Distribution and palaeoecological indicator value of diatoms in Holocene coastal deposits of the southern North Sea (Lower Saxony, Germany)

Die Entstehung der niedersächsischen Küstenlandschaften ist während der letzten 8000 Jahre eng mit Meeresspiegelfluktuationen verbunden, die Phasen von Meeresspiegelabsenkungen und -anstiegen ebenso umfassen wie Stillstandsphasen. Transgressive Abschnitte zeichnen sich vor allem durch sandige und tonig-schluffige Ablagerungen aus, während Regressionsphasen zum Teil durch Torf gekennzeichnet sind, der sich in Phasen verlangsamten Meeresspiegelanstieges seewärts auf marine Ablagerungen ausbreiten konnte. Auch auf den Ostfriesischen Inseln ergeben sich Möglichkeiten paläoökologischer Untersuchungen, die ungefähr bis in die Zeitenwende zurückreichen. Hier können vor allem ältere Salzwiesenhorizonte und Wattschichten genutzt werden, die heute infolge von Strandverschiebungen am seeseitigen Strand einiger Inseln erosiv freigelegt werden. Diese Horizonte bilden natürliche Pegelmarken, an denen zurückliegende Meeresspiegelstände rekonstruiert werden können. In diesem Artikel werden diatomologische Ergebnisse vorgestellt, die an Bohrungen und Profilen der festländischen Küste und Ostfriesischen Inseln erarbeitet wurden. Die Diatomeen-Vergesellschaftungen klastischer Sedimente, die während Transgressions-phasen abgesetzt wurden, sind generell durch pelagische und litorale marine Arten charakterisiert. Im Kontakt zu den Ablagerungen des Basaltorfes treten verstärkt oligo- bis mesohalobe Arten hinzu. Dies legt den Schluss nahe, dass sich dieser erste transgressive Kontakt nicht erosiv, sondern fließend vollzogen hat. Die Wattablagerungen sind vornehmlich durch eine Artenkombination poly- bis mesohalober Arten gekennzeichnet, während lagunäre Sedimente häufiger litorale brackische und schwach verkieselte Arten aufweisen. Dies deutet auf einen geringeren Salzgehalt und ruhige Ablagerungsbedingungen hin. Die eingeschalteten Niedermoortorfe mit Vhragmites zeigen einen Anstieg litoraler oligohalober Arten und bezeugen somit den Rückgang der Salinität und mithin eine regressive Phase innerhalb der Meeresspiegel-Entwicklung. Salzwiesenablagerungen sowohl auf den Inseln als auch im Kontakt zum pleistozänen Hinterland werden durch aerophile litorale Spezies charakterisiert, Überflutungsereignisse deuten sich durch stärkere Nachweise pelagi-scher mariner Diatomeen an. Sowohl Ablagerungen feuchter Dünentäler, die im Untersuchungsgebiet nur auf den Ostfriesischen Inseln auftreten, als auch die am höchsten gelegenen Bereiche der Salzwiese beherbergen eine Vielzahl oligohalober Spezies und unterstreichen auf diese Weise den zurückgehenden marinen Einfluss.researc

An original phylogenetic approach identified mitochondrial haplogroup T1a1 as inversely associated with breast cancer risk in BRCA2 mutation carriers

Introduction: Individuals carrying pathogenic mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes have a high lifetime risk of breast cancer. BRCA1 and BRCA2 are involved in DNA double-strand break repair, DNA alterations that can be caused by exposure to reactive oxygen species, a main source of which are mitochondria. Mitochondrial genome variations affect electron transport chain efficiency and reactive oxygen species production. Individuals with different mitochondrial haplogroups differ in their metabolism and sensitivity to oxidative stress. Variability in mitochondrial genetic background can alter reactive oxygen species production, leading to cancer risk. In the present study, we tested the hypothesis that mitochondrial haplogroups modify breast cancer risk in BRCA1/2 mutation carriers. Methods: We genotyped 22,214 (11,421 affected, 10,793 unaffected) mutation carriers belonging to the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2 for 129 mitochondrial polymorphisms using the iCOGS array. Haplogroup inference and association detection were performed using a phylogenetic approach. ALTree was applied to explore the reference mitochondrial evolutionary tree and detect subclades enriched in affected or unaffected individuals. Results: We discovered that subclade T1a1 was depleted in affected BRCA2 mutation carriers compared with the rest of clade T (hazard ratio (HR) = 0.55; 95% confidence interval (CI), 0.34 to 0.88; P = 0.01). Compared with the most frequent haplogroup in the general population (that is, H and T clades), the T1a1 haplogroup has a HR of 0.62 (95% CI, 0.40 to 0.95; P = 0.03). We also identified three potential susceptibility loci, including G13708A/rs28359178, which has demonstrated an inverse association with familial breast cancer risk. Conclusions: This study illustrates how original approaches such as the phylogeny-based method we used can empower classical molecular epidemiological studies aimed at identifying association or risk modification effects.Peer reviewe

Shallow-water biolaminated sediments in a 3.33 Ga-old chert from Barberton

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Contact investigation after a fatal case of extensively drug-resistant tuberculosis (XDR-TB) in an aircraft, Germany, July 2013

In July 2013, a passenger died of infectious extensively drug-resistant tuberculosis (XDR-TB) on board of an aircraft after a 3-hour flight from Turkey to Germany. Initial information indicated the patient had moved about the aircraft coughing blood. We thus aimed to contact and inform all persons exposed within the aircraft and to test them for newly acquired TB infection. Two-stage testing within 8 weeks from exposure and at least 8 weeks after exposure was suggested, using either interferon gamma release assays (IGRAs) or tuberculin skin test (TST). The TST cut-off was defined at a diameter > 10 mm; for differentiation between conversion and boosting, conversion was defined as increase of skin induration > 5 mm. Overall, 155 passengers and seven crew members were included in the investigation: the questionnaire response rate was 83%; 112 (69%) persons were tested at least once for TB infection. In one passenger, who sat next to the area where the patient died, a test conversion was registered. As of March 2017, no secondary active TB cases have been reported. We describe an unusual situation in which we applied contact tracing beyond existing European guidelines; we found one latent tuberculosis infection in a passenger, which we consider probably newly acquired