nucleAIzer : A Parameter-free Deep Learning Framework for Nucleus Segmentation Using Image Style Transfer

Single-cell segmentation is typically a crucial task of image-based cellular analysis. We present nucleAIzer, a deep-learning approach aiming toward a truly general method for localizing 2D cell nuclei across a diverse range of assays and light microscopy modalities. We outperform the 739 methods submitted to the 2018 Data Science Bowl on images representing a variety of realistic conditions, some of which were not represented in the training data. The key to our approach is that during training nucleAIzer automatically adapts its nucleus-style model to unseen and unlabeled data using image style transfer to automatically generate augmented training samples. This allows the model to recognize nuclei in new and different experiments efficiently without requiring expert annotations, making deep learning for nucleus segmentation fairly simple and labor free for most biological light microscopy experiments. It can also be used online, integrated into CellProfiler and freely downloaded at www.nucleaizer.org. A record of this paper's transparent peer review process is included in the Supplemental Information.Peer reviewe

Nucleotide Discrimination with DNA Immobilized in the MspA Nanopore

Nanopore sequencing has the potential to become a fast and low-cost DNA sequencing platform. An ionic current passing through a small pore would directly map the sequence of single stranded DNA (ssDNA) driven through the constriction. The pore protein, MspA, derived from Mycobacterium smegmatis, has a short and narrow channel constriction ideally suited for nanopore sequencing. To study MspA's ability to resolve nucleotides, we held ssDNA within the pore using a biotin-NeutrAvidin complex. We show that homopolymers of adenine, cytosine, thymine, and guanine in MspA exhibit much larger current differences than in α-hemolysin. Additionally, methylated cytosine is distinguishable from unmethylated cytosine. We establish that single nucleotide substitutions within homopolymer ssDNA can be detected when held in MspA's constriction. Using genomic single nucleotide polymorphisms, we demonstrate that single nucleotides within random DNA can be identified. Our results indicate that MspA has high signal-to-noise ratio and the single nucleotide sensitivity desired for nanopore sequencing devices

2018 Research & Innovation Day Program

A one day showcase of applied research, social innovation, scholarship projects and activities.https://first.fanshawec.ca/cri_cripublications/1005/thumbnail.jp

Medios de comunicación en la historia contemporánea latinoamericana. Actores, acontecimientos, mediaciones

El libro sintetiza los principales aportes y resultados de proyectos de investigación que conforman un Programa de investigación subsidiado desde la SECYT-UNC y radicado en la UNC. Asimismo recoge escritos de académicos latinoamericanos vinculados a las temáticas de la historia, la educación y la comunicación.Fil: Brunetti, Paulina Maritza. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Alaniz, María. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación. Cátedra de Historia Social Contemporánea; Argentina.Fil: Mengo, Renee Isabel. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Pizarro, Hugo Ignacio. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Tenaglia, Pablo Rubén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Ramírez Cabanzo, Ana Brizet. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Tenaglia, Pablo Rubén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Albarracín Nievas, Pedro Julian. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Aguirres, Renzo Gabriel. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Alonso, Eduardo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Astrada, Lucía Victoria. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Batalla, Andrea. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Bruera, Rodrigo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Bruera, Rodrigo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Castello Rojo, Federico. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Castello Rojo, Federico. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Dallera, Mariana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Dallera, Mariana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Della Vedoba, Cecilia Elizabeth. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Giordano, Pedro. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: González, Tomas Agustín. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: González Zugasti, Mateo. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Grzincich, Claudia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Gruszynski, Ana. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Jobani, Maisa Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Jonsson, Micaela. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Mathe, Inés. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Ojeda, Rafael. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Pelizza, Lautaro. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Pietrantuono, Florencia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Porto, Julia. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Rolón, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Sousa, Maira Evangelista de. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Segura, Laura. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.il: Siragusa, Marcos. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Tamasiro, Chiemi. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Vagliente, Bruno. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Vera Asinari, Ernesto. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Vera de Flachs, María Cristina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Fil: Vicente, Tomás. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias de la Comunicación; Argentina.Comunicación de medios y socio-cultura

MicroRNA Expression Differentiates Squamous Epithelium from Barrett’s Esophagus and Esophageal Cancer

BACKGROUND: Current strategies fail to identify most patients with esophageal adenocarcinoma (EAC) before the disease becomes advanced and incurable. Given the dismal prognosis associated with EAC, improvements in detection of early-stage esophageal neoplasia are needed. AIMS: We sought to assess whether differential expression of microRNAs could discriminate between squamous epithelium, Barrett’s esophagus (BE), and EAC. METHODS: We analyzed microRNA expression in a discovery cohort of human endoscopic biopsy samples from 36 patients representing normal squamous esophagus (n=11), BE (n=14), and high-grade dysplasia (HGD)/EAC (n=11). RNA was assessed using microarrays representing 847 human microRNAs followed by qRT-PCR verification of nine microRNAs. In a second cohort (n=18), qRT-PCR validation of five miRNAs was performed. Expression of 59 microRNAs associated with BE/EAC in the literature was assessed in our training cohort. Known esophageal cell lines were used to compare miRNA expression to tissue miRNAs. RESULTS: After controlling for multiple comparisons, we found 34 miRNAs differentially expressed between squamous esophagus and BE/EAC by microarray analysis. However, miRNA expression did not reliably differentiate non-dysplastic BE from EAC. In the validation cohort, all five microRNAs selected for qRT-PCR validation differentiated between squamous samples and BE/EAC. Microarray results supported 14 of the previously reported microRNAs associated with BE/EAC in the literature. Cell lines did not generally reflect miRNA expression found in vivo. CONCLUSIONS: These data indicate that miRNAs differ between squamous esophageal epithelium and BE/EAC, but do not distinguish between BE and EAC. We suggest prospective evaluation of miRNAs in patients at high risk for EAC

Protein adsorption onto nanomaterials for the development of biosensors and analytical devices: A review

An important consideration for the development of biosensors is the adsorption of the biorecognition element to the surface of a substrate. As the first step in the immobilization process, adsorption affects most immobilization routes and much attention is given into the research of this process to maximize the overall activity of the biosensor. The use of nanomaterials, specifically nanoparticles and nanostructured films, offers advantageous properties that can be fine-tuned to maximize interactions with specific proteins to maximize activity, minimize structural changes, and enhance the catalytic step. In the biosensor field, protein-nanomaterial interactions are an emerging trend that span across many disciplines. This review addresses recent publications about the proteins most frequently used, their most relevant characteristics, and the conditions required to adsorb them to nanomaterials. When relevant and available, subsequent analytical figures of merits are discussed for selected biosensors. The general trend amongst the research papers allows concluding that the use of nanomaterials has already provided significant improvements in the analytical performance of many biosensors and that this research field will continue to grow.Fil: Bhakta, Samir A.. University of Texas; Estados UnidosFil: Evans, Elizabeth. University of Texas; Estados UnidosFil: Benavidez, Tomás Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba; Argentina. University of Texas; Estados UnidosFil: Garcia, Carlos D. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Instituto de Investigaciones en Físico-química de Córdoba; Argentina. University of Texas; Estados Unido