Transcriptional regulation in Salmonella enterica by the Lysr-type factor LeuO

En Salmonella enterica serovar Typhimurium, igual que en el resto de procariotas, el cromosoma se encuentra compactado en una región del citoplasma denominada nucleoide. Esta compactación es debida, en parte, a la presencia de proteínas asociadas al nucleoide (NAPs), entre las cuales destaca H-NS, que además de conferir estructura al cromosoma tiene un papel esencial en la regulación de genes situados en las zonas a las que se une. Dichas zonas poseen un bajo porcentaje de G+C, que es una característica habitual de regiones adquiridas por transferencia horizontal. H-NS actúa habitualmente reprimiendo la expresión génica. Sin embargo, en determinadas circunstancias los genes reprimidos por H-NS deben ser expresados. Para ello, la célula posee mecanismos para evitar la represión por H-NS, y entre ellos se encuentra la proteína LeuO. LeuO es una proteína reguladora perteneciente a la familia LysR. En un principio se describió como una proteína implicada en el superenrollamiento del cromosoma y posteriormente se estudió su función reguladora como antagonista de H-NS. En esta Tesis se han caracterizado los sitios de unión de LeuO en el cromosoma de S. Typhimurium usando coinmunoprecipitación de cromatina asociada a un chip. Se ha detectado un elevado número de dianas, la mayoría de las cuales son a su vez dianas de la ARN polimerasa. Hay que destacar que, a pesar de que muchos puntos de unión de LeuO coinciden con los de H-NS, corroborando su función como antagonista, se han encontrado numerosas dianas no relacionadas con H-NS, lo que sugiere una función reguladora independiente de H-NS en determinadas circunstancias. Se detectaron dianas en genes adquiridos por transferencia horizontal. Entre ellos se encontraban genes relacionados con la virulencia, como es el caso de la isla de patogenicidad 1 (SPI-1). La isla de patogenicidad 1 de Salmonella contiene los genes necesarios para invadir el epitelio intestinal. Esta región está sometida a una estricta regulación transcripcional y posttranscripcional. Debido a la presencia de genes de SPI-1 entre las dianas de LeuO, se estudió la implicación de LeuO en la expresión de dichos genes. Mediante aproximaciones genéticas, como análisis de epistasia o escrutinios genéticos, y moleculares, como retardo en gel o análisis de footprinting, se determinó que la represión de SPI1 se realizaba a través de dos vías independientes, siendo una de ellas la activación de la transcripción del represor HilE. Además, se observó una drástica disminución en la capacidad invasiva de S. Typhimurium en condiciones de expresión de LeuO. S. Typhimurium posee un plásmido de virulencia (pSLT). Este plásmido contiene genes implicados en virulencia (spv) necesarios para la infección sistémica en ratones, genes relacionados con la adhesión celular al epitelio intestinal (pef) y un operón tra que contiene todos los elementos necesarios para la transferencia conjugativa. Tras el análisis de los puntos de unión de LeuO en el cromosoma se realizó una búsqueda de las posibles dianas en pSLT, obteniéndose el mayor número dentro del operón tra y observándose una disminución en la frecuencia conjugativa en presencia de LeuO. Entre las posibles dianas de LeuO se encontraba la región promotora de finP, a la que se comprobó que se unía mediante técnicas de retardo en gel. El sistema FinOP o sistema de inhibición de la fertilidad es clave en la regulación de la transferencia conjugativa. En presencia de LeuO aumentaba la expresión de finP causando una represión de la transcripción de tra y por tanto, inhibiendo la transferencia del plásmido de virulencia mediante conjugación

Small RNA-based feedforward loop with AND-gate logic regulates extrachromosomal DNA transfer in Salmonella

Horizontal gene transfer via plasmid conjugation is a major driving force in microbial evolution but constitutes a complex process that requires synchronization with the physiological state of the host bacteria. Although several host transcription factors are known to regulate plasmid-borne transfer genes, RNA-based regulatory circuits for host-plasmid communication remain unknown. We describe a posttranscriptional mechanism whereby the Hfq-dependent small RNA, RprA, inhibits transfer of pSLT, the virulence plasmid of Salmonella enterica. RprA employs two separate seed-pairing domains to activate the mRNAs of both the sigma-factor σS and the RicI protein, a previously uncharacterized membrane protein here shown to inhibit conjugation. Transcription of ricI requires σS and, together, RprA and σS orchestrate a coherent feedforward loop with AND-gate logic to tightly control the activation of RicI synthesis. RicI interacts with the conjugation apparatus protein TraV and limits plasmid transfer under membrane-damaging conditions. To our knowledge, this study reports the first small RNA-controlled feedforward loop relying on posttranscriptional activation of two independent targets and an unexpected role of the conserved RprA small RNA in controlling extrachromosomal DNA transfer.Bildung und Forschung Project eBio:RNAsys BIO2013-44220-RMinisterio de Economía y Competitividad CSD2008-00013Junta de Andalucía CVI-587

Tendencias y retos de la geografía en América Latina en el siglo XXI: una perspectiva desde el VII CGAL

Su estructura contempla siete capítulos: en el primero denominado Origen y devenir histórico del Coloquio Geográfico sobre América Latina de la Facultad de Geografía de la UAEM de los autores Carlos Reyes Torres, Agustín Olmos Cruz y Fernando Carreto Bernal, integrantes del Cuerpo Académico en Educación y Enseñanza de la Geografía, da cuenta del origen de los Coloquios Geográficos de AL, estableciendo sus etapas de desarrollo desde 1993 al 2014, caracterizando sus comités organizadores, ejes temáticos, así como la representación de los ponentes de las instituciones y países participantes. La relevancia de estos estudios radica en la recuperación de la historia de los eventos para fomentar la identidad y sentido de pertenencia con la disciplina y con la institución.El presente libro intitulado Tendencias y retos de la geografía en América Latina en el siglo XXI: una perspectiva desde el VII CGAL, es un producto derivado del 7° Coloquio Geográfico sobre América Latina, celebrado en desde hace ya dos décadas en la Facultad de Geografía de la Universidad Autónoma del Estado de México, convocando con el eje temático sobre “Las Tendencias y retos de la Geografía en América Latina en el siglo XXI”Universidad Autónoma del Estado de México Facultad de Geografí

POR UNA CULTURA DE PAZ: UNA MIRADA DESDE LAS CIENCIAS DE LA CONDUCTA

En
 virtud
 de
 lo
 anterior,
 los
 estudiosos
 de
 las
 ciencias
 de
 la
 conducta
 
de
 la
 Universidad
Autónoma 
del
 Estado 
de 
México,

ante 
la
persistencia
 y 
proliferación
 de
 estos 
hechos
 en
 diversas
 partes
 del
Mundo
 y
 de
 nuestro 
país 
en 
particular, se
 convocó
 a
 los
 estudiosos
 interesados
 y
 a
 la
 sociedad
 en
 general
 a
 presentar
 trabajos
 para
 analizar,
 debatir
 y
 proponer
 estrategias
 de
 acción
 y
 dirección,
 que
 fortalezcan
 una
 convivencia y bienestar con sentido humanista para una cultura de paz. El
 presente
 texto
 es
 producto
 de 
esta convocatoria 
que
 recoge 
los
trabajos 
de 

los
 interesados 
en 
la
 temática,

 de
 diferentes 
países
(España,
Argentina,
Cuba,
Brasil,
Costa
 Rica
 y
 México)
 retomando
 con
 ello
 sus
 experiencias
 relativas
 al
 estudio,
 análisis,
 comprensión
 e
 instrumentación
 de
 la
 cultura
 de
 paz
 en
 los
 distintos
 ámbitos
 institucionales
 en
 los
 que
 participan:
 educativo,
 salud,
 penitenciario,
 social,
laboral,
familia,
alimentario,
psicológico,
por 
mencionar 
algunos.
 El
 presente
 libro,
 propicia
 un
 espacio
 de
 reflexión,
 diálogo
 y
 posicionamiento
 de
 las 
ciencias 
de 
la 
conducta
 para 
la 
apropiación,
análisis,
debate
 y 
propuestas 
que
 fortalezcan 
una
 cultura
 de 
paz
 a
través
 de 
la
 convivencia 
y
 el 
bienestar
 social 
con
 sentido 
humanista.
El
 sistema 
económico
 neoliberal
 y 
el 
proceso
 de 
globalización 
han
 contribuido
al
 logro
 de
 avances
 significativos
 en
 la
 ciencia
 y
 la
 tecnología,
 pero
 también
 han
 propiciado
 la
 polarización
 de
 las
 sociedades
 lo
 que
 ha
 impactado
 de
 manera
 negativa
 a
 la
 sociedad
 en
 su
 conjunto,
 pero
 en
 mayor
 medida
 a
 los grupos
 vulnerables. Dicha
 polarización
 ha
 traído
 consigo
 un
 desarrollo
 desigual
 del
 mundo
 que
 se
 expresa
 de
 diferentes
 maneras
 tanto
 en
 países
 desarrollados
 como
 en
 los
 llamados
 del
 tercer
 mundo,
 en
 donde
 no
 están
 satisfechas
 las
 necesidades
 humanas 
elementales
 de
 todos 
los
sectores 
de 
la 
población,
siempre 
falta 
algo. 
Si 
a
 esto 
le
 sumamos 
los
conflictos
 internacionales por
 diferentes
 motivos
 que
 enfrentan
 algunas
 naciones,
 una
 insuficiente
 cobertura
 educativa
 y
 de
 salud,

 desempleo
 y
 pobreza 
extrema,
 entre 
otras
 cosas; 
estamos
 frente
 a
retos 
de
 gran
 envergadura
 para
 los
 gobiernos,
 para
 los
 estudiosos
 y
 para
 la
 sociedad
 civil
 en
 general. Uno 
de 
los
 intentos
 para
 frenar 
y prevenir 
la
 agudización
 de 
estas 
problemáticas
 es
 la
 cultura 
de 
paz,
cuyo
 estudio
y propuestas 
han 
ido 
avanzando 
en 
diferentes
 sentidos 
y 
de 
manera 
favorable,
el 
tema 
está 
presente 
en 
diferentes 
Organismos
 Internacionales
 como
 la
 ONU,
 la
 UNESCO,
 la
 OCDE,
 El
 Banco
 Mundial,
 entre
 otros.
 Pero
 falta 
mucho 
por 
hacer.Universidad Autónoma del Estado de Méxic

una mirada desde las Ciencias de la Conducta

Este libro es el resultado de los trabajos presentados en el 1er Congreso Internacional "Convivencia y bienestar con sentido humanista para una cultura de paz"

Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality

Elective cancer surgery in COVID-19-free surgical pathways during the SARS-CoV-2 pandemic: An international, multicenter, comparative cohort study

PURPOSE As cancer surgery restarts after the first COVID-19 wave, health care providers urgently require data to determine where elective surgery is best performed. This study aimed to determine whether COVID-19–free surgical pathways were associated with lower postoperative pulmonary complication rates compared with hospitals with no defined pathway. PATIENTS AND METHODS This international, multicenter cohort study included patients who underwent elective surgery for 10 solid cancer types without preoperative suspicion of SARS-CoV-2. Participating hospitals included patients from local emergence of SARS-CoV-2 until April 19, 2020. At the time of surgery, hospitals were defined as having a COVID-19–free surgical pathway (complete segregation of the operating theater, critical care, and inpatient ward areas) or no defined pathway (incomplete or no segregation, areas shared with patients with COVID-19). The primary outcome was 30-day postoperative pulmonary complications (pneumonia, acute respiratory distress syndrome, unexpected ventilation). RESULTS Of 9,171 patients from 447 hospitals in 55 countries, 2,481 were operated on in COVID-19–free surgical pathways. Patients who underwent surgery within COVID-19–free surgical pathways were younger with fewer comorbidities than those in hospitals with no defined pathway but with similar proportions of major surgery. After adjustment, pulmonary complication rates were lower with COVID-19–free surgical pathways (2.2% v 4.9%; adjusted odds ratio [aOR], 0.62; 95% CI, 0.44 to 0.86). This was consistent in sensitivity analyses for low-risk patients (American Society of Anesthesiologists grade 1/2), propensity score–matched models, and patients with negative SARS-CoV-2 preoperative tests. The postoperative SARS-CoV-2 infection rate was also lower in COVID-19–free surgical pathways (2.1% v 3.6%; aOR, 0.53; 95% CI, 0.36 to 0.76). CONCLUSION Within available resources, dedicated COVID-19–free surgical pathways should be established to provide safe elective cancer surgery during current and before future SARS-CoV-2 outbreaks

Elective Cancer Surgery in COVID-19-Free Surgical Pathways During the SARS-CoV-2 Pandemic: An International, Multicenter, Comparative Cohort Study.

PURPOSE: As cancer surgery restarts after the first COVID-19 wave, health care providers urgently require data to determine where elective surgery is best performed. This study aimed to determine whether COVID-19-free surgical pathways were associated with lower postoperative pulmonary complication rates compared with hospitals with no defined pathway. PATIENTS AND METHODS: This international, multicenter cohort study included patients who underwent elective surgery for 10 solid cancer types without preoperative suspicion of SARS-CoV-2. Participating hospitals included patients from local emergence of SARS-CoV-2 until April 19, 2020. At the time of surgery, hospitals were defined as having a COVID-19-free surgical pathway (complete segregation of the operating theater, critical care, and inpatient ward areas) or no defined pathway (incomplete or no segregation, areas shared with patients with COVID-19). The primary outcome was 30-day postoperative pulmonary complications (pneumonia, acute respiratory distress syndrome, unexpected ventilation). RESULTS: Of 9,171 patients from 447 hospitals in 55 countries, 2,481 were operated on in COVID-19-free surgical pathways. Patients who underwent surgery within COVID-19-free surgical pathways were younger with fewer comorbidities than those in hospitals with no defined pathway but with similar proportions of major surgery. After adjustment, pulmonary complication rates were lower with COVID-19-free surgical pathways (2.2% v 4.9%; adjusted odds ratio [aOR], 0.62; 95% CI, 0.44 to 0.86). This was consistent in sensitivity analyses for low-risk patients (American Society of Anesthesiologists grade 1/2), propensity score-matched models, and patients with negative SARS-CoV-2 preoperative tests. The postoperative SARS-CoV-2 infection rate was also lower in COVID-19-free surgical pathways (2.1% v 3.6%; aOR, 0.53; 95% CI, 0.36 to 0.76). CONCLUSION: Within available resources, dedicated COVID-19-free surgical pathways should be established to provide safe elective cancer surgery during current and before future SARS-CoV-2 outbreaks

Por una cultura de paz, una mirada desde las Ciencias de la Conducta

Este libro es el resultado de los trabajos presentados en el 1er Congreso Internacional "Convivencia y bienestar con sentido humanista para una cultura de paz"

Humans with inherited MyD88 and IRAK-4 deficiencies are predisposed to hypoxemic COVID-19 pneumonia

X-linked recessive deficiency of TLR7, a MyD88- and IRAK-4–dependent endosomal ssRNA sensor, impairs SARS-CoV-2 recognition and type I IFN production in plasmacytoid dendritic cells (pDCs), thereby underlying hypoxemic COVID-19 pneumonia with high penetrance. We report 22 unvaccinated patients with autosomal recessive MyD88 or IRAK-4 deficiency infected with SARS-CoV-2 (mean age: 10.9 yr; 2 mo to 24 yr), originating from 17 kindreds from eight countries on three continents. 16 patients were hospitalized: six with moderate, four with severe, and six with critical pneumonia, one of whom died. The risk of hypoxemic pneumonia increased with age. The risk of invasive mechanical ventilation was also much greater than in age-matched controls from the general population (OR: 74.7, 95% CI: 26.8–207.8, P < 0.001). The patients’ susceptibility to SARS-CoV-2 can be attributed to impaired TLR7-dependent type I IFN production by pDCs, which do not sense SARS-CoV-2 correctly. Patients with inherited MyD88 or IRAK-4 deficiency were long thought to be selectively vulnerable to pyogenic bacteria, but also have a high risk of hypoxemic COVID-19 pneumonia