Site-Specific Insertion Polymorphism of the MITE Alex-1 in the Genus Coffea Suggests Interspecific Gene Flow

Miniature Inverted-repeat Transposable Elements (MITEs) are small nonautonomous class-II transposable elements distributed throughout eukaryotic genomes. We identified a novel family of MITEs (named Alex) in the Coffea canephora genome often associated with expressed sequences. The Alex-1 element is inserted in an intron of a gene at the CcEIN4 locus. Its mobility was demonstrated by sequencing the insertion site in C. canephora accessions and Coffea species. Analysis of the insertion polymorphism of Alex-1 at this locus in Coffea species and in C. canephora showed that there was no relationship between the geographical distribution of the species, their phylogenetic relationships, and insertion polymorphism. The intraspecific distribution of C. canephora revealed an original situation within the E diversity group. These results suggest possibly greater gene flow between species than previously thought. This MITE family will enable the study of the C. canephora genome evolution, phylogenetic relationships, and possible gene flows within the Coffea genus

Identification of morpho-physiological and biochemical markers linked to tolerance to water and salt stress in durum wheat (Triticum durum Desf.)

La salinité et la sécheresse sont parmi les stress abiotiques qui limitent la production agricole dans le monde. Les réponses physiologiques des plantes à la sécheresse et au stress de salinité pourraient avoir des caractéristiques communes. De nombreux traits différents contribuent à la salinité et à la tolérance à la sécheresse (stress hydrique), qui sont spécifiques à l'espèce et dépendent du stade de développement de la plante. Dans la présente étude, la tolérance à la salinité (Chapitre 1) et stress hydrique (Chapitre 2) a été évaluée chez neuf cultivars de blé dur (Triticum durum Desf.). Les plantes ont été cultivées en hydroponie. Ces cultivars de blé ont été soumis à un stress hydrique à l'aide d'un traitement au polyéthylène glycol (PEG) et à un stress de salinité en présence de NaCl pendant 21 jours. Un certain nombre de traits morphologiques et physiologiques représentatifs du développement des plantes et du métabolisme primaire du carbone et de l'azote ont été analysés. L'analyse des composants principaux (ACP) a permis d'identifier des génotypes présentant différents niveaux de tolérance au PEG et au NaCl. Les cultivars INRAT 69 et Om Rabiaa étaient respectivement les plus tolérants aux deux stress respectifs, tandis que les cultivars Ben Bechir et Mahmoudi étaient les plus sensibles. De plus, nous avons pu mettre en évidence, des traits phénotypiques et physiologiques caractéristiques de la résistance à la salinité et à la tolérance à la sècheresse. Seule la proline est un trait en commun entre ces deux stressSalinity and drought are among the abiotic stresses that limit agricultural production worldwide. Plant physiological responses to drought (water stress) and salinity stress may have common characteristics. Many different traits are different in salinity and drought tolerance, which are species specific and dependent on the stage of development of the plant. In the present study, salinity tolerance (Chapter 1) and water stress (Chapter 2) were studied in nine cultivars of durum wheat (Triticum durum Desf.). The plants were grown in hydroponics. These wheat cultivars were subjected to water stress using a treatment with polyethylene glycol (PEG) and to salt stress in the presence of NaCl for 21 days. A number of morphological and physiological traits representative of plant development and the primary metabolism of carbon and nitrogen were analyzed. Principal component analysis (PCA) has made it possible to identify genotypes with different levels of tolerance to PEG and NaCl. The INRAT 69 and Om Rabiaa cultivars were the most tolerant of the two respective stresses, respectively, while the Ben Bechir and Mahmoudi cultivars were the most sensitive. In addition, we were able to highlight phenotypic and physiological traits characteristic of resistance to salinity and tolerance to drought. Only proline is a trait in common between these two stresse

Identification of Phenotypic and Physiological Markers of Salt Stress Tolerance in Durum Wheat (Triticum durum Desf.) through Integrated Analyses

Salinity is one of the most important stresses that reduces plant growth and productivity in several parts of the world. Nine Tunisian durum wheat genotypes grown under hydroponic conditions were subjected to two levels of salt stress (100 and 170 mM NaCl) for 21 days. An integrative analysis revealing the impact of salinity on key phenotypic and physiological marker traits was then conducted. Principal component analysis grouped these traits into three different clusters corresponding to the absence of salt stress and the two levels of salt stress. This analysis also allowed the identification of genotypes exhibiting various levels of tolerance to NaCl. Among the nine genotypes of Triticum durum Desf., cultivar Om Rabiaa was the most tolerant whereas cultivar Mahmoudi genotype was the most sensitive. Following the multivariate analysis of the examined phenotypic and physiological traits, we found that shoot length, shoot fresh weight, leaf area, the whole-plant stable isotope ratios of nitrogen (δ15N), shoot ammonium and proline contents, and shoot glutamine synthetase activity could be used as markers for the selection of salt-tolerant wheat genotypes

Anesthésie-réanimation pour transplantation rénale pédiatrique au CHU Sahloul

Introduction: Kidney transplantation in children has special anesthesia and intensive care considerations. All the steps are essential from the preparation period until the postoperative period for both the donor and recipient. The whole team has for mission to obtain an immediate graft function without complication for the couple. The aim of this study is to describe our anesthetic and resuscitation procedures for both living donors and recipients in pediatric kidney transplantation. We also propose practical Protocols for anesthetic management of pediatric kidney transplantation suitable to our unit.Methods : Retrospective, descriptive and analytic study speared over 8 years, from January 2008 to December 2015, covering all pediatric kidney transplant recipients (aged ≤ 18 years) and their living donors operated in our unit. Demographic, anthropometric data as well as the details of preoperative management, procedure of anesthesia and intensive care were collected. The Surgical techinic was precised. The postoperative complications and outcomes were recorded. The hemodynamic, biological and therapeutic data were noted.Results: Thirty couples were collected. The average age of the recipients was 12.80 ± 3.73 years (range: 5 to 18 years). The average age of donors was 40.60 ± 8.75 years (range: 21 to 60 years). Antecedents of recipients were: severe chronic anemia (20 cases), hypertension (14 cases), severe growth retardation (13 cases), urinary tract infection (11 cases), hemodialysis catheter infection (9 cases), transfusion history (27 cases), transfusion the day before the surgery (8 cases) and vesicoureteral reflux (16 cases). 11 recipients had a thrombophilia. Chronic tubulointerstitial nephropathy was the principal cause of chronic end stage renal failure (21 cases). The average duration of dialysis was 24.97±24.23 months (range: 2 months and 8 years). Hemodialysis was the initial dialysis mode in 28 cases. The general anesthesia in recipients was classic intravenous in 25 cases and by TIVA (Target controlled intravenous anesthesia) in 5 cases. The narcosis maintenance in 22 cases was provided by volatile anesthetic with an equal proportion of sevoflurane and isoflurane. Propofol was the induction narcotic in all donors and the narcosis maintenance was provided by propofol in 4 cases and volatile anesthetic in the rest of the cases divided as follows: 19 cases by isoflurane and 7 cases by sevoflurane. We monitored the recipients with an invasive blood pressure in 29 cases and central venous pressure (CVP) in 22 cases. The average of crystalloids perfused in the recipients was 125.54 ± 77.57 ml/kg, whereas in the donors it was 44.42 ± 15.70 ml/kg. 16 recipients were transfused intraoperatively. Drugs administered intraoperatively in recipients were: ephedrine (5 cases), albumin (3cases), mannitol(2cases), diuretics(16 cases), heparin (16 cases), antihypertensive in one cases. Postoperative analgesia in the recipients was multimodal and morphine was administered in only 12 cases. No locoregional analgesia was performed in recipients, while intrathecal morphine was performed in 21 donors. Antibiotic prophylaxis in the recipients consisted of co-amoxiclav (20 cases), cefotaxime (7 cases) and a case of antibiotherapy. In donors, co-amoxiclav was administered in pre-induction in 12 cases and cefazolin in 9 cases. Intraperitoneal implantation was carried out in 24.1% with a median weight of 20.5 kg (range: 19.5 and 24.5 kg). While the extraperitoneal route was carried out in the rest of the cases with a median weight of 36 kg (range: 19.5 and 67kg). The extubation was performed after surgery for all the couple. Immediate diuresis resumed at vascular declamping in 26 cases and no case of delayed graft function was reported. The average time of total warm ischemia was 104.27 ± 28.49 min and that of cold ischemia was 52.17 ± 26.13min. On day 2 postoperatively the diuresis in the recipients was 7.98 ± 5.8 ml/kg/h and the creatinine clearance was 78.58 ± 32.53 ml/min. The creatinine clearance of donors dropped by 40 ± 22 ml/min within 24h postoperatively. 14 recipients had perigraft hematoma with no causal relationship with intraoperative heparin therapy (p = 0.696). Surgical revision was performed in six recipients. Bacterial infections involved 25 recipients and 16 donors. Three recipients had got graft loss. Only one death was reported in recipients at six months after surgery secondary to septic shock.Conclusion: Anesthesia-reanimation is a specialty in continuous progression. Good practice and technological innovation in hemodynamic monitoring are essential for successful pediatric kidney transplantation. The analysis of our experience is useful to establishing practical Protocols.Introduction : La transplantation rénale pédiatrique présente des particularités anesthésiques et réanimatoires. Toutes les étapes sont primordiales pour obtenir un bon fonctionnement du greffon ; de la préparation préopératoire du donneur et du receveur jusqu’au postopératoire. Les complications péri-opératoires du couple doivent être prévenues, diagnostiquées et traitées à temps. A travers notre travail, nous exposant nos procédés d’anesthésie-réanimation du couple donneur vivant-receveur pédiatrique, tout en proposant un Protocol de prise en charge péri-opératoire adapté au CHU Sahloul de Sousse. Méthodes : Il s’agit d’une étude rétrospective descriptive et analytique sur 8 ans, de janvier 2008 à décembre 2015, qui a inclus les couples donneurs vivant-receveurs d’âge inférieur ou égale à 18 ans le jour de la transplantation rénale. Les données démographiques, anthropométriques et les antécédents ainsi que les données de l’évaluation et de la préparation préopératoire ont été colligés. le déroulement de l’anesthésie-réanimation et de la chirurgie ont été précisées. Les paramètres hémodynamiques, biologiques, thérapeutiques et les données évolutives ont été aussi notés.Résultats : Trente couples ont été colligés. La moyenne d’âge des receveurs était de 12,80 ± 3,73 ans (extrêmes : 5 et 18 ans). La moyenne d’âge des donneurs était de 40,60 ± 8,75 ans (extrêmes : 21 et 60 ans). Les antécédents des receveurs étaient : anémie chronique sévère (20 cas), hypertension (14 cas), retard de croissance sévère (13 cas), infection urinaire (11 cas), infection sur cathéter d’hémodialyse (9 cas), antécédents de transfusion (27 cas), transfusion la veille de l’acte (8 cas) et antécédents de reflux vésico-urétéral (16 cas). 11 receveurs avaient au moins une anomalie au bilan de thrombophilie. La principale cause d’insuffisance rénale chronique terminale est la néphropathie tubulo-interstitielle chronique (21 cas). La durée moyenne de dialyse était de 24,97 ± 24,23 mois (extrêmes : 2 mois et 8 ans). L’hémodialyse était le mode de dialyse initial dans 28 cas. La technique anesthésique chez les receveurs était intraveineuse classique dans 25 cas et par AIVOC dans 5 cas. Les halogénés avaient assuré la narcose d’entretien dans 22 cas avec une proportion égale entre sévoflurane et isoflurane. Le propofol était le narcotique d’induction chez tous les donneurs. La narcose d’entretien était assurée par le propofol à la PSE dans 4 cas et par les halogénés dans le reste des cas répartit comme suit : 19 cas par isoflurane et 7 cas par sévoflurane. Le remplissage peropératoire chez les receveurs était guidé par la PAM instantanée (29 cas) et par la PVC (22 cas). La quantité de cristalloïdes perfusées chez les receveurs était de 125,54 ± 77,57 ml/kg alors que chez les donneurs, elle était de 44,42 ± 15,70 ml/kg. 16 receveurs ont été transfusés en peropératoire. Les médicaments administrés en peropératoires chez les receveurs étaient : éphédrine (5 cas), albumine (3 cas), mannitol (2 cas), furosémide (16 cas), HNF (16 cas) et nicardipine (1 cas). L’analgésie postopéatoire chez les receveurs était multimodale et la morphine n’a était administré que dans 12 cas. Aucune analgésie locorégionale n’a était pratiquée. Alors que la rachianalgésie a été pratiquée chez 21 donneurs. L’antibioprophylaxie chez les receveurs a consisté en co-amoxiclav (20 cas), céfotaxime (7 cas) et un cas d’antibiothérapie adaptée au portage de germes. Chez les donneurs du co-amoxiclav a été administré en pré-induction dans 12 cas et de la céfazoline dans 9 cas. La voie d’implantation intrapéritonéale était réalisée dans 24,1% avec une médiane de poids de 20,5 kg (extrêmes : 19,5 et 24,5kg). Alors que la voie extrapéritonéale était effectuée dans le reste des cas avec une médiane de poids de 36 kg (extrêmes : 19,5 et 67kg). L’extubation était réalisée sur table opératoire pour tous les couples. 26 receveurs avaient eu une reprise immédiate de la diurèse au déclampage et aucun cas de reprise retardée de la fonction du greffon. La durée de l’ischémie totale était de 104,27 ± 28,49 min et la durée de l’ischémie froide était de 52,17 ± 26,13min. A J2 postopératoire la diurèse chez les receveurs était de 7,98 ± 5,8 ml/kg/h et la clairance de créatinine était de 78,58 ± 32,53 ml/min. Chez les donneurs, la clairance de créatinine a chuté de 40 ± 22 ml/min à J0 postopératoire. 14 receveurs ont présenté un hématome péri-greffon sans relation de causalité avec l’héparinothérapie peropératoire (p=0,696). Six receveurs ont eu une reprise chirurgicale. Les infections bactériennes ont intéressé 25 receveurs et 16 donneurs. Trois receveurs ont eu une perte du greffon. Un seul décès a été déploré chez les receveurs à 6 mois postopératoire secondaire à un état de choc septique. Conclusion : l’anesthésie-réanimation est une spécialité en progression continue. La bonne pratique et l’innovation technologique en monitorage hémodynamique sont essentielles pour réussir une transplantation rénale pédiatrique. L’analyse de notre expérience est utile pour établir des stratégies meilleures

Identification of Phenotypic and Physiological Markers of Salt Stress Tolerance in Durum Wheat (Triticum Durum Desf.) through Integrated Analyses

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