converted into separate sets of Boolean features, depending on the absence or the presence of variants in each gene. An ensemble of LASSO logistic regression models was used to identify the most informative Boolean features with respect to the genetic bases of severity. The Boolean features selected by these logistic models were combined into an Integrated PolyGenic Score that offers a synthetic and interpretable index for describing the contribution of host genetics in COVID-19 severity, as demonstrated through testing in several independent cohorts. Selected features belong to ultra-rare, rare, low-frequency, and common variants, including those in linkage disequilibrium with known GWAS loci. Noteworthily, around one quarter of the selected genes are sex-specific. Pathway analysis of the selected genes associated with COVID-19 severity reflected the multi-organ nature of the disease. The proposed model might provide useful information for developing diagnostics and therapeutics, while also being able to guide bedside disease management. © 2021, The Author(s)
Genetic mechanisms of critical illness in Covid-19.
- Author
- A A Roger Thompson
- A Abraheem
- A Agasou
- A Ahmed
- A Ali
- A Allan
- A Altabaibeh
- A Alvaro
- A Aspinwall
- A Ayers
- A Bamford
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- A Bociek
- A Botello
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- A Brown
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- Publication venue
- Publication date
- 01/01/2020
- Field of study
Get PDFHost-mediated lung inflammation is present,1 and drives mortality,2 in critical illness caused by Covid-19. Host genetic variants associated with critical illness may identify mechanistic targets for therapeutic development.3 Here we report the results of the GenOMICC (Genetics Of Mortality In Critical Care) genome-wide association study(GWAS) in 2244 critically ill Covid-19 patients from 208 UK intensive care units (ICUs). We identify and replicate novel genome-wide significant associations, on chr12q24.13 (rs10735079, p=1.65 [Formula: see text] 10-8) in a gene cluster encoding antiviral restriction enzyme activators (OAS1, OAS2, OAS3), on chr19p13.2 (rs2109069, p=2.3 [Formula: see text] 10-12) near the gene encoding tyrosine kinase 2 (TYK2), on chr19p13.3 (rs2109069, p=3.98 [Formula: see text] 10-12) within the gene encoding dipeptidyl peptidase 9 (DPP9), and on chr21q22.1 (rs2236757, p=4.99 [Formula: see text] 10-8) in the interferon receptor gene IFNAR2. We identify potential targets for repurposing of licensed medications: using Mendelian randomisation we found evidence in support of a causal link from low expression of IFNAR2, and high expression of TYK2, to life-threatening disease; transcriptome-wide association in lung tissue revealed that high expression of the monocyte/macrophage chemotactic receptor CCR2 is associated with severe Covid-19. Our results identify robust genetic signals relating to key host antiviral defence mechanisms, and mediators of inflammatory organ damage in Covid-19. Both mechanisms may be amenable to targeted treatment with existing drugs. Large-scale randomised clinical trials will be essential before any change to clinical practice
Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19
- Author
- Abd Elghafar M.S.
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- Polikowski H.
- Polimanti R.
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- Polymeropoulos C.
- Polymeropoulos M.H.
- Polymeropoulos V.
- Pongpanich M.
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- Ponting C.P.
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- Pothecary C.
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- Prime Z.
- Pristopan V.
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- Prout R.
- Prysyazhna O.
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- Puusepp M.
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- Rendon A.
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- Rhodes D.
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- Semple M.G.
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- Zöllner S.
- Åsvold B.O.
- Publication venue
- Springer Science and Business Media LLC
- Publication date
- 07/07/2022
- Field of study
Get PDFCritical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2,3,4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease
Mapping the human genetic architecture of COVID-19
- Author
- Abdelrazik M.
- Abdullah T.
- Abe R.
- Abe S.
- Abecasis G. R.
- Abel L.
- Abernathy C.
- Abraheem A.
- Abul-Husn N. S.
- Acosta-Herrera M.
- Acquilini D.
- Adachi T.
- Adachi Y.
- Adams C.
- Adams K.
- Adanini O.
- Adeleye O.
- Adeniji K.
- Adra D.
- Afifi N.
- Afilalo J.
- Afilalo M.
- Afolabi D.
- Afrasiabi Z.
- Afset J. E.
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- Ai M.
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- Akhtar M. N.
- Akhtar S.
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- Aksentijevich A.
- Al Thani A.
- Al-Muftah W.
- Al-Sarraj Y.
- Alarcon C.
- Alarcon-Riquelme M. E.
- Alasdair F.
- Alaverdian D.
- Alavere H.
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- Albillos A.
- Albrecht W.
- Albrich W.
- Albrich W. C.
- Aldera E. L.
- Aldridge J.
- Alegria A.
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- Algera A. G.
- Ali A.
- Ali I. A. M.
- Ali S.
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- Allan A.
- Allan E.
- Allan J.
- Alldis Z.
- Allen L.
- Allen S.
- Allibone S.
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- Allos R.
- Ally S. M.
- Almaden-Boyle C.
- Altabaibeh A.
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- Alvaro A.
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- Amin V.
- Amitrano S.
- Amiya S.
- Ampuero J.
- Anan R.
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- Anderson F.
- Anderson J.
- Anderson M.
- Anderson P.
- Anderson S.
- Anderson S.
- Anderson T.
- Ando A.
- Andolfo I.
- Andrade V.
- Andretta F.
- Andreucci E.
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- Andrew B.
- Andrew G.
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- Andrews S. J.
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- Anedda F.
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- Antinori A.
- Antoni M. D.
- Anumakonda V.
- Anwar M.
- Anzai T.
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- Arana E.
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- Arciero E.
- Arcos V. T.
- Arden T.
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- Arif S.
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- Atkinson E. G.
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- Austin P.
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- Baba T.
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- Baines D.
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- Baird T.
- Baird Y.
- Bakshi S.
- Bakthavatsalam D.
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- Ball C. A.
- Bals R.
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- Bamford A.
- Bamford P.
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- Banagan J.
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- Bandini M.
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- Baratti S.
- Barber R.
- Barbieri C.
- Barbour A.
- Barclay L.
- Barclay W. S.
- Barda B.
- Bargagli E.
- Bari S.
- Barker J.
- Barlow G.
- Barlow S. L.
- Barnass S.
- Barnes K. C.
- Baroni S.
- Barreira A.
- Barrett F.
- Barrett N.
- Barron A.
- Barry P.
- Bartels M.
- Bartley S.
- Baruah R.
- Baselli G.
- Bashyal A.
- Basikolo C.
- Bassetti M.
- Bassford C.
- Bastion V.
- Basude S.
- Bates H.
- Bates M.
- Battle C.
- Bauchmuller K.
- Bax D.
- Baxter D.
- Baxter N.
- Baya N.
- Bayo L. -A.
- Beadle J.
- Beadsworth M.
- Beale R.
- Bean S.
- Beaumont K.
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- Beech V.
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- Beesley K.
- Begg C.
- Beguin Y.
- Behan T.
- Beith C. M.
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- Belhaj Y.
- Beligni G.
- Belisle A.
- Bell D.
- Bell G.
- Bell M.
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- Bennett S.
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- Kamdar D.
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- Rosaroso L.
- Rose A.
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- Ruhlemann M. C.
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- Saito F.
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- Saunderson P.
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- Schaefer B.
- Schaefer M.
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- Schiabor Barrett K. M.
- Schiaroli E.
- Schinkel M.
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- Scholefield B.
- Schommers P.
- Schon K.
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- Schroder J.
- Schroth G. P.
- Schulte E. C.
- Schultz M. J.
- Schulzky M.
- Schumacher N.
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- Schuurman A.
- Schwartzentruber J.
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- Scott J. T.
- Scott R. H.
- Scott T.
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- Scott-Brown J.
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- Scudeller L.
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- Sealfon S. C.
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- Shen X.
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- Shepherd A.
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- Shibusawa T.
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- Shimada T.
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- Smith E.
- Smith G. D.
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- Subramanian G.
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- Sukha A.
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- Sundaram R.
- Sutherland I.
- Sutherland S. -B.
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- Sweet K.
- Swets M.
- Symon L.
- Symons A.
- Szakmany T.
- Szalma S.
- Szemiel A.
- Szentpeteri J. L.
- Szoor-McElhinney H.
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- Tada M. T.
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- Turner L.
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- Turner V.
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- Tyler A.
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- Uddin M. M.
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- Ueda T.
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- Valenti L.
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- Vallotton N.
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- van Baarle F.
- van Blokland I.
- van de Beek D.
- van den Berge M.
- van der Poll T.
- van der Valk M.
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- van Koutrik L.
- van Mourik N.
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- Wang X.
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- Wells C.
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- Welters I. D.
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- Weston H.
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- Zguro K.
- Zhai R.
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- Zhao J. H.
- Zhen J.
- Zheng C.
- Zheng T.
- Zhou W.
- Zhu W.
- Zitter L.
- Zlatopolsky M.
- Zoller H.
- Zollner S.
- Zongo O.
- Zucchi P.
- Zyndorf M.
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2021
- Field of study
Get PDFThe genetic make-up of an individual contributes to the susceptibility and response to viral infection. Although environmental, clinical and social factors have a role in the chance of exposure to SARS-CoV-2 and the severity of COVID-191,2, host genetics may also be important. Identifying host-specific genetic factors may reveal biological mechanisms of therapeutic relevance and clarify causal relationships of modifiable environmental risk factors for SARS-CoV-2 infection and outcomes. We formed a global network of researchers to investigate the role of human genetics in SARS-CoV-2 infection and COVID-19 severity. Here we describe the results of three genome-wide association meta-analyses that consist of up to 49,562 patients with COVID-19 from 46 studies across 19 countries. We report 13 genome-wide significant loci that are associated with SARS-CoV-2 infection or severe manifestations of COVID-19. Several of these loci correspond to previously documented associations to lung or autoimmune and inflammatory diseases3–7. They also represent potentially actionable mechanisms in response to infection. Mendelian randomization analyses support a causal role for smoking and body-mass index for severe COVID-19 although not for type II diabetes. The identification of novel host genetic factors associated with COVID-19 was made possible by the community of human genetics researchers coming together to prioritize the sharing of data, results, resources and analytical frameworks. This working model of international collaboration underscores what is possible for future genetic discoveries in emerging pandemics, or indeed for any complex human disease
Common, low-frequency, rare, and ultra-rare coding variants contribute to COVID-19 severity
- Author
- Abaleke E.
- Abedalthagafi M.
- Abel L.
- Abernathy C.
- Abraheem A.
- Adamek A.
- Adams C.
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- Agasou A.
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- Ahmed C.
- Akeroyd L.
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- Al Thani A.
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- Al-Muftah W.
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- Anderson P.
- Anderson S.
- Anderson T.
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- Andrew G.
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- Bell G.
- Bell S.
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- Carnahan M.
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- Clapham M.
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- Clark P.
- Clark R.
- Clark R.
- Clark S.
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- Cole S.
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- 01/01/2021
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- Zongo O.
- Zucchi P.
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- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2022
- Field of study
No full textThe combined impact of common and rare exonic variants in COVID-19 host genetics is currently insufficiently understood. Here, common and rare variants from whole-exome sequencing data of about 4000 SARS-CoV-2-positive individuals were used to define an interpretable machine-learning model for predicting COVID-19 severity. First, variants were converted into separate sets of Boolean features, depending on the absence or the presence of variants in each gene. An ensemble of LASSO logistic regression models was used to identify the most informative Boolean features with respect to the genetic bases of severity. The Boolean features selected by these logistic models were combined into an Integrated PolyGenic Score that offers a synthetic and interpretable index for describing the contribution of host genetics in COVID-19 severity, as demonstrated through testing in several independent cohorts. Selected features belong to ultra-rare, rare, low-frequency, and common variants, including those in linkage disequilibrium with known GWAS loci. Noteworthily, around one quarter of the selected genes are sex-specific. Pathway analysis of the selected genes associated with COVID-19 severity reflected the multi-organ nature of the disease. The proposed model might provide useful information for developing diagnostics and therapeutics, while also being able to guide bedside disease management
Mapping the human genetic architecture of COVID-19
- Author
- Abdelrazik M
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- 01/01/2021
- Field of study
Get PDFThe genetic make-up of an individual contributes to the susceptibility and response to viral infection. Although environmental, clinical and social factors have a role in the chance of exposure to SARS-CoV-2 and the severity of COVID-191,2, host genetics may also be important. Identifying host-specific genetic factors may reveal biological mechanisms of therapeutic relevance and clarify causal relationships of modifiable environmental risk factors for SARS-CoV-2 infection and outcomes. We formed a global network of researchers to investigate the role of human genetics in SARS-CoV-2 infection and COVID-19 severity. Here we describe the results of three genome-wide association meta-analyses that consist of up to 49,562 patients with COVID-19 from 46 studies across 19 countries. We report 13 genome-wide significant loci that are associated with SARS-CoV-2 infection or severe manifestations of COVID-19. Several of these loci correspond to previously documented associations to lung or autoimmune and inflammatory diseases3,4,5,6,7. They also represent potentially actionable mechanisms in response to infection. Mendelian randomization analyses support a causal role for smoking and body-mass index for severe COVID-19 although not for type II diabetes. The identification of novel host genetic factors associated with COVID-19 was made possible by the community of human genetics researchers coming together to prioritize the sharing of data, results, resources and analytical frameworks. This working model of international collaboration underscores what is possible for future genetic discoveries in emerging pandemics, or indeed for any complex human disease
Cytosponge-trefoil factor 3 versus usual care to identify Barrett\u27s oesophagus in a primary care setting: a multicentre, pragmatic, randomised controlled trial
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Get PDFA second update on mapping the human genetic architecture of COVID-19
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- 21/06/2023
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