Analyse des groupes de gènes co-exprimés : un outil automatique pour l'interprétation des expériences de biopuces (version étendue)

National audienceLa technologie des biopuces permet de mesurer les niveaux d'expression de milliers de gènes dans différentes conditions biologiques générant ainsi des masses de données à analyser. De nos jours, l'interprétation de ces volumineux jeux de donnés à la lumière des différentes sources d'informations est l'un des principaux défis dans la bio-informatique. Nous avons développé une nouvelle méthode appelée AGGC (Analyse des Groupes de Gènes Co-exprimés) qui permet de constituer de manière automatique des groupes de gènes à la fois fonctionnellement riches, i.e. qui partagent les mêmes annotations fonctionnelles, et co-exprimés. AGGC intègre l'information issue des biopuces, i.e. les profils d'expression des gènes, avec les annotations fonctionnelles des gènes obtenues à partir des sources d'informations génomiques comme Gene Ontology. Les expérimentations menées avec cette méthode ont permis de mettre en évidence les principaux groupes de gènes fonctionnellement riches et co-exprimés dans des expériences de biopuces. Programme et informations annexes : http://keia.i3s.unice.fr/?Implementations:CGGA

Co-expressed Gene Groups Analysis (CGGA): An Automatic Tool for the Interpretation of Microarray Experiments

International audienceMicroarray technology produces vast amounts of data by measuring simultaneously the expression levels of thousands of genes under hundreds of biological conditions. Nowadays, one of the principal challenges in bioinformatics is the interpretation of this large amount of data using different sources of information. We have developed a novel data analysis method named CGGA (Co-expressed Gene Groups Analysis) that automatically finds groups of genes that are functionally enriched, i.e. have the same functional annotations, and are co-expressed. CGGA automatically integrates the information of microarrays, i.e. gene expression profiles, with the functional annotations of the genes obtained by the genome-wide information sources such as Gene Ontology. By applying CGGA to well-known microarray experiments, we have identified the principal functionally enriched and co-expressed gene groups, and we have shown that this approach enhances and accelerates the interpretation of DNA microarray experiments. CGGA program is available at http://www.i3s.unice.fr/~rmartine/CGG

2 Cas Originaux de Fistule Œsophagienne

Les fistules œsophagiennes sont des affections rares chez les Carnivores Domestiques. Elles se définissent comme une communication entre l'œsophage et la peau ou une cavité. Deux cas illustrent la diversité de ces fistules : fistule œsophago-trachéale et œsophago-cutanée

Ruptures Urétrales d'Origine Traumatique à partir de 3 Cas

Les ruptures des voies urinaires basses sont fréquemment associées à des traumatismes abdominaux ou pelviens. Toutefois, les lésions urétrales sont rares. Parmi l'ensemble des cas traités, l'étude des deux cas suivants permet d'illustrer les modalités de prise en charge, les difficultés thérapeutiques et les complications de ces lésions

Co-expressed Gene Groups Analysis (CGGA): An Automatic Tool for the Interpretation of Microarray Experiments

International audienceMicroarray technology produces vast amounts of data by measuring simultaneously the expression levels of thousands of genes under hundreds of biological conditions. Nowadays, one of the principal challenges in bioinformatics is the interpretation of this large amount of data using different sources of information. We have developed a novel data analysis method named CGGA (Co-expressed Gene Groups Analysis) that automatically finds groups of genes that are functionally enriched, i.e. have the same functional annotations, and are co-expressed. CGGA automatically integrates the information of microarrays, i.e. gene expression profiles, with the functional annotations of the genes obtained by the genome-wide information sources such as Gene Ontology. By applying CGGA to well-known microarray experiments, we have identified the principal functionally enriched and co-expressed gene groups, and we have shown that this approach enhances and accelerates the interpretation of DNA microarray experiments. CGGA program is available at http://www.i3s.unice.fr/~rmartine/CGG

Des bibliothèques populaires à la lecture publique

Les changements politiques et socioculturels amènent au xixe siècle une demande croissante de lecture, qu’elle soit instructive ou récréative. Les bibliothèques dites « populaires » sont alors mises en place pour tenter de répondre à ces besoins. Trop laïques pour certains, trop cléricales pour d’autres, trop « populaires » enfin, leur histoire a fait l’objet d’un profond oubli pendant la longue première moitié du xxe siècle. Qui étaient les lecteurs de la France rurale, comment les publics cohabitaient-ils, pourquoi le service de prêt de livres s’est-il progressivement répandu, comment les autorités considéraient-elles ces nouvelles institutions… ? Pour la première fois, dans la continuité des travaux de Noë Richter puis du colloque, en 1984, porté par la Bibliothèque des Amis de l’Instruction du IIIe arrondissement de Paris, cette nouvelle étude scientifique rend compte de ce corpus méconnu des bibliothèques. À la fois analyse historique approfondie et investigations sociologiques sur les publics, à partir de l’examen des archives de plusieurs établissements français, cet ouvrage explore la naissance et le développement des bibliothèques dites populaires en Belgique et en Grande-Bretagne et présente une déclinaison de ce type d’établissement dans l’Argentine d’aujourd’hui. À l’heure des interrogations sur l’évolution du modèle des bibliothèques publiques, des questionnements sur leur rôle social, cet ouvrage, dirigé par Agnès Sandras, historienne et conservatrice des bibliothèques à la Bibliothèque nationale de France, rassemble les contributions d’auteurs de tous horizons (historiens, sociologues, personnels scientifiques des bibliothèques, doctorants et chercheurs confirmés…), en posant les jalons d’une recherche sur la généalogie de la lecture publique contemporaine

Energy Resolution Performance of the CMS Electromagnetic Calorimeter

The energy resolution performance of the CMS lead tungstate crystal electromagnetic calorimeter is presented. Measurements were made with an electron beam using a fully equipped supermodule of the calorimeter barrel. Results are given both for electrons incident on the centre of crystals and for electrons distributed uniformly over the calorimeter surface. The electron energy is reconstructed in matrices of 3 times 3 or 5 times 5 crystals centred on the crystal containing the maximum energy. Corrections for variations in the shower containment are applied in the case of uniform incidence. The resolution measured is consistent with the design goals

Differential cross section measurements for the production of a W boson in association with jets in proton–proton collisions at √s = 7 TeV

Measurements are reported of differential cross sections for the production of a W boson, which decays into a muon and a neutrino, in association with jets, as a function of several variables, including the transverse momenta (pT) and pseudorapidities of the four leading jets, the scalar sum of jet transverse momenta (HT), and the difference in azimuthal angle between the directions of each jet and the muon. The data sample of pp collisions at a centre-of-mass energy of 7 TeV was collected with the CMS detector at the LHC and corresponds to an integrated luminosity of 5.0 fb[superscript −1]. The measured cross sections are compared to predictions from Monte Carlo generators, MadGraph + pythia and sherpa, and to next-to-leading-order calculations from BlackHat + sherpa. The differential cross sections are found to be in agreement with the predictions, apart from the pT distributions of the leading jets at high pT values, the distributions of the HT at high-HT and low jet multiplicity, and the distribution of the difference in azimuthal angle between the leading jet and the muon at low values.United States. Dept. of EnergyNational Science Foundation (U.S.)Alfred P. Sloan Foundatio