Potential of known and short prokaryotic protein motifs as a basis for novel peptide-based antibacterial therapeutics: a computational survey

Short linear motifs (SLiMs) are functional stretches of protein sequence that are of crucial importance for numerous biological processes by mediating protein–protein interactions. These motifs often comprise peptides of less than 10 amino acids that modulate protein–protein interactions. While well-characterized in eukaryotic intracellular signaling, their role in prokaryotic signaling is less well-understood. We surveyed the distribution of known motifs in prokaryotic extracellular and virulence proteins across a range of bacterial species and conducted searches for novel motifs in virulence proteins. Many known motifs in virulence effector proteins mimic eukaryotic motifs and enable the pathogen to control the intracellular processes of their hosts. Novel motifs were detected by finding those that had evolved independently in three or more unrelated virulence proteins. The search returned several significantly over-represented linear motifs of which some were known motifs and others are novel candidates with potential roles in bacterial pathogenesis. A putative C-terminal G[AG].$motif found in type IV secretion system proteins was among the most significant detected. A KK$ motif that has been previously identified in a plasminogen-binding protein, was demonstrated to be enriched across a number of adhesion and lipoproteins. While there is some potential to develop peptide drugs against bacterial infection based on bacterial peptides that mimic host components, this could have unwanted effects on host signaling. Thus, novel SLiMs in virulence factors that do not mimic host components but are crucial for bacterial pathogenesis, such as the type IV secretion system, may be more useful to develop as leads for anti-microbial peptides or drugs

Kuinka terveydenhoitaja huomioi isät? : isien kokemuksia lastenneuvolakäynneiltä Siilinjärvellä

Opinnäytetyön tarkoituksena on kuvata isien kokemuksia lastenneuvolakäynneistä Siilinjärvellä ja sitä, miten terveydenhoitaja huomioi heidät neuvolakäynnillä. Opinnäytetyö toteutettiin yhteistyössä Siilinjärven kunnan kanssa. Tutkimusmenetelmänä käytettiin laadullista tutkimusta ja tutkimus toteutettiin verkkokyselynä. Tavoitteena oli saada lastenneuvolan työntekijöille tietoa siitä, kuinka isät tulevat huomioiduiksi lastenneuvolakäynneillä ja kuinka he toivovat tulevansa huomioiduiksi käynneillä. Kyselyyn vastasi yhteensä kymmenen isää. Saatu aineisto analysoitiin aineistolähtöisellä sisällönanalyysillä. Isät ovat kokeneet lastenneuvolakäynnit Siilinjärvellä pääosin positiivisina tapahtumina. Monet vastanneista isistä kertoivat terveydenhoitajan huomioineen heidät hyvin käynneillä ja kyselleen myös isien ajatuksia. Isät kertoivat tulleensa paremmin huomioiduiksi silloin, kun he olivat yksin lapsensa kanssa lastennevuolassa. Äidin läsnäolo käynneillä on vaikuttanut isän huomioimiseen. Yli puolet vastaajista kertoo, että terveydenhoitaja huomioi heitä jo tarpeeksi käynneillä. Lapsen hyvinvointi ja lapsi itse ovat pääasia käynneillä. Isät pitävät tärkeänä pidetään sitä, että vanhempien hyvinvoinnista ollaan kiinnostuneita neuvolassa. Muutama vastaaja toi esille jääneensä huomiotta käynneillä. Terveydenhoitajat voivat hyödyntää tutkimuksen tuloksia kehittämällä oman työnsä laatua. Tutkimuksesta saadun tiedon avulla käyntejä lastenneuvolassa voidaan kehittää vastaamaan paremmin isien tarpeita ja toiveita. Jatkotutkimusaiheena voi tutkia, millaisia ominaisuuksia isät arvostavat neuvolan henkilökunnassa tai kuinka terveydenhoitajat omasta mielestään osaavat ammattilaisina kohdata isät ja millaisia terveydenhoitajien kokemukset isien kohtaamisesta ovat olleet.The purpose of the study was to describe fathers’ experiences of the visits at a child health clinic in Siilinjärvi and how the public health nurse had regard for fathers. The thesis was made in co-operation with the Siilinjärvi municipality. The qualitative research method was used in this study and the material was collected by using an internet questionnaire. The aim of this study was to get information for the public health nurses about how fathers experience how they are regarded on a visit at child health clinics. The aim was also to get information how fathers would like to be regarded at the visits. Ten fathers answered the questionnaire. The collected material was analyzed with the data driven content analysis. Fathers have experienced the visits at child health clinic mainly in a positive way. Many of the fathers who had answered replied that the public health nurse had a good regard for them and had also asked about fathers’ thoughts. Fathers had replied that mother’s attendance has a negative effect. Fathers felt that they were regarded better when they were alone with the child at the clinic. Over half of the fathers told that the public health nurse already has regard for them. The child’s wellbeing and the child himself or herself are the most important things at the visits. Fathers thought it was important that nurses at the clinic are interested in parents’ wellbeing. A few fathers brought up the fact that they were left without any regard for them. The public health nurses can use the information to develop the quality of their work. With the new information the visits at the child health clinics can be developed to respond more to fathers’ needs and wishes. As a further study could be a study about what features fathers appreciate in a child health clinic staff or how the public health nurses can have regard for fathers in their opinion and what kind of experiences the public health nurses have about having regard for fathers

Sukupuolisensitiivinen nuorten tieto- ja neuvontatyö : Toimintamallin prototyyppi

Opinnäytetyömme oli toiminnallinen tuotekehitysprosessi, jossa käytettiin myös tutkimuksellisia piirteitä. Sen tavoitteena oli kehittää sukupuolisensitiivinen nuorten tieto- ja neuvontatyön toimintamallin prototyyppi nuorten parissa toimivien työntekijöiden ja vapaaehtoisten käyttöön. Yhteistyökumppaneinamme olivat Oulun kaupungin Byströmin nuorten palveluiden Nuorten tieto- ja neuvontakeskus Nappi sekä Oulun Tyttöjen Talo®. Tarve tällaiselle toimintamallille nousi yhteistyökumppaneidemme halusta kehittää keskinäistä yhteistyötään ja täydentää omaa osaamistaan toistensa työmuotojen kautta. Kehitimme toimintamallia käyttäjä- ja toimijalähtöisesti, eli perustimme tuotekehitysprosessimme käyttäjien ja toimijoiden kokemusasiantuntijuuteen sekä osallisuuteen. Toimintamallin kehityksen taustalla oleva tietoperusta koostui sukupuolen ulottuvuuksista, sukupuoli- ja kulttuurisensitiivisestä työotteesta, nuorten tiedontarpeesta sekä tuotekehitysprosessin eri vaiheista. Keräsimme aineistoa myös kuulemalla työntekijöitä, vapaaehtoisia ja nuoria. Osallistuimme Sukupuolisensitiivinen työote nuorten tieto- ja neuvontatyössä -koulutukseen sekä hyödynsimme omia kokemuksia ja näkemyksiä sukupuolisensitiivisestä nuorten tieto- ja neuvontatyöstä. Tutkimusmenetelminä käytimme kyselyissä saatujen vastauksien teemoittelua sekä jäsentelyä miellekarttaan. Tästä miellekartasta kehittyi toimintamallin prototyyppi, jota voi jatkokehittää tarvittaessa varsinaiseksi painotuotteeksi. Toimintamallin prototyyppimme on Puu-kuvio, jossa juurina ovat sukupuolisensitiivinen työote ja nuorten tieto- ja neuvontatyö. Puun oksina eli pääteemoina ovat ilmapiiri, kohtaaminen, toiminta ja työntekijä. Oksat haarautuvat alateemoiksi, jotka syventävät pääteemoja. Teemat ovat nousseet kerätystä aineistosta. Toimintamallin prototyypin kautta työntekijä voi tehdä nuorten tieto- ja neuvontatyötä sukupuolisensitiivisen näkökulman kautta. Tämä on tärkeää, jotta nuori saa kokonaisvaltaisemmin tarpeisiinsa vastaavaa tietoa ja neuvontaa. Toimintamallimme tuo työntekijän ohjaustyöhön uusia näkökulmia sekä auttaa haastamaan ja kehittämään omaa työskentelyä. Pitkän aikavälin tarkoituksena on edistää jokaiselle nuorelle tasavertainen mahdollisuus tehdä ja tavoitella samanlaisia asioita sukupuolesta riippumatta yksilöllisyys huomioon ottaen.Our thesis is a product development. The aim of this thesis was to create operation model of gender sensitivity in youth information and counselling. Our co-operation partners were Oulu’s Youth Information and Counselling Centre Nappi (Oulun tieto-ja neuvontakeskus Nappi) and Oulu’s Girls’ House (Oulun Tyttöjen Talo®). The need for this kind of model came from our co-operation partners’ urge to develop their partnership and complete their knowledge. We used user-oriented approach to achieve workers’ and clients’ participation. We gathered material to our thesis from literature and websites. We also asked experiences from employees and clients and we participated to Gender sensitivity in youth information and counselling training. Our research method was to make a map of themes, which we got from our material. We created operation model prototype based on this. It can be developed further to an actual model. Our operation model prototype is represented in the form of a Tree design. In the Tree design the Roots describe gender sensitivity and youth information and counselling. The Branches describe our main themes, which are atmosphere, encounter, action and employee. The main themes divide to a smaller themes which deepens the subject. With help of this prototype employee can work better in the field of gender sensitivity in youth information and counselling. Our long term goal is to advance equal opportunities of young people to do and achieve same kind of things despite what their gender is. It is important to pay attention to person’s individuality while working in the field of gender sensitivity in youth information and counselling

Involvement of DNA ligase III and ribonuclease H1 in mitochondrial DNA replication in cultured human cells

Recent evidence suggests that coupled leading and lagging strand DNA synthesis operates in mammalian mitochondrial DNA (mtDNA) replication, but the factors involved in lagging strand synthesis are largely uncharacterised. We investigated the effect of knockdown of the candidate proteins in cultured human cells under conditions where mtDNA appears to replicate chiefly via coupled leading and lagging strand DNA synthesis to restore the copy number of mtDNA to normal levels after transient mtDNA depletion. DNA ligase III knockdown attenuated the recovery of mtDNA copy number and appeared to cause single strand nicks in replicating mtDNA molecules, suggesting the involvement of DNA ligase III in Okazaki fragment ligation in human mitochondria. Knockdown of ribonuclease (RNase) H1 completely prevented the mtDNA copy number restoration, and replication intermediates with increased single strand nicks were readily observed. On the other hand, knockdown of neither flap endonuclease 1 (FEN1) nor DNA2 affected mtDNA replication. These findings imply that RNase H1 is indispensable for the progression of mtDNA synthesis through removing RNA primers from Okazaki fragments. In the nucleus, Okazaki fragments are ligated by DNA ligase I, and the RNase H2 is involved in Okazaki fragment processing. This study thus proposes that the mitochondrial replication system utilises distinct proteins, DNA ligase III and RNase H1, for Okazaki fragment maturation

Mitochondrial myopathy induces a starvation-like response

niversity on Septem ber 12, 201